「조세특례제한법」 제106조의9 의 구리스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 따라 매입자가 납부한 부가가치세를 과오납금으로 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

「국세기본법」 제51조 제1항에서 세무서장은 납세의무자가 국세?가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 발급받고 매입자 납부특례에 따라 부가가치세를 납부한 이상 이는 과오납금으로 「국세기본법」 제51조 제1항에 의해 환급함이 타당해 보이므로 청구법인의 부가가치세 환급청구를 거부한 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구법인은 비철, 고철금속 도매업을 영위하는 법인으로, 2014년 제1.2기 부가가치세 과세기간에「조세특례제한법」제106조의9의 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 따라 구리스크랩 거래와 관련한 매입세액을 납부하였다.

나. OOO은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이 당해 과세기간에 납부한 매입세액 중 OOO 등 매입처로부터 수취한 세금계산서OOO는 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 조사하였고, 처분청은 이에 따라 2015.8.13. 동 매입세액 OOO을 불공제하여 부가가치세를 경정하였다.

다. 청구법인은 위의 매입세액 불공제 경정처분과 별개로, 청구법인이 발급받은 쟁점세금계산서와 관련하여 매입자 납부특례에 따라 납부한 부가가치세 OOO원은 착오납부된 것이라며 2016.7.1. 국세환급신청을 하였으나, 처분청은 2016.7.29. 동 세액이「국세기본법」제51조제1항 후단의 규정에 의하여 착오납부·이중납부로 인한 것이 아니므로 환급이 불가능하다고 보아 환급거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「국세기본법」제51조제1항에서 세무서장은 납세의무자가 국세.가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있는 경우에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있는바,쟁점세금계산서는 실물거래 없는 가공거래와 관련된 것인바, 가공거래는 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없으므로 쟁점세금계산서와 관련하여 매입자 납부특례에 따라 청구법인이 납부한 부가가치세는 과오납금에 해당한다.

(2) 구리스크랩등 거래사업자는 2014.1.1. 이후 공급하거나 공급받는 분부터는「조세특례제한법」제106조의9제2항 및 제3항에 따라 공급자가 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하지 아니하고, 공급받는 자가 구리스트랩등 전용계좌를 사용하여 부가가치세를 지정금융기관에 입금하도록 규정하고 있는바, 쟁점세금계산서와 관련된 매입세액도 공급받는 자인 청구법인이 구리스크랩등 전용계좌를 사용하여 지정금융기관에 입금하였으므로 청구법인에게 환급함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서와 관련된 부가가치세액은「국세기본법」제51조제1항의 환급청구의 대상이 되지 아니한다.「국세기본법」제51조제1항의 오납액, 초과납부액 또는 환급세액이라 함은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득을 말하므로, 이를 환급받기 위해서는 당초 매입세액 불공제 처분이 취소되거나 당연 무효가 되어야 하나, 해당 처분은 2015.8.13. 결정고지를 통해 확정되었고, 이에 대한 불복청구는 제기되지 않거나, 기각결정 된 바 있으며 처분청의 직권취소는 없었으므로 청구법인은 국세환급청구권이 없는 자로서 처분청의 환급신청 거부 통지에 의해 권리 또는 이익을 침해당한 불복청구의 당사자로 볼 수 없다.

(2) 처분청이 2016.7.29. 청구법인에게 한 환급거부통지는 단순한 민원 회신으로서 사실 행위에 불가한 것이므로,「국세기본법」제55조의 불복 대상이 되는 과세관청의 “처분”에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제106조의9의 구리스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례 따라 매입자가 납부한 부가가치세를 과오납금으로 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제51조 [국세환급금의 충당과 환급]

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

⑤ 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당(다른 세목의 원천징수세액에의 충당은 「소득세법」에 따른 원천징수이행상황신고서에 그 충당·조정명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다)하고 남은 금액을 환급한다. 다만, 그 원천징수의무자가 그 환급액을 즉시 환급해 줄 것을 요구하는 경우나 원천징수하여 납부하여야 할 세액이 없는 경우에는 즉시 환급한다.제55조[불복]

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 국세기본법 시행령제33조 [국세환급금 등의 환급]

① 세무서장은 법 제51조에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 충당하고, 남은 금액이 있는 경우에는 이를 해당 연도의 소관 세입금 중에서 납세자에게 지급하도록 한국은행에 통지하여야 한다.

② 한국은행은 제1항에 따른 통지를 받았을 때에는 지체 없이 환급에 필요한 절차를 밟아야 한다.

③ 법 제51조 제1항 후단에 따른 환급청구를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 부가가치세법제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.제3조 [납세의무자] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자제4조[과세대상] 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

(4) 조세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251 호로 개정된 것)제106조의9[구리스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "구리스크랩 등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "구리스크랩 등 사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩 등 거래계좌(이하 "구리스크랩 등 거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다.1.「관세법」 제84조에 따라 기획재정부장관이 고시한 「관세·통계통합품목분류표」 중 구리의 웨이스트 및 스크랩과 잉곳 또는 이와 유사한 재용해구리의 웨이스트와 스크랩으로부터 제조된 괴상의 주조물

2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품

② 구리스크랩 등 사업자가 구리스크랩 등을 다른 구리스크랩 등 사업자에게 공급하였을 때에는「부가가치세법」 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 구리스크랩등사업자가 구리스크랩 등을 다른 구리스크랩 등 사업자로부터 공급받았을 때에는 구리스크랩 등 거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 구리스크랩 등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 구리스크랩 등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

1. 구리스크랩 등의 가액2.「부가가치세법」 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)

④ 구리스크랩등 수입에 대한 부가가치세는「부가가치세법」 제50조에도 불구하고 구리스크랩 등 거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다.

