지점인 청구법인들이 별도의 사업자등록을 하지 아니하고 본점을 통하여 관련 부가가치세를 신고·납부하였다 하여 미등록가산세를 과세하고, 관련 매입세액을 불공제하는 한편, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 과세한 처분의 당부 등

이 건 매입세액 중 주차장업 관련 매입세액은 전액 지점인 청구법인들의 매입세액으로 공제하는 것이 타당하고, 공통매입세액의 성격을 갖는 전기요금 관련 매입세액도 주차장업의 수입금액 비율에 따라 안분한 금액을 공제하여야 할 것이며, 이에 따라 각 과세기간의 가산세 관련규정을 적용하여 신고불성실가산세와 납부불성실가산세도 재계산하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 주식회사 OOO또는 “본점”이라 한다)은 1997.8.1. 개업하여 대전광역시 OOO에서 ‘ 부동산 임대업 및 주차장 운영업’을 겸영하고 있는 법인사업자로, 1999년과 2006년에 본점 소재지에서 약 170미터 거리에 있는 같은 OOO소재 주차장용 부지를 각각 매입한 후, 같은 동 1448에는 2003년 3월에, 같은 동 1475에는 2008년 11월에 각각 상가건물을 신축하여 주차장업과 부동산 임대업을 겸영하였으나, 사업장별로 별도의 사업자등록을 하지 아니하고 관련 부가가치세를 본점에서 일괄하여 신고·납부하였다.

나. 처분청은 OOO에 대하여 법인세조사를 실시하는 과정에서 OOO의 지점인 청구법인들이 부동산 임대업을 영위하였으므로 사업장별로 사업자등록을 하여야 함에도 관련 부가가치세를 본점에서 일괄 신고·납부한 것은 잘못이라고 판단한 후, 청구법인들을 별도의 사업자로 직권등록한 후 미등록가산세를 과세하고, 관련 매입세액을 전액 불공제하는 한편, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 과세하여 2010.12.16. 청구법인들에게 <별지>와 같이 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인들은 이에 불복하여 2011.1.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인들의 본점인 OOO은 본점 소재지로부터 약 170여미터 거리에 소재한 같은 OOO 토지를 1999.3.13., 2006.12.28. 취득한 후 2000년 3월·2008년 11월 상가건물을 신축하였고, 청구법인들은 주차장 운영업과 부동산 임대업을 겸영하고 있는 바, 당초 본점에서 건물신축 전에 임대사업자등록과 관련하여 별도의 사업자등록이 필요한지에 대하여 문의한 바 인근에 본점이 있으므로 굳이 사업자등록을 하지 않아도 된다는 답변을 처분청으로부터 들었고, 건물 신축과 관련한 부가가치세 환급세액이OOO이 넘어 관련 조사를 받는 과정에서도 지점의 사업자등록과 관련하여서는 아무런 언급이 없이 정상환급이 되었음에도, 처분청에서 이 건 세무조사를 실시하고 수입금액누락이나 비용의 과다계상이 없자 지점소재지에 사업자등록을 하지 않았다는 이유로 미등록가산세, 미등록지점 관련 매입세액 불공제, 매입세액 불공제분에 대한 납부불성실가산세 등을 부과하여 이 건 과세처분을 하였으나, 청구법인들은 해당 사업장에서 부동산임대업과 주차장업을 겸영하였고, 주차장업은 한국표준산업분류표, 단순경비율·기준경비율 업종코드 등에 의하면 운수업에 해당하고 동 업종의 사업장은 「부가가치세법 시행령」제4조 제1항 제3호 및 관련 예규 등에 의하면 법인의 등기부상 소재지이며, 더욱이 매입한 부지는 당초 분양 때부터 주차장용지로 분양되는 등 애초에 유료주차장으로 사용할 수밖에 없었으며 본점 소재지가 주차장에서 170여미터로 인접하여 업무를 총괄할 수 있었으므로 정당하게 사업자등록을 한 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 과세처분은 전액 취소하여야 한다.

