동일세대원인 청구인의 어머니가 보유하고 있는 주택은 청구인의 동생이 명의신탁한 주택으로 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

OOO주택의 취득자금에 상당하는 OOO만원과 취·등록세가 청구인의 여동생의 계좌에서 인출된 것으로 나타나는 점, OOO구청장 및 법원이 OOO주택의 실소유자를 청구인의 여동생이라고 하여 부동산실명법 위반 과징금 및 벌금을 부과한 점 등을 종합할 때, OOO주택의 실소유자를 청구인의 어머니로 보아 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제한 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 임야 2,380㎡(지분 31/32), 같은 리 661 답 2,390㎡, 같은 리 663 답 476㎡, 같은 리 664 답 89㎡, 같은 리 351 대지 621㎡, 같은 리 351 주택 93.72㎡(이하 “현물출자부동산”이라 한다)을 자신이 설립한 OOO(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 2011.10.27. 현물출자하고, 현물출자부동산 중 같은 리 661 등 답 3필지 농지는 8년 자경 감면신청하였고, 같은 리 351 주택 및 부수토지와 임야는「조세특례제한법」 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)에서 규정한 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산으로 양도소득세 신고 시 이월과세를 신청하였다.

나. 처분청은 현지 출장하여 확인한 바, 현물출자부동산 중 답 3필지 농지는 8년 자경 감면요건이 적정하여 신고 시인 결정하고, 현물출자부동산 중 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)과 부수토지(주택을 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산이 아닌 주택으로 사용 중인 것으로 확인되어 이월과세 신청을 부인하고, 2012.5.4. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산을 포함한 현물출자부동산을 2011.10.27. 현물 출자하여 농업회사법인을 설립하고 대표이사에 취임하였으며, 2011.12.31. 현물출자부동산 중 농지는「조세특례제한법」 제69조제1항의 규정에 따라 8년 자경농지 감면을 신청하였고, 임야 2,380㎡와 쟁점부동산은「조세특례제한법」 제68조제3항에 따라 이월과세를 신청하여 양도소득세를 예정신고하였으나, 처분청은 자경농지의 감면과 임야의 이월과세 신청은 인정하고 쟁점부동산의 이월과세 신청은 부인하였다.청구인은 쟁점부동산에 버섯 등 농업생산물을 보관할 저온창고를 설치하여 농작물을 보관하고 농기계 보관 및 종업원의 숙소로 활용할 목적으로 현물출자하였으나, 쟁점주택에는 2004.10.16.부터 임대차계약이 되어 농작물재배업에 바로 사용할 수 없었고, 주택임대차보호법에 따라 2012년 12월말까지 비워주기로 하였으며, 2012.4.12. 쟁점부동산에 저온창고를 설치하여 버섯 등 보관창고로 이용 중이고 농기계보관 용도로 사용하고 있다.「조세특례제한법」 제68조이월과세 규정은 현물출자를 과세소득의 미실현으로 보아 농업회사법인이 쟁점주택을 양도할때까지 납세의무를 이연시키는 제도로 현물출자 시점에 출자받은 법인의 목적에 사용하지 아니하면 이월과세를 적용하지 않는다는 규정도 없으며, 법인의 목적에 사용하기 위해서는 상당한 준비기간이 필요한 게 현실인데 출자시점에 법인의 사업목적에 사용하지 아니하였다 하여 이월과세를 부인한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제68조에서 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산을 농업회사법인에 현물출자하는 경우에 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있는바, 청구인이 설립한 농업회사법인인 OOO에 현물출자부동산 중 쟁점부동산을 농작물재배업에 직접 사용하는지 여부를 확인하기 위해 조사공무원이 현지 출장하여 확인한 결과, 쟁점주택은 주택으로 사용 중에 있었으며, 청구인을 통해서도 현물출자 시점(양도 시점)인 2011.10.27. OOO에게 임대하여 주택으로 사용 중인 것으로 확인되었다.청구인은 쟁점부동산의 임대기간이 만료되는 2012년 말에 주택을 철거하고 농업용 창고를 신축하여 농작물재배업에 직접 사용할 예정이라 하나, 양도 시점에 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산이라 볼 수 없으므로 이월과세를 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 농업회사법인에 현물출자할 당시 임대하고 있는 쟁점주택 및 부수토지를 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산으로 보지 아니하고 이월과세를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농어업·농어촌 및 식품산업기본법」 제3조제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.

