쟁점아파트를 10년 이상 임대한 것으로 보아 장특공제액을 조특법§97의3① 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 양도세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

청구인들의 쟁점아파트 임대기간이 8년 이상인 것으로 보아, 장기보유특별공제액을 조특법§97의3

① 본문에 따른 공제율 50%를 적용하여 양도세를 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인들은 2011.9.26. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다) 각 1/2지분을 취득한 후 2011.10.13. OOO구청장에게 「민간임대주택에 관한 특별법」(2011.3.9. 법률 제10463호로 개정된 것) 제2조 제3호의 (민간)매입임대주택(같은 법 제16조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제13조 제1항에 따라 임대의무기간 5년)으로 임대사업 등록을 하고, 2011.10.20. OOO서장에게 개업일자를 2011.10.1.로 하여 임대사업자 등록을 하였다.

나. 청구인들은 2018.4.12. 쟁점아파트를 「민간임대주택에 관한 특별법」(2017.12.26. 법률 제15319호로 개정된 것) 제2조 제5호의 준공공임대주택(임대의무기간 8년)으로 변경신고하였고, 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 아파트가 장기일반민간임대주택에서 제외됨에 따라 2021.4.12. 「민간임대주택에 관한 특별법」(2021.3.16. 법률 제17944호로 개정된 것) 제6조 제5항에 따라 임대등록이 자동말소되었다.

다. 청구인들은 2021.12.30. 쟁점아파트를 양도하고 쟁점아파트의 임대기간이 10년 이상인 것으로 보아 장기보유특별공제액을 계산할 때 「조세특례제한법」(2021.8.10. 법률 제18371호로 개정된 것) 제97조의3에 제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 계산한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고.납부하였다.

라. 처분청은 청구인들의 쟁점아파트 임대기간이 8년 이상인 것으로 보아, 장기보유특별공제액을 계산할 때「조세특례제한법」 제97조의3제1항 본문에 따른 공제율 50%를 적용하여 2021.7.5. 청구인들에게 2021년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 각 경정.고지하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2022.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

청구인들은 2011.9.26. 쟁점아파트를 취득하고 2011.10.13. OOO구청장에 임대사업자로 등록한 이후 2021.12.30. 이를 양도할 때까지 임대조건의 변경 없이 계속하여 임대를 유지하였고, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대료 등 제한 규정도 준수하였다.

따라서 「민간임대주택에 관한 특별법」의 개정에 따라 아파트를 장기일반민간임대주택에서 제외함에 따라 임대기간 중 쟁점아파트의 임대등록이 직권 말소되었다거나 쟁점아파트가 당초 민간매입임대주택(임대의무기간 5년)으로 등록되었다가 2018.4.12. 장기일반민간임대주택(임대의무기간 8년)으로 변경등록된 것과 관계없이 최초 임대사업자 등록일부터 양도일까지를 임대기간으로 인정(10년 이상 임대)하여 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 계산하여야 한다.쟁점아파트의 임대등록이 자동으로 말소되지 않았다면 10년 이상 임대를 계속할 예정이었기 때문에 임대기간을 8년으로 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제34조제1항 제3호 나목에 의하면 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택 등으로 변경신고한 경우 변경신고 수리일부터 해당 단기민간임대주택의 임대의무기간을 역산한 날을 임대개시일로 보도록 규정하고 있다.청구인들은 2011.10.13. OOO구청장에 민간매입임대주택(임대의무기간 5년)으로 임대사업 등록을 하고 2018.4.12.까지 쟁점아파트를 민간매입임대주택으로 임대하였으므로, 2011.10.13.부터 2018.4.11.까지 중 임대기간으로 인정되는 기간은 5년에 불과하고, 청구인들이 이를 초과하는 기간까지 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 규제와 의무를 이행한 것으로 볼 수 없다.

따라서 쟁점아파트의 임대기간은 취득일부터 2018.4.11.까지 5년과 장기일반민간임대주택으로 변경된 이후인 2018.4.12.부터 임대등록이 말소된 2021.4.12.까지 3년을 합한 8년에 불과하고, 최초 임대사업자 등록일부터 양도일까지를 임대기간으로 인정(10년 이상 임대)하여 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 계산할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점아파트를 10년 이상 임대한 것으로 보아 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 양도소득세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2011.9.26. 쟁점아파트 각 1/2지분을 취득하여 보유하다가 2021.12.30. 이를 양도하고 쟁점아파트의 임대기간이 10년 이상인 것으로 보아 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 계산한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고.납부하였다.

(2) OOO구청장이 발행한 임대사업자 등록증에 따르면, 청구인이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자로 최초로 등록한 날은 2011.10.13.이고, 쟁점아파트를 민간매입임대주택(임대의무기간 5년)으로 등록한 것으로 나타난다.

