청구법인에게 쟁점조항에 따른 중소기업 유예 규정을 적용할 수 있는지 여부

청구법인의 20

ㅇ

ㅇ사업연도 매출액은

ㅇ

ㅇ억원이고 상시 종업원수는

ㅇ

ㅇ명으로 중기법 시행령 개정전 규정에 따르더라도 중소기업 요건에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 중기법 시행령 개정으로 인하여 중소기업 해당 여부가 달라진 것은 아니어서 쟁점조항을 통하여 보호하고자 하는 기득권이나 신뢰가 없다 할 것이므로 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.6.4. 개업하여 국내 및 해외의 제조, 금융, 공공, 통신 분야 고객을 대상으로 미들웨어와 프레임워크를 포함한 시스템 소프트웨어를 개발ㆍ판매하고 있는 업체로 2014사업연도에는 중소기업에 해당하였으나, 2015년에 개정된 「중소기업기본법 시행령」(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 별표1에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로「조세특례제한법 시행령」제2조제5항(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따른 중소기업 유예를 적용하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 2016사업연도의 연구.인력개발비에 대한 세액공제 시 중소기업에 대한 공제율 적용(조특법 제10조제1항 제1호 나목)과조특법 제7조에 따른 중소기업특별세액감면을 적용해달라고 주장하면서 2022.3.14. 처분청에 2016사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점조항에 따른 중소기업 유예 규정 적용 대상이 아니라고 보아 2022.5.12. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 중소기업이었던 사업자가 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 사유는 해당 기업의 규모의 확대 등으로 기존의 기준을 충족하지 못하게 되는 경우와 기업의 규모의 확대 등과는 무관하게 법령상 기준이 변경된 경우에 해당 개정기준을 충족하지 못하게 되는 경우가 있다.세법은 위 두 가지 사유로 중소기업이었던 사업자가 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 중소기업 지원의 정책 취지를 효과적으로 살리고 또 기업의 갑작스러운 세부담의 증가를 완화하기 위해 일정기간 세법적용에 있어 중소기업으로 보도록 하는 유예 규정을 두고 있다. 바로조특법 시행령 제2조제2항이 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업 기준을 벗어났을 때의 유예 규정이고 쟁점조항이 중소기업이 중기법 시행령 상의 중소기업 기준(별표1, 별표2 등)이 개정된 경우에 동 개정 기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때 적용되는 유예규정이다.

(2) 청구법인은 2014사업연도에는 중소기업이었으나 2015사업연도에는 매출액이 개정된 별표1 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다. 즉 청구법인은 규모의 확대 등으로 기준 요건을 충족하지 못하게 된 것이 아니라, 법령상 중기법 시행령 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 쟁점조항에 따라 2015사업연도부터 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 주장하는 쟁점조항의 중소기업 유예는 중기법 시행령 별표의 개정으로 인해 중소기업에 해당하지 않는 경우에 적용하는 것인데, 청구법인의 경우 2015사업연도부터 중소기업 기준의 개정과 관련 없이 종전 중기법 시행령 규정으로도 중소기업에 해당하지 않으므로 중소기업 유예를 적용하여 중소기업 관련 조특법 규정을 적용해 달라는 주장은 타당하지 않다.

(1) 중소기업 유예 규정의 취지는 중소기업 지원의 정책 취지를 효과적으로 살리고 기업의 갑작스런 세부담을 완화하기 위해 법령개정 등으로 중소기업 탈락시 일정기간 중소기업으로 보도록 하는 것으로 쟁점조항은 법령상 중소기업기준의 변경으로 기업이 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 적용되는 유예규정이다.

(2) 쟁점조항은 “기업이「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.”라고 규정되어 있으며, ‘개정으로 인해 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’의 의미는 중소기업 기준(중기법 시행령 별표1 등)이 개정되지 않았다면 중소기업에 해당된다는 의미로 바꿔 말할 수 있는데, 기 해석사례[조특, 서면 2020법인5279(법인세과-249), 2021.2.2., 기획재정부 조세특례제도과-559, 2021.8.18.]에서도 중기법 시행령 별표의 개정으로 중소기업유예를 적용하는 것은 당해 사업연도(2015사업연도)를 기준으로 개정전 규정에 의해서는 중소기업에 해당하는 경우를 의미한다고 해석하고 있다.

