쟁점토지의 필요경비 및 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인이 제시한 자료만으로는 관련 공사내역 및 대금지급 여부 등이 확인되지 아니하고, 쟁점토지와 관련된 자본적 지출액 또는 양도비용인지 여부가 불분명하므로 분묘이장비, 토지조성비 등을 필요경비에 산입하기 어렵고, 청구인이 쟁점토지 보유기간 동안 계속하여 사업을 영위하면서 종합소득금액 ＊＊＊백만원이 발생한 것으로 나타나고, 경작확인서 및 농자재 구입 관련 영수증 외에는 자경사실을 입증할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 없으므로 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다는 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2012.5.3. OOO 외 10필지 토지 18,891㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 사단법인 OOO 에게 OOO에 양도한 후 양도소득세 신고 당시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항에서 규정한 8년 이상 자경농지로 보아 감면대상으로 하였다.

나. 처분청은 2015.10.26.～2016.4.15. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 필요경비 및 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하고 2016.6.13. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세OOO원을 경정 고지하였다(이의신청에 대한 결정에 따라 OOO원을 감액경정하였다).

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.6. 이의신청을 거쳐 2016.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 이의신청결정에 따라 쟁점토지의 취득가액을 당초 환산가액(OOO원)에서 실거래가액(OOO원)으로 재경정하면서 지급사실이 확인되는 필요경비를 공제하지 아니하였고, 8년 이상 자경사실이 입증됨에도 단지 ‘청구인이 쟁점토지의 보유기간(13,140일) 중 788일을 외국에 체류하였다’는 이유로 이를 부인하고 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.

(1) 쟁점토지의 취득 및 양도에 소요된 비용은 다음과 같은바, 이를 모두 쟁점토지의 필요경비로 보아 양도가액에서 공제하여야 한다.

(2) 쟁점토지(임야 제외)는 8년 이상 재촌·자경농지에 해당한다.(가) 쟁점토지(임야 제외)는 관할 지자체 공무원이 재산세 과세유형을 결정하기 위하여 매년 현지실태조사에 의해 보유기간 동안 경작여부가 확인된 재산세 분리과세토지이고, 해당 농지원부를 보면 청구인은 1993.11.24. 농지조합원 및 농업인으로 등재되었고 2010년에는 청구인의 배우자 OOO이 농업업무집행사원으로 등록되어 있으며 경작구분란에 ‘자경’으로 기록되어 있어 청구인은 배우자와 함께 쟁점토지(임야 제외)를 직접 경작하였음이 입증되고 있다.(나) 청구인은 농기계(트랙터, 로우터)를 보유하고 인근 마을의 경작자들로부터 밭갈이·제초작업·비료살포 작업만을 해주는 전업농민인 OOO에게 일당을 주고 밭갈이와 제초작업을 한 후 청구인은 가족과 함께 밭작물을 계속해서 경작하였다.(다) 처분청은 ‘외국출입국 횟수가 많다’는 이유로 자경을 인정하지 아니하였으나, 설사 출국일수를 기준으로 작업일수를 계산한다 하더라도 쟁점토지의 보유일수는 13,140일(12년)로 해외체류기간 788일은 농작업에 영향을 미치지 아니하며, 더구나 청구인 부재시 그 배우자가 수시로 영농을 하였으므로 작물관리에 지장이 없었다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 주장하는 필요경비와 관련하여, 자본적 지출액 중 세금계산서 수취분을 청구인 개인사업(OOO)의 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하는 등 사업관련 경비로 산입하여 중복 공제한 사실이 확인되고, 청구인이 제출한 제반 경비의 대금지급 여부가 불분명하여 이를 인정하기 어려우며, 기타 경비에 대한 영수증도 쟁점토지의 양도와 관련한 것인지가 불분명하고, 청구인이 묘지 이장비용에 관하여 제출한 증빙자료만으로는 실제 묘지 이장과 관련한 공사이었는지가 불분명할 뿐만 아니라, 지급내역이라면서 제출한 계약이행촉구서와 영수증 및 자기앞수표 등만으로는 쟁점토지의 양도와 관련한 공사인지 불분명하므로 이를 필요경비로 인정하기 어렵다.