(2) 「부가가치세법 시행규칙」제18조 제1항은「전기사업법」에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행하고 명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위 안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행한 때는 당해 전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 보도록 하고 있으며,「부가가치세법 기본통칙」16-58-6에서 명의자에 대하여 일반과세자뿐 아니라 간이과세자, 면세사업자, 고유번호를 받은 자도 세금계산서를 발급받고 교부할 수 있도록 하여 임대사업자가 아닌 경우에도 명의자의 관리·책임하게 세금계산서를 수수하고 교부할 수 있는 바, OOO은 170여미터 떨어진 본점에서 건물임대의 관리와 책임을 하고 있으며, 한전에 해당건물 전기를 신청할 때 임차인을 대신하여 신청하여 본점 명의로 세금계산서를 받은 후 이에 대해서 관리비로서 각 임차인에게 세금계산서를 발급하였으 므로 본점명의로 교부받은 세금계산서는 매입세액공제가 가능하므로 고지세액 중 전기요금 관련 불공제 매입세액 은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법」제4조 에서 부가가치세는 사업장별로 납부하도록 하였는바, OOO의 지점인 청구법인들이 부동산임대업을 영위하고 있는 이상 그 부동산의 등기부상의 소재지에서 별도로 사업자등록을 하여 부가가치세를 신고·납부하여야 하고, 동일 사업장내 주차장 매출 또한 당해 사업장에서 신고·납부하여야 할 것이며, 주차장의 매입·매출은 그 성격이 본점에 부수되는 정도의 범주를 벗어나고, 주차타워로서 독립적인 사업의 형태를 갖춘 별도의 사업장이어서 부가가치세 등을 본점에서 일괄하여 신고·납부할 수 없는 것이다.

(2) 청구법인 지점들이 제시한 「부가가치세법 시행규칙」제18조 (공동매입 등에 대한 세금계산서 발급) 제1항 및「부가가치세법 기본통칙」16-58-8(전력을 공급받는 명의자의 세금계산서 교부)은 전력을 공급받는 명의자가 사업장을 등록한 부동산임대업자인 경우 전기사업자로부터 교부받은 세금계산서상의 매입세액을 공제받을 수 있고, 전력을 실제로 소비하는 임차인에게 세금계산서를 교부할 수 있다는 의미인 바, 미등록한 지점까지 부가가치세 매출세액에서 매입세액을 공제된다고 할 수는 없을 것이므로 당초 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOO의 지점인 청구법인들이 별도의 사업자등록을 하지 아니하고 본점을 통하여 관련 부가가치세를 신고·납부하였다 하여 미등록가산세를 과세하고, 관련 매입세액을 불공제하는 한편, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 과세한 처분의 당부

② 불공제한 매입세액 중 전기요금 관련 매입세액을 지점의 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부 나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2010.1.1 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제4조 【신고ㆍ납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다 .

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 등록한 사업자(이하 “사업자단위과세사업자”라 한다)는 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고ㆍ납부와 관련하여 이 법을 적용할 때 각 사업장으로 본다. 제5조【등 록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 등록할 수 있다. (2008.12.26. 개정)

③ 제1항에 따라 등록한 사업자가 사업자단위로 등록하려면 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 등록하여야 한다. (2008.12.26. 개정) 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2010.2.18 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제4조【사업장의 범위】

① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

3. 건설업ㆍ운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다) 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소. 다만, 법인의 명의로 등록된 차량을 개인이 운용하는 경우에는 그 법인의 등기부상 소재지로 하고, 개인의 명의로 등록된 차량을 다른 개인이 운용하는 경우에는 그 등록된 개인이 업무를 총괄하는 장소로 한다.

