쟁점토지를 비사업용토지로 보아 양도소득세를 중과한 처분의 당부

청구인이 쟁점토지를 취득하여 그 사용승낙을 받은 **농장이 사업용으로 사용하기 위해 **** **시장에게 건축허가를 신청하여 그 양도시까지 취소된 사실이 없는 점, 건축물 및 액비저장조 설치를 위해 평탄화 작업등 지반공사를 하였으나 혐오시설에 대한 민원발생 및 **** **시장의 쟁점토지의 원상회복 통지, 고발 등으로 건축허가 받은 대로의 건설이 중단되었다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어, ‘쟁점토지의 취득일부터 2년’과 ‘건설착공 후 민원발생에 따른 공사중단기간’을 비사업용 토지에 해당되지 않는 것으로 봄이 타당하고, 이 경우 쟁점토지의 소유기간 중 비사업용 토지로 사용한 기간이 40%를 초과하지 않으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다 할 것임

1. 처분개요

가. 청구인은 2020.6.29. OOO(잡종지 3,452㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 외 1필지를 농업회사법인 유한회사 AAA(이하 “AAA)이라 한다)에 양도한 후 2020.8.31. 일반세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나.OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점토지가 잡종지에 해당하고 보유기간 동안 재산세 종합합산대상으로 과세되었다 하여 청구인이 신고한 일반세율에 10%P를 더한 비사업용토지에 대한 세율을 적용할 것을 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2022.1.12. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2022.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 2015.10.21. 쟁점토지를 취득하여 2016.12.16. 건축허가 신청을 하였고 고발 등의 사유로 건축허가가 지체되었으나 2019.7.11. 건축허가를 받았다. 양도계약서의 특약사항을 보면 양도일 현재 액비탱크(또는 액비저장조로 이하 “액비저장조”라 한다), 조경수 등의 구축물이 있음이 확인되고 사진상으로도 실제 착공하였음이 확인되므로「소득세법 시행규칙」제83조의5제5호에 따라 토지취득일로부터 2년을 사업용기간으로 보는 것이 타당하다.

(2)청구인은 농업회사법인 유한회사 BBB(이하 “BBB”이라 한다)의 대주주로, BBB에 토지사용승낙(2016년 11월)을 하였고 이에 의하여 건축허가신고와 함께 실제 공사를 진행하였으나, 축산관련 혐오시설 건축에 대한 고발 등으로 건축허가가 지연되어 공사기간이 연장되어 부득이 회생계획인가를 신청한 후 2019.4.5. 회생계획인가 결정을 받아 2020.1.30. 회생계획인가가 종결되었다.그 후 2020.5.2. 쟁점토지 양도계약을 체결하였는데, 회생계획인가 기간 동안은 채무 등으로 건축진행이 실제 불가능하므로 회생계획인가일부터 회생계획종결일까지는「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제12호에 해당되어 사업용기간으로 보는 것이 타당하다.

(3)위와 같이 쟁점토지 총 소유기간 1,713일(2015.10.21.∼2020.6.29.) 중 사업용으로 사용한 기간은 ①「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제5호에 따른 731일(2년),

② 같은 항 제12호에 따른 301일(2019.4.5.∼2020.1.30.)을 더한 1,032일로 쟁점토지 소유기간 1,713일의 60.13%에 해당하므로 사업용토지로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1)청구인은 쟁점토지에 대하여 비록 보유기간 중 재산세가 종합합산 과세되었으나, 2019.7.11. 정식 건축허가가 인가되었고, 양도일 현재 액비저장조, 조경수 등 구축물이 있음이 확인되며 실제 착공하였음이 사진상 확인되는바 토지 취득일로부터 2년간을 사업용토지로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 관련 법령ㆍ예규 및 그에 대한 대법원 판례 등을 종합할 때 쟁점토지는 아래와 같은 점에서 ‘건설에 착공한 토지’로 볼 수 없다.(가)「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제5호에서는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지’에 대하여 취득일로부터 2년간을 사업용토지로 보고 있고, ‘착공’에 대하여 대법원(2013.7.11. 선고 OOO 판결, 2018.5.31. 선고 OOO판결)에서는 ‘건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 착공하였다고 볼 수 있는 것이고, 착공에 필요한 준비작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다’고 판결하고 있다.

