「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자로 등록을 하지 아니한 쟁점주택은 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인은 쟁점주택에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법§5에 따른 임대사업자로 등록을 하지 아니한 쟁점주택은 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.3.30. OOO소재의 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 양도하고, 1세대 2주택자로 조정지역에 있는 쟁점주택을 양도한 것으로 보아 장기보유특별공제 배제 및 중과세율(10% 가산)을 적용하여 2021.5.31. 양도소득세 OOO원을 신고하였다.

나. 이후 청구인은 쟁점주택은 다가구주택으로 2006.6.1.부터 양도일까지 관할 세무서에 사업자등록을 하였다는 이유로 장기임대주택 양도에 따른 양도소득세 중과배제 규정을 적용하여 기신고시 미반영한 장기보유특별공제 적용 및 기본세율 적용에 따른 양도소득세 차액분 OOO원에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 등록을 하지 않았다는 이유로 2023.2.9. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택의 임대 개시 당시 지방자치단체에 임대사업자 등록이 불가하였다.(가) 청구인은 쟁점주택(다가구주택)에 대하여 임대를 개시하던 시기인 2006년 6월경 당시 관할 OOO세무서에 사업자등록OOO하기 전, OOO를 내방하여 임대사업자 등록을 신청하러 갔으나 당시 구청 공무원으로부터 쟁점주택은 다가구주택에 해당하므로 당시 「임대주택법」에 의한 임대사업자 등록이 불가능하다고 전달받았으며 다가구주택의 경우 세무서 사업자등록만으로 양도세 중과 및 종합부동산세 합산배제가 가능하다고 하여 이를 믿고 세무서에 사업자등록만을 하였다.(나) 만약 관할 구청에서 다가구주택의 임대사업자 등록을 의무화하는 법률이 새롭게 제정된 줄 알았다면 임대사업자 등록을 할 수 있었으나 그 어떤 해당 기관 등으로부터 관련된 공문이나 소식을 들은 바가 없다.(다) 청구인이 쟁점주택을 사업자등록한 2006년 6월부터 양도일이 속하는 2021년 3월 말까지 실제 공실 없이 계속하여 임대를 하였고 매년 관련 제세 신고 및 납부를 완료하였다.

(2) 이 건 처분은 당시 공무원의 안내를 신뢰한 청구인의 신뢰이익을 침해하는 것으로 신의성실 원칙에 위배된다.

(3) 이 건 처분은 조세평등원칙에 위배된다.(가) 다가구주택만을 따로 분류하여 다세대주택, 아파트 등과 달리 지방자치단체의 임대사업자등록을 부여하지 않을 이유가 전혀 없다. 그럼에도 이를 따로 분류하여 임대사업자등록을 하지도 못하게 하면서 혜택을 줄 것처럼 하다가 청구인과 같은 처지의 국민들에게 아무런 통지나 안내 없이 갑자기 그 혜택도 보장해주지 못하는 세무행정은 도무지 납득이 되지 않는다.(나) 또한 종합부동산세 합산배제를 인정해주면서 굳이 별다른 근거 없이 양도소득세 중과배제는 달리 적용하여 세법을 적용하는 것도 조세평등원칙에 위배된 것으로 문제가 있다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 제2호에서「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 주택을 장기임대주택이라고 규정하고 있으므로, 청구인이 양도일 당시 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자로 등록한 사실이 없는 이상, 장기임대주택에 해당하지 않는다고 보아 경정청구 기각한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자로 등록을 하지 아니한 쟁점주택은 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장이 2006.5.29.자로 발행한 사업자등록증에 따르면, 청구인은 OOO라는 상호로 쟁점주택을 사업장소재지로 하여 2006.6.1.부터 부동산임대업을 하는 것으로 신규 등록하였다.

(2) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 쟁점주택을 2002.8.1.자 매매를 등기원인으로 하여 2002.9.18. 소유권이전등기하였다가, 이후 2021.2.17.자 매매를 등기원인으로 2021.3.31. OOO에게 소유권을 이전하였다.

(3) 「민간임대주택에 관한 특별법」은 2017.1.17. 법률 제14542호로 개정되면서 다가구주택도 임대주택으로 등록할 수 있도록 되었고, 「종합부동산세법 시행령」은 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되면서 주택임대를 위해 사업자등록을 한 다가구주택 소유자에 대한 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 등록 간주규정을 삭제하여 종합부동산세 과세특례를 받으려는 다가구주택 소유자는 임대사업자 등록을 하도록 개정되었다. 위 「종합부동산세법 시행령」 개정당시 부칙 제6조(다가구주택 임대사업자 등록에 관한 경과조치)는 “이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 아니한 경우에도 쟁점주택이 장기보유특별공제 적용 및 기본세율 적용 대상에 해당한다고 주장하나,「소득세법」 제95조제2항, 제104조 제7항 제1호,「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 제2호 및 제167조의10 제1항 제2호는 장기보유특별공제의 적용대상 및 중과세 배제 주택의 요건으로「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 하였을 것을 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점주택에 대하여「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자로 등록을 하지 아니하였으므로, 처분청이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자로 등록을 하지 아니한 쟁점주택은 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것)제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여)

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

(2) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것)제104조(양도소득세의 세율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

(3) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가.「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택