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지. 다만，부동산상의 권리만을 대여하거나 다음 각목의 1에 해당하는 사업자가 부동산을 임대하는 경우에는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소로 한다. (이하 생략)

③ 제1항 및 제2항에 규정하는 사업장 이외의 장소도 사업자의 신청에 의하여 추가로 사업장으로 등록할 수 있다. 다만, 제1항 제9호의 규정에 의한 사업의 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 부가가치세법 시행규칙(2010.3.31 기획재정부령 제140호로 개정되기 전의 것) 제18조【공동매입등에 대한 세금계산서 교부】①「전기사업법」에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하고 당해 명의자는 그 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한 때(제17조 제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 교부가 면제된 경우에 이를 교부한 때를 포함한다)에는 당해 전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 의한 그 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO의 법인등기부등본, 처분청의 OOO에 대한 조사복명서 등의 심리자료에 의하면, (가) OOO은

① 1999.3.13. 본점소재지로부터 약 130m 정도 떨어진 대전광역시 OOO잡종지 1788.4㎡를 취득하고 2000.3.16. 동 지상에 자동차관련시설 및 근린생활시설용 5층 건물 (연면적 7,872.1㎡) 신축[이후 청구법인 OOO주차장지점으로 등록됨]하였으며,

② 2006.12.28. 본점소재지로부터 약 250m 정도 떨어진 대전광역시 OOO잡종지 1,786.8㎡를 취득하고 2008.11.3. 동 지상에 자동차관련시설 및 근린 생활시설용 8층 건물 (연면적 12,870.34㎡) 신축 [이후 청구법인 OOO주차장지점으로 등록됨] 한 후 부동산임대업 및 주차장업을 겸영하고 있다. (나) 청구법인들은 위 부동산소재지에서 영위한 사업에 대하여 별도로 사업자등록을 하지 아니하였으며 본점에서 부가가치세 등을 신고하였던 바, 2005～2009사업연도 부가가치세 과세표준(매출)은 OOO으로서 전액 지점의 매출이었으며, 영위한 주차장은 (주)OOO 등이 관리·운영을 담당하였다.

(2) OOO에 대한 법인세 조사보고서, 청구법인들의 심판청구서에 의하면, 처분청은 OOO에 대하여 2005사업연도～2009사업연도 법인세 조사를 실시한 결과, 본점인 OOO이 수입금액을 누락하거나 비용을 과다하게 계상하는 등의 혐의를 발견할 수 없었으나, 지점인 청구법인들에 대하여 부동산등기부상 소재지에서 별도로 사업자등록을 하지 아니하고 본점에서 임대수입금액을 신고한 경우 본점과 별개의 사업장은 예정 및 확정신고로서의 효력이 없고, 주차장업은 그 성격이 본점에 부수되는 정도의 범위를 벗어나고, 주차타워로서 독립적인 사업의 형태를 갖춘 별도의 사업장으로 보이는 바, 부가가치세 등을 본점에서 일괄하여 신고·납부할 수 없는 것으로 판단하여,OOO 소재 사업장을 청구법인 OOO주차장지점으로,OOO 사업장을 청구법인 OOO주차장지점으로 등록한 후 미등록가산세, 신고불성실가산세, 고정자산매입금액과 지점의 직접적인 부동산 임대 및 주차장 운영 용역의 공급과 관련 없는 본점 해당 매입세액을 제외한 일반 매입세액에 대하여 등록전 매입세액으로 불공제하고 및 불공제 매입세액에 대한 납부불성실가산세를 적용하여 아래 <표1>과 같이 과세하였다. OOOOOOOOOO OOOO OO OOOO (OO : O)

(3) 이에 대하여 청구법인들은 청구법인들이 「부가가치세법 시행령」제4조 제1항 제3호가 규정한 운수업을 영위하였다는 청구주장과 관련하여 다음의 증빙을 제출하였다. (가) 청구법인 OOO주차장지점과 OOO주차장지점에서 발생한 주차장업 및 부동산임대업 수입금액, 위 지점에 주차장관리용역을 제공한 (주)OOO 등으로부터 발생한 매입세액 및 지점 영위 업종 전체의 전기요금 매입세액 내역은 아래 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OOOO OOO OOOO O OO OOOO (OO : O) (나) 이외 제출한 한국표준산업분류(9차개정 산업분류코드 : 52915, 8차개정 산업분류코드 : 63915), 「소득세법 시행령」 별표〔3의2〕소비자대상업종, 2009년 귀속 기준경비율 및 단순경비율 조회자료 등에는 주차장업이 운수업으로 분류되어 있으며, 제출된 국세청의 예규(부가 46015-64 2001.1.8., 서면3팀-817, 2004.4.28.)를 보면 주차장업을 영위하는 사업자가 법인이 경우 그 법인의 등기부상의 소재지가 사업장이 되는 것으로 해석하고 있다. (다) 한편, 청구법인들의 본점이 지점에 대한 사업자등록이 없었으나 지점과 관련하여 발생한 부가가치세를 환급한 사실을 적시하고 있고, 처분청이 제출한 조사종결분 개별상세조회자료(TIS) 등의 심리자료에 의하면 처분청에서는 청구법인들의 본점이OOO주차장지점의 주차 및 근린생활시설용 건물을 신축하면서 2007년 제1기 확정분부터 2008년 제2기 예정분까지 부가가치세OOO의 환급을 신청하자, 현지확인조사를 실시 후 환급한 사실이 나타난다.