따라서 ‘착공’으로 볼 수 있으려면, 먼저 ‘건축 공정상 일련의 행정절차의 이행’이 우선적으로 전제되어야 하고, 행정절차가 이행되었다고 하더라도 실제 ‘건물신축을 위한 공사’까지 이루어져야 착공한 것으로 보고 있는 것이다.국세청 예규(서면5팀-180, 2008.1.25.)에서도 대법원 판례와 같이 행정관청에 건설허가 및 이에 따른 착공신고를 하지 아니하고 토지를 양도한 경우 당해 토지는 ‘건설에 착공한 토지’에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.(나)그러나 청구인이 2017.9.26. OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 건축허가를 받았으므로, 공사시공자ㆍ감리자 등을 선정하여 계약한 후 착공신고서를 제출했어야 하나 제출하지 않았음이 OOO시청 담당공무원을 통해 확인하였고, 건축허가 이후 1년 2개월 정도 지난 2018.12.6. 다시 건축허가 변경신청을 하였는데 변경신청 역시 2019.7.11. 승인되어 쟁점토지 양도일 이전까지 착공신고가 가능함에도 착공신고서를 제출하지 않았다.결국 OOO시청 담당공무원은 건축을 허가하였음에도 장기간 착공신고가 되지 않아 현장을 실사한 후 ‘건물 신축을 위한 공사’가 전혀 이루어지지 않았음을 확인하여 2021.12.30. 건축허가를 취소한 사실도 확인된다. 따라서 청구인은 착공을 위한 전제로서 ‘건축 공정상 일련의 행정절차’에 해당하는 착공신고서를 제출하지 아니하였으므로 쟁점토지는 ‘건설에 착공한 토지’에 해당하지 않는다 할 것이다.

(2)설령 착공신고서가 제출되었다고 하더라도 ‘건물 신축을 위한 공사’가 이루어졌는지 살펴보면, 청구인은 양도계약에 양도일 현재 액비저장조, 조경수, 축대가 있으므로 실제 착공에 해당한다고 주장한다.그러나 액비저장조는 쟁점토지(OOO)가 아닌 인접지번인 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 위치하고 있고, OOO는 쟁점토지와 함께 양도되었으나 보유기간 중 재산세가 ‘분리과세’된 토지여서 당초부터 감사지적 대상에 해당하지 아니하였다.또한 개발행위허가를 받지 않고 쟁점토지에 성토 및 석축을 한 것에 대하여 OOO시에서 원상복구 통보를 하고 고발한 사실이 공문으로 확인되나, OOO시청 허가과 담당공무원을 통하여 확인한바 해당 개발행위는 ‘건물신축을 위한 공사’와는 직접적으로 관련이 없어 개발행위를 담당하는 ‘OOO시청 도시과’와는 별도로 진행된 사안이었음이 확인되며, 불법개발행위가 확인됨에도 ‘OOO시청 허가과에서는 개발행위와는 별도로 ‘건축허가’를 승인하였음이 확인되는 등 실제 개발행위와 건축허가는 별개로 진행되었다는 사실을 알 수 있다.그러므로 청구인이 주장하는 성토ㆍ석축 및 축대는 ‘착공을 위한 준비작업’으로 볼 수 있는 여지는 있겠으나, 직접적인 ‘건물 신축을 위한 공사’로 볼 수는 없다.

(3)청구인은 회생계획 인가일로부터 종료일까지의 기간에 대해서도「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제12호의 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’에 해당하는바 사업용으로 사용한 기간으로 보아야 한다고 주장하나 아래와 같은 점에서 이유 없다.(가)‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’의 의미에 대하여 법원(대법원 2013.10.24. 선고 OOO 판결, 부산고등법원 2021.10.27. 선고 OOO 판결)은 ‘도시계획의 변경 등에 의하여 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다’고 판결하고 있으나, 쟁점토지는 청구인의 건축허가 신청에 대하여 OOO시의 건축허가까지 승인된 토지에 해당하므로 ‘도시계획의 변경 등으로 특별히 사용이 제한된 토지’에 해당하지 않는다.(나)그리고 회생계획이 인가되는 경우 채무변제 등에 대해서는 제한이 생기더라도, 쟁점토지에 대해 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용을 직접적으로 제한하는 것은 아니고, 더욱이 청구인이 제시하는 회생계획인가의 경우 청구인 본인의 회생계획인가가 아닌 건축공사를 하기로 한 BBB의 회생계획인가이므로 토지에 대하여 직접적으로 사용을 제한하는 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’로 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용토지로 보아 양도소득세를 중과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1)소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범의】

① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지가. 「지방세법」또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지나.「지방세법」제106조제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2)소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간(3)소득세법 시행규칙 제83조의5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간(4)건축법 제21조【착공신고 등】

① 제11조·제14조 또는 제20조 제1항에 따라 허가를 받거나 신고를 한 건축물의 공사를 착수하려는 건축주는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 공사계획을 신고하여야 한다.

② 제1항에 따라 공사계획을 신고하거나 변경신고를 하는 경우 해당 공사감리자(제25조제1항에 따른 공사감리자를 지정한 경우만 해당된다)와 공사시공자가 신고서에 함께 서명하여야 한다.

③ 허가권자는 제1항 본문에 따른 신고를 받은 날부터 3일 이내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장 여부를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 허가권자가 제3항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장 여부를 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.

⑤ 건축주는「건설산업기본법」제41조를 위반하여 건축물의 공사를 하거나 하게 할 수 없다.

⑥ 제11조에 따라 허가를 받은 건축물의 건축주는 제1항에 따른 신고를 할 때에는 제15조 제2항에 따른 각 계약서의 사본을 첨부하여야 한다.

