쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

AA시청에서 회신한 쟁점토지의 재산세 부과내역을 보면, AA시청은 2011년부터 쟁점토지를 공부상 지목이 전임에도 현황을 잡종지로 구분하여 종합합산과세대상으로 재산세를 부과한 것으로 확인되므로 쟁점토지의 사실상 현황은 잡종지로 보이는 점, 청구인이 쟁점토지를 구입한 후인 1986.4.23. 쟁점토지가 완충녹지로 지정됨에 따라 왕복 6차선 도로와 인접한 쟁점토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제64조에 의하여 건축물 등의 건축이 사실상 제한되었고, 청구인이 도시계획시설을 건축 또는 설치한다는 것은 비현실적으로 보여 쟁점토지는 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호의 규정에 따라 그 제한된 기간 동안 비사업용 토지로 보기 어려운 점 등에 비추어 「소득세법」제104조 제1항 제8호를 적용하고 장기보유특별공제를 부인하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 1977.11.23.OOO를 취득한 후 2016.4.5. 쟁점토지를OOO원에양도하였고, 2016.5.31. 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 1977.11.23.～2016.4.5.까지 쟁점토지를 보유하면서 인접지역인 OOO에서 거주한 1980.5.2.～1980.5.12.까지 기간을 제외하고 OOO에서 거주한 사실을 확인하고, 쟁점토지에 대하여 소유자가 농지소재지에서 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지로서 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2016.11.9. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 토지지목 판정시 공부상 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 법령에 따라 공부상 현황이 아닌 사실상 현황에 의하여 판단하여야 하는바, 쟁점토지는 OOO에서 2011년부터 2015년까지 사실상의 현황에 따라 쟁점토지의 지목을 잡종지로 판단하고 재산세를 부과하였다.

(2) 청구인이 1977.11.23. 쟁점토지를 구입한 후인 1986.4.23. 완충녹지로 지정됨에 따라 건축물 등의 건축행위가 사실상 제한되었고, 잡종지의 경우에는 농지와 다르게 사업용으로 보기 위해서는 건축물 등의 건축행위가 있어야 하는데, 이러한 행위가 법률에 의하여 제한되었으므로 법률에 의해 제한 또는 금지된 것으로 보아 쟁점토지를 사업용으로 사용한 것으로 의제할 수 있는바, 쟁점토지는「소득세법 시행령」제168조의6에서 규정한 비사업용 토지의 기간기준에 해당하지 않아 사업용 토지로 볼 수 있다.

(3) 국세청은 ‘토지 취득 후 「국토의 계획 및 이용에 관할 법률」제63조의 규정에 따라 지구단위계획구역(개발행위허가제한구역)으로 지정·고시되어 해당 법령에 따라 사용이 제환된 경우에는 규정에 따라 그 사용이 제한된 기간 동안 비사업용 토지에 해당되지 아니한다(부동산납세과-499, 2014.7.15.)’라고 해석하고 있는바, 이는 쟁점토지의 상황과 유사한 상황으로 쟁점토지의 경우에도 토지 구입 후 「국토의 계획 및 이용에 관할 법률」제64조에 의하여 건축물 등의 건축이 제한된 것이므로 법령에 의한 사용제한으로 보아 그 제한된 기간 동안 비사업용 토지에 해당되지 아니하는 것으로 보아야 한다.

따라서 쟁점토지는 사실상의 현황이 잡종지이고, 잡종지의 경우 토지 취득 후 법률상 제한으로 건축물 등의 건축행위를 하지 못하는 경우에는 그 사용이 제한된 기간 동안은 비사업용토지에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여야 하므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 양도소득세 계산시 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구주장과 같이 쟁점토지가 2011년부터 지목 현황이 잡종지로 변경되었다는 사실에는 이견이 없으나, OOO는 쟁점토지의 도시관리계획 현황상 행위제한 내용에 대해 ‘도시계획시설 부지에서는 도시계획시설이 아닌 건축물의 건축 또는 공작물 설치는 제한되며, 토지의 형질변경(성토, 절토, 포장 등)이 수반되지 않은 경우 농지사용에 관한 제한사항은 없다’고 처분청에 회신하였는바, 쟁점토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제64조에 따른 도시계획시설부지이므로 도시계획시설이 아닌 건축물의 건축 또는 공작물 설치가 제한되는 것이지, 모든 건축물의 건축이 제한되는 것이 아니다.

