농어촌주택 취득 후 산 다른 주택도 특례가 되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면인터넷방문상담5팀-242회신일 2007.01.19세목 조세특례회신 후 개정

1. 질문농어촌주택 취득 후 산 다른 주택도 특례가 되는가?2. 공식 회신국세청 · 2007.01.193. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문3개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2007.01.19

농어촌주택 취득 이후 다른 주택을 취득하여 양도하면 해당 특례가 적용되지 않는다.

건설임대주택 취득·양도와 관련하여 농어촌주택 과세특례 적용 여부를 물었다. 농어촌주택 취득 이후 다른 주택을 취득하여 양도하면 해당 특례가 적용되지 않는다. 자산 취득시기는 원칙적으로 대금청산일이며 예외적으로 등기접수일을 적용한다.

근거 조문 조세특례제한법 제99의4조제1항 소득세법 제98조 소득세법 제162조제1항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 소득세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 3 · 문구 동일 0

문구 변경회신 당시 시행본 2007.01.01 → 현재 시행본 2026.07.01
조세특례제한법 제99의4조 제1항: 회신 당시 8개 문장·단위에서 현재 8개로 바뀌었다(수정 8개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
①거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택취득기간"이라 한다)중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호의 규정을 적용한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
문구 변경회신 당시 시행본 2007.01.01 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제98조: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
문구 변경회신 당시 시행본 2007.01.01 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제162조 제1항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
①사업자로서 대통령령이 정하는 자가 금전등록기를 설치ㆍ사용한 경우에 총수입금액의 계산은 제24조제1항의 규정에 불구하고 당해연도에 수입한 금액의 합계액에 의할 수 있다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
① 사업자로서 대통령령으로 정하는 자가 금전등록기를 설치ㆍ사용한 경우에 총수입금액은 제24조제1항에도 불구하고 해당 과세기간에 수입한 금액의 합계액에 따라 계산할 수 있다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

1세대가 농어촌 주택취득기간 중 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하는 경우가 검토되었다. 농어촌주택 취득 전 보유한 일반주택과 취득 후 산 다른 주택의 양도를 구분하였다.

질의요지

농어촌주택 취득 이후에 다른 주택을 취득하여 양도하는 경우 농어촌주택 과세특례 규정이 적용되지 않는 것임

본문(원문)

거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003.8.1.부터 2008.12.31.까지의 기간(이하 “농어촌 주택취득기간”이라 함)중에 「조세특례제한법」 제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함함)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세(고가주택은 제외) 규정을 적용하는 것이나, 농어촌주택 취득 이후에 다른 주택을 취득하여 양도하는 경우 동 규정이 적용되지 않는 것입니다.

한편, 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따른 자산의 취득시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날이며, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일입니다.

정제 정리

질의

농어촌주택 취득 이후 다른 주택을 취득하여 양도하는 경우 과세특례 적용 여부와 자산 취득시기.

회답

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

조세특례제한법 제99의4조제1항 (농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
소득세법 제162조제1항 (금전등록기의 설치ㆍ사용) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담5팀-242 (<time datetime="2007-01-19">2007.01.19</time> 회신), "농어촌주택 취득 후 산 다른 주택도 특례가 되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000041263/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000041263)
원 제목: 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우 조세특례제한법 제99조 4 규정 적용 여부
공개 등급: 공개 후보 · 검색 색인 대상
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-10