(5) 건축물착공통계조사 시행규칙 제2조【정의】

③ ‘착공’이라 함은 건축물의 건축을 위한 굴토(땅파기)공사(증축 또는 개축으로서 굴토가 필요없는 경우에는 건축물을 축조하는 공사)에 착수하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.(가)청구인은 쟁점토지를 2015.10.21. OOO원에 취득한 후 2020.6.29. OOO원에 양도한 사실이 부동산 매매계약서에 나타난다.(나)청구인은 2016년 11월 ‘쟁점토지에 대하여 BBB이 건축물을 건축함에 있어 토지소유자로서 토지사용을 승낙(개발행위허가 등 일체의 건축관련 행위)’하는 내용의 토지사용승낙서를 작성하였다.(다)BBB은 2016.12.16. 쟁점토지 지상에 창고시설(사료창고) 1동을 건축하는 내용의 건축허가 신청서를 OOO시장에 제출하였고, OOO시장은 2019.7.11. BBB에 건축허가신청이 허가되었음을 통지(OOO하였다.(라)OOO시장은 2017.4.13. BBB에게 쟁점토지에 대한 ‘불법 개발행위 원상회복 통보(OOO)’를 하였다.

＜불법 개발행위 원상회복 통보＞

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ㅇ(마)OOO시장은 2017.5.17. BBB의 위 불법개발행위 내용에 대하여 ‘「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」위반자 고발(OOO)’을 하였다.(바)OOO지방법원은 2019.4.5. BBB에 대하여 회생절차개시 결정(OOO지방법원 OOO 회생)을 하였다가 2020.1.30. 회생절차 종결 결정을 하였다.

(2)처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.(가)처분청이 제출한 쟁점토지 및 인접지번인 OOO의 재산세 과세유형에 따르면, 2016년부터 2020년까지 쟁점토지는 종합합산대상으로, OOO는 분리과세대상으로 분류되었음이 확인된다.(나)처분청은 아래와 같이 쟁점토지에 대한 국세통합시스템(NTIS) 국세공간정보(GIS) 상의 항공사진을 제출하였다.

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ㅇ(다)처분청은 인터넷포털 상의 로드뷰 사진을 제출하였다.

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ㅇ(라)처분청은 ‘일자별 주요 진행사건’을 아래와 같이 정리하였다.

＜일자별 주요 진행사건＞

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ㅇ(3)처분청 의견에 대한 청구인의 항변은 아래와 같다.(가)처분청은 액비저장조가 쟁점토지(OOO)가 아닌 인접토지인 OOO에 위치하고 있다는 의견이다.1)그러나 OOO시장의 2018.10.2. 공문인 ‘2018년 액비저장조 지원사업 보조금 교부결정(OOO)’을 보면, BBB이 액비저장조 설치를 위하여 정부보조금을 신청하여 정부보조금 OOO원이 책정된 사실이 나타난다.책정된 정부보조금은 처분청이 말하는 OOO뿐만 아니라 쟁점토지인 OOO에도 액비저장조를 설치할 정부보조금으로, 이 중 OOO에 자비와 정부보조금을 일부 사용하여 액비저장조 1,100.74㎡를 우선 완성하였고 그 외 잔액은 쟁점토지에 6∼7배 큰 액비저장조를 설치하기 위한 국고보조금이다.위와 같이 나누어서 집행하게 된 이유는 혐오시설에 대한 민원이 많이 제기되어 부득이 OOO에 액비저장조를 먼저 설치하였고 추후 쟁점토지에 사료창고 건축과 같이 설치하려 하였으며, 실제 설치를 위한 터파기공사와 굴착공사를 하였다. 위 OOO시 공문에 첨부된 ‘사업장 배치도’를 보면 쟁점토지에 액비저장조 5,758㎡를 증설할 것임을 알 수 있다.

＜사업장 배치도＞

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ㅇ2)이는 쟁점토지 양도계약서 특약사항의 “

1. 매도인과 매수인은 현 상태(조경수, 축대, 액비탱크 등 포함) 그대로 매매하기로 한다”는 내용으로도 확인된다.처분청이 제시한 항공사진을 연도별로 살펴보면, 2015년 쟁점토지 취득 후 인접지번인 OOO에 액비저장조를 설치하고, 쟁점토지에 액비저장조를 설치하기 위한 공사가 2019년까지 진행되고 있음을 확인할 수 있다. 또한 현재 쟁점토지에 액비저장조가 설치되어 있다. 따라서 쟁점토지와 관련 없는 OOO에만 액비저장조가 있다는 처분청 의견은 사실과 다르다.(나)처분청은 개발행위(형질변경 등)는 직접적인 건물신축을 위한 행위와 관련이 없이 별도로 진행되었다는 의견이다.1)그러나 OOO시장의 2018.12.31. 공문인 ‘2018년 제12회 개발행위허가 도시계획위원회 개최 결과 통보(OOO)’를 보면, 개발행위(형질변경 등)가 창고시설 건축용도임이 명확히 기재되어 있고 그 허가 조건으로 쟁점토지에 대하여 대지 경계 및 석축 등 구조물에서 공간을 확보하고 기존 출입구를 폐쇄하고 축사로의 차량진출입을 방지하기 위하여 부지 경계에 연석 등을 설치할 것을 지시하고 있음을 확인할 수 있다.

