쟁점토지가 주거지역에 편입된 이후에 발생한 양도소득금액에 대하여 자경농지 감면을 적용하여야 하는지 여부

조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따르면, 8년 이상 자경농지에 대해서는 양도소득세를 면제하지만, 주거지역 등에 편입된 후 3년을 경과하여 양도하는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 주거지역 편입일부터 3년이 지난 것으로 확인되는 등 편입일 이후의 발생한 양도소득금액에 대하여 감면을 적용하기는 어려우므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.6.23. OOO답 404㎡ 및 같은 리 OOO 답 110㎡(2필지의 토지를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 OOO군청에 협의양도하고, 쟁점토지의 주거지역 편입일(2010.7.16.) 전까지 발생한 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면(이하 “자경농지 감면”이라 한다)을 적용하여 2016.8.31. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 쟁점토지가 주거지역에 편입된 이후에 발생한 양도소득금액에 대해서도 자경농지 감면을 적용하여야 한다는 이유로 2016.10.4. 처분청에 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2016.11.29. 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1977.4.29. 쟁점토지를 취득한 후 19년 이상 직접 경작하다가 2016.6.23. OOO군청에 양도하였다. 「조세특례제한법」제69조 제1항은 8년 이상 직접 경작한 토지를 양도한 경우 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지에 대하여 해당 규정을 적용하여야 하며, 같은 항 단서는 8년 이상 직접 경작하지 않은 토지가 주거지역 등으로 고시된 경우에 적용하는 것이 입법취지상 타당하다.

(2) 쟁점토지는 2015.3.20. 도로 및 주차장으로 고시되어 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역이 아닌 기반시설에 해당되므로 「조세특례제한법」제69조 제1항 단서를 적용할 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 면제하되, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입되는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다.

(2) 쟁점토지는 2010.7.16. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 중 제1종 주거지역으로 지정ㆍ고시 되었으므로, 「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제4항에 따라 취득일부터 주거지역 편입일까지의 양도소득금액에 대해서만 자경농지 감면을 적용할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 주거지역에 편입된 이후에 발생한 양도소득금액에 대하여 자경농지 감면을 적용하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년(괄호 생략) 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

양도소득금액 ×

(주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시 기준시가)

(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제36조[용도지역의 지정]

① 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도지역의 지정 또는 변경을 도시·군관리계획으로 결정한다.

1. 도시지역 : 다음 각 목의 어느 하나로 구분하여 지정한다.

가. 주거지역 : 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 지역 나. 상업지역 : 상업이나 그 밖의 업무의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역 다. 공업지역 : 공업의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역 라. 녹지지역 : 자연환경·농지 및 산림의 보호, 보건위생, 보안과 도시의 무질서한 확산을 방지하기 위하여 녹지의 보전이 필요한 지역

2. 관리지역 : 다음 각 목의 어느 하나로 구분하여 지정한다.

가. 보전관리지역 : 자연환경 보호, 산림 보호, 수질오염 방지, 녹지공간 확보 및 생태계 보전 등을 위하여 보전이 필요하나, 주변 용도지역과의 관계 등을 고려할 때 자연환경보전지역으로 지정하여 관리하기가 곤란한 지역 나. 생산관리지역 : 농업·임업·어업 생산 등을 위하여 관리가 필요하나, 주변 용도지역과의 관계 등을 고려할 때 농림지역으로 지정하여 관리하기가 곤란한 지역 다. 계획관리지역 : 도시지역으로의 편입이 예상되는 지역이나 자연환경을 고려하여 제한적인 이용·개발을 하려는 지역으로서 계획적·체계적인 관리가 필요한 지역

3. 농림지역

4. 자연환경보전지역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(2) 쟁점토지에 대한 토지이용계획 확인서에 따르면, 쟁점토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 중 제1종 일반주거지역에 속해 있고, 쟁점토지 중 OOO답 404㎡는 소로 1류에 접해 있는 주차장으로, 나머지 OOO 답 110㎡는 소로 1류에 속해 있는 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점토지가 OOO 군관리계획에 따라 2010.7.16. 도시지역 중 제1종 일반주거지역으로 고시된 후, 2015.3.20. 주차장 및 도로로 고시되었고, 이는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 기반시설에 해당되어 쟁점토지의 양도 당시 같은 법에서 규정하는 주거지역에는 해당되지 않는 것이라고 주장한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 주거지역 편입일 이후에 발생한 양도소득금액에 대하여도 자경농지 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따르면, 8년 이상 자경농지에 대해서는 양도소득세를 면제하지만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 등에 편입된 후 3년을 경과하여 양도하는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하도록 정하였고, 쟁점토지는 2010.7.16. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역으로 지정되었으며, 양도일(2016.6.23.) 현재 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지났으므로 쟁점토지의 취득일부터 주거지역 편입일까지 발생된 양도소득금액에 대하여만 자경농지 감면을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 또한, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 기반시설은 도시지역(주거지역, 상업지역, 공업지역, 녹지지역), 관리지역 등 용도지역의 구분과 별개로 도시·군관리계획에 따라 결정된 시설을 뜻하고, 쟁점토지는 도시지역 중 제1종 일반주거지역에 속한 주차장 및 도로에 해당되므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.