신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점1 관련)

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1994.4.28. 서울특별시 OOO 소재 OOO OOO OOOOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 1998.9.18. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)의 사용승인을 얻어 보유하다 2006.5.30. 이를 양도하고 2006.6.10. 양도소득세 산출세액 OOO 중 OOO을「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO(납부불성실가산세 OOO)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.27. 이의신청을 거쳐 2012.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 국세청의 예규(재산과-227, 2009.1.20.)에서는 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일’까지의 양도소득은 조특법상 감면소득에 해당하지 아니한다고 하였다. 따라서, 주택재건축사업에 따라 청산금을 납부하고 신축주택을 취득한 경우 감면소득을 계산함에 있어, 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득계산식 중 양도소득금액의 범위는, 국세청 예규에서 감면대상이 아니라고 본 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일’의 양도소득을 제외하여 ‘신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’으로 보아야 한다. 또한, 감면소득을 배분하는 기준시가액은 감면소득을 계산할 양도소득금액의 발생기간 내에 있어야 하고, 각 기준시가액을 구성하는 취득가액이 동일하여야 논리적으로 타당하므로, 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득계산식 중 분모와 분자의 취득당시의 기준시가는 모두 동일하게 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’로 적용하여 계산하는 것이 타당하다. 그리고, 양도소득세 과세표준 및 세액을 산정함에 있어 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 차감하는 방법으로 계산하여야 한다.

(2) 조특법상 감면대상소득의 내용과 범위를 일의적으로 명확하게 규정하지 아니하고, 국세청의 업무처리 지침 등 종전의 유권해석을 신뢰하여 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 방식을 자의적으로 납세자에게 불리하게 예규(국세청 재산세과-220, 2009.1.20.)를 변경하여 소급적용하는 것은 조세법률주의 및 소급과세금지의 원칙 등에 반하는 위법한 처분이다.

(3) 청구인은 신축주택 취득자의 양도소득세 감면 규정이 제정된 이후 10년간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 행정관행을 신뢰하여 이 건 양도소득세를 신고납부하였고, 처분청 또한 동 신고납부행위의 적격여부를 검토하여 적격인 것으로 보는 등 납세의무를 해태한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도한 경우 감면대상이 되는 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액까지 위 규정의 과세특례 대상에 포함되는 것으로 보기 어렵다.

(2) 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 표명한 사실이 없으므로 조세법률주의 내지 소급과세금지 원칙 등에 위반하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 납부불성실가산세의 경우 행정벌적 성격 외에 지연이자 성격이 포함되어 있는 것이므로 설령 청구인에게 고의나 귀책사유가 없다 하더라도 납부불성실가산세를 부과하는 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법」 제99조 에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부

② 조세법률주의 및 소급과세금지의 원칙 등에 위반한 처분인지 여부

③ 납부불성실가산세 부과의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 ( 2009.1.1. 법률 제9272호 로 일부개정되기 전의 것) 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]

① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 소득세법 제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 제95조 (양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

(4) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지]

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 1 994.4.28. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후 1998.9.18. 쟁점 신축주택의 사용승인을 얻었으며, 그로부터 5년이 경과한 2006.5.30. 쟁점 신축주택을 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 2 006.6.10. 양도소득세 예정신고시, 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 ‘종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지’의 양도소득금액인 OOO에, 감면비율을 곱하여 감면대상 양도소득금액을 산출한바, 감면비율 중 분모에는 쟁점신축주택 양도당시 기준시가OOO에서 쟁점신축주택 취득당시 기준시가OOO를 차감한 금액을, 분자에는 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO에서 쟁점신축주택 취득당시 기준시가OOO를 차감한 금액으로 하여 감면대상 양도소득금액을 OOO으로 산출하고, 이에 대한 감면세액 OOO을 산출세액 OOO에서 차감하였다.

(3) 처분청은 양도소득금액에 대하여는 청구인의 신고와 같이 ‘종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지’인 OOO으로 하되, 이에 곱하는 감면비율 중 분자의 취득당시 기준시가는 종전 주택의 취득당시 기준시가OOO를 적용하여 감면대상 양도소득을 OOO을 산출하였고, 이에 대한 감면세액 OOO을 산출세액 OOO에서 차감하는 방식으로 이 건 양도소득세 (납부불성실가산세 OOO) 를 부과한 것으로 나타난다.

(4) 쟁점①에 대하여 본다.

청구인은 조특법 시행령 제99조 제1항에 의하여 준용되는 제40조 제1항의 산식에 따라 감면대상 양도소득 산정시, 해당 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘종전주택의 취득시부터 신축주택의 취득전’까지 소득을 제외하여야 하고, 분모 및 분자의 취득시 기준시가는 모두 신축주택 취득시 기준시가로 하여야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에서는 양도소득금액에 관하여 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도소득금액(양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액)으로 규정하고 있어, 해당 산식의 양도소득금액을 신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액에 한정한다고 보기 어려운 점( 조심2012서5122 , 2013.3.19. 참고), 조특법 제99조 의 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운바, 처분청의 산정방법과 같이 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 양도소득금액은 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액으로 하고, 이 금액에 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가 차감한 금액을 분모로, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로 한 비율을 곱하면, 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액 중 감면대상인 양도소득(신축주택 취득시부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득)이 산정되고, 종전주택 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되므로, 조특법 제99조 의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정한 것으로 보이는 점(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9, 조심2012서5062 ,

2013.3.8 외 참고) 등을 고려하면, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해 석하여야 하는 점, 조특법 제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하 도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조 의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 1998.9.18. 사용승인을 얻어 그로부터 5년이 경과한 2006.5.30. 양도한 쟁점 신축주택에 대하여는 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 쟁점신축주택의 양도에 따른 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 참고).

(5) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 조특법상 감면대상소득의 내용과 범위를 일의적으로 명확하게 규정하지 아니하고, 국세청의 업무처리 지침 등 종전의 유권해석을 신뢰하여 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 방식을 자의적으로 납세자에게 불리하게 예규(국세청 재산세과-220, 2009.1.20.)를 변경하여 소급적용하는 것은 조세법률주의 및 소급과세금지의 원칙 등에 반한다고 주장하나, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30. 참고).

(6) 쟁점③에 대하여 본다. 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세 신고 당시 널리 받아들여진 과세관청의 공적인 견해에 따라 조특법 제99조 를 적용하여 양도소득세를 신고하였으므로 이를 과소신고·납부한 것에 대해 청구인에게 그 귀책사유를 물어 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2004두930, 2005.11.25. 참고), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2005두10545, 2007.4.26. 참고), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.