비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여 양도소득세율 10%를 적용하여 달라는 청구주장의 당부

「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목의 위임에 따라 같은 법 시행령 제157조 제4항에 대주주의 범위를 정하고 있으나 동 규정에는 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하였고, 같은 법 제104조 제1항 제11호에는 중소기업 주식 및 대주주의 여부에 따라서 적용될 세율이 규정되어 있는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2015.12.31. 주식회사 OOO의 총 발행주식 33,333주 중 지분율 51%인 17,000주를 소유하다가 2016.3.28. 267주, 2016.3.30. 334주, 2016.4.7. 8,450주, 2016.7.11. 170주, 2016.7.22. 422주, 2016.8.19. 1,124주, 2016.11.29. 667주를 양도하였고, 주식회사 OOO의 총 발행주식 30,000주 중 지분율 16.67%인 5,000주를 소유하다가 2016.3.29. 1,000주를 매도하였으며, 청구인은 위 주식을 대주주가 양도하는 것으로 보아 20%의 세율을 적용하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다가 2017.12.29. 「소득세법」상 비상장법인의 대주주에 대하여는 따로 규정하고 있지 않으므로 주권발행법인이 비상장 중소기업인 경우는 대주주 여부와 관계없이 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다는 취지의 경정청구OOO를 제기하였다.

나. 처분청은 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 규정하고 있고, 청구인은 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목에 따른 자에 해당하지 않으므로 양도소득세율 10%를 적용하기 어렵다고 보아 2018.2.22. 및 2018.2.26. 청구인에게 위 경정청구에 대한 거부처분을 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 대주주 주식의 양도로 발생하는 소득에 대한 근거규정이므로, 이 규정을 비상장법인 대주주에게까지 적용하는 것은 조세법률주의에 위배된다. (가) 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목은 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되면서 중소기업의 주식으로서 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식에 한하여 양도소득세율 10%를 적용하는 것으로 규정하였으나, 같은 법 제94조 제1항 제3호는 함께 개정되지 아니하였고, 같은 호 가목은 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것” 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 각호에 해당하는 자로 규정하고 있는바, 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목에 적용할 대주주는 주권상장법인의 대주주를 말한다 할 것이다. (나) 일반인이라면 위 법령에서의 대주주 범위를 비상장법인에게까지 확대되는 것으로 예측할 수 없다 것이고, 납세자가 조금만 관심과 주의를 기울인다면 자신이 주식양도소득세 과세대상인 대주주에 해당되는지 여부를 예측할 수 있어야 할 것이며OOO, 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항은 양도소득세가 과세되는 주권상장법인의 대주주를 규정하고 있다고 이해될 뿐, 비상장법인의 대주주를 포함하여 규정된 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

(2) 일반적으로 대기업과 중소기업의 구분 없이 주권상장법인, OOO의 순으로 회사의 규모를 가늠할 것으로, 처분청의 의견과 같이 「소득세법 시행령」제157조 제4항이 비상장법인의 대주주도 규정된 것으로 본다면, 대주주의 지분율 범위가 주권상장법인 및 비상장법인이 2%, 코스닥시장상장법인 및 벤처기업의 주식을 4%로 불합리하다 할 것이다. 또한 위 영은 2017.2.3. 개정을 통하여 주권상장법인의 대주주 지분율은 1%, OOO로 합리적으로 규정되었다 할 것이다.

(3) 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”로 변경하였고, 같은 법 제104조 제11항 가목에서 비로소 양도소득세율이 달리 적용되는 대주주 범위를 명확히 시행령에 위임하였으며, 2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정 「소득세법 시행령」 제157조 제4항은 주권상장법인의 대주주를, 제167조의8 제1항에서는 주권상장법인 대주주와 구분되는 비상장법인 대주주가 범위가 비로소 명확히 정의되었다 할 것인바, 당초 구 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목에서의 대주주가 모든 경우의 대주주를 위임한 것이라면 위와 같이 법령을 개정할 이유가 없다 할 것이므로, 이 건 처분은 대주주의 범위를 확대·유추 해석함에 따라 조세법률주의 및 포괄위임 입법금지원칙을 위반한 것이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 중소기업인 비상장법인 대주주의 주식 양도에 대한 양도소득세율은 구 「소득세법」(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 20%의 양도소득세율을 적용하여야 할 것이다. 2015.12.15. 법률 제13558호로 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목이 개정되어 중소기업의 주식 등 10% 적용대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율이 10%에서 20%로 상향되었고, 국회의 개정 이유도 보면 위 법이 일부 개정되기 이전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있었으나, 중소기업의 대주주인 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서 우대하여야 할 필요성은 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 10%에서 20%로 조정한다는 내용이 나타난다.

(2) 조세심판원 및 OOO은 대주주의 비상장 중소기업 주식의 양도의 경우에도 20% 세율을 적용하여 한다고 판단하고 있고, 중소기업 “대주주의 주식양도소득세율”은 주권 발행 법인이 상장이던 비상장이던 따로 구분하지 않고 20%로 상향한 것이므로, 청구인의 주장과 같이 상장법인의 중소기업 대주주에게만 20%의 세율을 적용하여야 한다는 주장은 입법취지 등을 오해 것으로 청구이유가 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여 양도소득세율 10%를 적용하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조[양도소득의 범위]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등” 이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주” 라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 증권시장이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등 제104조[양도소득세의 세율]

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금 액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.(후단 생략)

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30 나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10 다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위]

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등” 이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인” 이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주” 라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장” 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의

4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식 등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식 등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2016년도에 주식을 양도하여, 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식비율은 주식회사 OOO 및 주식회사 OOO 발행주식의 51% 및 16.67%이며, 두 회사 모두 중소기업에 해당하는 것에는 다툼이 없다.

(2) 「소득세법」2015.12.15 법률 제13558호로 일부 개정된 안에 의하면, 중소기업 주식양도세율 조정(제104조 제1항 제11호 나목)에 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있으나 중소기업 대주주의 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서 우대하여야 할 필요성은 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 적용되는 주식양도세율을 10퍼센트에서 20퍼센트로 조정한다라고 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목의 위임에 따라 같은 법 시행령 제157조 제4항에 대주주의 범위를 정하고 있으나 동 규정에는 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하였고, 같은 법 제104조 제1항 제11호에는 중소기업 주식 및 대주주의 여부에 따라서 적용될 세율이 규정되어 있는 점, 세법 개정 이유에서 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목은 중소기업의 대주주인 경우에 주식양도소득 과세에 있어 우대하여야 할 필요성이 낮다는 사유로 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 10%에서 20%로 상향 조정된 점, 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대통령령으로 정하는 대주주의 범위를 규정하면서 제3장 전체에서 모두 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바, 대주주의 범위에 주권비상장법인도 포함된 것으로 보이고, 개정된 「소득세 시행령」OOO 제167조의8 제1항 제2호에 따라 변경된 대주주의 지분율(지분율 4% 이상)을 적용하더라도 청구인은 대주주 요건을 충족하는 점 등에 비추어 청구인이 양도한 주식에 대하여 양도소득세율을 10%로 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.