종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분 개요

가. 청구인은 1993.4.13. OOO 제1층 제106호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2000.8.5. OOO건축사업으로 종전주택을 멸실(2000.9.8. 멸실등기)하고, 2003.6.28. 사용승인 받은 OOO 외 3필지 소재 OOO 제104동 제404호(이하 “신축주택”이라 한다)를 보유하다가 2006.6.26. 오OOO에게 OOO원에 양도한 후, 2006.8.28. 산출세액 OOO원, 자진납부세액 OOO원으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부(OOO원 분납)하였다.

나. 청구인은 신축주택이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정에 의한 감면대상에 해당하고, 장기보유특별공제가 착오로 잘못 계산되었다고 주장하며 2006.9.18. OOO세무서장에게 수정신고서(내용은 경정청구)를 제출(OOO원 납부)하였고, OOO세무서장은 장기보유특별공제에 대한 검토없이 청구인의 양도소득세 예정신고시 산출세액 OOO원에 해당하는 농어촌특별세 OOO원에서 수정신고(경정청구)시 납부한 농어촌특별세 자진납부세액OOO원과의 차액인 OOO원을 미납부세액으로 보고 기납부(분납)세액 OOO원에서 미납부세액을 차감한OOO원을 환급결정하였다.

다. 처분청(청구인의 주소지가 OOO세무서 관할에서 처분청 관할로 변경)은 OOO국세청장의 새로운 해석(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)과 신축주택 감면검토요령 지침에 따라조특법 제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않는다 하여 감면세액을 재계산한 후, 2012.5.14.청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다(2012.8.28. 장기보유특별공제를 경정하여 OOO원 추가 감액경정·결정).

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.2. 이의신청을 거쳐 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 당초 OOO세무서장은 청구인의 수정신고(경정청구)에 대해조특법 제99조의3규정에 따라 신축주택 조세감면이 타당하다고 보아 기납부한 양도소득세를 환급결정하면서 장기보유특별공제를 검토하지 아니하고 당초 양도소득세 예정신고한 산출세액 OOO원에 해당하는 농어촌특별세 OOO원에서 수정신고시 납부한 농어촌특별세 자진납부세액 OOO원과의 차액 OOO원을 미납부세액으로 보아 당초 분납한 OOO원에서 동 미납부세액을 차감하여 양도소득세를 환급결정하였고, 처분청 또한 수정신고(경정청구) 내용(장기보유특별공제 경정)에 대한 검토없이 당초 양도소득세 신고시의 양도소득금액을 근거로 하여 감면세액을 재계산한 후 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 청구인은 종전주택을 1993.4.13.부터 2000.7.26.까지 7년 3개월간, 신축주택은 2003.6.28.부터 2006.6.26.까지 3년간 총 10년 3개월을 보유하였으므로, 수정신고(경정청구) 내용대로 장기보유특별공제액을 계산하여 양도소득금액을 산정하고 신축주택 감면을 적용하여야 한다.

(2) 청구인의 2006.9.18. 양도소득세 수정신고(경정청구)시 양도소득세 산출세액은 OOO원이었고, 설령 처분청의 경정내역에 의하더라도 청구인의 양도소득세 산출세액은 OOO원으로 산출세액은OOO원 미만에 해당하는바, 2012년 4월 OOO국세청장의조특법 제99조의3규정과 관련한 “신축주택감면 검토요령” 지침에 의하면 검토자료 대상을 감면받은 세액이 OOO원 이상인 납세자만을 대상으로 하고 있고, 당초 수정신고 환급청구에 따른 감면납세자에 대하여는조특법 제99조의3의 적용과 관련한 새로운 유권해석에 의하더라도 다른 납세자의 경우와 비교하여 양도소득세를 재계산하여 고지결정하지 않았으므로 청구인에 대한 이 건 양도소득세 부과처분은 세무공무원의 재량의 한계를 벗어나 신의를 저버린 처분에 해당하며,또한, 이 건 양도소득세 부과처분은 국세청의 새로운 유권해석(부동산 거래관리과-127, 2011.2.10.) 및 최근 심판결정례에 따라 이루어진 것으로 2006년 당시 청구인의 양도소득세 예정신고 및 수정신고 시점에는 전혀 존재하지 않았던 것으로, 청구인의 수정신고(경정청구)에 대해 OOO세무서장은조특법 제99조의3규정을 적정히 검토한 후, 적법한 세법해석기준에 의하여 기납부 양도소득세액을 환급결정하였으므로, 따라서 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 신의칙 및 소급과세금지 원칙에 위배되는 부당한 처분이다.

