법인으로 보는 단체로 승인받기 이전의 쟁점부동산 양도에 대해 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인은 쟁점부동산 양도일 이후에 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 나타나 쟁점부동산의 양도 당시에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 재단법인 OOO 소속 교회로, 2002.4.10. OOO와 같은 곳 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하다 2015.8.25. OOO에게 매매를 원인으로 양도한 후 그 양도차익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보아 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로 쟁점부동산의 양도에 대해 양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당된다고 보아 2016.7.5. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 처분청으로부터 교부받은 고유번호증을 법인으로 보는 단체의 승인으로 믿고 쟁점부동산을 양도하였음에도 이를 「법인세법」을 적용치 아니한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.청구인은 1995년 최초 고유번호증을 교부받을 당시「국세기본법」제13조제2항의 요건을 모두 만족하여 관련 서류를 제출하고 고유번호OOO를 부여받았다. 법인으로 보는 단체의 고유번호 형식은 OOO이고, 법인이 아닌 단체의 고유번호 형식은 OOO이나 청구인이 그러한 사업자번호 체계를 알 수 없었고,청구인이 교부받은 고유번호증의 기재내용으로는 법인으로 보는 단체인지 여부를 확인할 수 없어 이를 믿고 거래를 한 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

(2) 청구인은 1995년 고유번호 신청시「국세기본법」제13조제2항의 요건을 입증할 정관 등의 자료를 제출하였고, 그 후 20여년이 지난 2015년 10월에 고유번호 형식이 법인으로 보는 단체가 아니라는 사실을 인지하여 2015.10.23. 법인으로 보는 단체로 고유번호를 부여받았다. 당초부터 2015년까지「국세기본법」제13조제2항의 요건을 갖추고 있어「국세기본법」제14조제2항의 실질과세의 원칙에 따라 「법인세법」을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 고유번호증은 청구인의 신청에 의하여 교부하는 것으로 1995년 청구인이 개인으로 보는 단체로 신청하여 이에 부합하는 고유번호증이 발급된 것이고, 법인으로 보는 단체로 등록되지 아니한 상태에서 청구인이 법인으로 알고 거래하였다 하더라도 「법인세법」을 적용할 수 없다.

(2)「국세기본법」제13조및 같은 법 시행령 제8조에 의하여 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보나, 청구인은 이에 해당되지 않고,「국세기본법」제13조제2항에 의하면 관할세무서장의 승인을 받은 경우 법인으로 보는 단체에 해당할 수 있으나, 청구인은 개인으로 보는 단체의 고유번호증을 1995.9.6. 부여받아 사용하다가 쟁점부동산 양도일 이후인 2015.10.23. 법인으로 보는 단체로 등록하였으므로 청구인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인으로 보는 단체로 승인받기 이전의 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부나. 관련 법률

(1) 국세기본법제13조[법인으로 보는 단체]

① 법인격이 없는 사단.재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단.재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단.재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단.재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단.재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유.관리할 것

3. 사단.재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.제14조[실질과세]

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 국세기본법 시행령제8조[법인으로 보는 단체의 신청.승인 등]

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. ～ 7.(생 략)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일 내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에「부가가치세법 시행령」 제8조제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서「법인세법」제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 법인세법제1조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

다.「국세기본법」제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)제3조[과세소득의 범위]

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(4) 법인세법 시행령제2조[수익사업의 범위]

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(5) 소득세법제2조[납세의무] ③「국세기본법」 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 OOO에 의하면 아래와 같이 기재되어 있고, 쟁점부동산의 매매계약서(2015.7.23.)에 의하면 쟁점부동산의 양도가액은 OOO원, 매도인은 청구인OOO으로 기재되어 있다.

○○○

(2)「법인세법」제3조제3항 제5호에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에서 생기는 소득으로 하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다고 규정하고 있고,「국세기본법」제13조제2항에서 법인으로 보는 사단.재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 고유번호증과 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) OOO세무서장이 2014.6.10. 교부한 고유번호증에는 고유번호OOO, 단체명OOO과 소재지 그리고 대표자 성명OOO과 생년월일이 기재되어 있는바, 이는 법인이 아닌 단체에 대한 것이다.(나) OOO세무서장이 2015.10.23. 교부한 고유번호증에는 고유번호OOO, 단체명OOO과 소재지 그리고 대표자 성명OOO과 생년월일이 기재되어 있는바, 이는「국세기본법」제13조제2항에 따라 관할 세무서장에게 신청하여 승인받은 법인으로 보는 단체에 대한 것이다.

(4) 그 밖에 청구인은 정관과 쟁점부동산 취득시 작성한 매매계약서를 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 고유번호증을 교부받아 법인으로 보는 단체로 승인받았다고 믿고 거래하였으므로 쟁점부동산의 양도가「국세기본법」제13조제2항의 법인으로 보는 단체의 양도에 해당한다고 주장하나, 쟁점부동산 양도일 이전에 청구인이 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우에는 위 규정을 적용할 수 있다 할 것이지만OOO, 청구인은 쟁점부동산 양도일(2015.8.25.) 이후인 2015.10.23.에 OOO세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인 받은 사실이 확인되어 위 규정을 적용하기 어려운 점, 기존에 교부한 고유번호증을 청구인이 법인으로 보는 단체에 해당한다는 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기 어려워 신의성실의 원칙을 적용하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.