(3) 청구법인의 경우 2015사업연도에 중소기업 기준(중기법 시행령)이 개정되지 않고 종전 중소기업기준(상시근로자수 300명 미만 또는 매출액 300억원이하)이 유지되었다고 하더라도 중소기업 요건을 충족하지 못하므로(상시근로자 313명, 매출액 OOO원) 개정으로 인하여 중소기업에 해당되지 않는 경우가 아니며, 개정전 규정의 요건을 충족시키지 못하는 것은 법령개정으로 인한 기업의 예측가능성을 침해하는 것도 아니므로 중소기업 유예기간을 적용하지 않았다고 해서 입법취지에 어긋나는 것도 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인에게 쟁점조항에 따른 중소기업 유예 규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법제5조(중소기업 등 투자 세액공제)

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 및 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 이 조에서 “증권시장”이라 한다)에 최초로 신규 상장한 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “신규상장 중견기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지[중소기업 중 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 증권시장에 최초로 신규 상장한 중소기업(이하 이 조에서 “신규상장 중소기업”이라 한다)과 신규상장 중견기업의 경우는 상장일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지] 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 중 신규상장 중소기업과 신규상장 중견기업의 경우는 100분의 4)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. ＜개정 2010. 12. 27., 2011.12.31., 2013.1.1., 2014.1.1., 2014.12.23., 2015.12. 15.＞

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (~중략~) 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

※ 부칙 ＜제26070호, 2015.2.3.＞제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조 제1항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 25302호로 개정된 것)제3조(중소기업의 범위) ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제 1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. ＜개정 2014.4.14＞

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표1의 기준에 맞을 것나. 자산총액이 5천억원 미만일 것[별표 1, 개정 후] ＜개정 2014.4.14＞

주된 업종별 평균매출액등의 규모 기준(제3조 제1항 제1호 가목 관련)

해당 기업의 주된 업종

분류기호

규모 기준

24. 음료 제조업

C11

평균매출액등 800억원

이하

25. 인쇄 및 기록매체 복제업

C18

26. 의료용 물질 및 의약품 제조업

C21

27. 비금속 광물제품 제조업

C23

28. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업

C27

29. 그 밖의 제품 제조업

C33

30. 하수·폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업

E

31. 운수업

H

32. 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업

J

[별표 1, 개정 전] ＜개정 2011.12.28＞

중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준

(제3조 제1항 제1호 관련)

해당 업종

분류기호

규모 기준

출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업

J

상시 근로자 수 300명 미만

또는 매출액 300억원 이하

사업시설관리 및 사업지원 서비스업

N

전문, 과학 및 기술 서비스업

M

보건업 및 사회복지 서비스업

Q

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2015사업연도 및 2016사업연도 법인세 신고시 법인종류를 중견법인으로 하여 중소기업과 관련된 조특법을 적용하지 않고 신고한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 2014∼2015사업연도 매출액, 상시종업원수 등 각각의 사업연도에 적용되는 「중소기업기본법 시행령」 별표1의 기준과 이에 대한 신고현황은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 청구법인의 2014∼2015사업연도 매출액, 상시종업원수 내역OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 중기법 시행령 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 쟁점조항에 따라 2015사업연도부터 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인의 2015사업연도 매출액은 OOO원이고 상시 종업원수는 313명으로 중기법 시행령 개정전 규정에 따르더라도 중소기업 요건에 해당하지 아니하는 점, 국세청과 기획재정부에서도 “기업이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호, 별표1 및 별표2(이하 “중소기업기준”)가 개정되지 않았을 경우 중소기업에 해당하나, 중소기업기준의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는「조세특례제한법 시행령」제2조제5항 후단의 규정에 따라 당해 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보는 것[국세청 2020법인5279(법인세과-249), 2021.2.2., 기획재정부 조세특례제도과-559, 2021.8.18.]”이라고 쟁점조항을 해석하고 있는 점, 청구법인은 중기법 시행령 개정으로 인하여 중소기업 해당 여부가 달라진 것은 아니어서 쟁점조항을 통하여 보호하고자 하는 기득권이나 신뢰가 없다 할 것이므로 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.