쟁점주택이 조합원입주권으로 변환된 이후 기간에 해당하는 양도소득에 대해 장기보유특별공제 적용을 배제한 과세처분의 당부

처분청이 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획인가일 이후 기간분에 해당하는 청구인의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.10.9. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고, 2017.11.13. 쟁점주택이 포함된 재건축사업(OOO주택재건축정비사업, 이하 “쟁점재건축사업”이라 한다)에 대한 관리처분계획인가를 OOO구청장으로부터 받았으며, 2019.9.2. 쟁점주택을 양도가액 OOO원에 양도하였고, 2019.11.26. 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제(적용기간 2002.10.9.～2019.9.2.)를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 쟁점주택을 양도할 때 쟁점주택은 「소득세법」(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것, 이하 같다)상 주택이 아닌 조합원입주권으로 변환된 관리처분계획인가일 이후 기간에 해당하는 양도소득에 대해서는 장기보유특별공제를 받을 수 없다고 판단하여 2022.8.8. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점주택을 2002년 10월에 OOO원에 취득하여 2018.9.14. 전입하여 거주한 후, 2019.9.2. 양도하기까지 17년 3개월을 보유하였고, 그 기간 동안 재건축사업이 진행되어 2017.11.13. 관리처분계획인가(OOO)가 있었다. 이후 청구인은 2019.9.2. 쟁점주택을 황** 외 1인(이하 “양수인들”이라 한다)에게 양도하고, 양수인들과 임대차계약을 체결한 후 쟁점주택에 임차인으로 거주하다 2020.6.16. 다른 곳으로 전출하였다.

(2) 쟁건축사업의 진행과정에서 조합원과 재건축조합은 분양계약을 체결하는데, 이러한 분양계약으로 출자하는 구주택과 분양받을 신주택이 각각 특정되어야 비로소 입주권이 성립되었다고 할 것이지 관리처분계획의 인가에 따라 입주권이 성립되었다고 볼 수 없다. 청구인은 재건축사업의 진행 사실은 알고 있었으나 쟁점주택이 관리처분계획에 의하여 분양받을 신주택의 내용과 재건축 주택의 가치를 어떻게 산정하가 추가 부담ㆍ환급 등은 있는지 등 관리처분계획과 관련된 어떠한 내용도 조합으로부터 고지 받지 못하였고, 청구인은 재건축조합과 어떠한 분양계약을 체결한 사실도 없으므로 쟁점주택에서 임차인으로 계속 거주하면서 실제 생활을 하였으므로 청구인이 양도한 것은 실물 아파트이지 조합원입주권이 아니다.

(3) 쟁점주택의 양수인들은 2020.3.31. 쟁점주택을 재건축조합에 제공하는 신탁등기를 하여 2020년 3월부터 재건축사업에 따른 이주가 시작된 것이므로, 조합원입주권의 성립은 분양청구권 및 입주자로 선정된 지위가 부여된 2020.6.30.으로 보아야 한다.

(4) 「소득세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것, 이하 같다) 제166조는 조합원의 양도차익은 청산금을 납부하거나 지급받은 금액이 확정된 경우 적용되는 규정이므로, 청구인이 쟁점주택을 양도할 때에는 청산금 또는 납부금이 확정되지 않았으므로, 동 규정에 따라 양도차익이나 장기보유특별공제를 계산할 수 없는바 청구인이 쟁점주택을 양도할 때에는 주택을 양도한 것이다.

(5) OOO구청장도 쟁점주택에 대하여 2019년까지 주택분 재산세를 청구인에게 고지하였고, OOO서장도 주택분 종합부동산세를 청구인에게 고지하였는바 이는 사람이 거주하는 주택으로 세무당국에서도 보았다는 것이며, 청구인은 이와 관련한 세금을 납부하면서 어떠한 이의도 제기하지 않았다. 따라서 하나의 목적물을 세목에 따라 주택으로 과세하다 세금부과를 위해 조합원입주권으로 바꿔서 혜택을 박탈하는 법률적용은 국민의 신뢰를 저버리는 것으로 신의성실의 원칙에도 반하는 것이다.

