쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

쟁점토지의 보유기간별로 나누어 비사업용토지 해당여부를 보면 취득일부터 20**년까지의 경우 쟁점토지의 공부상 및 사실상 지목은 임야로 확인되고 이 기간 중 청구인은 쟁점토지 소재지와 연접한 시군구에 거주하였으므로 임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야로서 비사업용토지에 해당하지 아니하는 점, 20**년부터 20**년까지는 쟁점토지의 사실상 용도가 임야일 경우에는 위와 같은 이유로 비사업용토지에 해당하지 아니하고 재산세 과세내역에 따라 주택건설사업용토지로 볼 경우 재산세가 분리과세되어 비사업용토지에 해당하지 아니하는 점, 20**년부터 양도일.까지의 기간은 재산세가 분리과세된 토지로서 비사업용토지에 해당하지 아니하는 점, 「소득세법」제104조의3 제2항은 제1항에 따라 비사업용토지에 해당하는 경우에도 법률에 따른 사용금지 등의 사유가 있는 경우에는 추가적으로 비사업용토지로 보지 아니한다는 뜻으로 해석되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 취득하였다가 OOO 이 중 OOO 분할하고 남은 토지 OOO 도시개발구역으로 지정·고시된 「OOO 도시개발사업」안의 토지로서, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도한 후 양도소득세 신고시 비사업용토지가 아닌 것으로 보아 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 도시개발구역 안의 토지를 도시개발사업이 진행 중에 취득한 경우에 해당되어 비사업용토지에 해당한다는 OOO지방국세청장의 감사지적에 따라OOO 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법」제104조의3제1항 제4호에서「지방세법」제106조제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지는 사업용토지에 해당하는 것으로 규정하고 있고,「지방세법 시행령」제102조제5항 제24호에서는「도시개발법」제11조에 따른 도시개발사업의 시행자(지정권자로부터 지정받은 토지소유자 등 포함)가 도시개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상 토지로 규정하고 있는바, OOO으로부터 분리과세대상 토지로 분류되어 재산세가 과세된 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

토지를 취득한 후 「도시개발법」에 따른 도시개발구역으로 지정된 경우에는「소득세법」제104조의3제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호, 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제8호에 의하여 구역지정일OOO부터 건축이 가능한 날OOO로부터 2년까지 사업용으로 사용한 것으로 보는 것이나, 청구인은 쟁점토지를 도시개발구역 지정일 이후인 OOO 취득하였으므로 위의 기간 동안 쟁점토지가 사업용토지에 해당하는 것으로 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점토지 보유 및 OOO 도시개발사업의 진행경과는 아래 <표1>과 같다.

<표1>

쟁점토지 보유 및 OOO 도시개발사업 경과

(2) 청구인은 2014년 귀속 양도소득세 신고시 쟁점토지가 비사업용토지가 아닌 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하였으나, 처분청은 OOO 도시개발구역 지정고시 후에 취득하였으므로 비사업용토지에 해당한다는 감사지적에 따라 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 경정·고지하였다.

(3) OOO지방국세청장의 조회요청에 따라 OOO 회신한 쟁점토지에 대한 재산세 과세내역은 아래 <표2>와 같고, 이에 의하면 쟁점토지는 OOO 이후부터 주택건설사업용토지로서 재산세가 분리과세된 사실이 확인된다.

<표2>

쟁점토지에 대한 재산세 과세내역

(4) 쟁점토지에 대한 항공사진에 의하면 OOO에는 임야로, OOO 이후에는 도시개발사업이 진행 중인 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 주민등록초본에 의하면OOO 전입한 후 현재까지 OOO에 주소를 둔 것으로 확인되며 행정구역상OOO에 연접한다.

(5)「소득세법」제104조의3제1항 제2호 나목 및 같은 법 시행령 제168조의9 제2항에서는 “임야의 소재지와 동일한 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주하는 자가 소유하는 임야”를,「소득세법」제104조의3제1항 제4호 나목에서는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중「지방세법」제106조제1항 제3호에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지를 각 비사업용토지에서 제외하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용이 금지된 토지나 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있도록 규정하고 있다.

