신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 1996.2.26. 서울특별시 OOO외 4필지의 토지 112㎡, 건물 59.4㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던중 재건축으로인해 서울특별시OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2003.6.28.취득하여 보유하다가 2008.4.30. 양도하고 종전주택 취득일부터신축주택 양도일까지의 양도차익을계산하여「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

나.처분청은 2012년 국세청 특정감사 과제에 대한 신축주택감면 자료처리 점검에 의해 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면하고 구주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면배제하라는 검토지시에 따라종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인이 감면신고한 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세 OOO을 포함하여 2012.7.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득을 의미하는 것이 아니라 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전체를 의미하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 전체 양도소득금액 중 5년이 경과한 후에 발생한 양도소득을 차감한 금액이라고 해석함이 타당하며, 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산산식에 있어 분자와 분모에서 ‘취득시 기준시가’라는 동일한 용어를 사용하고 있는 바, 분자는 신주택의 취득시 기준시가, 분모는 구주택의 취득시 기준시가라고 해석하는 것은 근거가 없는 해석으로 당초 신고내용을 그대로 인정하던 것을 부과제척기간이 도래하여 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

구주택을 취득하여 보유하다가 멸실하여 신축주택으로 양도한 경우「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부나. 관련법률(1)조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만,해당 신축주택이「소득세법」제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택(2)조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의기준시가)/(양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1996.2.26. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 2003.6.28. 신축주택을 취득하여 보유하다가 2008.4.30. 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다. (나) 청구인은 1996.2.26. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2003.6.28. 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2008.6.27.이고, 신축주택을 2008.4.30. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다. (다) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는「조세특례제한법」제99조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다.

이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는「소득세법 시행령」제162조제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(2) 위 사실관계를 근거로 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지에 대하여 본다. (가) 청구인은 처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은 분모와 분자의 취득 시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득 당시 기준시가는 건물 취득 당시의 기준시가로, 분모의 취득 당시 기준시가는 토지 취득 당시 기준시가로 적용한 것은 법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 침해한 것이므로 부당하다고 주장한다. (나) 그러나,「조세특례제한법」제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」제99조의3제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻).

또한, 청구인은 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액 - 종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대한 가산세의 부과는 위법하다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.