나. 처분청 의견

청구인은 조합원 입주권을 양도하였으므로 관리처분계획인가일부터 장기보유특별공제를 적용하지 않아야 한다.

(1) 조합원입주권은 「도시 및 주거환경 정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 의한 주택 재개발ㆍ재건축사업을 시행하는 동안 정비사업조합의 조합원이 해당 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위로써 “부동산을 취득할 수 있는 권리”이고 조합원 입주권으로 변환되는 시기는 도시정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일이다.

(2) 쟁점주택이 포함된 재건축사업의 관리처분계획인가 고시일은 2017.11.13.이고 도시정비법에 따라 쟁점주택이 조합원입주권으로 변환된 시기는 관리처분계획의 인가일으므로 청구인은 조합원입주권을 양도한 것이므로, 「소득세법」 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조에 따라 장기보유특별공제는 관리처분계획인가일까지만 적용할 수 있으므로 이 건 과세처분은 정당한 처분이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 조합원입주권으로 변환된 이후 기간에 해당하는 양도소득에 대해 장기보유특별공제 적용을 배제한 과세처분의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.9.12. 매매가액 OOO원에 쟁점주택을 양수하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 2019.5.22. 매매가액 OOO원에 양수인들에게 쟁점주택을 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였으며, 2019.9.2. 보증금 OOO원에 쟁점주택에서 전세로 계속 거주하는 내용으로 전세계약을 양수인들과 체결하였다.

(2) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 2002.10.10. 매매를 원인으로 쟁점주택에 대한 소유권이전등기가 청구인에게 경료되었고, 2019.9.2. 매매를 원인으로 양수인들에게 쟁점주택에 대한 소유권이전등기가 경료되었으며, 2020.4.6. OOO주택재건축정비사업조합(이하 “OOO재건축조합”이라 한다)을 수탁자로하여 쟁점주택을 신탁하는 내용으로 신탁등기가 경료되었고, 2021.6.16. 쟁점주택의 멸실(2021.5.18. 멸실)을 원인으로 등기가 폐쇄된 것으로 나타난다.

(3) 청구인의 주민등록에 따르면 청구인은 2018.9.14. 쟁점주택에 전입하여 거주하다가 2020.6.16. 전출한 것으로 나타난다.

(4) OOO구청장은 2015.12.3. 쟁점재건축사업에 대한 사업시행인가를 하였고, 2017.11.13. 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획인가를 하였다.

(5) 청구인은 쟁점주택에 대하여, 2017년 7월, 2017년 9월, 2018년 7월, 2018년 9월, 2019년 7월 및 2019년 9월 지방세인 재산세(주택) 정기분을 부과받은 내역과 2017∼2019년 귀속 종합부동산세를 납부한 내역을 심리자료로 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 양도는 실물주택을 양도한 것이므로 쟁점재건축사업의 관리처분계획인가일 이후 기간에 해당하는 양도소득에 대해서도 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하나, 「소득세법」제88조 제9호는 도시정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 조합원입주권으로 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점주택을 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획의 인가일(2017.11.13.) 이후에 양도하였으므로 청구인이 양도한 것은 조합원입주권에 해당하고, 「소득세법」제95조 제2항은 조합원 입주권을 양도하는 경우는 도시정비법에 따른 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하며, 그 보유기간도 같은 법 시행령 제166조 제5항 제1호에 따라 관리처분계획인가일 전까지만 계산하도록 되어 있으므로, 조합원입주권의 관리처분계획인가 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 봄이 타당하고(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임), 처분청이 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획인가일 이후 기간분에 해당하는 청구인의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 6

4년 이상 5년 미만

100분의 8

5년 이상 6년 미만

100분의 10

6년 이상 7년 미만

100분의 12

7년 이상 8년 미만

100분의 14

8년 이상 9년 미만

100분의 16

9년 이상 10년 미만

100분의 18

10년 이상 11년 미만

100분의 20

11년 이상 12년 미만

100분의 22

12년 이상 13년 미만

100분의 24

13년 이상 14년 미만

100분의 26

14년 이상 15년 미만

100분의 28

15년 이상

100분의 30

표2

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상

100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 범위)

(17) 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) + [(기존건물가 그 부수토지의 평가액 - 기존건불과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비] 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액] ⑤법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간