불분명한 전자신고 프로그램(홈택스)으로 인해 장기보유특별공제율을 잘못 적용한 것이므로 가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

청구인은 쟁점토지를 양도한 것임에도 양도소득세 자동계산하기 프로그램에서 청구인의 양도소득세 산출세액 산정에 아무런 관련이 없는 1세대 1주택 여부의 질문을 선택하도록 하여, 청구인이 과소신고할 의도가 없었음에도 프로그램상의 혼동으로 결과적으로 과소신고하게 된 것으로 보이므로, 청구인이게 신고불성실가산세를 과세한 처분은 부당한 것으로 보임

1. 처분개요

가. 청구인은 청구인 소유의 OOO리 293-2 외 2필지(청구인 지분 1/2, 심광섭 지분 1/2, 이하 청구인 지분을 “쟁점토지”라 한다)가 2010.7.16. 한국토지주택공사에 수용되자, 2010.8.11. 국세청의 홈택스 전자신고 프로그램를 이용하여, 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 장기보유특별공제 80%를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도하였음에도 1세대 1주택자에 적용되는 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여 신고하였다 하여, 10년 이상 보유한 토지의 장기보유특별공제율 30%, 신고 및 납부불성실가산세를 각각 적용하여 2011.8.21. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원(신고불성실가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.1. 이의신청을 거쳐, 2011.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 홈택스 신고화면에서 양도물건의 소재지와 크기, 형태를 임야로 입력하고, 환산취득가액, 양도자산가액을 입력하였으며, 다음 단계에서는 양도소득세 산출을 위하여 홈택스가 제공하는 과세표준액 자동산출공식에 양도자산가액을 입력하게 되어있으며, 이 때에 ‘1세대1주택 여부’에 대하여 ‘예’ 또는 ‘아니오’ 등의 선택을 하게 되어있어, 청구인은 1세대1주택에 해당되어 ‘예’를 선택하였는 바, 기본입력 화면에서 명확히 ‘임야’로 기재한 항목에 대하여 홈택스가 제공한 자동계산식에서는 동일한 내용을 오인이 가능한 설문으로 불합리하게 재입력하도록 설정함으로써, 이용자를 오해하도록 하여 계산식에서는 오류검증 없이 그대로 반영될 수 있도록 하는 방식의 전산시스템 설계의 근본적 문제이므로 시스템의 문제로 인한 폐해를 납세자에게 전가하는 것은 부당하다.

(2) 2010.8.11. 양도소득세 신고후 처분청 재산세과 담당자로부터 양도소득세액 산출이 잘못되어 추가로 고지가 될 것이라는 연락을 받았으나, 2011.6.30.에서야 과세예고통지서를 받았는 바, 무려 1년간을 그 어떤 고지나 가산세 예고 등의 통지를 한 바도 없이 양도세액의 20%에 가까운 가산세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 양도소득세는 전자신고와 수동신고를 병행하여 신고할 수 있고, 전자신고를 하더라도 증빙서류는 수동으로 준비하여 주소지 관할세무서장에게 발송하게 되어있으며, 전자신고를 하면서 자세하게 모르는 사항에 대하여는 국세청콜센터나 세무서에 전화로 문의하여 장기보유특별공제율 등을 확인 및 신고내용이 적법한지를 검토한 후 신고·납부하여야 할 것이나, 청구인은 주의의무를 다하지 아니하였다.

(2)「국세기본법」 제47조의3【과소신고가산세】,「국세기본법」 제47조의5【납부불성실가산세】의 규정을 보면, 신고하여야 할 세액보다 과소신고한 부분에 대하여는 10%의 신고불성실가산세를 부과하고, 신고일의 다음날부터 양도소득세 고지일까지의 기간에 대하여 납부불성실가산세를 부과하여야 한다고 규정되어 있으며, 청구인이 조기결정신청서를 제출하였으므로 고지일까지의 기간에 대한 가산세가 아니라 조기결정신청서 제출일까지 가산세를 계산하여 과세예고통지서를 발송 후 고지서를 발송하였는 바, 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

전자신고 프로그램에 따라 신고한 이후 발견된 과소신고 금액에대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)국세기본법 제47조의3【과소신고가산세】

① 납세자(「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.제47조의5【납부·환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만,「인지세법」 제8조제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율제48조【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2)소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 1954.10.8. 상속으로 취득한 쟁점토지를 한국토지주택공사에 2010.7.16. 협의수용으로 양도한 후, 2010.8.11. 국세청의 홈택스를 이용하여 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 것에 대하여, 처분청은 30%의 장기보유특별공제율과 신고 및 납부불성실가산세를 적용하여 경정하였는 바, 신고내역 및 경정내역은 〈표1〉과 같고, 처분청이 제시한 이의신청 결정문 등 심리자료에는 아래와 같이 나타난다.OOOOOOOO O OOOO(OO : O)(가) 처분청은 납부할세액 OOO원에 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면OOO에 따른 농어촌특별세 OOO원 가산하여 2011.8.21. OOO원을 경정·고지하였다.(나) 국세청 홈택스 신고화면을 보면 아래의 〈표2〉와 같이, 간편신고서 작성하기와 일반신고서 작성하기를 클릭하면 신고화면으로 넘어가게 되어 있다.

