직접 사용분을 제외한 분양분에 대한 비업무용 부동산 유예기간의 기산일을 산업단지 조성공사 완료일로 볼 수 있는지 여부

청구법인의 법인등기부 상 부동산 임대 및 매매업은 목적사업에서 삭제되었고, 국세청 전산시스템에서도 해당업종이 확인되지 않는 점, 이에 대하여 청구법인은 보조금을 지급받기 위하여 불가피하게 목적사업에서 삭제한 것이라고 하나, 이는 청구법인의 내부적인 사정에 불과할 뿐, 법령상 제한 등의 불가피한 사유에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제3호에서 규정하는 제1호 및 제2호 외의 부동산으로 보아 취득일로부터 2년의 유예기간을 적용하고, 그에 따라 쟁점토지의 취득일을 쟁점토지의 유예기간 기산일로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 전기기기 및 부품을 제조·판매하는 법인으로 OOO일반산업단지를 조성할 계획으로 OOO군청과 협약을 맺고 2011년 2월경 OOO 일대의 토지 1,134,668,9㎡를 취득한 후, 제반공사를 시작하여 2014.8.13. 산업단지 조성을 완료하였다.

나. 청구법인은 2015∼2016사업연도 법인세 신고 시 비업무용 부동산에 대한 유예기간 기산일을 상기 토지의 취득일로 판단하여 법인세를 신고·납부하였다가, 2020.6.18. 유예기간의 기산일을 산업단지 조성공사 완료일인 준공일로 보아야 한다며 2015∼2019사업연도 법인세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 2020.9.10. 전체토지 중 분양목적의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 제외한 나머지 청구법인이 업무에 직접 사용하는 토지에 대해서만 유예기간 기산일을 준공일로 보아 이를 비업무용 부동산에서 제외하여, 2015∼2017사업연도 법인세 합계 OOO의 환급을 결정하고, 나머지는 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2011년 2월 취득한 토지는 산업단지 조성을 위한 토지의 취득으로서 비업무용 부동산의 유예기간을 산정함에 있어 최초 토지의 취득일인 2011년 2월이 아니라 산업단지 조성공사 완료일인 2014년 8월을 기산일로 하여야 한다. (가) 비업무용 부동산을 판정함에 있어 유예기간을 두는 취지는 토지를 취득함과 동시에 즉시 업무용으로 사용하기에는 어려움이 있으므로 업무용으로 사용하기까지의 준비기간, 건설기간 등을 참작하여 일정한 기간을 두는 것으로 이해된다. (나) 유예기간의 적용은 해당 토지가 건설이 가능한 상태 즉, 업무용으로 사용될 수 있는 상태임을 전제하는 것으로 만일 산업단지 조성을 위해 취득한 토지에 대해 산업단지 조성공사 완료일이 아닌 토지취득일을 기산일로 하는 경우, 해당 토지는 업무용으로 사용하기 위해 산업단지를 조성하는 데만 수년의 시간이 소요되는바, 업무용으로 바로 사용 가능한 일반 부동산의 유예기간이 통상 5년인 점을 고려할 때 현저히 불리한 상황에 놓이게 된다. 한편, 토지를 취득한 후 추가로 지출하는 조성공사비(자본적 지출)에 대한 유예기간 기산일이 조성공사 완료일인 점을 고려할 때, 동일 지번의 토지에 대해 업무무관 여부를 달리 판단하게 되는 불합리한 결론에 이르게 된다.

(다) 이러한 점을 고려하여 관련 유권해석(법인세과46012-1985)에서는 산업단지 조성이 완료되지 아니하여 업무에 사용하지 못한 토지의 비업무용자산 유예기간 기산일은 산업단지 조성이 사실상 완료된 날로 회신하고 있으며, 관련 조세심판례(조심 2016중3921, 2017.6.27.)에서도 산업단지를 조성하여 분양하는 자의 유예기간 기산일을 조성공사 완료일로 판시하고 있는바, 청구법인이 분양한 산업단지 또한 동일하게 산업단지 조성공사 완료일을 유예기간 기산일로 보는 것이 타당하다. (라) 관련 법령 및 유권해석을 종합하여 볼 때 산업단지 조성 토지의 업무무관 부동산 유예기간 기산일은 조성공사 완료일인 2014년 8월부터 기산하는 것이 타당하며, 자체적으로 사용하는 토지와 분양목적 토지의 유예기간 기산일을 달리 정할 수는 없다.

