결손금소급공제에 따라 환급한 세액이 직전 사업연도의 경정사유로 인해 감소되어 추징할 경우, 이자상당액 계산시 청구법인의 정당한 사유를 인정해 줄 수 있는지 여부

청구법인이 처분청에게 한 경정청구의 사유 및 법원에 제출한 소장의 청구요지 등을 보면 청구법인은 당초부터 쟁점거래가 재화의 공급거래가 아니라 금융거래라는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 해당 사업연도에 가공경비를 손금으로 계상한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.10.30. 통신판매업, 전자상거래업 등을 목적으로 주식회사 OOO라는 상호로 설립(2005.4.14. 주식회사 OOO으로 상호가 변경되고 방문판매업 등을 사업목적에 추가)되었으며, 2006년 9월경부터 재정이 악화되고 채권자의 파산신청으로 인하여 2014.10.16. 서울중앙지방법원으로부터 파산선고를 받았다.

나. 청구법인은 2006.3.31. 처분청에 2005사업연도 법인세 과세표준을 OOO원(납부지연에 따른 납부불성실가산세는 제외, 이하 같다)으로 하여 신고·납부하였고, 2006사업연도에 OOO원의 결손금이 발생하자 2007.3.31. 처분청에 「법인세법」 제72조 에 따라 결손금 소급공제에 따른 환급을 신청하여 2005사업연도에 신고·납부한 위 법인세를 환급받았다.

다. 청구법인은 공유마케팅(일정 금액 이상을 구매하여 다단계판매원 등 회원이 되면 추가로 상품을 구매하여 포인트를 얻을 때마다 구매대금의 1.5배당 일정 금액을 투자금액으로 배당받는 판매방식, 이하 “쟁점거래”라 한다) 방식의 방문판매업을 영위 하였는데, 청구법인의 회원들이 2014년과 2015년에 청구법인을 상대로 재화공급거래무효확인의 소송을 제기(서울중앙지방법원 2014가합513037호 및 2015가합24763호)하였고, 법원은 청구법인과 회원들이 2005년에 한 쟁점거래가 재화 또는 용역의 공급거래가 아니라 금융거래임을 확인한다는 내용으로 화해권고결정(2015.10.3. 및 2016.7.21. 선고, 이하 “법원결정”이라 한다)을 하였으며, 이에 청구법인은 「법인세법」 제45조의2 제2항 제1호에 따라 법원결정이 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보아 2016.9.1. 처분청에 2005사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 법원결정을 후발적 경정청구사유로 인정하여 청구법인에게 2005사업연도 법인세와 환급가산금을 환급(과세표준이 OOO원으로 경정)하는 한편, 2005사업연도 과세표준의 경정으로 인하여 결손금을 소급공제받은 2006사업연도 환급세액이 감소되자 해당 세액 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이자상당액의 부과처분(이하 “쟁점처분”이라 한다)에 불복하여 2016.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 환급세액에 대하여 이자상당액을 부과하는 것은 위법하다. (가) 청구법인의 2005사업연도 법인세 신고 및 납부와 2006사업연도 결손금 소급공제에 따른 환급신청은 청구법인이 의무를 위반하여 한 것이 아니다. (나) 처분청이 부과한 이자상당액은 의무위반에 따른 가산세의 성격을 가지는 것인데, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다. (다) 청구법인은 2005사업연도 법인세를 정상적으로 신고하였다가 법원결정으로 쟁점거래가 무효로 확정 되었고, 이러한 사정변경이 발생하여 당초 신고내용을 변경할 수밖에 없는 후발적 사유에 의한 경정청구를 한 것이고, 이에 따라 환급세액이 감소된 것이므로 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

