신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우의 감면소득은 소득금액 차감방식으로 산정할 수 있는지 여부 등

조세법 §99의3ㆍ①은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점 등을 종합해 볼 때, 감면대상소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인 은 1993.1.29. 서울특별시 OOO 주택 58.12㎡(이하 “종전 주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중, OOO로 인하여 서울특별시 OOO (이하 “신축주택”이라 한다)를 2004.2.16. 취득하여 2009.7.16. OOO원에 양도하고, 2009.9.15. 양도소득세 예정신고 후 무납부 하였으나 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】규정의 감면신청이 누락되어 2009.10.13. 감면누락분 양도소득세 OOO원에 대하여 경정청구 하였다.

나. 처분청은 조특법 제99조3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】규정을 적용함에 있어 “종전주택” 취득일로부터 “신축주택” 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세의 감면대상이 아니라고 판단하여 “신축주택” 양도에 대한 감면세액을 일부 배제하여 2012.5.11. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OO ,OOO,OOO원을 경정·고지하였다. 다 . 청구 인은 이에 불복하여 2012.9.7. 이의신청을 거쳐 2013.2.5. 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】은 취득일로부터 5년이내에 양도하는 경우 전액감면하고 5년이 지나양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것으로 세법을 해석하여 국세행정이 관행으로 이루어졌는바, 경정청구 당시 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서는 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액은 조특법 제99조3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는다는 해석일 뿐 감면대상 소득금액의 계산방법에 관한 내용은 종전 예규나 관행을 따를 수밖에 없었음. 따라서 2011.2.10. 새로운 예규를 근거로 소급해서 경정·고지한 것은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙을 위배한 것이다.

(2) 종전주택의 취득가액(OOO원)과 평가액(OOO원)을 보면 양도차익은 모두 신축주택에서 발생하였고 전액감면대상이라 판단한 청구인의 귀책사유는 없다.

(3) 2011년 이후 변경된 해석(예규)에 의하여 조특법시행령 제40조 제1항의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 달리 산정하더라도 신축주택 취득일로부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 한다.

(4) 경정청구에 대해 처분청은 적합한 감면으로 결정하였고 이에 대해 청구인은 납세의무를 성실하게 이행한 바, 청구인에게 귀책사유가 없음에도 납부불성실 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 제99조의3 관련 국세청 예규는 신축주택감면에 관한 새로운 해석이 아니라 조특법 제99조의3 조항이 신설된 2000.12.29. 이후부터 적용되어야 하는바 청구인의 양도소득세 확정신고에 오류가 있음을 발견하고 납세의무 성립일 당시의 법령에 근거하여 경정하는 것은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위반된다고 보기 어렵다 할 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액에 해당하지 않은 것으로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 신축주택 양도와 관련, 종전주택 보유기간 감면대상 여부 및 새로운 예규를 근거로 납세의무가 이미 성립한 양도소득세를 추징하는 것은 신의성실·소급과세금지 원칙에 위배된다는 청구인 주장 당부

② 신축주택취득 후 5년경과하여 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하며 납부불성실 가산세는 부당하다는 청구주장 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] [전문개정 2010.1.1]

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]

① 법 제99조제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액 ×

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가- 취득당시의 기준시가

양도당시의 기준시가- 취득당시의 기준시가

(3) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1993.1.29. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 도시재개발 사업으로 종전주택이 재개발되어 2004.2.16. (준공일) 신축주택을 취득하였으며 이후 2009.7.16. 신축주택을 양도하고 2009.9.15. 양도소득세 예정신고 후 무납부 하였으며, 그 후 조특법 제99조 3 규정에 대한 감면신청이 누락되어 2009.10.13. 감면누락분 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구를 하였음이 청구인이 제출한 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 처분청의 결정·고지 내역이 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 아래 <표>와 같이 확인된다. <표> 양도소득세 신고, 경정청구, 결정내역 (OO : O)

(3) 청구인은 신축주택에 대한 양도소득세 신고시, 아래 산식에 따라 감면소득을 OOO원 산정하고, 이에 대한 감면세액을 산출세액 OOO원으로 하여 경정청구 하였음이 확인된다.

(4) 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는다고 보아, 아래 산식에 따라 감면소득을 OOO원으로 산정하였음이, 다음과 같이 확인되고 이에 해당하는 감면세액은 OOO원으로 세액감면방식에 의하여 계산하였음이 확인된다.

(5) 처분청은 납부불성실 가산세를 1일 0.03%(연 10.95%)로 하여 O,OOO,OOO원으로 하여 경정하였음이 확인된다.

(6) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 국세청이 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되는 것이라고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로(조심 2012서4696, 2012.12.28. 외 다수 참조), 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다..

(7) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 신축주택취득 후 5년경과하여 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하며 납부불성실 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인 바(대법원 2002두9537, 2003.1.24. 판결 외 다수), 「조세특례제한법」 및 같은 법 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 「조세특례제한법」제99조의3 은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조의3 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」제99조의3 에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 동일하게 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 같은 뜻).

따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 쟁점신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 감면대상소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 직접 차감하여 과세표준을 산정한 후 이에 세율을 곱하는 방법으로 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 데 대하여 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이나, 이 건의 경우에는 이에 해당하는 것으로 보이지 아니하므로 처분청의 신고납부불성실 가산세 부과는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.