지정지역 안에 소재한 소형주택 기준에 해당되어 기준시가 신고대상임(경정)

지정지역 안에 소재한 소형주택 기준에 해당함에도 1세대 2주택에 해당하는 것으로 보아 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산한 것은 부당함

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.10.27.OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOOOOO OOOO(토지 30.4㎡, 건물 59.22㎡, 이하쟁점①주택 이라 한다)를양도하고 양도소득세를 무신고하였다가 처분청의 기한후 신고 안내문을 받고 2009.6.30. 기준시가에의하여 양도소득금액을 계산하여 양도소득세 신고를 하고 양도소득세 675,830원을 납부하였다.

나. 처분청은 쟁점①주택 양도 당시 청구인은 남편인 김OOO OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOO(이하쟁점②주택 이라 한다)를 소유하여 1세대 2주택이고, 쟁점①주택이지정지역 안에 소재하고 있어 실지거래가액 적용대상에 해당한다고 보아 기준시가에 의한 신고를 부인하고 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산하여2009.7.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 3,010,950원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2009.7.22. 이의신청을 거쳐 2009.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점①주택 양도 당시 청구인이 소유한 쟁점②주택은 신축주택으로「조세특례제한법」제99조의3제2항의 규정에 의해 1세대 1주택의 주택수 산정시 제외되고,「소득세법」제104조의2및 같은 법 시행령 제168조의 3의 규정은 지정지역내에 소재하는 소형주택을 2006.12.31. 이전에 양도하는 경우 기준시가에 의하여 양도가액을 산정하도록 규정하고 있으므로, 소형주택인 쟁점①주택은 기준시가 적용대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제96조제2항 및동법 시행령 제162조의2제5항의 규정은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택을 양도하는 경우 양도가액은 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으므로, 쟁점①주택 양도 당시 1세대 2주택인 청구인이 쟁점①주택에 대하여 기준시가를 적용하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점②주택이 신축주택 감면요건을 충족하므로 소형주택인 쟁점①주택이 기준시가 신고대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수(數)ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우제104조의2 【지정지역의 운영】

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

②제96조 제2항 제7호및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서“지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

(2) 소득세법 시행령제162조의2 【양도가액】

⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.제168조의3 【지정지역 지정의 기준 등】

③ 법 제104조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각 호 중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조 제15항의 규정에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(「건축법 시행령」 별표 1 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(법률 제6916호 주택법중개정법률로 개정되기 전의 「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다.

나. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 연립주택ㆍ다세대주택으로서전용면적이 85제곱미터 이하이고，양도당시 법 제99조의 규정에 따른기준시가가 1억원 이하일 것

(3) 조세특례제한법제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택②소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2006.10.27. 양도한 쟁점①주택(건물면적 59.22㎡, 기준시가 5,800만원)은「소득세법 시행령」제162조의3의 규정에 의한 소형주택에 해당하고, 쟁점①주택 양도 당시 청구인 소유의 다른 주택인 쟁점②주택은「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 의한 신축주택 감면요건을 충족하는 것에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2)청구인이 쟁점①주택을 양도하고 쟁점①주택이 지정지역 안에 소재하기는 하나 기준시가에 의하여 과세되는 소형주택 기준에 해당한다고 보아 기준시가에 의하여 양도소득금액을 계산하여 양도소득세 예정신고를 한데 대하여, 처분청은 청구인이 1세대 2주택자이고 쟁점①주택이 지정지역 안에 소재하고 있으므로 실지거래가액 적용대상에 해당한다고 보아 청구인의 기준시가에 의한 신고를 부인하고 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 살피건대,「소득세법」 제96조제1항에서 ‘양도가액은 실지거래가액에 의한다’라고 규정하면서,동법 제96조제2항에서는 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 기준시가에 의한다’라고 규정하고 있고, 그 제7호에서 실지거래가액 신고대상을 규정한 지정지역 안의 부동산이라도동법 시행령 제168조의 3제3항 제4호에서 규정한 소형주택에 대하여는 기준시가에 의하여 과세할 수 있도록 하는 예외규정을 두고 있다.한편,「조세특례제한법」제99조의3제2항의 규정은 1세대 1주택 비과세 규정의 적용시 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 바, 쟁점①주택 양도 당시 청구인이 소유한 쟁점②주택은「조세특례제한법」제99조의3제1항의 규정에 의한 신축주택으로 소유주택 수에서 제외되며, 이 경우 쟁점①주택이 지정지역 내에 소재하고 있으나 소형주택에 해당하므로 그 양도가액은 기준시가 신고대상으로 보는 것이 타당하다.

따라서, 처분청에서 쟁점①주택이지정지역 안에 소재한 소형주택 기준에 해당함에도 청구인이 1세대 2주택에 해당하는 것으로 보아 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.