(2) 가산세의 부과로 입게 되는 불이익이 공익에 비하여 현저하게 크고 의무위반의 내용에 비하여 지나치다. (가) 청구법인은 2006.3.31. 당초 납부하지 않아도 되는 2005사업연도 법인세를 신고·납부하였다가(실제로는 납부기한이 지난 후 가산세를 포함하여 OOO원을 납부), 2016.10.21. 후발적 경정청구로 환급받았다. (나) 처분청은 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제호에 따라 경정청구일의 다음날부터 환급일까지 기간에 해당하는 49일분에 대하여 환급가산금 OOO원(연 1.8%)을 지급 하였다. (다) 처분청은 청구법인이 2007.3.31. 결손금 소급공제로 환급받은 세액에 대하여 「법인세법」 제72조 제5항 및 같은 법 시행령 제110조 제5항에 따라 당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 법인세액의 고지일까지의 기간(3,488일)에 대하여 1일 1만분의 3의 이자율(연 10.95%)을 적용하여 산정한 이자상당액 OOO원을 부과하였다. (라) 청구법인은 2006.3.31. 납부하지 않아도 되는 2005사업연도 법인세를 납부하였다가 2007.3.31. 2006사업연도 법인세 신고시 결손금 소급 공제로 환급받았으므로 국가는 1년간 그 이자만큼의 이익을 얻었다 할 것이다. (마) 청구법인에게 적용된 이자상당액에 대한 세법 규정은 국가가 청구법인에게 지급하는 환급가산금에 비하여 월등하게 많은 이자를 가산세로 부과하는 납세자에게 현저히 불리한 조항으로, 가산세 부과로 입게 되는 불이익이 공익에 비하여 현저하게 크고 의무위반의 내용에 비하여 지나치게 가혹한 것으로 법익의 균형성에도 어긋남으로써 과잉금지의 원칙에 어긋난다 할 것이며, 납세자의 권리구제 확대라는 후발적 경정청구제도의 입법취지를 무력하게 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 2006사업연도 결손금 소급 공제신청으로 2005사업연도 법인세를 환급받을 당시 과다환급받은 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 처분청은 세법의 규정에 따라 이자상당액을 징수한 것이므로 쟁점처분은 잘못이 없다. (가) 결손금 소급 공제로 법인세액을 환급받은 후 직전 사업연도 법인세가 경정되어 환급세액이 감소된 경우 추징하는 이자상당액은 의무위반에 따른 가산세와 다른 것이다. (나) 청구법인이 법인세를 과다하게 환급받아 부당이득을 얻은 것으로 보고 「법인세법」 제72조 에 따라 이자상당액을 추징하는 것이므로 「국세기본법」 제47조 에 따라 의무위반의 제재로 부과하는 가산세와는 그 성격이 다르다. (다) 「국세기본법」 제48조 가산세의 감면규정을 결손금 소급 공제로 환급받은 세액이 감소되는 경우에 부과하는 이자상당액 감면에 적용할 수 없다. (라) 「법인세법」 제72조 제5항에 따라 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로서 환급세액이 감소되어 그 감소된 세액을 추징하는 경우 「법인세법 시행령」 제110조 제5항에 따라 환급통지일의 다음날부터 고지일까지 1일 1만분의 3의 율을 적용하여야 하며 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 연 1천분의 18의 율을 적용한다. (마) 2012년 이전에는 이자상당액 추징시 정당한 사유 여부를 고려하지 아니하였으나, 2012년 「법인세법 시행규칙」 제6조 가 개정되어 납세자에게 정당한 사유가 있는 경우(개정세법 취지에는 과세관청의 부당한 과세에 따라 결손금을 소급공제 받았으나 그 과세처분이 취소되어 환급세액을 추징당하는 경우 등을 예시)에는 정기예금이자율을 적용한다.

(바) 청구법인은 당초 쟁점거래가 재화 또는 용역의 공급이 아닌 금융거래임을 인지한 상황에서 고의로 가공매출과 가공매입을 계상하여 2005사업연도 법인세를 신고하고 2006사업연도 법인세 신고시 결손금 소급 공제로 법인세를 환급받은 것이므로, 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(2) 처분청은 세법에 따라 환급가산금을 계산하여 환급하고 이자상당액을 계산하여 법인세를 징수하였으므로 쟁점처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금 소급공제에 따라 환급한 세액이 감소되자 그 세액에 이자상당액을 가산하여 법인세를 징수한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제72조 【결손금 소급 공제에 따른 환급】

① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조 제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다.

③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다.

⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수 한다.

1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우

2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소 된 경우

3. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우

⑥ 결손금의 소급 공제에 따른 환급세액의 계산에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】

⑤ 법 제72조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제72조 제5항에 따른 환급세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 법 제72조 제5항에 따라 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다.

