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수익사업용 부동산 양도와 자산 전입은 어떻게 과세하나?
부동산 양도에는 법인세와 특별부가세 의무가 있고 자산 전입액 중 수익사업 소득금액은 기부금으로 처리한다.
비영리법인의 수익사업용 부동산 양도, 비영리사업 자산 전입과 임야 보유의 세무 처리를 묻는다. 부동산 양도에는 법인세와 특별부가세 의무가 있고 자산 전입액 중 수익사업 소득금액은 기부금으로 처리한다. 소득금액 초과분은 자본원입액 반환이며 임야가 비업무용이면 지급이자 손금불산입 규정이 적용된다.
회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.
인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.
회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다
GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.
인용 조문·항·호 중 4곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.
- 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1991.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제1조 제1항 제6호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상6. 고정자산(固有目的事業에 직접 사용하는 不動産으로서 大統領令이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)해당 문구 없음
- 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1991.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제59의2조: 현재 같은 번호·제목의 조문이 없어 삭제 또는 이동 여부 확인이 필요하다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제59조의2 (과세표준) ①특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 "土地등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. ②제1항에서 "양도"라 함은 토지등에 의한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 다만, 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우에는 양도로 보지 아니한다. 다만, 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 및 토지구획정이사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다. ③제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)해당 문구 없음
- 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 1991.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제18조: 회신 당시 제목은 ‘기부금의 손금불산입’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘평가이익 등의 익금불산입’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제18조(기부금의 손금불산입) ①내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "指定寄附金"이라 한다)중 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 당해 사업연도의 소득금액(第3項의 規定에 의한 寄附金과 指定寄附金을 損金에 算入하기 전의 所得金額을 말한다. 이하 이 條에서 같다)에서 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제8조제1항제1호의 규정에 의한 결손금을 차감한 금액에 100분의 7(租稅減免規制法 第8條의 規定에 의한 公共法人외의 非營利內國法人의 경우에는 100分의 20)을 곱하여 산출한 금액 2. 당해 사업연도의 매월말일 현재의 주식발행자본금액…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 1. 자산의 평가이익. 다만, 제42조제1항 각 호에 따른 평가로 인하여 발생하는 평가이익은 제외한다. 2. 각 사업연도의 소득으로 이미 과세된 소득(이 법과 다른 법률에 따라 비과세되거나 면제되는 소득을 포함한다) 3. 제21조제1호에 따라 손금에 산입하지 아니한 법인세 또는 법인지방소득세를 환급받았거나 환급받을 금액을 다른 세액에 충당한 금액 4. 국세 또는 지방세의 과오납금(過誤納金)의 환급금에 대한 이자 5. 부가가치세의 매출세액 6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액(제36조에 따른 국고보조금등은 제외한다)과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을…
- 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 1991.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제18의3조: 회신 당시 제목은 ‘지급이자의 손금불산입’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제18조의3 (지급이자의 손금불산입) ①다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(借入金중 당해 資産價額에 상당하는 금액의 利子를 限度로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것 2. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산(不動産을 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 것 ②대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)제18조의3 삭제 <2022.12.31>
- 비교 불가회신 당시 시행본 1991.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제18조 제3항 제4호: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.
표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.
사실관계
비영리법인이 수익사업용 부동산을 양도하고 수익사업 자산을 장학사업 등 비영리사업에 지출 또는 전입한다. 수익사업용 임야도 보유하고 있다.
질의요지
비영리법인이 수익사업용 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제1조제1항 제6호 및 동법 제59조의2의 규정에 의거 법인세 및 특별부가세 납세의무가 있음
본문(원문)
1. 비영리법인이 수익사업용 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 동법 제59조의2의 규정에 의거 법인세 및 특별부가세 납세의무가 있는 것이며,
2. 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 장학사업 등 비영리사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함함)에 속하는 금액은 동법 제18조 기부금으로 하고, 그 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리하는 것이며,
3. 비영리법인이 보유하고 있는 수익사업용 임야에 대하여는 동법 시행규칙 제18조 제3항 제4호의 규정에 의거 비업무용 부동산 해당여부를 판정하고, 그 결과 비업무용 부동산을 보유하고 있는 법인에 대하여는 동법 제18조의3의 지급이자 손금불산입 규정이 적용되는 것임.
정제 정리
질의
1. 비영리법인이 수익사업용 부동산을 양도하는 경우의 납세의무.
2. 수익사업 자산을 장학사업 등 비영리사업에 지출 또는 전입하는 경우의 처리.
3. 수익사업용 임야의 비업무용 부동산 판정과 지급이자 처리.
회답
1. 비영리법인이 수익사업용 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 동법 제59조의2의 규정에 의거 법인세 및 특별부가세 납세의무가 있는 것이며,
2. 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 장학사업 등 비영리사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함함)에 속하는 금액은 동법 제18조 기부금으로 하고, 그 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리하는 것이며,
3. 비영리법인이 보유하고 있는 수익사업용 임야에 대하여는 동법 시행규칙 제18조 제3항 제4호의 규정에 의거 비업무용 부동산 해당여부를 판정하고, 그 결과 비업무용 부동산을 보유하고 있는 법인에 대하여는 동법 제18조의3의 지급이자 손금불산입 규정이 적용되는 것임.
근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결
- 법인세법 제1조제1항제6호 (목적) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제59의2조 법령 페이지 govbrief.kr (회신 당시 조문 번호, 현행 조문 페이지 없음) 이 법령을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제18조 (평가이익 등의 익금불산입) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제18조제3항제4호 (평가이익 등의 익금불산입) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제18의3조 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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이 답을 인용할 때
국세청 법령해석 법인46012-1031 (<time datetime="1993-04-21">1993.04.21</time> 회신), "수익사업용 부동산 양도와 자산 전입은 어떻게 과세하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000116112/
출처·편집 정보
- 원문
- 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000116112)
- 원 제목
- 비영리법인이 이자소득을 고유목적사업에 사용 시 과세 여부
- 공개 등급
- 공개 후보 · 검색 색인 대상
- 편집
- 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
- 갱신
- 2026-09-10