청구법인이 부가가치세 매입자납부특례에 의하여 납부한 쟁점매입세액을 환급하여 달라는 청구주장의 당부

청구법인이 매입처들에게 지급한 구리 스크랩 등 매입대금은 매입처들의 스크랩 등 거래계좌에 입금되었고, 그 중 매입세액은 부가가치세 관리계정에 입금되어 지정금융회사에서 청구법인의 매출세액의 범위 내에서 청구법인이 지급한 매입세액은 이미 실시간으로 환급되었기 때문에 쟁점매입세액을 과오납금이라 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액과 관련하여 청구법인에게 과오납한 세액이 없는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.7.29. 개업하여 경기도 평택시 OOO(OOO)에서 OOO 도매 및 제조업을 영위하고 있는 업체로서 2016년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 OOO 등에게 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하고, OOO테크 등으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 위 쟁점매출.매입세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라고 한다)를 수취하여, 2016년 제2기 부가가치세를 신고하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.7.4.부터 2018.1.7.까지 청구법인에 대한 거래질서 관련조사를 실시한 결과, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점매출세금계산서를 발급하거나, 또는 쟁점매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 청구법인을 「조세범처벌 절차법」에 따라 검찰에 고발하면서 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서 상당금액을 매출 및 매입에서 차감하고 가산세를 적용하여 2018.3.21. 청구법인에게 2016년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.26. 이의신청을 거쳐 2018.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서(OOO원, 동 세금계산서에는 영세율분도 포함되어 있음)를 발급받고, 매입자납부특례에 따라 납부한 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 과오납금에 해당하고, 과오납금은 원칙적으로「국세기본법」제51조제1항에 따라 납세의무자에게 즉시 환급하여야 한다.조사청은 쟁점매입세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과처분하였으나 이로 인하여 청구법인이 과오납한 쟁점매입세액을 환급하지 아니하였으므로 청구법인과 가공매입처들 간 가공거래로 인하여 납부된 과오납금이 존재하고 이는 국가가 법률상 원인 없이 수령한 부당이득이므로 반환할 의무가 있다.

(2) 부가가치세 매입자 납부특례제도에 따라 부가가치세가 실시간 정산되는 것과는 별개로 청구법인이 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 수취하고 매입자납부특례에 따라 실제 납부한 쟁점매입세액은 환급되어야 한다.「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조의9 제2항 및 3항에서 스크랩 등에 관하여는 매출자가 매입자로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하는 대신 매입자가 직접 부가가치세를 납부하여야 한다. 따라서 이 경우 매입자는 재화를 매입하면서 부가가치세를 직접 납부할 실질적인 의무를 부담하고, 만일 이를 이행하지 않는 경우 세금계산서에 기재된 세액을 매입세액으로 공제받지 못하거나(같은 법 같은 조 제5항), 지연입금에 대한 가산세를 징수당하는(같은 법 같은 조 제7항) 등 불이익을 입게 되므로 단순한 담세자라기 보다는 부가가치세 납세의무를 매출자 대신 부담하는 ‘실질적인 납세의무자’에 해당한다. 따라서 매입자인 청구법인이 실질적인 납세의무자인 이상 스크랩 등의 매입사실이 부인되어 쟁점매입세액이 감액경정되었다면 해당 부가가치세를 직접 납부한 매입자(청구법인)의 세법상 의무가 소급적으로 소멸한 것이므로 동 세액에 대한 환급청구권은 청구법인에게 귀속된다.