(3) 국세청 대내포털시스템 자료에 따르면, 청구인들은 2011.10.20. OOO서장에게 개업일자를 2011.10.1.로 하여 임대사업자 등록을 한 것으로 확인된다.

(4) 청구인들은 2018.4.12. 쟁점아파트를 준공공임대주택(임대의무기간 8년)으로 변경신고하였고 2021.4.12.「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 쟁점아파트에 대한 임대등록이 자동말소된 것으로 확인된다.

(5) 처분청은 청구인들의 쟁점아파트 임대기간이 8년인 것으로 보아, 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 본문에 따른 공제율 50%를 적용하여 청구인들에게 2021년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 각 경정.고지하였다.＜표＞ 쟁점부동산 양도소득세 신고.납부 및 경정결정 내역OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.청구인들은 2011.9.26. 쟁점아파트를 취득하고 2011.10.13. OOO구청장에 임대사업자로 등록한 이후 2021.12.30. 이를 양도할 때까지 임대조건의 변경 없이 계속하여 임대를 유지하였으므로, 최초 임대사업자 등록일부터 양도일까지를 임대기간으로 인정(10년 이상 임대)하여 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 계산하여야 한다고 주장한다.그러나「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제34조제1항 제3호 나목에 의하면 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택 등으로 변경신고한 경우 변경신고 수리일부터 해당 단기민간임대주택의 임대의무기간을 역산한 날을 임대개시일로 보도록 규정하고 있는 점,청구인들은 2011.10.13. OOO구청장에 민간매입임대주택(임대의무기간 5년)으로 임대사업 등록을 하고 2018.4.12.까지 쟁점아파트를 민간매입임대주택으로 임대하였으므로, 2011.10.13.부터 2018.4.11.까지 중 임대기간으로 인정되는 기간은 5년에 불과한 점,쟁점아파트의 임대기간은 취득일부터 2018.4.11.까지 5년과 장기일반민간임대주택으로 변경된 이후인 2018.4.12.부터 임대등록이 말소된 2021.4.12.까지 3년을 합한 8년에 불과한 점 등에 비추어 최초 임대사업자 등록일부터 양도일까지를 임대기간으로 인정(10년 이상 임대)하여 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서에 따른 공제율 70%를 적용하여 계산할 수는 없는 것으로 판단된다.

따라서 청구인들의 쟁점아파트 임대기간이 8년 이상인 것으로 보아, 장기보유특별공제액을「조세특례제한법」 제97조의3제1항 본문에 따른 공제율 50%를 적용하여 양도소득세를 경정.고지한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 조세특례제한법(2021.8.10. 법률 제18371호로 개정된 것)제97조의3[장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대 주택 등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택 등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

(2) 조세특례제한법 시행령제97조의3[장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례]

② 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

2. 종전의「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우 : 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다.

④ 장기일반민간임대주택 등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택 등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며,「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2011.3.9. 법률 제10463호로 개정된 것)제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.제16조[임대주택의 매각 제한 등]

① 임대주택은 다음 각 호의 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다.

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 건설임대주택 및 매입임대주택은 대통령령으로 정하는 기간

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2011.6.9. 대통령령 제22970호로 개정된 것)제13조[임대주택의 임대의무기간 등]

① 법 제16조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 해당 임대주택의 임대개시일부터 5년을 말한다.

(5) 민간 임대주택에 관한 특별법(2017.12.26. 법률 제15319호로 개정된 것)제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “준공공임대주택”이란 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

(6) 민간임대주택에 관한 특별법(2021.3.16. 법률 제17944호로 개정된 것)제16조[임대사업자 등록의 말소]

⑤ 종전의「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

(7) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2021.8.10. 대통령령 제31942호로 개정된 것)제34조[민간임대주택의 임대의무기간 등]

① 법 제43조 제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

1. 민간건설임대주택 : 입주지정기간 개시일. 이 경우 입주지정기간을 정하지 아니한 경우에는 법 제5조에 따른 임대사업자 등록 이후 최초로 체결된 임대차계약서상의 실제 임대개시일을 말한다.

2. 민간매입임대주택 : 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.

3. 법 제5조 제3항 본문에 따라 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 시점가. 단기민간임대주택의 임대의무기간 종료 전에 변경 신고한 경우 : 해당 단기민간임대주택의 제1호 또는 제2호에 따른 시점나. 단기민간임대주택의 임대의무기간이 종료된 이후 변경신고한 경우 : 변경신고의 수리일부터 해당 단기민간임대주택의 임대의무기간을 역산한 날