주택과 그 부수토지가 시차를 두고 수용된 경우 1세대 1주택 판정시점을 언제로 보아야 하는지

1세대 1주택 해당 여부 판정시점은 주택의 양도시기를 기준으로 함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1994.1.14. OOO소재 대지 744㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 위 지상 주택 238.02㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2012.3.28. 한국토지주택공사에 쟁점주택을 OOO원에 수용협의에 의하여 양도한 후 당시 청구인의 배우자 박OOO가OOO(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 보유함에 따라 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 2주택으로 하여 2012년 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고,청구인의 배우자 박OOO는 2012.11.30. 쟁점외주택을 양도하여 쟁점외주택의 양도에 대하여 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으며,청구인은 2013.1.9. 쟁점토지를 OOO원에 양도한 후 쟁점토지의 양도에 대하여 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 쟁점주택 및 그 부수토지인 쟁점토지의 보상금이 시차를 두고 지급된 경우에는 전체를 하나의 행위로 보아 양도시기를 결정하여야 하고 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도시기는 쟁점토지의 최종 대금청산일인 2013.1.9.로서 이는 청구인이 1세대 1주택을 보유한 때이므로 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도는 양도소득세 비과세 대상이라고 판단하여 2013.2.14. 처분청에 2012년 귀속 양도소득세 OOO원, 2013년 귀속 양도소득세 OOO원, 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도시기는 각각의 보상금 수령일을 양도시기로 보는 것이 타당하다고 판단하여 2013.4.8. 청구인의 경정처분에 대하여 거부처분을 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.27. 이의신청을 거쳐 2013.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 건물과 토지의 보상금 수령일을 각각의 양도시기로 보아 비과세 여부를 판정하여야 한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였으나,주택의 건물과 부수토지가 시차를 두고 수용되는 경우에 양도시기는 최종 보상금 수령일이고(서면5팀-621, 2007.02.20)이고, 1세대 1주택 비과세 판정은 양도일 현재를 기준으로 함(재일46014-2484, 1995.9.20)을 고려할 때, 쟁점주택과 그 부수토지인 쟁점토지의 양도일은 ‘쟁점주택’의 보상금 수령일인 2012.3.28.이 아닌 ‘쟁점토지’의 보상금 수령일인 2013.1.9.로 보아야 하며, 그 양도일 현재 쟁점주택 외에 다른 주택이 없으므로「소득세법 시행령」 제154조제1항의 규정에 의해 1세대 1주택 비과세에 해당한다.1세대 1주택 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 비과세되려면 양도 당시 그 지상에 주택이 정착되어 있어야 하나, 종전주택이 공익사업의 시행으로 철거됨에 따라 부득이 나대지로 남게 된 그 부수토지를 양도하는 경우로서 일정기한 내에 양도하는 경우에는 이를 종전주택의 부수토지로 보아 비과세하는바(조심 2012부5348, 2013.3.7), 건물이 먼저 수용(철거)되고 그 수용일부터 5년 이내에 양도하는 부수토지는 주택의 부수토지로 보아 비과세 대상이고,또한, 과세관청은 2주택 소유자의 1세대 1주택 비과세 판정에 있어 주택과 부수토지가 시차를 두고 수용된 경우에 전체를 하나의 양도행위로 보아 비과세 여부를 판정(부동산거래과-51, 2013.2.4.)한다고 일관되게 유권해석을 하고 있으며, ‘부수토지 수용→다른 주택 양도→주택 수용’의 경우에 전체를 하나의 행위로 보아 비과세가능(부동산거래과-489, 2012.9.13.)하다고 유권해석하고 있음에도 불구하고, 이에 반하여 쟁점건물과 쟁점토지 각각의 보상금 수령일을