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ㅇ위와 같이 터파기 공사 등의 개발행위는 건축과 관련 있음을 알 수 있고, 처분청이 제시한 취득일 이후의 항공사진에서도 건축행위가 실제로 진행하고 있음을 확인할 수 있다.2)OOO시장의 공문에 의해 개발행위가 창고시설과 관련이 있음을 확인하고 있다. OOO시는 터파기공사, 굴착공사, 형질변경 등 신고 미이행 개발행위에 대해 원상복구 행정지도를 하고 범칙금을 부과하였고, 청구인은 이 범칙금을 납부하였고 범칙금 납부 후 OOO시는 원상회복의 행정지도를 더 이상 하지 않았으며, 나아가 조건에 맞추어 창고시설을 건축하라는 지시를 하였다.3)대법원 판결(2013.7.11. 선고 OOO 판결, 2018.5.31. 선고 OOO에 의한 터파기공사, 굴착공사를 실시하였고 이는 ‘AAABBBCCC 세무사 공저 양도소득세 2022’의 1641·1642페이지의 착공의 의미와 일치한다.

＜양도소득세 2022 내용＞

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ㅇ(다)처분청이 제시한 ‘일자별 주요 진행사건’ 및 ‘항공사진’을 보면 2015.10.21. 토지를 취득한 후 2019년 12월까지 액비저장조(구축물)를 설치하고 사료창고를 짓기 위한 공사를 진행하고 있음이 확인된다. 즉, 쟁점토지를 취득한 목적이 ‘액비저장조를 설치하고 축산업을 위한 사료창고를 건축함’이라는 것이 명백하다는 것을 알 수 있다. 터파기 공사, 굴착공사 후 액비저장조(구축물)를 설치하는 공사기간만 해도 2017∼2019년 동안 계속되어 사업용토지 기간기준을 충족한다.2016년 12월 건축허가를 신청하고 액비저장조를 설치하기 위하여 터파기공사 등을 실행하였으나, 혐오시설에 대한 민원제기에 의한 고발, 개발행위에 대한 행정지도에 의하여 계속 지연되었던 것이다. 그리고 액비저장조 설치도를 보면 정부보조금에 의해 현재 액비저장조가 설치되어 있는 것이 확인된다. 이는「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제5호에 해당하는 착공에 해당한다. (라)처분청은 청구인 본인이 아닌 BBB의 회생계획인가이므로 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별한 사용을 직접적으로 제한하는 것이 아니라는 의견이다.1)그러나 청구인은 BBB에게 액비저장조, 건물신축을 위하여 2016년 11월 쟁점토지 사용승낙서를 작성하여 주었다. 사용승낙서를 근거로 BBB은 액비저장조 지하매설과 건물신축을 위한 공사를 시작하였고 공사 중에 개발행위, 축산업 혐오시설 확장에 따른 민원제기와 고발 등에 의해 공사가 지연되었으며 관련하여 대출, 이자비용 등이 확대되어 급기야 부도의 지경이 되어 부득이 회생계획인가를 신청하였다.2)처분청은 청구인이 아닌 BBB의 회생계획인가이므로 건축에 제한이 없다는 의견이나 이는 사실과 다르다.

회생인가가 개시되면 법인의 모든 자산·부채가 동결되고 공사 중인 토지의 지상권마저 법원에 귀속되므로, 법리상, 실제상 공사를 계속한다는 것은 통상적이지도 않고 불가능하다. 회생계획인가결정이 나야 결정에 따라 자금조달을 하여 계속 공사가 가능한 것으로, 회생계획인가시 법인에게 사용승낙서를 작성해 준 청구인은 토지에 대하여 회생계획인가 결정이 날 때까지 할 수 있는 것은 아무것도 없다. (마)위와 같은 항변내용에 따라 쟁점토지의 사업용기간을 다시 계산하면, ‘취득후 2년(731일, 2015.10.21.∼2017.10.20.) + 행정지도 기간(437일, 2017.10.21.∼2018.12.31.) + 공사진행기간(94일, 2019.1.1.∼2019.4.4.) + 회생계획인가기간(300일, 2019.4.5.∼2020.1.30.)’으로 모두 합하면 91.12%(1,561일 / 1,713일)에 해당한다.