(2) 쟁점토지(임야 제외)의 8년 자경과 관련하여, 청구인이 제출한 증빙자료를 확인한바 농지경작확인서 등 서명인들 중 일부는 청구인의 개인사업체인 OOO의 근무자이거나 쟁점토지와 상당히 떨어져 거주하는 주민으로 그들의 진술내용을 신뢰하기 어렵고, 농사용 기구 및 보관 장소 등의 제출 사진은 청구인이 운영하는 사업장 사진으로 자경여부 판단과는 괴리가 있으며, 비료 및 농약 등 자경을 입증할 만한 농자재 구입내역 등을 재차 요청하였으나 이에 응하지 않았다. 또한, 청구인은 쟁점토지 보유기간 이전부터 제조업(미용기구)을 영위하였고 쟁점토지 보유기간 동안 총 156회에 걸쳐 788일의 출입국내역이 나타나는 등 청구인이 쟁점토지를 상시 농작업에 종사하거나 2분의 1 이상을 자기 노동력으로 경작하였다고 볼 수 없어 자경감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 필요경비 및 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

(2) 소득세법 시행령제163조(양도자산의 필요경비)

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액2.양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용다. 공증비용, 인지대 및 소개비라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.제168조의8(농지의 범위 등)

① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가「농지법」제2조제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

(3) 조세특례제한법제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

(4) 조세특례제한법 시행령제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 2012.5.3. 쟁점토지를 양도한 후 그 취득가액을 OOO원(실지거래가액), 필요경비를 OOO원, 양도가액을 OOO원(실지거래가액)으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다. (나) 처분청의 과세자료 및 조사종결보고서(2016년 4월)를 보면, 청구인이 양도소득세 신고 당시 제출한 쟁점토지의 취득계약서 3매가 계약서의 작성일자와 등기상 원인일이 모두 상이하고, 쟁점토지 일부 필지의 취득계약서상 부동산 매도자와 등기부등본상 소유자가 일치하지 않으며, 쟁점토지의 매도자인 OOO 외 2인의 계좌에 청구인 명의로 입금된 금액이 총 OOO원으로 계약서상 금액과 상이한 것으로 확인되어 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액을 부인하고 환산가액을 적용하여 경정하였으나, 이후 이의신청결정(취득가액 및 필요경비 추가 인정)에 따라 OOO원을 감액 경정한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 다음과 같은 자본적 지출액을 쟁점토지의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하였는바, 당초 이의신청시 OOO원을 필요경비로 주장하였으나 처분청은 그 중 일부(OOO원)만 인정하고 나머지는 객관적인 증빙이 없다는 이유로 부인하였다. (라) 국세통합전산망 조회자료 등에 의하면, 청구인의 사업이력은 다음과 같은바, 청구인은 2000년～2011년 기간 중에 종합소득금액 OOO원(사업소득 OOO원, 부동산 임대소득 OOO원, 근로소득 등 OOO원)을 신고하였고, 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 쟁점토지의 소재지(OOO)에 거주하였으며, 총 156회 출입국하면서 총 788일간 해외에 체류한 것으로 나타난다.

(마) 청구인은 쟁점토지(임야 제외)를 8년 이상 재촌·자경하였다고 주장하면서 그에 대한 증빙으로 농지원부, 재산세 과세내역서, OOO의 경작확인서(2005년～2011년 기간 동안 쟁점토지의 경작에 자신이 보유한 농기계를 사용한 작업을 해주었고, 제초·비료살포 작업 등을 해준 사실이 있음), OOO 외 1인의 경작확인서(수년간 쟁점토지의 농사를 경작할 때 일당을 받고 몇 일간 일하였음), 조합원 증명서(가입일 1995.9.22., 출자금액OOO원, OOO농업협동조합의 조합원임을 확인함), 비료 등 농자재 구입관련 영수증 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 분묘이장비, 토지조성비, 중개수수료 등 합계 OOO원을 쟁점토지의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제출한 자료만으로는 관련 공사내역이나 대금지급 등을 인정할 만한 객관적이고 구체적인 증빙이라고 볼 수 없어서 위 금액이 실제 쟁점토지와 관련된 자본적 지출비용 또는 양도비용인지가 불분명하므로 청구인의 주장을 받아들이기 어려우며, 쟁점토지(임야 제외)의 자경 감면과 관련하여 보면 청구인은 보유기간 동안 계속하여 사업을 영위하면서 종합소득금액 OOO원(사업소득 OOO원, 부동산 임대소득 OOO원, 근로소득 등 OOO원)이 발생한 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 경작확인서는 임의 작성이 가능한 것이라 그 신빙성이 부족할 뿐만 아니라 농자재 구입 관련 영수증도 자경사실에 대한 객관적인 증빙이라 할 수 없는 점 등에 비추어 쟁점토지(임야 제외)를 8년 이상 재촌·자경하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.