(3) 국세기본법 제6조 【천재 등으로 인한 기한의 연장】

① 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. 제47조【가산세부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제48조【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제52조【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산 하여야 한다.

(4) 국세기본법시행령 제43조의3 【국세환급가산금】

① 법 제52조에서 "대통령령으로 정하는 국세환급금가산금 기산일"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

5. 법 제45조의2에 따른 경정의 청구에 따라 납부한 세액 또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는 경우 : 경정청구일 (경정청구일이 국세 납부일보다 빠른 경우에는 국세 납부일)

② 법 제52조에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율 을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점거래가 실질적으로 상품의 거래 없이 투자자금을 유치하기 위해 재화의 매매형식을 취한 것에 불과하여 「부가가치세법」상 재화의 공급에 해당하지 아니한다고 하여 2009.3.16. 처분청에 2005년 제1기부터 2007년 제1기 예정분까지의 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정을 청구하였다. (나) 처분청은 2005년도분 부가가치세 경정청구는 경정청구 기간이 경과되었다고 보아 각하 하였고, 2006년 제1기부터 2007년 제1기 예정분은 기각 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 쟁점거래가 부가가치세 과세대상에 해당한다고 하여 청구주장을 기각하였다(조심 2009중3002, 2010.3.9.). (다) 청구법인은 이에 불복하여 2010년경 법원에 소송(2010구합23910)을 제기하였고, 법원은 쟁점거래를 재화의 공급거래가 아니라고 보아 청구주장을 인용하였다(서울행정법원 2012.2.23. 선고 2010구합23910 판결, 서울고등법원 2012.11.23. 선고 2012누9422 판결). (라) 처분청은 위 판결에 따라 청구법인에게 2006년～2007년분 부가가치세 등 OOO원을 환급하였다. (마) 청구법인과 거래한 회원들은 청구법인이 납부한 2005년도분 부가가치세를 환급받아 이를 회수하고자 2014년과 2015년에 청구법인을 상대로 재화공급거래무효확인의 소송을 제기(서울중앙지방법원 2014가합 513037호 및 2015가합24763호)하였고, 법원은 청구법인이 2005년도에 한 쟁점거래가 재화의 거래가 아닌 금융거래임을 확인한다는 내용으로 화해권고결정을 하였다.

(바) 청구법인은 법원결정을 근거로 2005년도분 부가가치세 및 2005사업연도 법인세에 대하여 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따라 후발적 사유에 의한 경정을 청구하였고, 처분청은 이에 따라 2005년도분 부가가치세 OOO과 2005사업연도 법인세 OOO원(환급가산금 포함)을 환급하였으며, 2005사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소되자 쟁점처분을 하였다. (사) 청구법인이 2010년 제기한 행정소송의 청구요지 주요내용은 아래와 같다. <청구법인이 제기한 행정소송의 청구요지> (아) 청구법인은 2009년과 2010년에 과세당국으로부터 거래질서관련 조사를 받았고, 2005∼2006사업연도 법인세 신고시 가공 및 위장 매입세금계산서를 수취하여 손금에 산입한 사실이 확인되어 아래와 같이 관련 경비(가공원가)가 손금불산입된 것으로 나타난다. <손금불산입 경정내역> (단위 : 백만원 ) (자) 2012년 「법인세법 시행령」 제110조 제5항의 법령개정 취지에서 정당한 사유는 ‘과세관청의 부당한 과세에 따라 결손금을 소급공제 받았으나 그 과세처분이 취소되어 환급세액을 추징당하는 경우 등’으로 예시되어 있다. (차) 환급가산금과 이자상당액의 근거규정 등을 비교하면 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법인세 환급세액을 추징하는 데 있어 납세의무자의 귀책사유가 없고 당초 환급세액을 신청하여 환급받은 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 2009.3.16. 처분청에게 한 경정청구의 사유 및 2010년경 법원에 제출한 소장의 청구요지 등을 보면 청구법인은 당초부터 쟁점거래가 재화의 공급거래가 아니라 금융거래라는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 2005사업연도에 가공경비를 손금으로 계상한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.