(4)청구인의 항변에 대한 처분청의 추가 의견은 다음과 같다. (가)우선 ‘액비저장조 관련 항변’ 내용을 보면, 청구인이 항변서에서 추가 제출한 OOO시의 ‘2018년 액비저장조 지원사업 보조금 교부결정’ 공문 내용은 추후 정상적으로 액비저장조 사업이 진행될 것을 전제로 하여 보조금 교부여부만 결정된 내용으로, 액비저장조 설치사업에 대한 착공이나 완공이 되었음을 전제로 한 교부결정이 아니므로 해당 공문으로는 쟁점토지가 양도일 이전에 액비저장조 건설에 착공하였다고 볼 수는 없다.

또한 청구인은 “액비저장조 설치도를 보면 정부보조금에 의해 현재 액비저장조가 설치되어 있는 것이 확인된다”고 주장하나, 제출한 도면만으로는 현재 시점에 쟁점토지에 액비저장조가 설치되어 있는지 여부도 불분명할 뿐만 아니라, 현재 설치되어 있다고 하더라도 아래 내용들을 통해서 볼 때 ‘쟁점토지’에 대한 액비저장조 설치는 최소한 쟁점토지 양도 이후에 착공이 이루어졌음을 알 수 있다.1)당시 쟁점토지의 건축허가 신청서에는 ‘일반철골구조’의 지상 1층짜리 (사료)창고시설만 허가신청하였음이 확인될 뿐 액비저장조 관련한 지하시설 등의 신청내용은 전혀 포함되어 있지 않고, 불법 개발행위에 대하여 OOO시 도시과에서 발송한 공문(OOO) 내용에서도 불법내용으로 ‘성토’와 ‘석축’만 언급할 뿐 액비저장조 설치 관련 내용은 찾을 수 없다.2)보조금 교부결정 공문의 붙임 ‘2018년 액비저장조 지원사업 보조금 교부결정 내역’을 보면, 지급대상자를 ‘BBB’으로 하여 인별 기준으로 총 보조금 결정내역만 기재되어 있고, 위 1)의 내용 등을 감안해 볼 때 해당 보조금 지급대상은 쟁점토지와 관련 없는 인접지번(OOO)과 그 외 BBB이 기존에 보유한 다른 지번 축사들에 대한 액비탱크일 가능성이 높다.3)보조금 교부결정 공문과 함께 제출한 주식회사 CCC이 작성한 ‘사업장 배치도(저장조)’를 보면 공사명이 ‘OOO’으로 기재되어 있고, 해당 법인명은 기존 ‘BBB’에서 2020.2.13.에 ‘OOO’으로 변경되었으므로 최소한 법인 명칭 변경이후 계획된 공사임을 추정할 수 있으며, 도면상 날짜 또한 ‘2020.5.’로 기재되어 있어 적어도 도면작성 이전에는 공사착수가 이루어질 수 없었을 것이다.4)청구인은 ‘현재’ 시점에는 액비저장조가 설치되어 있는 것으로 주장하나 “2016년 12월 건축허가를 신청하고

액비저장조를 설치하기 위하여 터파기공사 등을 실행하였으나, 혐오시설에 대한 민원제기에 의한 고발, 개발행위에 대한 행정지도에 의하여 계속 지연되었다”라고 언급하면서 액비저장조 설치공사가 지연되었음을 인정하고 있으므로 당시 액비저장조가 설치되지 않았음을 알 수 있는 내용이다.5)양도일 이전에 액비저장조 설치가 완료되었다고 한다면, 쟁점토지에 대하여 재산세가 해당 액비저장조(구축물)로 인해 종합합산과세대상에서 제외되었어야 하나, 2020.6.1. 기준으로 부과된 쟁점토지에 대한 재산세 과세유형은 여전히 ‘종합합산’ 유형으로 과세된 사실이 확인된다.6)특히, OOO시에서는 당초 쟁점토지의 건축허가에 대하여 허가가 유효한 기간이 경과하였음에도 ‘착공신고서’가 접수되지 않아서 현장 실사해 본 결과, 쟁점토지를 주차장으로 사용하고 있는 사실 및 ‘착공’한 사실이 전혀 없음을 확인하여 2021.12.30. 건축허가를 취소한 사실이 OOO시 담당자를 통해 확인되는바, 만약 현재 시점에는 액비저장조와 관련하여 공사가 착수되었거나 설치가 완료되었다면 당초 쟁점토지에 (사료)창고시설을 건축하기로 하였다가 이후 계획이 변경되어 창고시설 대신 액비저장조를 설치하기로 변경하고, 양도일이 훨씬 지난 2021.12.30. 이후에서야 액비저장조 설치 관련 착공이 이루어졌다고 보아야 한다.7)그리고 위 내용들에도 불구하고 만약 액비저장조 설치와 관련하여 불법개발행위 등이 실제 ‘건물 신축을 위한 공사’로 볼 수 있다고 하더라도, 당초 처분청 의견과 같이 청구인은 착공을 위한 가장 중요한 전제인 ‘건축 공정상 일련의 행정절차’에 해당하는 착공신고서 자체를 제출하지 않은 사실이 명확하므로 쟁점토지는 ‘건설에 착공한 토지’에 해당하지 않는다.