(3) 청구법인처럼 구리 스크랩 등 매입자는 2014.1.1. 이후 공급받는 분부터조특법 제106조의9제2항 및 제3항에 따라 부가가치세를 매입자가 직접 구리 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 납부하고 있고, 최근 조세심판원은조특법 제106조의9에 따른 부가가치세 매입자납부특례 과오납금의 환급대상은 매출자가 아닌 실납부자인 매입자로 보인다고 결정(조심 2016중3187, 2018.5.30.)한 바 있다. 또한, 2017.12.19. 개정된 조특법은 매입자납부특례에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 과오납금은 공급받은 자에게 소급하여 환급하도록 규정(조특법 제106조의9제11항)하고 있으므로 처분청은 쟁점매입세액을 청구법인에게 환급하여야 한다.처분청은 청구법인의 부가가치세 경정시 쟁점매입세액을 매입세액에서 차감하는 동시에 청구법인의 기납부세액에 가산하여 결과적으로 가산세만 고지하였기 때문에 쟁점매입세액을 추가로 고지되지 않았다는 의견이나, 쟁점매입세액을 기납부세액에 가산한 것이 아니라 감액한 매출세액과 상계하는 방법으로 이미 징수하였다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 수취한 후 매입자납부특례에 따라 거래처(매입처)들의 구리 스크랩 등 거래계좌에 입금한 부가가치세는 과오납금에 해당한다고 주장하나,조특법 시행령 제106조의3및 ‘부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사 지정 등에 관한 고시’에 따라 청구법인이 납부한 쟁점매입세액은 지정금융회사에서 청구법인의 매출처들이 매입자 납부특례에 따라 납부한 매출세액이 많아 그 범위 안에서 실시간으로 청구법인에게 이미 환급되었기 때문에 쟁점매입세액을 과오납금으로 볼 수 없다.부가가치세 매입자 납부특례제도상 스크랩 등 거래계좌에는 별도의 부가가치세 관리 계정이 있으며, 이는 임의로 입.출금이 불가능하다. 청구법인이 스크랩 등을 매입하고 스크랩 등 거래계좌를 통하여 매입처에 공급가액(매입처의 스크랩 등 거래계좌) 및 세액(매입처의 부가세 관리계정)을 입금한 후, 청구법인이 스크랩 등을 매출하는 경우, 매출처가 입금한 공급가액은 청구법인의 스크랩 등 전용계좌에, 부가가치세는 청구법인의 부가가치세 관리계정에 입금되는바, 청구법인이 실제 부담한 매입세액은 부가가치세 관리계정에 입금된 매출세액의 한도 내에서 청구법인의 스크랩 등 거래계좌로 즉시 환급되는 구조이어서 쟁점매입세액은 청구법인에게 이미 환급되었다.

(2) 또한, 처분청에서 청구법인의 부가가치세 경정시 쟁점매입세액을 매입세액에서 차감하는 동시에 청구법인의 기납부세액에 가산하여 결과적으로 가산세만 고지하였기 때문에 쟁점매입세액을 추가로 고지된 사실도 없다.

따라서 청구법인은 쟁점매입처들과 가공거래로 인하여 납부한 과오납금이 있고,조특법 제106조의9제11항 및 관련 부칙에 의해 청구법인에게 환급되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점매입세액과 관련하여 과오납한 금액이 없으므로 쟁점매입세액을 청구법인에게 환급할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 부가가치세 매입자납부특례에 의하여 납부한 쟁점매입세액을 환급하여 달라는 청구주장의 당부나. 관련 법률 등

(1) 국세기본법제51조[국세환급금의 충당과 환급]

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

(2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부 개정되기 전의 것)제106조의9[스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 “스크랩 등”이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 “스크랩 등 사업자”라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩 등 거래계좌(이하 “스크랩 등 거래계좌”라 한다)를 개설하여야 한다.

2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품

② 구리 스크랩 등 사업자가 구리 스크랩 등을 다른 구리 스크랩 등 사업자에게 공급하였을 때에는「부가가치세법」제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 구리 스크랩 등 사업자가 구리 스크랩 등을 다른 구리 스크랩 등 사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 구리 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 구리 스크랩 등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 구리 스크랩 등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

1. 구리 스크랩 등의 가액2.「부가가치세법」제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 “부가가치세액”이라 한다)

⑤ 구리 스크랩 등을 공급받은 구리 스크랩 등 사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리 스크랩 등을 공급한 구리 스크랩 등 사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은「부가가치세법」 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.