〔예정신고〕직접 작성하는 방법

～ 생략 ～

간편신고서 작성하기

- 한 개의 부동산을 양도하고 실지거래 가액으로 신고하는 경우에 이용하시기 바랍니다. (1세대1주택으로 비과세 신고시 이용 가능) (단, 감면소득이 있는 경우에는 일반신고서 작성하기로 작성)

일반신고서 작성하기

- 모든 경우 이용할 수 있습니다. (2개 이상 부동산, 주식, 취득가액을 환산하는 경우, 감면소득 등이 있는 경우 이용)

- 국외자산(부동산, 주식) 신고시 이용

〈표2〉신고서 작성하기(다) 전자신고서 양도소득세 계산 양도소득금액계산 화면에서 16번 장기보유특별공제금액 입력하는 란의 오른쪽에 있는 도움말을 클릭하면 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

보유기간이 3년 이상인 토지, 건물에 대하여 적용합니다.

아래 자산에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다.

- 부동산이 아닌 자산, 보유기간 3년 미만의 부동산, 미등기 양도자산, 1세대 2주택(3주택) 이상자가 양도하는 주택, 비사업용토지, 국외부동산

공제율(%)

구? 분

3년이상

4년미만

4년이상

5년미만

5년이상

6년미만

6년이상

7년미만

7년이상

8년미만

8년이상

9년미만

9년이상

10년미만

10년

이상

1주택외

10

12

15

18

21

24

27

30

1주택 (주) (주)

24

32

40

48

56

64

72

80

(주) 비과세 여부와 상관없이 양도당시 1주택이면 적용(비거주자는 적용되지 않음)

- 일시적 2주택 등

- 비과세요건 갖춘 고가주택으로 9억초과 과세되는 주택

- 거주요건 미충족으로 비과세 되지 않는 1주택자

(2) 양도소득세 자동계산하기 프로그램 첫 화면은 양도한 자산의 종류(부동산, 일반분양권/재개발재건축입주권, 주식 또는 출자지분, 시설물이용권)를 선택하도록 되어 있고, 양도한 자산의 종류로 부동산을 선택하면, 양도 및 취득 일자, 소재지, 양도 및 취득가액, 미등기 양도 여부, 상속 자산 여부,비사업용토지로 한시적 중과 완화 대상 여부, 1세대 1주택 여부 등을 선택하도록 되어 있다.

(3) 살피건대, 처분청은 청구인이 국세청콜센터나 세무서에 신고내용의 적법성 여부를 문의하지 아니하여, 주의의무를 다한 것으로 볼 수 없으므로 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분에 잘못이 없다는 의견이나, 쟁점토지를 양도한 청구인의 경우 국세청이 운영하는 양도소득세 자동계산하기 프로그램에서 부동산의 양도를 선택하면, 프로그램이 1세대 1주택 여부에 대한 질의에 예 또는 아니오로 선택하도록 되어 있어, 국내에 1세대 1주택자인 청구인이 예라고 체크함으로 인하여, 1세대 1주택자에 적용되는 장기보유특별공제율(80%)이 적용된 것인 바, 청구인은 쟁점토지를 양도한 것임에도 양도소득세 자동계산하기 프로그램에서 청구인의 양도소득세 산출세액 산정에 아무런 관련이 없는 1세대 1주택 여부의 질문을 선택하도록 하여, 청구인이 과소신고 할 의도가 없었음에도 프로그램상의 혼동으로 과소신고를 한 것으로 보이고, 이에 대하여 청구인에게는 달리 귀책사유가 없는 것으로 보이므로, 신고불성실가산세를 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.다만, 납부불성실가산세는 종합소득세 납부의무 해태에 대한 제재적 성격 외에도 지연납부에 따른 이자의 성격도 포함되어 있다고 할 수 있으므로 납부불성실가산세를 취소하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것(조심 2010서131, 2010.4.6., 같은 뜻임)으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.