쟁점아파트의 양도가 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 있는지 여부

양도일 현재 임대사업자등록을 하고 동 주택을 임대주택으로 등록하여 임대하고 있어야 하는 점, 양도일 현재 임대주택①ㆍ②에 대한 사업자등록을 하지 않은 점 등에 비추어 쟁점아파트의 양도를 1세대 1주택 특례대상에 해당하지 않는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.7.25. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 OOO원에 양도한 후 2016.9.26. 양도소득세를 신고.납부하였다가, 2017.4.3. 쟁점아파트는 1세대 1주택으로 양도소득세 비과세 대상에 해당하므로 기납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 쟁점아파트 양도 당시 청구인이 1세대 1주택에 해당하지 아니한다고 보아 2017.5.24. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인과 배우자 OOO은 쟁점아파트 양도일 현재 OOO와 같이 배우자 소유의 주택 및 오피스텔 3채를 소유하고 있다.OOO은 현재 OOO으로 사용하고 있으므로 양도일 현재 주택에 해당하지 아니하고, 임대주택①.

②는 OOO에 임대사업자등록을 하고 임대사업을 하고 있으므로「소득세법 시행령」제155조제20항에 의한 장기임대주택에 해당하는바 보유주택에 해당하지 않는다. 장기임대주택이란「소득세법 시행령」제167조의3제1항 제2호에 따른 주택으로, 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 규정하고 있고, 법 제168조의 사업자등록은 분리과세 임대소득만 있는 사업자의 경우에는 사업자등록을 하지 않아도 되도록 규정되어 있다.

따라서, 양도일 현재 청구인이 소유한 쟁점아파트 1채, 청구인 배우자 소유의 3주택 중 1채는 OOO으로 사업자등록하여 사용하고 있고, 2채는 주택임대사업자로 OOO에 등록되었으며 분리과세 주택임대소득자는「소득세법」제168조에 의하여 세무서에 사업자등록을 하지 않도록 규정하고 있으므로 배우자 소유의 주택은 소유주택에서 제외(세무서에 임대사업자로 사업자등록이 되어 있지 아니하므로 장기임대주택에 해당하지 않는다는 처분청 주장은 타당하지 않음)되므로 양도일 현재 청구인은 1세대 1주택에 해당된다.

나. 처분청 의견

장기임대주택 특례 적용을 위해서는

① 양도일 현재「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 하고, ②「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있어야 하는 것으로, OOO은 OOO에 임대사업자등록을 하였으나 세무서에 사업자등록을 하지 아니하였으므로 장기임대주택 특례대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점아파트 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.부칙 ＜제12852호, 2014.12.23＞제1조【시행일】이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제12조 제2호 나목, 제45조 제2항ㆍ제3항 및 제52조 제4항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제163조 제1항 제1호의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제48조 제1항ㆍ제2항, 제55조 제2항, 제94조 제1항 제5호, 제99조 제1항 제7호, 제102조 제1항 제3호, 제103조 제1항 제3호, 제104조 제1항 제12호, 제105조 제1항, 제118조의2, 제118조의5 제1항, 제118조의7 제1항, 제118조의8, 제163조 제1항 제2호 및 제174조의2의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행하고, 제14조 제3항 제7호, 제64조의2, 제70조 제2항 및 제168조 제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다.

(2)소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

(20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

(3)민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.(가) 청구인의 배우자 OOO은 2009.7.30. OOO어린이집을 운영하다가 임대차기간이 만료된 2015.7.23. 같은 곳OOO호로 어린이집을 이전하여 쟁점아파트 양도일 현재까지 OOO어린이집으로 사용하고 있다고 주장하며 다음의 증빙을 제출하였다.

1) OOO에게 통지(2009.7.30.)한 ‘보육시설 변경인가통지서 처리통보(OOO)’에 따르면, OOO호 소재 OOO어린이집의 대표자.시설장을 OOO으로 변경하여 인가를 받은 사실이 확인된다.

2) OOO에게 통지(2015.8.3.)한 ‘어린이집 변경인가 신청서 처리 통보’ 및 어린이집인가증 등에 따르면, OOO어린이집의 소재지를 OOO호로 변경하여 변경인가를 받은 사실이 확인된다.

3) OOO가 2015.7.26. OOO어린이집 내부공사와 관련하여 작성한 견적서에 따르면, 화장실천정 철거 및 교체, 화장실 욕조 철거, 바닥, 벽, 타일 등, 창고 바닥 타일, 비상문 옮겨달기, 방문 투시창, 도배 등의 공사에 총 OOO원(공급대가)이 소요되는 것으로 나타나고, OOO은 2015.8.31. OOO에서 OOO 계좌로 OOO어린이집 내부수리비 명목으로 OOO원을 송금한 사실이 확인된다.(나) OOO이 2015.8.20. OOO에게 발행한 ‘임대사업자 등록증’의 주요 내용은 OOO과 같다.(다) 어린이집으로 사용된OOO에 대하여는 쟁점아파트 양도일 현재 사실상 용도가 주거에 공하는 주택에 해당하지 아니하다는 사실에 대하여 청구인과 처분청 양측의 다툼은 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 임대주택①.

②는 OOO에 임대사업자등록을 한 후 임대사업을 하고 있으므로「소득세법 시행령」제155조제20항에 의한 장기임대주택에 해당한다고 주장하나,「소득세법 시행령」제155조제20항에 의하면 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 1세대가 1세대 1주택 비과세요건을 충족하려면 장기임대주택과 관련하여 양도일 현재「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 하고, 동 주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있어야 하는 점, 청구인은 2012.5.31., 2015.7.23. 임대주택①.

②를 각 취득한 후 2016.7.25. 쟁점아파트를 양도하였고, 양도일 현재 임대주택①.

②에 대한 사업자등록을 하지 아니한 점,「소득세법」제168조제1항 단서의 “분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니한다”는 규정은 2017.1.1.부터 시행되므로 이 건 임대주택①.

②에는 적용되지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점아파트의 양도를 1세대 1주택 특례대상에 해당되지 않는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.