양도시기로 보아 본 건 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

2012.3.28. 수용된 쟁점주택은 청구인의 배우자가 2002.5.2. 쟁점외주택을 보유하고 있어 1세대 1주택 비과세대상 아니고, 2013.1.9. 수용된 쟁점토지는 「소득세법 시행규칙」(1세대 1주택의 특례)에 해당되지 않아 비과세를 적용할 수 없다.경정청구시 위 양도물건에 대한 전체 양도시기를 2013.1.9.로 보아 비과세판정을 하여 달라고 청구하였으나, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 부수토지가 시차를 두고 수용된 경우 당해 주택 또는 부수토지의 양도시기는 ‘보상금을 수령한 날’이므로 각각의 보상금 수령일을 양도시기로 보는 것이 타당하므로(조심 2009광2620, 2010.6.8.) 경정청구를 거부한 당초 처분 적정하며,청구인이 관련 사례로 주장하는 예규(부동산거래관리과-489, 2012.9.13.)는 ‘1세대 1주택’일 때 주택 및 부수토지에 대한 보상금 지급이 시차를 두고 이루어진 경우에는 전체를 하나의 거래로 보아 비과세한다는 것이지, 청구인과 같이 쟁점주택 수용 당시 ‘1세대 2주택자’인 경우에는 비과세대상이 될 수 없고, 주택부수토지 또한 토지분 과세대상이므로 위 사례를 적용할 수 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택의 건물과 토지가 시차를 두어 수용된 경우 주택의 건물과 토지의 1세대 1주택 비과세 해당여부

나. 관련 법령

(<별지>)

다. 사실관계 및 판단

(1) 제출된 증빙에 의하면, 청구인의 쟁점주택 및 쟁점토지 양도경위는 아래와 같이 나타난다.(가) 청구인은 1994.1.14. 쟁점주택을 증여로 취득하였고, 이후 배우자 박OOO 명의로 2002.5.2. 쟁점외주택을 취득하여 2주택을 보유하던 중 쟁점주택 소재지가 한국토지주택공사에서 시행하는 보금자리주택건설 관련한 지역에 포함된 것으로 나타난다.(나) 청구인은 2012.3.28. 한국토지주택공사로부터 쟁점주택에 대한 보상금 OOO원을 수령하고, 이에 대하여 2012.5.1. 2012년 귀속 양도소득세OOO원을 신고·납부하였다.(다) 박OOO(청구인의 배우자)는 2012.11.30. 그의 소유인 쟁점외주택을 OOO원에 양도하였고, 이에 대하여 2013.1.28. 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.(라) 청구인은 2013.1.9. OOO와 쟁점주택의 부수토지인 쟁점토지에 대한 보상에 합의하고 쟁점토지에 대한 보상금 OOO원을 수령하였으며, 이에 대하여 2013.1.28. 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

(2) 청구인은 쟁점주택(2012.3.28.) 및 쟁점토지(2013.1.9.)가 시차를 두고 수용된 경우 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도 전체를 하나의 양도행위로 보아 쟁점토지 양도일(2013.1.9.) 현재 다른 주택이 없으므로 1세대 1주택 비과세대상이라고 주장하면서 2013.2.14. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.4.8. 경정청구를 거부하였다.

(3) 살피건대, 청구인은 쟁점주택과 쟁점토지가 순차적으로 수용된 경우 1세대 1주택 비과세 여부는 전체를 하나의 양도행위로 보아야 하고, 그 시점은 쟁점토지에 대한 최종 보상금 수령시라고 주장하는바,「소득세법」 제89조제1항, 같은 법 제98조, 같은 법 시행령 154조 제1항, 같은 법 시행령 제162조 제1항을 종합하여 살펴보면,「소득세법 시행령」 제162조제1항은 자산의 일반적인 취득 및 양도시기를 규정하고 있는 것인 반면에 같은 법 시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택 및 그 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득세에 대한 양도소득세 비과세특례를 규정하고 있는 것이고, 주택에 부수되는 토지라 함은 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 의미한다는 점과 1세대 1주택 양도에 따른 양도소득세 비과세제도는 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하기 위하여 인정되는 제도라는 점에 비추어 볼 때, 1세대 1주택 비과세특례 규정을 적용함에 있어 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에는 전체를 하나의 양도행위로 보아「소득세법 시행령」 제154조제1항의 규정을 적용함이 타당하다 할 것이며(조심 2013중616, 2013.11.11. 합동회의 같은 뜻),1세대 1주택 소유 여부의 판단시점은 1세대 1주택 비과세 제도가 주택의 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하고 이에 따르는 부수토지에 대하여도 양도소득세를 비과세하는 제도이므로 주택의 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이다.

그렇다면 본 건의 경우 쟁점주택과 쟁점토지의 양도행위를 하나의 양도행위로 보되, 1세대 1주택 소유 여부의 판단시점은 2012.3.28. 쟁점주택의 협의매도 당시를 기준으로 할 것으로서, 당시는 청구인과 배우자는 쟁점주택과 쟁점외주택을 소유하고 있었으므로 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하여 청구주장을 받아들이기는 어렵고, 청구인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.