(3) OOO세무서장은 청구인이 제출한 수정신고(경정청구)서의 적정성을 검토한 후 환급세액을 결정하였는바, 청구인이 납세자로서 각종 의무를 위반하였거나 의무를 알지 못한 것도 아니며 국세청이 새로운 유권해석과 내부지침에 따라 양도소득세를 부과한 것이므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 당초 경정결의시 청산금 납부분 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 아니하였다가 2012.8.28. 장기보유특별공제를 경정하여 OOO원을 추가 감액경정·결정하였는바, 종전주택 보유기간과 신축주택 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제율을 적용하기는 어렵다.

(2) 납세지 관할세무서장은「소득세법」제114조에 따라 예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하며 그 결정 또는 경정에 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 예외없이 경정이 가능하여 신축주택 감면요령에 따른 검토대상여부를 논할 여지가 없으며, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 규정하지 아니하므로 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙 및 소급과세금지 원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 볼 수 없고, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면적용시 종전주택에서 발생한 소득에 대해 감면을 배제한 것은 정당하다.

(3) 세법에 따른 납부기한까지 납부하여야 할 세액보다 국세를 적게 납부한 경우에 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하고, 가산세를 면제할 만한 정당한 사유도 청구인에게 존재하지 아니하므로 이 부분 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점①구주택 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부②이 건 부과처분이 OOO국세청의 신축주택 감면 검토요령(감면세액 OOO원 이상 검토) 지침에 위배되는 재량일탈 행위이고, 새로운 해석에 따라 이루어진 소급과세금지 원칙에 위배된 처분이므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부③납부불성실가산세부과처분 당부

나. 관련 법령

: <별지>에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 국세통합시스템, 등기부등본 및 건축물대장 등에 나타난 종전주택 취득부터 신축주택 양도까지의 진행사항 및 이 건 양도소득세 부과처분 경위 등은 <표1>과 같은바, 종전주택 보유기간은 사업계획승인일을 기준으로 6년 2개월(1993.4.13.～1999.7.1.)이고, 청구주장과 같이 건물 멸실일을 기준으로 하는 경우 7년 3개월(1993.4.13.～2000.8.5.)로 계산되며, 신축주택은 사용승인일인 2003.6.28.부터 양도일인 2006.6.26.까지 3년 보유한 것으로 나타난다.OOOOOOOOOO

(2) 청구인의 양도소득세 신고서 및 수정신고(경정청구)서, 처분청의 경정·결의서(감액경정 포함)의 세부내역은 <표2>와 같은바, 처분청이 이 건 경정결의시 산정한 장기보유특별공제 내용을 보면, 종전주택과 신축주택 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제액을 산정하여야 한다는 경정청구내용[전체 양도차익 OOO원에 30%(종전주택 및 신축주택 보유기간 통산 10년 이상)를 적용한 OOO원을 공제]을 반영하지 아니하고, 2007.2.28. 신설된「소득세법 시행령」제5조및「소득세법」(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 제3호 규정에 따라 구분 양도차익(청산금 납부분 OOO원, 기존부동산 OOO원)중 청산금 납부분 양도차익은 불공제하고, 기존건물분 양도차익은 10년 이상(종전주택 취득일부터 양도일까지)에 해당된다 하여 OOO원에 30%를 적용한 OOO원을 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제한 것으로 나타나며, 이후 감액경정결의시 구분 양도차익(청산금 납부분 OOO원, 기존부동산 OOO원)중 이 건 경정결의시 공제하지 아니한 청산금 납부분 양도차익 OOO원에 대해 5년 이상(관리처분계획인가일부터 양도일까지) 공제율인 15%를 적용하여 OOO원을 추가 공제(합계 OOO원)한 것으로 나타난다.OOOOOOOOOO (OO : O)

(3) 처분청의 이 건 양도소득세 경정·결의 이후에 이루어진 재차 감액경정·결의시 처분청 조사담당 공무원이 작성한 신축주택 감면세액 계산의 적정여부 검토보고서에 의하면, 감면소득금액의 적정여부와 관련하여 청구인의 신고 감면소득은 OOO원(양도소득 기본공제 전 양도소득금액), 처분청이조특법 시행령 제99조의3제2항 및 제40조 제1항 규정에 따라 계산한 적정 감면소득은 OOO원으로 OOO원이 과다 감면신고된 것으로 보았고, 감면세액의 적정여부와 관련하여 청구인의 신고 감면세액은 OOO원, 처분청이 계산한 적정 감면세액은 OOO원(「소득세법」제90조제1항)으로 OOO원이 과다 감면신고된 것으로 보았으며, 감면세액의 재계산에 따라 농어촌특별세액도 당초 신고한 OOO원에서 OOO원으로 감액되어 OOO원이 감소(환급액 충당)된 것으로 보았고, 납부불성실가산세는 결정세액(OOO원)에서 농어촌특별세 환급충당액 OOO원을 차감한 OOO원에 미납일수 1,797일 및 3/10,000을 곱하여 OOO원으로 계산하는 등 신축주택 보유기간 5년 이내의 양도소득만 감면결정하고, 종전주택의 양도소득에 대하는 감면배제하는 것으로 조사하였다.