(나)다음으로 청구인의 ‘범칙금 납부에 의한 항변’ 내용을 살펴보면, OOO시에서는 범칙금 부과 후 원상회복의 행정지도를 더 이상 하지 않았고, 개발행위를 담당하는 도시과에서 건축허가를 담당하는 허가과에 발송한 공문에서 ‘조건에 맞추어 창고시설을 건축하라’는 지시를 하였으므로 개발행위가 창고시설과 관련이 있다고 주장하고 있다. 그러나 청구인이 항변서에서 추가로 제출한 OOO시의 ‘2018년 제12회 개발행위허가 도시계획위원회 개최 결과 통보’ 공문의 상세 내용을 보면, OOO시청 도시과에서는 쟁점토지의 개발행위허가 조건으로 ‘

1. 대지경계 및 석축 등 구조물에서 이격 공간 3m이상 확보,

2. 신청부지에 접해있는 기존 출입구는 폐쇄하고 신축부지에서 축사로의 차량 진출입을 방지하기 위해 부지경계에 연석 등 설치’ 두 가지를 제시하면서, 건물 신축시 불법 성토 및 석축으로 인하여 발생할 수 있는 안전문제 등에 대하여 원상복구 없이도 건축허가가 가능할 수 있도록 하고 있고, 해당 조건을 건축허가조건에 명시하여 건축 및 준공될 수 있도록 허가과에 통보하고 있으므로, 이는 건축허가를 위한 조건에 해당하여 해당 개발행위는 건축허가 및 착공신고 이후에 이루어지는 ‘건물 신축을 위한 공사’ 단계로 볼 수는 없으며, 실제로도 OOO시청에서는 청구인의 건축변경허가신청에 대하여 도시과에서 허가과로 공문발송한 날짜(2018.12.31.) 이후인 2019.7.11.에 건축변경허가를 한 사실이 확인된다. 그러므로 당초 답변 및 아래 내용들과 같이 해당 성토ㆍ석축 및 축대 개발행위는 ‘착공을 위한 준비작업’으로 볼 수 있는 여지는 있겠으나, 직접적인 ‘건물 신축을 위한 공사’로는 볼 수 없다.

(다)그리고 해당 불법개발행위가 대법원 판례(2013.7.11. 선고 OOO판결, 2018.5.31. 선고 OOO 판결)의 착공의 의미와 일치한다는 ‘판례, 학설 등에 의한 항변’에 대해 살펴보면, 당초 답변에서 언급한 내용과 동일하게 해당 판례에서도 ‘건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음’을 전제조건으로 하여 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 굴착공사나 터파기공사에 착수하여야 착공하였다고 볼 수 있다고 언급하고 있으며, 청구인이 제시한 ‘AAAㆍBBBㆍCCC 세무사’ 공저 책자의 필자주 견해에서 “조세심판원에서는 단순히 부지정지만을 위한 공사가 아닌 건물신축을 위한 선행공사로서의 토목공사가 개시되었다면, 동 토지를 업무에 사용한 날은 건물의 착공일이 아닌 토목공사를 시작한 날로 보아야 한다”는 내용에서도, 상당한 기간이 소요되는 토목공사는 통상건물 신축을 위한 기초공사(도로공사, 상하수도공사, 지하배관공사 등)와 동시에 진행되고 단순히 부지정지만을 위한 것이 아닌 경우를 전제하고 있는바, 이 건 쟁점토지에 대해서도 착공일을 토목공사를 시작한 날로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면, 건축허가서에서 확인되는 해당 건물은 단순 일반철골구조와 샌드위치패널을 지붕으로 하는 단층짜리 사료창고 시설에 해당하여 이를 ‘상당한 기간이 소요되는 토목공사’로 볼 수 없으므로 해당 불법개발행위를 건물신축을 위한 착공으로 볼 수는 없다.

(라)그리고 ‘사업용토지 기간계산에 의한 항변’에 대해서 살펴보면, 청구인은 처분청이 정리한 ‘일자별 주요 진행사건’과 ‘항공사진’을 보면 2015.10.21. 쟁점토지를 취득한 후 2019년 12월까지 액비저장조(구축물)를 설치하고 사료창고를 짓기 위하여 공사를 진행하고 있음이 확인된다 하였으나, 처분청이 제시한 사진을 보면 인접지번인 ‘OOO’에만 액비저장조가 설치되어 있고 쟁점토지에는 액비저장조가 없음을 확인할 수 있으며, 오히려 OOO시청 담당 공무원의 건축허가 취소를 위한 현장실사시 확인된 내용과 같이 쟁점토지는 주차장으로 사용하고 있고 건물신축을 위한 공사는 전혀 이루어지지 않았음이 확인된다.