(4) 다음으로, 매입세액공제와 관련하여 청구법인들은 아래의 자료를 제출하였다. (가) 지점에서 발생한 전기매입( 2005년 제1기～2009년 제2기까지 공급가액 합계 OOO) 내역을 제출하였는 바, 관련한 매입세액의 내역은 <표2>에 기재된 바와 같다. (나) 위 매입세액의 공제를 주장하면서 전기 등 공동매입에 대한 세금계산서특례와 관련한 국세청 예규( 서면3팀-1401 2005.8.29.)를 제출하였는데, 이는 실제 공급받는 자를 대신하여 관리사무소가 본인의 명의로 세금계산서를 수취하고 실제 사용자인 임차인들에게 사용한 만큼의 세금계산서를 발행할 경우 매입세액공제가 가능하다는 내용이다.

(5) 이상의 내용을 종합하여 쟁점①,②를 모두어 살피건대, 이 건 과세처분은 지점인 청구법인들이 부동산임대업과 주차장운영업을 영위하면서 별도의 사업자등록을 하지 아니하고, 본점에서 매출액과 매입세액을 합산하여 신고한 것에 대하여 미등록가산세 등을 부과하고 지점분 일반 매입세액을 불공제하고 관련한 납부불성실가산세를 과세한 것인 바, (가) 「부가가치세법」제4조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 납부하도록 규정하였고, 같은 법 시행령 제4조 제1항 제3호에서 운수업은 그 법인의 등기부상의 소재지를, 같은 항 제4호에서 부동산임대업은 그 부동산의 등기부상 소재지를 각각 사업장으로 보도록 규정하였으며, 한국표준산업분류표에 의하면, 주차장업은 운수업으로 분류되어 있다. (나) 청구법인들이 제시한 지점의 수입내역을 보면 [세부내역은 위 <표2>에 기재된 바와 같다] 운수업으로 분류되는 주차장업 관련 수입금액이 각 과세기간별로 전체 수입금액의 42～59%를 차지하고 있고, 주차장업 등 운수업은 법인의 등기부상 소재지를 사업장으로 할 수 있으므로, 청구법인들이 신고한 수입금액과 매입세액 중 운수업 관련 수입금액과 매입세액은 청구법인들이 실질적으로 부가가가치세를 신고·납부한 장소인 본점의 등기부상 소재지에서도 신고·납부가 가능하였던 것으로 판단된다. (다) 따라서, 이 건 매입세액 중 주차장업 관련 매입세액은 전액 지점인 청구법인들의 매입세액으로 공제하는 것이 타당하고, 공통매입세액의 성격을 갖는 전기요금 관련 매입세액도 주차장업의 수입금액 비율에 따라 안분한 금액을 공제하여야 할 것이며, 이에 따라 각 과세기간의 가산세 관련규정을 적용하여 신고불성실가산세와 납부불성실가산세도 재계산하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(라) 한편, 청구법인들은 「부가가치세법 시행규칙」제18조 에 의하여 전력의 공급과 관련한 매입세액을 전액 공제하여야 한다는 취지의 주장도 하였으나, 위 규정은 실제로 전력을 공급받는 자의 정상적인 사업장등록을 전제로 한 규정으로 해석되므로 사업자등록을 하지 아니한 청구법인들에게는 위 규정을 직접 적용할 수 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOOOOOOOOO OOOOOO OO OOOO OO (OO : O)