퇴직급여충당금전입액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

쟁점퇴직급여충당금전입액이「조세특례제한법」의연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당된다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 1986.8.1. 개업하여 난방기구 및 전기기구 등을 제조 및 도ㆍ소매하는 법인으로 2008사업연도~2010사업년도 법인세 신고시 부설연구소 연구원에 대한 인건비에 대하여「조세특례제한법」 제10조에 규정된 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하면서 동 연구원에 대한 퇴직급여충당금전입액 OOO원,이하 “쟁점퇴직급여충당금전입액”이라 한다)은 인건비에 포함하지 아니하였다가, 2012.3.30. 쟁점퇴직급여충당금전입액을 연구 및 인력개발비에대한 세액공제 대상 인건비에 포함하여 2008사업연도~2010사업년도에 OOO을 추가로 세액공제하여 그 중 이월공제액을 제외한 OOO을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

나.처분청은 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1에서 퇴직급여 및 퇴직급여충당금전입액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비에서 제외하도록 규정되어 있으므로 쟁점퇴직급여충당금전입액은 세액공제대상 인건비에 해당하지 않는다 하여 2012.7.13. 청구법인에게 경정거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2012.2.2. 개정전 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서는 연구개발전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비를 세액공제대상 인건비로 규정하고 있을 뿐 그 인건비의 범위에 대하여는 구체적으로 정하고 있지 않으므로 다른 법령이나 해석 및 판례 등을 적용할 수 밖에 없는바,「법인세법」 제26조에서는 인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제44조에서는 퇴직급여의 손금불산입 규정을 두어 일정 요건에 해당하는 퇴직급여에 대하여만 손금을 인정하지 않도록 규정하고 있는 점,「법인세법」 제33조에서는 대통령령으로 정하는 범위내의 퇴직급여충당금전입액은 손금에 산입하도록 규정하면서 임원이나 사용인에게 퇴직금을 지급하는 경우 그 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하도록 규정하고 있는 점, 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공에 대한 대가 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 의미하는 것이므로 근로기간동안 일정액씩 미리 적립해 두었던 근로의 대가를 퇴직시 일시에 지급하는 형태인 퇴직급여도 인건비에 해당한다고 봄이 합리적인 점, 대법원에서도 퇴직급여충당금도 인건비와 마찬가지로 「법인세법」상 당해 사업연도의 소득금액계산에 산입되는 점 등을 고려할 때 동 퇴직급여충당금도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비로 보더라도 그 입법취지에 반하는 것이 아니고, 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 판결(대법원 2011두6814, 2011.6.24.)한 점 등으로 볼 때, 처분청에서 경정거부한 처분은 위법하므로 이월공제액을 제외한

OOO원을 추가로 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

「법인세법」은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것이 그 목적이나, 「조세특례제한법」은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로 이와 같이「법인세법」과 「조세특례제한법」은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서 「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여 「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제대상으로 볼 수는 없다고 보이고, 「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 구조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16을 「조세특례제한법」 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 개정된「조세특례제한법 시행령」별표6에서도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 쟁점퇴직급여충당금전입액이 「조세특례제한법」의연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기 어려우므로 경정거부한 당초 처분은 정당하다(조심 2011부1401, 2012.2.16. 합동회의 참고).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점퇴직급여충당금전입액이연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제]

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제10조 [연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제]

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(3)조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제]

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.[별표6] (연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

1. 기술개발가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의인건비

(4) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 신설된것) 제9조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등]

① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을말한다.[별표6] (연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

1. 기술개발가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(5)조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등]

① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서별표 6의 비용을 말한다.[별표6] (연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

1. 연구개발가. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및「법인세법」제33조에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 쟁점퇴직급여충당금전입액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당된다는 주장이나, 「법인세법」은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것에 그 목적이 있는 반면, 「조세특례제한법」은 특정분야에 대한 세제지원을 통해소기의 국가정책목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로서 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되므로 「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여 「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제대상으로 보아야 하는 것은 아닌 점, 「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 구조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16을 「조세특례제한법」 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이는 점, 2012.2.2. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구 및 인력개발에 직접적으로 투입된 노무의대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고,퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,

쟁점퇴직급여충당금이 「조세특례제한법」의연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당된다고 보기 어려우므로(조심 2011서1923, 2012.5.11. 합동회의 등 참고) 처분청에서 쟁점퇴직급여충당금전입액을 「조세특례제한법」의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당되지 아니하는 것으로 보아 경정거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.