⑦ 관할 세무서장은 구리 스크랩 등을 공급받은 구리 스크랩 등 사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리 스크랩 등을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(「부가가치세법」 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩 등을 공급한 구리 스크랩 등 사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

(3) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부 개정된 것)제106조의9[구리스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례]

⑪ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은「국세기본법」제51조제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다.부칙 ＜제15227호, 2017.12.19.＞제1조[시행일] 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.제32조[스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 관한 적용례]

② 제106조의9 제11항의 개정규정은 이 법 시행 전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 분에 대해서도 적용한다.

(4) 부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사의 지정 등에 관한 고시제4조[지정금융회사에 입금된 부가가치세액의 관리]

① 지정금융회사는 사업자의 매입세액을 매출세액의 범위에서 환급한다. 다만,「조세특례제한법」제106조의4제1항의 금거래계좌와 같은 법 제106조의9 제1항의 스크랩 등 거래계좌는 각각 관리하고 양 거래계좌를 통합하여 환급해서는 안된다.

② 지정금융회사는 제1항에 따라 환급하고 남은 부가가치세액을 부가가치세 예정 및 확정 신고기한까지 국고에 입금한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.(가) 청구법인이 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 다음 ＜표1＞과 같이 매입처들로부터 실물거래 없이 공급가액 OOO원의 쟁점매입세금계산서를 수취하였고,조특법제106조의9에 따라 거래대금을 매입처들의 스크랩 등 거래계좌에 입금한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없다.

＜표1＞

쟁점매입세금계산서 수취 내역(단위 : 원)(나) 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인으로부터 구리 스크랩 등을 매입하고 청구법인의 매입자납부계좌(OOO은행 100-029-636***)에 입금된 매출세액(청구법인의 매출처가 납부한 세액)은 OOO원이고, 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 포함하여 세금계산서를 수취하고 거래처 스크랩 등 거래계좌에 납부한 매입세액은 OOO원이어서 그 차액 OOO원은 청구법인이 부가가치세 신고시 매입자납부특례세액(기납부세액)으로 공제하였는바, 청구법인이 2016년 제2기 부가가치세를 신고한 내역 및 처분청이 (가공매출 및 가공매입 관련)쟁점세금계산서를 매출 및 매입에서 차감하고 관련 세액을 감액하여 경정한 내역은 다음 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

2016년 제2기 부가가가치세 신고 및 경정 내역(단위 : 원)

(2) 기획재정부는 2017.12.19. 부가가치세 매입자납부특례 과오납금 환급대상을 명확화하기 위해조특법 제106조의9제11항을 아래와 같이 신설한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 수취하고 매입자납부특례에 따라 청구법인이 납부한 쟁점매입세액을 환급하여 달라고 주장하나, 청구법인이 쟁점매입세금계산서 거래분을 포함하여 매입처들에게 지급한 구리 스크랩 등 매입대금은 매입처들의 스크랩 등 거래계좌에 입금되었고, 그 중 쟁점매입세액을 포함한 매입세액 OOO원은 부가가치세 관리계정에 입금되어 지정금융회사에서 청구법인의 매출세액 OOO원의 범위 내에서 청구법인이 지급한 매입세액 OOO원은 이미 실시간으로 환급이 되었기 때문에 쟁점매입세액을 과오납금이라 보기 어려운 점, 처분청이 가공매입과 관련된 쟁점매입세액을 매입세액에서 차감하는 동시에 청구법인의 기납부세액에 가산하여 결과적으로 관련 가산세만 과세된 점, 부가가치세 경정 시 쟁점매입세액을 기납부세액에 가산한 것은 최종고지세액에서 쟁점매입세액만큼 차감되어 결과적으로 청구법인에게 쟁점매입세액을 환급한 것과 동일한 결과가 되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액과 관련하여 청구법인에게 과오납한 세액이 없는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.