(2) 조세특례제한법 시행령제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

③ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 현지 확인 조사복명서(2012.3.30.)에 의하면, 쟁점주택은 주택으로 사용하고 있었으며, 청구인에게 확인한 바, 양도시점에 OOO에게 임대하여 주택으로 사용 중에 있으며, 임대기간이 만료되는 2012년 말에 주택을 철거하고 농업용 창고 등을 신축하여 농작업에 직접 사용할 예정이라고 진술하여,「조세특례제한법」 제68조에서 규정한 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산이 아닌 주택으로 사용 중인 것으로 확인되므로 이월과세 신청을 부인한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점주택에는 2004년부터 임차인이 거주하고 있고 임대기간(2012년 말)이 남아 있어 주택임대차보호법에 따라 즉시 퇴거시키지 못하고 농업회사법인과 특약사항에 쟁점주택의 부수토지에 저온창고 설치, 농기계 보관 등을 추가로 하여 임대차계약을 체결하고 저온창고를 설치하여 사용하고 있어 쟁점부동산을 농작물재배업에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 제출한 현물출자계약서(2011.10.13.) 및 등기부등본에 의하면, 청구인은 농업회사법인에 쟁점부동산을 포함한 현물출자부동산을 현물출자하여 2011.10.27. 농업회사법인에 소유권이전한 것으로 나타난다. (나) 농업회사법인의 사업자등록증에 의하면, 법인명을 OOO법인으로, 대표자는 청구인으로, 사업장 소재지는 OOO으로 되어 있으며, 개업일 2011.10.17.이고, 업종은 농업/곡물 및 기타식량작물재배업(목이버섯농장)으로 되어 있는 것으로 나타난다. (다) 처분청이 제출한 청구인의 확인서(2012.3.)에 의하면, 청구인은 쟁점부동산 출자 당시에는 OOO(OOO 배우자)에게 주택으로 임대 중이어서 임대기간(2012년 말)이 끝나면 주택을 철거하고 농업용 창고 등으로 사용할 예정이며, 2011.10.20. 쟁점주택을 농업용으로 사용하기 위한 사용계획서를 공주시청에 제출해서 승인받았음을 확인한 것으로 나타난다.

(라) 쟁점주택에 대한 임대차계약서에 의하면, 청구인은 쟁점주택을2004.12.16.부터 임대차계약하였고 자동갱신되어 계속 임대차하고 있으며, 현물출자 당시(2011.10.13.)에 임차기간이 2012.12.26.까지 되어 있어 농업회사법인과 체결한 쟁점주택 및 부수토지에 대한 임대차계약서(2011.10.1.)에 의하면, 임차인 OOO가 2011.10.1. 쟁점부동산에 대하여 2012.12.16.까지 임대보증금 OOO으로 하여 임대차계약을 체결한 것으로 되어 있고, 특약사항에 쟁점주택의 부수토지에 저온창고 시설 설치, 농기계 보관, 사무실 개설, 판매 및 가공시설 설치를 한다고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (마) 저온창고 매매계약서(2012.4.12.) 및 사진에 의하면, 청구인은 저온창고를 OOO에 구입하였으며, 쟁점주택의 부수토지에 저온창고를 설치한 것으로 나타난다. (바) 우리 원 조사공무원이 현지출장(2012.9.10.)하여 탐문한 결과, 쟁점주택에 거주하는 임차인이 2012.9.11. 이사할 예정인 것으로 확인하였고, 부수토지에는 저온창고가 설치되어 있는 것으로 확인하였다. (사) 이 건 심리 시 OOO에 쟁점주택의 전입세대를 확인한 바, 2012.9.21. 현재 쟁점주택에 전입한 내역은 없으며, 임차인은 2012.9.10. 전출한 것으로 나타난다.

(3) 살피건대, 처분청은 쟁점주택을 현물출자할 당시에 임차인이 거주하고 있어 쟁점부동산을 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산으로 보기 어려워 쟁점부동산의 이월과세를 부인하고 양도소득세를 부과하였으나,「조세특례제한법」 제66조제3항은 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농어업·농어촌 및 식품산업기본법」 제3조제1호 가목에 따른 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있는 바, 이는 부동산이 현물출자될 당시에 농작물재배업에 직접 사용되어야 한다고 해석하는 것이 타당하다 할 것이나, 이 건 쟁점부동산은 2011.10.20. 농업용으로 사용하기 위한 사용계획서를 공주시청에 제출해서 승인받은 점, 임차인이 2004.12.16.부터 쟁점주택에 계속하여 거주하고 있는 상태에서 주택임대차보호법에 따라 강제 퇴거시키지 못하는 점, 현물출자받은 농업회사법인이 남은 기간 동안 임차인과 임대차계약을 하여 쟁점주택의 부수토지에 농작물재배업에 직접 사용할 수 있도록 특약사항으로 체결한 점, 쟁점주택의 부수토지에 저온창고를 설치하여 운영하고 있는 점, 임차인이 2012.9.10. 퇴거하여 쟁점주택에 전입자가 없는 것으로 나타나는 점 등으로 볼 때, 농업회사법인이 현물출자를 받을 당시에 쟁점주택의 부수토지를 농작물재배업에 직접 사용할 수 있도록 하여 쟁점부동산이 농업회사법인의 사업목적에 전혀 사용되지 아니하였다고도 보기 어려우므로, 쟁점주택의 특수한 상황을 고려하여 쟁점주택을 포함한 현물출자된 쟁점부동산에 대하여 농작물재배업에 직접 사용되는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 농업회사법인에 현물출자된 쟁점부동산의 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.