(6) OOO지방국세청 감사담당자가 제시한 서면질의OOO 회신내용은 아래와 같다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지의 보유기간별로 나누어 비사업용토지 해당여부를 보면 OOO 취득일부터 OOO까지의 경우 쟁점토지의 공부상 및 사실상 지목은 임야로 확인되고 이 기간 중 청구인은 쟁점토지 소재지와 연접한 시군구에 거주하였으므로 임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야로서 비사업용토지에 해당하지 아니하며(「소득세법」제104조의3제1항 제2호 나목 및 같은 법 시행령 제168조의9 제2항),OOO까지는 쟁점토지의 사실상 용도가 임야일 경우에는 위와 같은 이유로 비사업용토지에 해당하지 아니하고 재산세 과세내역에 따라 주택건설사업용토지(농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서 잡종지)로 볼 경우 재산세가 분리과세되어 비사업용토지에 해당하지 아니하며(「소득세법」제104조의3제1항 제4호 가목 및「지방세법」제106조제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제24호),OOO부터 양도일인 OOO까지의 기간은 재산세가 분리과세된 토지로서 비사업용토지에 해당하지 아니하므로, 결국 쟁점토지는 그 보유기간 전부가 비사업용토지에 해당하지 아니한다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

한편,「소득세법」제104조의3제2항에서 “제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용토지로 보지 아니할 수 있다”고 규정하고 있는바, 이는 제1항에 따라 비사업용토지에 해당하는 경우에도 법률에 따른 사용금지 등의 사유가 있는 경우에는 추가적으로 비사업용토지로 보지 아니한다는 뜻으로 해석되므로「소득세법」제104조의3제1항에 따라 비사업용토지에 해당하지 아니하는 쟁점토지에 대해 청구인이 OOO 도시개발구역 지정고시 후인 OOO 이를 취득한 사실을 들어 같은 조 제2항이 적용되지 아니하여 비사업용토지로 보아야 한다는 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 소득세법제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)<표1>

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

4년 이상 5년 미만

100분의 12

5년 이상 6년 미만

100분의 15

6년 이상 7년 미만

100분의 18

7년 이상 8년 미만

100분의 21

8년 이상 9년 미만

100분의 24

9년 이상 10년 미만

100분의 27

10년 이상

100분의 30

제104조의3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야다. 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지나.「지방세법」 제106조제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.제168조의7【토지지목의 판정】법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.제168조의9 【임야의 범위 등】

② 법 제104조의3 제1항 제2호 나목에서 "임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야"라 함은 임야의 소재지와 동일한 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 임야로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주하는 자가 소유하는 임야를 말한다.제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙제83조의5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서생략)

8. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년

(4) 지방세법제106조(과세대상의 구분 등)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야다. 제13조 제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

(5) 지방세법 시행령제102조【분리과세대상 토지의 범위】

⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. (단서생략)24.「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및운영에 관한 특별법」 제9조에 따른 경제자유구역개발사업의 시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지나. 토지구획정리사업의 시행인가를 받은 날 또는 사업계획의 공고일(토지구획정리사업의 시행자가 국가인 경우로 한정한다)부터 종전의 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제61조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지

(6) 도시개발법제3조【도시개발구역의 지정 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 계획적인 도시개발이 필요하다고 인정되는 때에는 도시개발구역을 지정할 수 있다.

1. 특별시장·광역시장·도지사·특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)2.「지방자치법」 제175조에 따른 서울특별시와 광역시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시의 시장(이하 "대도시 시장"이라 한다)

③ 국토교통부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항과 제2항에도 불구하고 도시개발구역을 지정할 수 있다.

1. 국가가 도시개발사업을 실시할 필요가 있는 경우

2. 관계 중앙행정기관의 장이 요청하는 경우

3. 제11조 제1항 제2호에 따른 공공기관의 장 또는 같은 항 제3호에 따른 정부출연기관의 장이 대통령령으로 정하는 규모 이상으로서 국가계획과 밀접한 관련이 있는 도시개발구역의 지정을 제안하는 경우

4. 제2항에 따른 협의가 성립되지 아니하는 경우

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우제11조【시행자 등】

① 도시개발사업의 시행자(이하 "시행자"라 한다)는 다음 각 호의 자 중에서 지정권자가 지정한다. 다만, 도시개발구역의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에는 제5호의 토지 소유자나 제6호의 조합을 시행자로 지정한다.

5. 도시개발구역의 토지 소유자(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 면허를 받은 자를 해당 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 보며, 제21조에 따른 수용 또는 사용 방식의 경우에는 도시개발구역의 국공유지를 제외한 토지면적의 3분의 2 이상을 소유한 자를 말한다)

6. 도시개발구역의 토지 소유자(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 면허를 받은 자를 해당 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 본다)가 도시개발을 위하여 설립한 조합(도시개발사업의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에만 해당하며, 이하 "조합"이라 한다)