쟁점농지가 도시지역에 편입되고 3년이 경과한 토지로 보아 8년 이상 자경 감면세액 및 장기보유특별공제를 부인하여 과세한 처분의 당부

쟁점농지는 도ㆍ농 복합형태의 시의 읍, 면지역에 해당하지 않는 토지로서 도시지역 편입일로부터 3년이 경과되었고, 양도일 현재까지 주거지역으로 지정 편입된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO동 337-1 전 102㎡(3필지를 합하여 이하 “쟁점농지”라 한다.)를 2016.1.15. OOO지역주택조합에 양도한 후 쟁점농지의 취득가액을 환산취득가액으로 하여 양도소득금액을 계산하고 장기보유특별공제 및 8년 자경감면을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점농지에 대한 양도소득세 실지조사결과 쟁점농지는 상속(증여)로 취득한 도·농 복합형태의 시의 읍, 면지역이 아닌 동 지역에 소재하는 농지이며, 1978.8.29. 최초 도시지역에 편입되고(2003. 4.21. 제2종 일반 주거지역으로 재지정 편입), 3년이 경과된 토지로서「조세특례제한법」제69조및 같은 법 시행령 제66조에서 규정한 8년 자경감면 적용대상 농지에 해당하지 않고,「소득세법」제104조의3제1항에 의한 비사업용 토지에 해당하므로 취득가액을 취득시의 기준시가로 하여 양도소득금액을 계산하고 장기보유특별공제 배제 및 8년자경 감면을 부인하고 비사업용 토지에 대한 세율을 적용하여 2016.8.3.청구인에게 2016년 귀속 양도소득세OOO원을 경정· 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1989.7.1.부터 OOO동 540-44번지에 전입하여 쟁점농지를 1985.4.2. 증여 및 1995.11.21. 협의분할에 의한 상속을 받아 2016.1.15. OOO지역주택조합에 양도할 때까지 25년간 거주하면서 직접 경작을 하였는데 납세의무를 인정하지만 실질과세 원칙에 입각하여 법 이전에 OOO원에 양도하고 양도소득세 OOO원을 납부한다면 가족의 기본생활에 치명적인 악영향을 미치므로 선처를 바란다.

나. 처분청 의견

(1)「조세특례제한법」제69조제1항과 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호에 의하면 “양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시(도·농 복합형태의 시의 읍, 면 지역은 제외)에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 감면 대상에서 제외 한다”라고 규정되어 있는바, 쟁점농지는「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의거 1978.8.29. 도시지역(주거지역)으로 최초 지정 편입되었고, 2003.4.21. 도시지역(제2종 일반주거지역)으로 변경지정 편입된 사실이 확인된다.

(2) 도·농복합형태의 시의 읍, 면지역으로서 2002.1.1. 이후 주거, 상업, 공업지역에 편입된 8년 이상 자경 농지에 대하여는 취득일부터 편입일까지의 양도소득을 감면하고, 2001.12.31. 이전 주거, 상업, 공업지역에 편입된 8년 이상 자경 농지에 대하여는 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액에 대하여 감면을 하지만 청구인의 “쟁점농지”는 도·농 복합형태의 시의 읍, 면지역에 해당하지 않는 토지로서 편입일로부터 3년이 경과되었고, 양도일 현재 주거지역으로 지정 편입되어 있으므로 양도인이 쟁점농지에서 직접 경작을 하였는지 여부와는 무관하게 감면 대상 농지에 해당하지 않는 것이다.

(3)「소득세법」제104조의3제1항 제1호에 의하면, “양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역, 상업지역, 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 비사업용으로 본다”고 규정하고 있고,「소득세법」제95조제2항에서 “장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하면서 제4항에 “비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다”라고 명시하고 있는바, 청구인이 쟁점농지를 2016년 1월 1일 이전에 상속 및 증여를 원인으로 취득하여 보유하다 2016.1.15. 양도한 비사업용 토지로서 보유기간 3년이 경과되지 않았으므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지가 도시지역에 편입되고 3년이 경과한 토지로 보아 8년 이상 자경 감면세액 및 장기보유특별공제를 부인하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[괄호생략] 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[괄호생략] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

③ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」제3조제4항의 규정(괄호생략)에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑬ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 소득세법제104조의3 [비사업용 토지의 범위]

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」제3조제4항에 따른 도·농 복합 형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서를 보면 “청구인은 1989.7.1. 이후OOO시에 전입하여 거주하고 있고,소득발생현황과 현장확인 등에 의하면 8년 이상 자경한 사실은 확인되나,자경 여부와 관계 없이 양도한 쟁점농지는 1978.8.29. 도시지역(2003.4.21. 제2종 일반주거지역)에 편입되고, 1995.11.21.〔1985.4.2. 상속(증여) 취득한 시 지역에 소재하는 토지임〕도시지역에 편입되고 3년이 경과된 시의 동지역 소재 농지로서「조세특례제한법」제69조및 같은 법 시행령 제66조에 의한 8년 자경감면 대상 농지에 해당하지 않으며,「소득세법」제104조의3제1항에 의한 비사업용 토지로서 장기보유특별공제 배제 및 10% 할증 중과세대상에 해당한다”고 조사되어 있다.(나) 경상남도 사천시장이 처분청에 통보한 공문에 의하면 쟁점농지의 도시지역-주거지역 최초 편입일자를 아래 <표1>과 같다고 회신하였다.

<표1>

(다) 청구인이 쟁점농지를 자경하였다고 주장하면서 농지원부, 조합원 증명서를 제출하였고, 최초 작성일자가 1993.9.16., 발급일자가 2016.2.1.인 농지원부의 주요내용은 <표2>와 같다.

<표2>

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「조세특례제한법」제69조제1항과 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호에 의하면 “양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시(도, 농 복합형태의 시의 읍, 면 지역은 제외)에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 감면 대상에서 제외 한다”라고 규정되어 있고,「소득세법」제104조의3제1항 제1호에 의하면, “양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역, 상업지역, 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 비사업용으로 본다”고 규정하고 있는바,청구인은 1989.7.1. 이후 경상남도 사천시에 전입하여 거주하고 있고, 소득 발생현황과 현장확인 등에 의하면 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실은 확인되나,쟁점농지는 도·농 복합형태의 시의 읍, 면지역에 해당하지 않는 토지로서 도시지역편입일로부터 3년이 경과되었고, 양도일 현재까지 주거지역으로 지정 편입된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면 및 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.