(4) 청구인이 당초 양도소득세 신고시 부표로 작성한 양도소득계산내역서에 의하면 신축주택 취득가액 OOO원은 종전주택 평가액 OOO원과 청산금(추가 분담금)OOO원이 합산된 금액인 것으로 나타난다.

(5) 청구인이 제출한 국세청의 2001년도 제1차 법령심사협의회 의결사항(2001-2호 (3), 2001.2.23.)에 의하면 “당초 양도소득세가 과세되는 경우 주택건설촉진법에 의한 재건축사업으로 인하여 기존주택이 철거된 후 주택건설사업계획 승인일부터주택건설촉진법 제33조의2의 규정에 의한 사용승인일 전까지는 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하므로소득세법 제95조제2항의 규정에 의하여 장기보유특별공제를 받을 수 없다.”라고 해석하였던 예규(재일46014-2146, 1999.12.24.)를 동 협의회 의결사항으로 “기존부동산의 양도차익에서 장기보유특별공제를 할 수 있다.”로 예규를 변경(2001.1.1. 이후 최초 양도분부터 적용)한 것으로 나타난다.

(6) 청구인 제출자료로 OOO국세청장이 관할 세무서장들에게 시달한 신축주택 감면 검토요령에 의하면 검토대상이 주소지가 OOO인 납세자로서 신축주택 감면을 받은 세액이 OOO원 이상인 자로 되어 있다.

(7) 2007.2.28. 대통령령 제19890호로「소득세법 시행령」이 개정되면서 제166조 제2항에 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우에 있어 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 방법이 신설되었고, 동 조항에 의하면 청산금을 납부한 경우 관리처분계획인가전후의 양도차익을 기준으로 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 계산하도록 되어 있고, 같은 조 제5항에 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 보유기간 계산과 관련한 사항을 신설하면서 제1호에 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로, 제2호에 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지 양도일까지의 기간으로 하도록 규정하였는 바, 구 재정경제부에서 발행한 2006 간추린 개정세법 해설책자에는 동 조항의 신설이 양도소득세 실거래가 과세시 재건축·재개발 아파트의 양도차익계산방법을 명확히 규정하기 위한 것이라고 그 개정취지를 밝히고 있다.

(8) 위 사실관계 및 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 보면, 2007.2.28. 신설된「소득세법 시행령」제166조제5항에서 장기보유특별공제 계산시 청산금 납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익을 구분하여 각각 보유기간에 따라 산정하도록 하고 있고, 동 규정의 입법취지가 양도소득세 실거래가 과세시 재건축·재개발 아파트의 양도차익계산방법을 명확히 규정하기 위한 것임을 고려하면 동 신설규정은 확인적 규정으로 보여지는 점, 처분청이 이 건 양도소득세 경정·결의시 청산금 납부분 양도차익분에 대한 장기보유특별공제를 배제하였다가 이후 직권으로 청산금 납부분 양도차익분에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 감액경정·결의한 점 등을 종합하면 청산금 납부분 양도차익 및 종전주택분 양도차익에 대한 보유기간을 모두 고려하여 장기보유특별공제가 이루어졌다고 보여지므로 이 부분 청구주장은 타당하지 아니하다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 보면, OOO국세청장이 일선 관서장에게 시달한 신축주택 감면 검토요령은 업무관련 내부지침으로 납세자의 신뢰보호 대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 할 수 없어 이에 반한 처분청의 이 건 부과처분이 신의칙에 위배되는 부당한 처분에 해당한다거나 재량일탈 행위에 해당한다고 할 수 없고, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 새로운 해석에 따라 신의칙을 위반하여 이 건 양도소득세를 부과하였다는 청구주장은 타당하지 아니하다고 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 보면, 납세자의 고의ㆍ과실이나 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(조심 2012서2913, 2012.9.28. 외 다수 같은 뜻임), 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙에 위배되는 처분이라 보기 어렵고, 관련 법령의 해석상 전체 양도소득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만이 감면소득금액에 해당함에도 청구인은 전체 양도소득금액이 감면대상인 것으로 법령을 착오한 것으로 보아 당초 감면신청을 한 점을 고려하면 처분청의 납부불성실가산세 부과처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.