GovBrief 국세 › 자주 묻는 질문 › 법인세
교회가 미사용 부동산을 팔면 법인세를 내는가?
고정자산 처분소득과 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고·납부할 의무가 있다.
비영리법인인 교회가 고유목적사업에 3년 이상 사용하지 않은 부동산을 양도할 때의 납세의무를 물었다. 고정자산 처분소득과 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고·납부할 의무가 있다. 토지 등 양도소득 법인세는 대통령령이 정한 지역에 소재하는 토지 등의 양도에 적용된다.
회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.
인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.
회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다
GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.
인용 조문·항·호 중 2곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.
- 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 2002.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제3조 제2항 제5호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상5. 고정자산(固有目的事業에 직접 사용하는 固定資産으로서 大統領令이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)해당 문구 없음
- 문구 변경회신 당시 시행본 2002.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제55의2조: 회신 당시 9개 문장·단위에서 현재 36개로 바뀌었다(수정 8개 · 신설 27개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제55조의2 (토지등양도소득에 대한 과세특례)
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)
표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.
사실관계
비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교단체가 부동산을 양도한다. 해당 부동산은 고유목적사업에 사용하지 않았거나 3년 이상 사용하지 않은 부동산이다.
질의요지
비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도시 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 소득에 대한 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것임.
본문(원문)
비영리법인에 해당하는 교회가 고유목적사업에 3년 이상 사용하지 아니한 부동산을 양도하는 경우 법인세 납세의무에 대하여는 우리센터 기존 질의회신 서이46012-10352(2002.02.28.)호를 붙임과 같이 보내드리니 이를 참고하시기 바랍니다.
※ 서이46012-10352, 2002.02.28
질의 1)의 경우, 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 소득에 대한 법인세와 법인세법 제55조의 2의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것이며
질의 2)의 경우, 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 같은조 제1항의 규정에 의하여 “대통령령이 정하여 지역”에 소재하는 토지 등의 양도에 대하여 적용되는 것이며
질의 3)의 경우, 법인세가 면제되는 3년이상 고유목적사업에 사용하던 부동산의 양도에 대한 법인세의 납세의무는 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 납세의무
정제 정리
질의
1. 비영리법인인 교회가 고유목적사업에 3년 이상 사용하지 않은 부동산을 양도할 때 법인세 납세의무가 있는지.
2. 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 적용 범위는 무엇인지.
3. 3년 이상 고유목적사업에 사용한 부동산을 양도할 때 납세의무는 어떻게 되는지.
회답
1. 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우, 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 소득의 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있다.
2. 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 “대통령령이 정하여 지역”에 소재하는 토지 등의 양도에 적용된다.
3. 법인세가 면제되는 3년 이상 고유목적사업에 사용하던 부동산의 양도에 대한 법인세 납세의무는 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 납세의무이다.
근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결
- 법인세법 제3조제2항제5호 (납세의무자) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제55의2조 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
원문이 참조한 다른 해석
- 서이46012-10352 종교단체가 미사용 부동산을 양도하면 법인세를 내나?
관련 해석
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이 답을 인용할 때
국세청 법령해석 서이46012-10145 (<time datetime="2003-01-22">2003.01.22</time> 회신), "교회가 미사용 부동산을 팔면 법인세를 내는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000057494/
출처·편집 정보
- 원문
- 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000057494)
- 원 제목
- 법인으로 보는 단체가 보유하던 농지의 양도에 대한 법인세납세의무
- 공개 등급
- 공개 후보 · 검색 색인 대상
- 편집
- 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
- 갱신
- 2026-09-10