⑤ 구리스크랩 등을 공급받은 구리스크랩 등 사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리스크랩 등을 공급한 구리스크랩 등 사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은「부가가치세법」 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.

⑥ 제3항에 따라 구리스크랩 등 거래계좌를 사용하지 아니하고 구리스크랩 등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 구리스크랩 등을 공급하거나 공급받은 구리스크랩 등 사업자에게 제품가액의 100분의 20을 가산세로 징수한다.

⑦ 관할 세무서장은 구리스크랩 등을 공급받은 구리스크랩 등 사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리스크랩 등을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(「부가가치세법」 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리스크랩 등을 공급한 구리스크랩 등 사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 구리스크랩 등의 매출액이 구리스크랩 등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우

2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우

⑩ 제3항에 따라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.

⑪ 구리스크랩 등 거래계좌 사용 대상 구리스크랩 등 사업자의 범위, 구리스크랩 등 거래계좌 입금 방법, 입금된 부가가치세액의 처리, 구리스크랩 등 품목을 취급하는 사업자의 부가가치세, 소득세 및 법인세의 신고·납부에 관한 관리 등 제1항부터 제10항까지의 매입자 납부제도를 운영하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2015.8.13. 청구법인에게 쟁점세금계산서와 관련한 매입세액 OOO을 불공제하여 부가가치세를 경정하였고,청구법인은 위의 매입세액 불공제 경정처분과 별개로, 청구법인이 발급받은 쟁점세금계산서에 의하여 매입자 납부특례에 따라 납부한 부가가치세 OOO원은 착오납부에 해당한다며 2016.7.1.「국세기본법」제51조제1항 후단의 규정에 의하여 착오납부·이중납부로 인한 환급신청을 하였다.

(2) 처분청은 2016.7.29. 청구법인에게 동 세액이 착오납부.이중납부로 인한 것이 아니므로 해당 민원이 성립하지 않는다는 내용으로 “민원처리 불가 통보”를 하였다.

(3) 한편, 청구법인의 매입거래처(공급자)인 OOO은 매입자 납부특례에 따라 청구법인이 납부한 부가가치세 상당액을 과오납금으로 보아 환급하여야 한다는 취지의 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 OOO의 경우 부가가치세 실납부자가 아니어서 권리 또는 이익의 침해를 당한 자라고 보기 어렵다는 이유로 각하결정OOO하였다.

(4) 먼저, 본안 심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한지에 대하여 살펴본다. 「국세기본법」 제55조의 규정에 의하면 불복청구는 「국세기본법」 또는 세법에 의한 처분으로 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 할 수 있는 것인바, 조세심판제도는 「국세기본법」 또는 세법에 의한 처분으로 인하여 납세자가 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 경우 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 받도록 함으로써 위법.

부당한 조세행정으로부터 납세자의 권익을 보호하는데 그 취지가 있으며,「국세기본법」제51조및 제52조에서 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급할 세액이 있는 때에는 즉시 과오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하고 여기에 환급가산금을 가산하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있음에도 이를 세법에 의한 처분이 아니라고 보아 항고소송대상이 될 수 없도록 하는 것은 국세 등의 환급과 관련하여 국가에게 의무를 부여한 「국세기본법」관련 규정이 국가에서 재량을 허용한 것처럼 해석할 소지가 있어 불합리할 뿐만 아니라 납세자의 권리구제측면에서 심히 불이익한 결과를 초래하는 점,구리스크랩 등 거래사업자는 2014.1.1. 이후 공급하거나 공급받는 분부터는「조세특례제한법」 제106조의9제2항에 따라 구리스크랩 등을 공급한 사업자가「부가가치세법」 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니하고 공급받는 자가 구리스크랩 등 거래계좌를 사용하여 부가가치세를 지정금융기관에 입금하도록 규정되어 있는바, 쟁점세금계산서와 관련된 부가가치세의 실납부자는 매입자인 청구법인이고, 청구법인은 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 경정처분과는 별도로 청구법인이 납부한 쟁점세금계산서의 세액을 환급하여야 한다는 이 건 심판청구는 적법한 청구로 판단된다.

(5) 다음으로, 본안 심리에 들어가 쟁점세금계산서와 관련된 부가가치세액이 환급청구의 대상인지에 대하여 살피건대,「국세기본법」제51조제1항에서 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 발급받고 매입자 납부특례에 따라 부가가치세를 납부한 이상 이는 과오납금으로「국세기본법」제51조제1항에 의해 환급함이 타당해 보이므로 처분청이 청구법인의 부가가치세 환급청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.