(마)다음으로 청구인은 회생계획인가가 ‘부득이한 사유’에 해당한다고 항변하면서 그 근거로 회생계획인가가 개시되면 법인의 모든 자산ㆍ부채가 동결되고 공사중인 토지의 지상권마저 법원에 귀속되므로 법리상 실제로 공사를 계속한다는 것은 불가능함을 제시하고 있으나, 당초 답변 및 아래와 같은 사실관계를 종합할 때, 쟁점토지는 ‘부득이한 사유’에 해당한다고 볼 수 없다.1)당초 답변과 같이 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’의 의미에 대하여 대법원 판례 등에서는 ‘본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미함’으로 판결하고 있으므로, BBB이 여러 사정으로 인하여 부도의 지경에 이름에 따라 BBB이 직접 ‘신청’하여 결정된 회생계획인가는 토지 자체에 사용이 제한되는 것과는 성격이 전혀 다르다.2)특히 쟁점토지 자체에 사용이 제한되었는지를 볼 때, 쟁점토지의 경우 청구인의 건축허가 신청에 대하여 OOO시에서 건축허가까지 승인한 토지에 해당하므로 ‘도시계획의 변경 등으로 특별히 사용이 제한된 토지’에 해당하지 않는다.3)그리고 일반적으로 회생계획이 인가되는 경우 채무변제 등에 대해서는 제한이 되더라도, 법원의 별도 공사중지 명령이 있지 않는 한 공사가 중단될 사유는 없는 것이며, 법원의 공사중지 명령이 없음에도 공사가 중단되는 경우는 공사를 시공하는 하도급 업체 등이 회생절차 개시로 인하여 공사대금 등을 제대로 회수할 수 없을 가능성이 높아짐에 따라 공사를 중단하는 경우 등이 대부분일 것이므로 이를 ‘사용이 제한된 토지’로 볼 수는 없을 것이다.

(5)청구인과 그 대리인은 2022.10.18. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 다음과 같이 진술한 후 관련 자료를 추가로 제출하였다.(가)“청구인이 함께 구입한 2필지의 토지는 모두 액비저장조를 추가로 묻기 위해 구입한 것인데, 한 필지(OOO)는 사자마자 바로 액비탱크를 묻고 사료창고를 지었으나, 나머지 한 필지(쟁점토지)는 땅 모양이 좋지 않아 주변을 깨끗이 하고 조경을 한 후 액비저장조를 묻기 위해 터파기를 하였다. 보조금을 신청하여 액비저장조를 증설하는 것이 쟁점토지 및 OOO의 취득목적이었고, BBB이 수령한 액비저장조 보조금을 OOO이 승계하여 최종적으로 액비저장조를 설치하였으므로 쟁점토지는 결국 본래 용도대로 사용되고 있는 것이다”고 진술하고 액비저장조 관련 사진을 제출하였다.

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ㅇ(나)청구인은 쟁점토지에 대한 터파기공사, 굴착공사, 형질변경 등 신고 미이행 개발행위에 대해 고발되어 더 이상 공사를 진행할 수 없었고, OOO지방법원으로부터 2017.11.17. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 위반으로 벌금형 판결을 받은 후 2017.12.12. 이를 납부하였다며 형사재판확정증명서 및 벌과금납부증명서를 제출하였다.(다)청구인은 쟁점토지와 OOO를 같은 날(2015.10.21.) 취득하였다며 등기사항전부증명서를 제출하였다.

(6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「소득세법」제104조의3제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호에서는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(민원 발생 등의 사유로 인해 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 동안 비사업용에 해당하지 않는 토지로 본다고 규정하고 있다. (가)처분청은 쟁점토지에 대한 건축허가 신청이 창고시설 1동으로 되어 있고, 창고시설 건축에 대한 착공이 있었음을 입증하지 못하고 있으며 착공신고서도 제출되지 않았고, 청구인이 주장하는 조경공사나 터파기공사는 본 공사 이전의 예비적 작업에 해당하므로 쟁점토지를 건설에 착공한 토지로 보기 어려우며, 청구인이 주장하는 액비저장조 설치는 당초 신청한 건축허가 신청 내용과 다르고, 현재 설치되어 있는 액비저장조는 OOO이 쟁점토지를 양수한 후 설치한 것이므로 청구인과는 관계가 없으며, BBB이 신청한 회생계획인가를 ‘도시계획의 변경 등에 의하여 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한’된 것에 해당한다 할 수 없는바 쟁점토지는 ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’에 해당하지 않는다는 의견이다.