(2) 산업단지 조성토지의 업무무관 자산 유예기간 기산일이 조성공사 완료일인 경우 산업단지 조성 중에 있는 부동산은 업무유관 부동산에 해당하는바, 분양(양도) 시 추가 납부하는 세액은 조성공사가 완료되어 업무무관자산 유예기간이 적용되는 시점부터 계산되는 것이 타당하다.(가)「법인세법 시행규칙」제27조에서는 업무무관부동산 양도 시 양도일 이전 시점에 업무무관비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니한 금액을 정산하여 양도시점에 납부하도록 규정되어 있다.(나) 이는 결국 업무무관 부동산을 전제하고 있는 것으로 업무무관 부동산에 해당되나 유예기간 동안에 업무무관 비용 등에 대해 과세표준에 산입하지 아니한 금액을 양도시점에 일시에 납부하는 규정인바, 산업단지 조성완료 시점을 업무무관 부동산 유예기간 기산일로 볼 경우, 즉 산업단지 조성기간 동안 해당 부동산을 업무유관 부동산으로 볼 경우 산업단지 조성기간의 업무무관 비용 등에 대해서는 추가로 납부할 세액이 없는 것으로 판단된다.(다) 만일 조성공사 완료일이 아니라 당초 토지 취득시점인 2011년 2월부터 추가납부세액을 계산하여야 한다면 산업단지 분양을 목적으로 토지를 취득하고 조성공사를 완료한 직후 지체없이 분양한 토지의 경우에도 업무무관자산 보유에 따른 법인세를 납부하여야 하는바, 이는 업무에 사용가능한 부동산을 업무에 사용하지 아니하고 보유하고 있는 것에 대해 패널티를 부과하고자 하는 당초 입법취지에도 부합하지 아니한다.(라) 청구법인이 2015년과 2016년에 분양한 산업단지 토지에 대한 업무무관자산 추가납부액 중 2011년부터 2013년까지의 기간, 즉 산업단지 조성중인 기간에 대한 추가납부액은 업무유관 자산에 대한 것으로 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이「산업직접활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따라 산업단지를 개발한 후 직접 사용하는 토지는 국세청 예규(법인세과46012-1985)와 같이 산업단지의 토지를 분양받은 후 단지 조성이 완료되지 아니하여 업무에 사용하지 못한 경우에 해당한다고 판단되므로, 청구법인이 산업단지를 조성하여 직접 사용하는 부분에 대한 기산일은 단지조성이 사실상 완료된 날인 준공일인 2014.8.13.로 보는 것이 타당하나, 청구법인이 타인에게 분양한 토지의 기산일은「법인세법 시행규칙」제26조에 따라 당초 청구법인이 신고한 내용대로 취득일인 2011년 2월로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

직접 사용분을 제외한 분양분에 대한 비업무용 부동산 유예기간의 기산일을 산업단지 조성공사 완료일로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

: ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실 등이 나타난다. (가) OOO산업단지는 청구법인의 인천 변압기 공장을 이전하는 등 청구법인이 자체적으로 사용하고자 하는 목적과 제3자에게 분양할 목적으로 조성되었고, 청구법인은 자체적으로 사용하는 토지 중 미 사용분과 분양목적인 쟁점토지에 대해서 아래 ＜표1＞과 같이 유예기간 종료일부터 업무무관 자산으로 보아 지급이자 손금불산입 등 관련 세무조정을 해온 것으로 나타난다.OOO(나) 처분청과 청구법인 모두 쟁점토지와 관련한 산업단지 조성 준공일이 2014.8.13.이라는 사실에 대하여는 이견이 없으나, 처분청은 분양목적인 쟁점토지의 경우 취득일인 2011년 2월을 유예기간의 기산일로 적용하여야 한다는 의견이고, 청구법인은 청구법인이 사용할 목적의 토지와 분양목적의 쟁점토지 모두 산업단지 준공일인 2014.8.13.을 유예기간의 기산일로 적용해야 한다고 주장한다.

