가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부 등

법령의 부지 또는 오해는 가산세 감면 대상에 해당하지 않고, 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호 및 제5항 제1호에서 규정하고 있는 것과 같이 청구법인은 하도급 공사대금 관련 세금계산서를 용역 공급시기가 속하는 과세시간에 대한 확정신고기한까지 수취하거나 발급한 사실이 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.1.22. A(이하 “발주자”라고 한다)으로부터 외벽마감교체 및 환경개선공사(공급가액 OOO원, 이하 “도급공사”라 한다)를 도급받고 공사 일부(금속공사, 이하 “하도급공사”라 한다)를 주식회사 B(이하 “하수급인”이라 한다)에게 하도급하였다.

나. 청구법인은 2024년 제2기 과세기간에 발주자에게 공급가액 OOO원(도급공사분)의 세금계산서를 발급하고 하수급인으로부터 공급가액 OOO원(하도급공사분)의 세금계산서를 수취한 것으로 하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 한편, 하수급인은 2024년 제2기 과세기간에 발주자로부터 하도급공사대금(공급가액 OOO원)을 직접 지급받고 해당 세금계산서를 발주자에게 발급하였다가 2025.3.20. 기재사항 착오정정을 사유로 공급가액 OOO원의 수정세금계산서를 발주자에게 발급하였다.

라. 이에 청구법인은 전체 도급공사금액(하도급공사금액 포함)에 대한 수정세금계산서를 발주자에게 발급하고, 2025.3.22. 2024년 제2기 부가가치세를 수정신고하였으며, 처분청은 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호 및 제5항 제1호의 가산세를 적용(대상금액 OOO원)하여, 2025.12.1. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 가산세 OOO원(세금계산서 미발급 OOO원 및 지연수취 OOO원)을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.5. 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「부가가치세법」상 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급과 관련하여 수수되어야 한다. 그러나 발주자·청구법인·하수급인 3자 간의 ‘하도급대금 직접지급 합의’로 인해 하도급대금은 발주자로부터 하수급자에게 직접 지급되었으며, 이러한 거래구조 하에서, 발주자가 공급가액을 특정하여 세금계산서를 발행하면(역발행) 하수급인과 청구법인이 승인하는 형식으로 세금계산서가 수수되었다. 이는 건설업계의 관행 및 관련 법령에 따른 대금 지급 방식의 특수성에서 비롯된 것이므로 청구법인에게는 세금계산서 수수 의무의 해태를 탓하기 어려운 객관적인 사정이 존재한다고 보아야 한다. 조세심판원 역시 하도급대금 직접지급 약정에 따라 하수급인이 발주처에 세금계산서를 발급한 사안에서, 이는 법률관계를 오인한 데 기인한 것이므로 실제 용역 공급 사실이 명백하고 조세 포탈의 목적이 없었다면 정당한 사유를 인정하여 가산세를 취소한 다수의 선례가 있다.

(2) 청구법인과 하수급인은 거래사실 자체를 은폐하거나 축소하려는 의도가 전혀 없었다. 실제로 하수급인이 공급한 용역 대가 전액에 대해 세금계산서를 발급하였고, 청구법인 역시 부가가치세 신고 과정에서 이를 누락하지 않았다. 단지 공급받는 자 명의를 착오하였을 뿐, 국가의 조세수입 감소를 초래하려는 어떠한 부정한 의도도 없었다.

(3) 청구법인과 하수급인은 발주자의 통지를 통해 세금계산서 발급 오류를 인지한 즉시, 기존에 발급한 세금계산서를 모두 취소하고 법 규정에 맞게 수정세금계산서를 재발급 및 수취하는 등 신속하고 자발적인 시정 조치를 완료하였다.

(4) 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 따라야 한다. 청구법인은 복잡한 3자 간 직접지급 거래구조 하에서 발주자가 역발행으로 세금계산서를 발행하면서 공급받는 자를 오인하는 실수를 범하였으나, 조세회피 의도가 전혀 없었고 거래 사실을 투명하게 공개하였으며, 오류 인지 즉시 자발적으로 시정하였다. 그럼에도 가산세를 부과하는 것은 청구법인의 선의와 자발적 시정 노력을 무시하는 처사이며, 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 세금계산서는 「부가가치세법」제32조 제1항의 규정에 따라 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 교부하는 것이므로, 발주자가 하수급인에게 대금을 직접 지급하였다 할지라도 하수급인은 공사용역 제공에 따른 세금계산서를 발주자에게 교부할 수 없다.