(나)그러나 관할 지방자치단체의 장(OOO시장)의 2018.10.2.자 ‘2018년 액비저장조 지원사업 보조금 교부결정’ 공문을 보면 청구인이 쟁점토지의 사용을 승낙하였던 BBB에서 액비저장조 설치와 관련된 정부보조금을 신청하여 OOO원을 받기로 한 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 사진을 보면 쟁점토지의 연접토지(OOO)의 지상에 비료창고로 보이는 건물과 액비저장조로 보이는 장치가 건설 또는 설치되어 있고(해당 연접토지 외의 연접토지에도 비료창고로 보이는 건물과 액비저장조가 설치된 것으로 보임), 쟁점토지에서 평탄화 등 지반공사(성토, 성축, 축대 등의 설치)가 있었던 것으로 확인되는 점, 청구인이 제출한 ‘사업장 배치도’(위 보조금 교부결정 공문에 첨부되었다는 것)에 따르면 (비록 그 설치주체에 BBB이 아니라 양수인인 OOO이 기재되어 있기는 하나) 쟁점토지에 액비저장조 5,758㎡가 증설될 예정임이 표시되어 있고 실제 쟁점토지와 더불어 BBB을 인수한 OOO이 쟁점토지의 지하에 액비저장조를 설치한 것으로 보이는 점, 관련한 재판확정증명서, 벌과금납부증명서 등에 의하면 BBB이 2017년 4월 OOO시장으로부터 쟁점토지에 대한 불법 개발행위 원상회복의 통보를 받았고, 2017년 5월 불법개발행위 내용에 대하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 위반으로 고발되었으며, 2017년 11월 벌금형의 판결을 받아 이를 납부한 것으로 나타나는 점, OOO시장은 2018.12.31.자 ‘개발행위허가 도시계획위원회 개최 결과’ 공문에서 ’건축허가(신고), 공장등록 등 최종 허가(신고)처리시 도시계획위원회 심의결과를 허가조건에 명시하여 건축 및 준공시 반영되도록 조치하라’고 명시하여 내부부서 간에 통보하도록 하여 쟁점토지의 지상에서 건축물 공사를 위한 공사중단을 종료하도록 한 것으로

보이는 점(다만 이후 BBB의 회생절차개시 등으로 지반공사 외 건물신축공사가 진행되지 않은 것으로 보임), BBB의 2016.12.16.자 건축허가신청서, OOO시장의 2019.7.11.자 허가공문, 처분청에서 정리한 ‘일자별 주요 진행사건 등의 자료에 의하면, 청구인이 쟁점토지를 양도한 2020.6.29.까지 ‘BBB이 2017.9.26.(변경허가가 있었던 2019.7.11. 포함) 쟁점토지의 지상에서 창고시설 1동을 건축하는 내용의 건축허가’가 취소되지 않은 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때,청구인이 주식보유로 지배하는 BBB을 통해 ‘쟁점토지’와 그 연접한 ‘OOO’를 일괄구입하여 각 지상에 BBB의 양돈업 영위에 따른 부산물인 분뇨의 처리 및 비료생산을 위한 액비저장조와 비료창고를 설치 및 건설하고자 하였고, 지형이 평탄한 OOO에는 그 설치ㆍ공사를 완료하였으나 지면에 경사가 있던 쟁점토지에는 평탄화 등 지반공사를 하던 중 혐오시설에 대한 민원발생 및 OOO시장의 관련 원상회복 통지, 고발 등으로 액비저장조와 비료창고의 각 설치 및 건설이 중단되었다는 청구주장에 신빙성이 있고(사업용으로 사용 목적), 쟁점토지에 진행된 지반공사가 ‘건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행인 착공’에 포함된다 할 것이므로, 청구인이 쟁점토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 비료창고의 건설에 착공한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

그렇다면 쟁점토지의 취득일(2015.10.21.)부터 2년과 건설착공 후 민원발생에 따른 공사중단기간(2017년 4월에 민원이 발생하였으나 위 2년의 기간과 중복된 기간을 제외한 2017.10.21.부터 2018.12.31. 위 개발행위허가 도시계획위원회 개최 결과 통보 시까지의 기간) 동안은「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제5호에 따라 비사업용 토지로 보지 않는 기간으로 봄이 타당하다 하겠다. (다)다만 청구인은 BBB의 회생계획인가를「소득세법 시행규칙」제83조의5제1항 제12호의 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’로 보아 그 기간 동안을 비사업용에서 제외하여야 한다고 주장하나, ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란 도시계획의 변경 등에 의하여 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것(대법원 2013.10.24. 선고 OOO 판결)인바, 앞서 살펴본 대로 쟁점토지에 대한 BBB의 건축허가 신청에 대하여 OOO시장이 건축허가를 하였고 그 양도시까지 취소된 사실이 없었던 점, 이 건 회생계획인가로 쟁점토지에 대하여 특별히 사용이 제한된 사실이 구체적ㆍ객관적으로 입증되지 않는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다.

(라)따라서 쟁점토지는 ‘보유기간 1,713일(2015.10.21.∼2020.6.28.) 중 1,167일(2015.10.21.∼2018.12.31.)이 비사업용 토지에 해당하지 않는 기간’에 해당하고, 그 비사업용 토지로 사용한 기간이 보유기간 중 31.8% 상당으로「소득세법 시행령」제168조의6제2호 다목에 따라 ‘3년 이상 5년 미만 소유한 토지의 경우 비사업용 토지로 보는 기준인 소유기간 중 40% 상당의 기간을 초과하는 기간’이 없으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당함에도, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.