(2) 또한, 청구인은 2010년 쟁점토지의 인접 소재지OOO의 건축허가 신청(교회)과 관련하여 쟁점토지의 일부 면적(179㎡)을 농지전용허가 받았으나, 이후 어떠한 농지전용 관련 행위를 하지 않고 양도한 것으로 쟁점토지가 청구인이 주장하는 해석내용(부동산납세과-499, 2014.7.15.)과는 유사한 상황이라 보기 어려우므로 쟁점토지는「소득세법 시행령」제168조의14에서 규정한 ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제95조[양도소득금액]

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.제104조의3[비사업용 토지의 범위]

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지나.「지방세법」 제106조제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간다.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간제168조의7[토지지목의 판정]법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등]

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

(3) 지방세법제106조[과세대상의 구분 등]

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지.(단서 생략)

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

(4) 농지법제34조[농지의 전용허가ㆍ협의]

① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항 제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우

(5) 도시공원 및 녹지 등에 관한 법률제35조[녹지의 세분] 녹지는 그 기능에 따라 다음 각 호와 같이 세분한다.

1. 완충녹지 : 대기오염, 소음, 진동, 악취, 그 밖에 이에 준하는 공해와 각종 사고나 자연재해, 그 밖에 이에 준하는 재해 등의 방지를 위하여 설치하는 녹지

2. 경관녹지: 도시의 자연적 환경을 보전하거나 이를 개선하고 이미 자연이 훼손된 지역을 복원·개선함으로써 도시경관을 향상시키기 위하여 설치하는 녹지

3. 연결녹지: 도시 안의 공원, 하천, 산지 등을 유기적으로 연결하고 도시민에게 산책공간의 역할을 하는 등 여가·휴식을 제공하는 선형(線型)의 녹지

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2016.4.5. 쟁점토지를 양도한 후 2016.5.31. 장기보유특별공제를 적용하여 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고를 하였고, 이에 대해 처분청은 다음과 같이 경정한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점토지의 매매계약서상 각 지번별 계약내용은 다음과 같다.

(3) 쟁점토지의 등부사항전부증명서에 기재된 소유권의 주요 변동내역은 다음과 같다.

(4) 주민등록등(초)본에 의하면 청구인은 1980.5.2.～1980.5.12. 기간 동안 쟁점토지의 인접지역OOO에 거주한 것으로 나타나고, 주소변동 이력은 다음과 같이 나타난다.

(5) 처분청이 OOO으로부터 회신받은 쟁점토지의 도시관리계획 현황 및 재산세 부과내역은 다음과 같다.(가) 도시관리계획 현황(2016.9.23.)(나) 쟁점토지의 재산세 부과내역(2016.9.30.)

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 잡종지인 쟁점토지가 도시계획시설 부지로 모든 건축물의 건축이 제한되는 것이 아니므로 비사업용 토지라는 의견이나,「소득세법」제95조에 따른 장기보유특별공제는 3년 이상의 장기보유자산에 대하여 물가상승률 반영 및 건전한 부동산 투자행태를 조성하기 위해 양도소득금액을 계산할 때 일정금액을 공제해주는데 그 취지가 있는 것인바, 청구인은 1977.11.23. 쟁점토지를 취득하여 2016.4.5. 양도하기까지 약 38년 이상을 보유한 점, OOO에서 회신한 쟁점토지의 재산세 부과내역을 보면, OOO은 2011년부터 쟁점토지를 공부상 지목이 ‘전’임에도 사실상 현황을 잡종지로 구분하여 종합합산과세대상으로 재산세를 부과한 것으로 나타나 쟁점토지의 현황을 잡종지로 볼 수 있는 점, 청구인이 쟁점토지를 구입한 후인 1986.4.23. 쟁점토지가 완충녹지로 지정됨에 따라 왕복 6차선 도로와 인접한 쟁점토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제64조에 의하여 건축물 등의 건축이 사실상 제한되었고, 처분청은 쟁점토지에 도시계획시설이 아닌 건축물의 건축 또는 공작물 설치가 제한되는 것이지 모든 건축물의 건축이 제한되는 것이 아니라고 하나, 청구인이 도시계획시설을 건축 또는 설치한다는 것은 비현실적으로 보여 쟁점토지는「소득세법 시행령」제168조의14제1항 제1호의 규정에 따라 제한된 기간 동안 비사업용 토지로 보기 어려운 점, 관련 법률에 따라 쟁점토지의 사용이 제한된 기간을 잡종지로 볼 수 있는 시점인 2011년부터 양도일인 2016.4.5.로 계산할 때「소득세법 시행령」제168조의6에서 규정한 비사업용 토지의 기간기준에 해당하지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아「소득세법」제104조제1항 제8호를 적용하고,

장기보유특별공제를 부인하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.