(다) OOO 고시 제2009-27호와 제2011-113호에 따르면 OOO일반산업단지의 개발은 2009년 1월 OOO 일원의 면적 1,162,376㎡를 대상으로 시행자를 OOO으로 하여 공영개발 방식으로 진행되다가 2011년 4월 시행자를 청구법인으로, 면적을 1,134,659㎡로 하여 전면매수에 의한 개발방식으로 변경된 것으로 아래 ＜표2＞와 같이 나타난다.OOO(라) OOO일반산업단지 관리기본계획 승인(변경) 고시(OOO 고시 제2019-14호, 2019.1.21.)에 나타나는 산업단지의 개요와 분양내역은 아래 ＜표3＞과 같다.OOO(마) 청구법인의 법인등기부에 의하면, 청구법인의 목적사업 중 부동산 임대 및 매매업은 2012.3.23. 삭제되었다가, 경정청구 제기 전인 2020.3.20. 다시 추가되었고, 국세청 전산시스템 상 청구법인이 영위하는 업종 중 해당 업종은 확인되지 않는다. (바) OOO군청의 공문(경제과-40909, 2011.12.28.)과 보조금 교부결정서에 따르면, 청구법인의 법인등기부 상 부동산 임대 및 매매업 등의 일부 업종을 삭제할 것을 조건으로 OOO군청이 청구법인에게 수도권 이전기업 설비투자교부금 OOO을 교부하기로 결정한 것으로 나타난다. (사) 청구법인의 계정별원장 중 건설중인자산 계정은 2010년 10월부터 2014년 10월까지 있었던 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 비업무용 부동산의 유예기간을 산정함에 있어 쟁점토지의 유예기간 기산일은 산업단지 조성공사 완료일이라고 주장하나,「법인세법 시행령」제49조제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제26조 제2항에서 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산이란 각 사업연도 종료일 현재 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무 등에 직접 사용하지 아니하는 부동산이라고 규정하고 있는데, 청구법인의 법인등기부 상 부동산 임대 및 매매업은 2012.3.23. 목적사업에서 삭제되었고, 국세청 전산시스템에서도 해당 업종이 확인되지 않는 점, 이에 대하여 청구법인은 OOO군청의 보조금을 지급받기 위하여 불가피하게 목적사업에서 삭제한 것이라고 하나, 이는 청구법인의 내부적인 사정에 불과할 뿐, 법령상 제한 등의 불가피한 사유에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를「법인세법 시행규칙」제26조제1항 제3호에서 규정하는 제1호 및 제2호 외의 부동산으로 보아 취득일로부터 2년의 유예기간을 적용하고, 그에 따라 쟁점토지의 취득일을 쟁점토지의 유예기간 기산일로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령 등

(1) 법인세법제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액제28조(지급이자의 손금불산입)

① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

(2) 법인세법 시행령제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

(3) 법인세법 시행규칙제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위)

① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」또는 「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 "법인의 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우

④ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장·건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해 토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다. 다만, 당해 토지를 임대하던 중 당해 법인이 건설에 착공하거나 그 임차인이 당해 법인의 동의를 얻어 건설에 착공한 경우 당해 토지는 그 착공일(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 말한다)부터 업무에 직접 사용하는 부동산으로 본다.

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)나.「문화재보호법」에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산(지정된 기간에 한한다)다. 유예기간이 경과되기 전에 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·면허 등을 신청한 법인이「건축법」제18조및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축허가가 제한된 기간에 한정한다)라. 유예기간이 경과되기 전에 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 의하여 착공이 제한된 토지(착공이 제한된 기간에 한한다)

17. 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산

22. 행정청이 아닌 도시개발사업의 시행자가「도시개발법」에 의한 도시개발사업의 실시 계획인가를 받아 분양을 조건으로 조성하고 있는 토지 및 조성이 완료된 후 분양되지 아니하거나 분양 후「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조의 규정에 의하여 환수 또는 환매한 토지로서 최초의 인가일부터 5년이 경과되지 아니한 토지

⑥ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 부동산의 취득시기는「소득세법 시행령」제162조의 규정을 준용하되, 동조 제1항 제3호의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 취득의 경우에는 당해 부동산을 사용 또는 수익할 수 있는 날로 한다.

⑦ 영 제49조 제1항 제1호 나목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인"이란 제1항 제2호의 법인을 말한다. 이 경우 부동산매매업과 다른 사업을 겸영하는 경우에는 해당사업연도와 그 직전 2사업연도의 부동산매매업 매출액의 합계액(해당 법인이 토목건설업을 겸영하는 경우에는 토목건설업 매출액을 합한 금액을 말한다)이 이들 3사업연도의 총수입금액의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우에 한하여 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 본다.

⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각호에 의한다.

1. 영 제49조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산 : 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과되기 전에 제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간제27조(업무와 관련없는 비용등의 손금불산입) 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조 제1호 및 법 제28조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조에서 "종전 사업연도"라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

2. 종전 사업연도의 과세표준과 손금에 산입하지 아니하는 지급이자등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)