신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

관련법령에 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하도록 되어 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있는 점 등을 종합할 때, 신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 서울특별시 강남구 OOO(이하 “종전아파트”라 한다)를 2001.2.14OOO만원에 취득하여 보유하다가 재건축사업이 진행되어 조합원자격으로 2005.1.28 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하였으며, 이후 2009.2.14. 쟁점아파트를 24억5,000만원에 양도하고, 2010년 5월 양도소득세 신고시「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례, 이하 “쟁점특례규정”이라 한다)을 적용하여 산출세액 OOO에 대하여 전액 감면으로 신고하고 농어촌특별세OOO만원을 납부하였다.

나. 처분청은 신축주택이 쟁점아파트와 같은 재건축·재개발아파트인 경우 종전주택의 보유기간에 대해서는 쟁점특례규정이 적용되지 아니한다고 보아 쟁점아파트 취득일(2005.1.28.)부터 양도일까지의 양도소득금액에 대해서만 쟁점특례규정을 적용하여 2012.2.17. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점특례규정을 적용하면서「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항에 따라 제40조 제1항의 계산산식을 원용하였으나, 동 규정은 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도한 경우에 있어 그 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 경우에 적용하는 것으로, 본 건과 같이 신축주택의 취득일로부터 5년이내 양도함으로써 신축주택의 양도소득금액의 100% 감면받는 경우에 적용하는 조항이 아니므로 본 건 처분은 부당하다.

(2) 주택재개발 및 재건축사업에 의한 신축주택을 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익의 계산구조는 (관리처분계획인가 전 양도차익) + (관리처분계획인가 후 양도차익)의 2단계로 계산하는 것이며, 본 건의 경우 재건축사업에 따른 관리처분계획에 따라 종전아파트는 OOO으로 평가되어 실지취득가액(OOO)보다 저평가되었고, 이에 청구인은 추가로 청산금 OOO만원을 납부하였으므로 신축주택인 쟁점아파트의 실지취득가액은 종전아파트의 평가액과 납부한 청산금의 합(OOO)이 되어야 하는데, 이 금액이 종전아파트의 취득가액(OOO)이 발생한다.

따라서, 본 건의 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하면, 신축주택 취득일 이전에 발생한 양도차익은 없고, 모든 양도차익이 신축주택 취득일 이후에 발생한 것이므로 쟁점특례규정을 적용함에 있어 전액 감면대상소득으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점특례규정의 전체 문언을 감안할 때, 쟁점아파트와 같이 재건축아파트의 경우 감면대상소득금액은 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지, 종전주택의 보유기간을 포함하여 전체 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없는 것이며, 감면대상소득금액을 산정함에 있어「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항에서는 제40조 제1항의 산식을 준용하도록 규정하고 있으므로 청구주장은 이유없다.

(2)「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항에서는 쟁점특례규정을 적용함에 있어 감면대상소득금액은 제40조 제1항의 산식을 준용하여 산정하도록 하고 있고, 동 산식에서는 실지거래가액이 아니라 기준시가를 기준으로 하고 있으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득하고 그 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우,「조세특례제한법」제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)을 적용함에 있어①「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식에 의하여 감면대상소득금액을 산정한 것은 부당하다는 주장의 당부

② 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도차익을 기준시가가 아닌 실지거래가액에 의하여 산정하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우 : 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택(2)조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득

금액??? ×

취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가

- 취득당시의 기준시가

양도당시 기준시가 - 취득당시의 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면, 청구인은 종전아파트를 2001.2.14 OOO만원에 취득하였다가, 재건축사업에 따라 2001.4.28. 관리처분계획인가를 받았으며, 이후 청산금OOO만원을 추가로 납부하여 2005.1.28. 신축주택인 쟁점아파트를 취득한 후 4년 1개월을 보유하다가 2009.2.14OOO만원에 양도한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다.청구인은 처분청이 쟁점특례규정을 적용하면서 원용한「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 계산산식은 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도한 경우에 있어 그 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 경우에 적용하는 것으로, 본 건과 같이 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우에는 적용할 수 없는 것이라고 주장하고 있으나,쟁점특례규정에 따른 감면대상소득금액을 산정함에 있어「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항에서는 제40조 제1항의 산식을 준용하도록 규정하고 있고, 동 규정은 문언상 신축주택 취득일로부터 5년이 경과하여 양도한 경우 뿐만 아니라 5년 이내에 양도한 경우에도 적용된다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다.청구인은 종전아파트의 취득일로부터 신축주액인 쟁점아파트의 취득일 전일까지의 양도차익은 실지거래가액에 의하여 산정하여야 한다고 주장하고 있으나,「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항에서는 쟁점특례규정을 적용함에 있어 감면대상소득금액은 제40조 제1항의 산식을 준용하여 산정하도록 하고 있고, 동 산식에서는 실지거래가액이 아니라 기준시가를 기준으로 하고 있도록 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.