쟁점농지가 주거지역에 편입된 후 순차로 환지예정지 지정을 받은 경우, 환지예정지 지정일이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 편입일을 기준으로 3년이 지났다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면배제 규정을 적용하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

「조세특례제한법」제69조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제66조 제4항의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 보이는 점 등에 비추어 「조세특례제한법」제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한은「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점농지가 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 경과한 토지로서 자경농지에 대한 양도소득세 감면배제대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.3.20. OOO를 취득하여 보유하다가 2016.4.29. 주식회사 OOO에 매매를 원인으로 양도한 후 2016.6.30. 양도소득세 OOO을 예정신고ㆍ납부하였다.

나. 이 후 청구인은 2017.11.3. 처분청에 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다 하여 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2017.12.28. 「조세특례제한법 시행령」(2017.1.10. 대통령령 제27771호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제66조 제4항에 따라 쟁점농지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 경과한 토지에 해당하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 배제대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.16. 이의신청을 거쳐 2018.5.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 시행령 제66조에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다)에의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에편입된 날부터 3년이 지난 농지와 「도시개발법」또는 그 밖의 법률에따라 환지처분 이전에 농지 외의토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터3년이 지난 농지의 경우 자경농지에대한 양도소득세 감면을 배제하도록 규정하고 있는데, 이를 보면 주거지역 편입일과 환지예정지 지정일을 구분한 것을 알 수 있다.쟁점농지는 주거지역에 편입된 후 순차적으로 환지예정지 지정을 받았는데 그렇다면 「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 단서 중‘환지예정지지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 된다.

따라서, 쟁점농지의 경우 「도시개발법」에 따라 환지예정지로지정된 농지로, 환지예정지 지정일인 2014.5.22.부터 3년이 지나기 전인2016.4.29. 양도하였으므로조특법 시행령 제66조제4항의 규정에 의한8년 이상 자경농지에 해당되어 양도소득세 감면대상에 해당함에도 불구하고 처분청이 쟁점농지가 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 토지라고 하여 청구인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO에 따르면 쟁점농지는 「도시개발법」 제17조에 따라 실시계획이 인가되고,국토계획법 제32조의 규정에따라 고시된 토지로서 2010.11.24. 제2종 주거지역에 편입되었다.청구인은 쟁점농지를 환지예정지 지정일인 2014.5.22.부터 3년이 지나기 전인 2016.4.29. 양도하였으므로조특법 시행령 제66조제4항의 규정에 따라 8년 이상 자경농지에 해당되어 양도소득세 감면대상에 해당한다고 주장하나, 환지예정지 지정일 2014.5.22.과 주거지역 편입일 2010.11.24. 중 빠른 날을 적용하면, 쟁점농지는 주거지역 편입일로 부터 3년이 지나 양도되어조특법 시행령 제66조제4항 제1호에 따라 감면배제 대상이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점농지가 주거지역에 편입된 후 순차로 환지예정지 지정을 받은 경우, 환지예정지 지정일(2014.5.22.)이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 편입일(2010.11.24.)을 기준으로 3년이 지났다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면배제 규정을 적용하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2)조세특례제한법 시행령(2017.1.10. 대통령령 제27771호로 개정되기 전의 것)제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

④ 법 제69조 제1항본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서다음 각 호의어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.1.양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에있는 농지중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.2.「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인은 2004.2.25. 심OOO로부터 쟁점농지의 일부 지분(3931분의 1121.4)을 취득한 후 2004.3.20. 공유물 분할을 원인으로 2004.3.20. 공유자 지분을 전부 이전받아 소유하였다.(나) OOO 도시개발사업과 관련하여 쟁점농지가 속해 있는 OOO은 2010.11.24. 제2종 일반주거지역으로 지정고시OOO되었고, 2014.5.22. 환지계획인가OOO되었다.(다) 청구인은 2016.3.14. 매매를 원인으로 OOO에 양도하고 2016.4.29. 소유권이전등기를 경료하였는데, 청구인이 쟁점농지를 OOO에 양도한 날(2016.4.29.)은 주거지역 편입일(2010.11.24.)로부터는 3년이 경과되었고, 환지예정지 지정일(2014.5.22.)로부터는 3년이 경과되지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 OOO에 쟁점농지를 양도할 당시(2016.4.29.)에는 쟁점농지의 환지예정지 지정일(2014.5.22.)부터 3년이 경과되지 아니하였으므로조특법 시행령 제66조제4항 제2호에 따라 쟁점농지의 양도에 따른 양도차익은 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이고, 쟁점농지는 주거지역에 편입된 후 순차적으로 환지예정지 지정을 받았으므로조특법 제69조제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 된다고 주장하나,조특법 제69조제1항 단서 및조특법 시행령 제66조제4항의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 보이는 점, 농지가 녹지지역에 편입되었다가 환지예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로조특법 제69조제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는 것도 아닌 점 등에 비추어조특법 제69조제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 봄이 타당하다OOO.

따라서, 처분청이 쟁점농지가 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 경과한 토지로서 자경농지에 대한 양도소득세 감면배제대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.