쟁점주택이 일시적 1세대 2주택의 특례적용을 위한 보유기간 요건을 충족하는지 여부

청구인은 21.7.30. C주택을 취득하여 3주택을 소유한 상태가 되었다가 21.8.21. A주택을 처분하였는바, 이때부터 일시적 1세대 2주택의 적용을 위한 보유기간이 기산한다고 봄이 타당한 점,기획재정부의 21.11.2.자 예규는 쟁점개정 규정에 대한 해석일 뿐, 이를 새로운 규정을 신설한 경우라거나 처분청이 이를 적용하여 과세한 경우로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점개정규정을 적용하여 쟁점주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택의 특례적용을 배제하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.5.24. OOO(OOO, 이하 “A주택”이라 한다)를 취득하였고, 2016.12.8. 같은 시 OOO(OOO, 이하 “B주택”, 또는 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2021.7.30. 같은 시 OOO(OOO, 이하 “C주택”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인은 2021.8.21. A주택을, 2021.10.29. 쟁점주택을 양도한 후, 각각 1세대 3주택, 1세대 2주택의 경우로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 청구인은 쟁점주택의 경우 1세대 1주택(일시적 1세대 2주택)에 해당한다며 2022.11.9. 처분청에 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점주택의 경우 1세대 1주택 적용을 위한 보유기간 요건을 충족하지 못한다는 이유로 2023.1.5. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2023.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점주택을 2016년 12월 취득하여 2021년 10월 양도하였는바, 「소득세법 시행령」 제154조 제1항에서 정하고 있는 1세대 1주택 특례적용을 위한 보유기간 요건을 충족한다.

(2) 처분청은 기획재정부 예규(재산세과-953, 2021.11.2.)를 처분의 근거로 제시하고 있으나, 해당 예규는 쟁점주택 양도일(2021.10.29.) 이후인 2021.11.2. 생산된 것이어서 이 건에 적용할 수 없고, 또한 기존 예규(기획재정부 재산세제과-194, 2020.2.18.)와 달리 새로운 기준(다주택의 양도시기 등)을 추가하여 납세자에게 불리하게 변경된 것이어서 이 건에 적용하는 것은 타당하지 아니하다.

(3) 또한 처분청은 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서규정(이하 “쟁점개정규정”이라 한다) 및 그 부칙규정을 근거로 제시하고 있으나, 쟁점개정규정에 의하면 일시적 2주택에 해당하는 경우에는 해당 주택의 보유기간은 취득일부터 기산한다고 되어 있다.

(4) 처분청이 제시하고 있는 기획재정부의 보도자료(2021.7.12.) 역시 기존 국세청 예규 등에 배치되는 것이어서 이를 근거로 이 건 처분이 적법하다는 의견은 받아들이기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점개정규정에 의하면 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 명시하고 있는바, 쟁점주택은 1세대 1주택 특례적용을 위한 보유기간 요건을 충족한다고 볼 수 없다.

(2) 청구인은 기획재정부 예규(재산세과-953, 2021.11.2.)가 생산되기 전에 쟁점주택을 양도하였기 때문에 해당 예규를 이 건에 적용할 수 없다고 주장하나, 해당 예규는 쟁점주택의 양도시기에 적용되는 세법에 관한 해석이므로 소급적용의 경우로 볼 수 없고, 이 건에 적용할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 일시적 1세대 2주택의 특례적용을 위한 보유기간 요건을 충족하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략)

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위)

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

(3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 1.∼

5. (각 호 생략)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례)

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. 부 칙 ＜대통령령 제29523호, 2019.2.12.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일 제2조(일반적 적용례)

① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 주택 취득 및 양도 현황은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 청구인의 주택 취득 및 양도 현황 ㆍㆍㆍ

(2) 「소득세법 시행령」 제ㆍ개정이유에 의하면, 쟁점개정규정은 다주택을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간에서 제외하여 다주택자의 투기적 주택수요를 완화하기 위하여 1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 다른 주택들을 모두 양도하고 최종적으로 1주택만 보유하게 된 날로부터 보유기간을 기산하고, 다만 기존 다주택자가 1주택자로 된 세대의 신뢰이익을 보호하고 매물잠김 현상을 최소화하기 위하여 2년간 적용을 유예하여 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용(부칙 제29523호, 2019.2.12. 제1조 제3호)하도록 하였다.

(3) 기획재정부에서 발간한 ‘2018 간추린 개정세법’에 나타난 내용은 아래와 같다.

11. 1세대 1주택 양도세 비과세 보유기간 요건 강화(소득령 §154⑤)

현 행

개 정

□1세대1주택 양도소득세 비과세

ㅇ (대상) 1세대가 양도일 현재 국내에 보유하고 있는 1주택

ㅇ (요건) 2년 이상 보유

- 조정대상지역 내 주택의 경우 보유기간 중 2년 이상 거주(’17.8.3일 이후 취득)

ㅇ (보유기간 계산) 해당 주택의 취득일부터 기산

＜추 가＞

□보유기간 요건 강화

(좌 동)

- 1세대가 1주택 이상을 보유*한 경우 다른 주택들을 모두 양도하고 최종적으로 1주택만 보유하게 된 날로부터 기산

* 일시적 2주택자나 상속·동거봉양 등 부득이한 사유로 인해 1주택 비과세를 받는 주택은 제외

＜개정이유＞ 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 합리화

＜적용시기＞ 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

(4) 기획재정부는 2021.11.2. “2021.1.1. 현재 3주택을 보유 중인 1세대가 1주택을 양도하고 남은 일시적 2주택 중 종전주택을 양도하는 경우 「소득세법 시행령」 제154조 제5항에 따른 해당 주택의 비과세 보유기간은 직전 주택의 양도일로부터 기산한다.”는 내용의 유권해석을 발표하였고, ‘2021.11.2. 이후 양도분’부터 적용한다고 명시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 1세대 1주택 특례적용을 위한 보유기간을 산정함에 있어서 쟁점주택의 취득일을 보유기간의 기산일로 보아야 한다고 주장하나, 2019.2.12. 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서규정(쟁점개정규정)에 의하면 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하고 있고, 그 부칙에서 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 청구인은 2021.7.30. C주택을 취득하여 3주택을 소유한 상태가 되었다가 2021.8.21. A주택을 처분하였는바, 이때부터 일시적 1세대 2주택의 적용을 위한 보유기간이 기산한다고 봄이 타당한 점, 기획재정부의 2021.11.2.자 예규는 쟁점개정규정에 대한 해석일 뿐, 이를 새로운 규정을 신설한 경우라거나 처분청이 이를 적용하여 과세한 경우로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점개정규정을 적용하여 쟁점주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택의 특례적용을 배제하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.