(2) 한편, 심판청구서 내용을 보면 청구법인이 발주자측 담당자와 정산합의에 따라 세금계산서를 수수하였음을 알 수 있는 등 충분한 주의의무를 기울였다고 볼 수 없고, 세무대리인의 조력을 받아서 부가가치세 등 제세를 신고하는 등 이 건 처분과 관련하여 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(3) 처분청은 이 건 처분과 관련하여 청구법인에게 공적견해를 표명한 사실이 없는 등 신의성실 원칙을 위배한 사실도 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

② 신의성실 원칙 위배 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.제34조(세금계산서 발급시기)

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 기간 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우제60조(가산세)

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다

1. 제46조 제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표등을 제48조 제1항·제4항 또는 제49조 제1항에 따라 예정신고 또는 확정신고를 할 때 제출하여 매입세액을 공제받지 아니하고 대통령령으로 정하는 사유로 매입세액을 공제받은 경우 그 공급가액의 0.5퍼센트

(2) 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차)

① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다) : 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급제108조(가산세)

④ 법 제60조 제5항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 제74조 제5호에 따라 법 제57조에 따른 경정을 하는 경우로서 사업자가 법 제46조 제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표등을 제102조에 따른 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우를 말한다.

(3) 건설산업기본법 제35조(하도급대금의 직접 지급)

② 발주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 하수급인이 시공한 부분에 해당하는 하도급대금을 하수급인에게 직접 지급하여야 한다.

1. 발주자가 하도급대금을 직접 하수급인에게 지급하기로 발주자와 수급인 간 또는 발주자·수급인 및 하수급인이 그 뜻과 지급의 방법·절차를 명백하게 하여 합의한 경우

(4) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 발주자(도급인)와 청구법인(원수급인) 및 하수급인은 2024.5.21. 발주자가 하도급공사대금을 하수급인에게 직접 지급하기로 합의하였으며, 이에 따라 발주자는 2024년 제2기 과세기간에 하도급공사대금(공급가액 OOO원)을 하수급인에게 직접 지급하였다.

(2) 하수급인은 하도급공사금액(공급가액 OOO원)에 대한 세금계산서를 발주자에게 발급하였다가, 기재사항의 착오정정을 사유로 공급가액 OOO원의 수정세금계산서를 발주자에게 발급하였다.

(3) 청구법인이 당초 위 하도급공사대금에 대한 세금계산서를 해당 과세기간의 확정신고기한까지 하수급인으로부터 수취하거나 발주자에게 발급한 사실은 확인되지 않는다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①·②에 대하여 살펴본다. (가) 세금계산서 불성실가산세에 대한 규정인 「부가가치세법」제60조는 제2항 제2호에서 공급자가 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화·용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2%를 가산세로 부과하도록 규정하고 있고, 제5항 제1호에서는 공급받는 자가 재화·용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 수취하지 못한 경우 그 공급가액의 0.5%를 가산세로 부과하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 세금계산서가 잘못 발급된 사실을 인지한 즉시 수정세금계산서를 발급하는 등 자발적으로 시정조치를 완료하였으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하며 이는 신의성실의 원칙에도 위배된다고 주장한다. (다) 그러나, 가산세는 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자의 고의 또는 과실은 고려되지 않으며, 다만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 경우에는 이를 「국세기본법」제48조의 정당한 사유로 하여 가산세를 부과하지 않거나 감면할 수 있다고 할 것인데, 이 경우 법령의 부지 또는 오해 등은 이에 해당하지 않으며, 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호 및 제5항 제1호에서 규정하고 있는 것과 같이 청구법인은 하도급공사대금(공급가액 OOO원) 관련 세금계산서를 그 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한(2025.1.25.)까지 수취하거나 발급한 사실이 없으므로, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(라) 또한, 「국세기본법」제15조는 신의성실의 원칙에 대한 일반규정을 두고 있는바, 과세관청에 대하여 동 원칙이 적용되기 위해서는 우선적으로 과세관청이 납세의무자에게 해당 처분과 관련하여 공적인 견해를 표명하였어야 할 것인데, 처분청이 청구법인에게 이 건과 관련하여 가산세가 부과되지 않는다는 등의 공적인 견해를 표명한 사실은 달리 확인되지 않으므로, 이 부분에 대한 청구주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.