쟁점토지가 「조세특례제한법」제69조 에 의한 양도소득세 감면대상 자경농지에 해당되는지 여부

청구인이 농업회사법인의 대표이사의 직무를 수행하면서 쟁점토지를 직접 자경하였다고 보기 어려운 점, 농업회사법인의 전시판매기간과 청구인의 직접 경작기간을 구분하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구인이 쟁점토지를 직접 8년 이상 자경하지 아니하였다고 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.8.30. 경기도 OOO 전 350㎡(이후 분할 및 합병으로 양도 당시 590㎡로 면적 변경, 이하 “쟁점토지”라 한다), 동소 46-2 답 131㎡외 1필지 를 취득하였고, 2007.12.11. 동소 45-1 구거 150㎡를 취득하였다. 이후 2011.10.31. 경기도 OOO 답 131㎡에서 분할된 경기도 OOO 도로 95㎡ 및 쟁점 토지를 양도하였으나, 2001.8.30. 취득한 쟁점토지외 2필지 및 2007.12.11. 취득한 경기도 OOO 구거 150㎡를 양도한 것으로 하고 쟁점토지 외 3필지 모두를 「조세특례제한법」제69조 제1 항의 세액감면 대상인 농지로 보아 2012.1.2. 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 2013.7.4. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 농과대학을 졸업하고 평생 잔디 연구 및 재배사업을 해온 점, 잔디재배를 위해서는 연구포지가 필요하다는 점, 쟁점토지가 잔디재배 연구포지로 사용되었다는 것을 입증하는 여러 증거들이 있는 점, 쟁점토지와 청구인이 거주하는 주택 및 청구인이 대표이사로 재직중인 농업회사가 쟁점토지 인근에 있었다는 점, 연구의 결과로 특허를 받고 실지 생산하여 판매하였다는 점, 쟁점토지는 잔디재배용 연구포지 외 다른 목적으로 사용한 적이 없다는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점토지는 8년 자경농지임이 분명하다. 특히 4대강 사업으로 인하여, 하천부지에 있던 실제 재배포지가 모두 수몰되었으나, 이에 대한 보상이 적법하게 이루어지지 않은 관계로 회사가 큰 재정위기에 봉착하였으며, 현재 기업회생과 개인회생의 절차를 밟고 있어 실제 담세력이 없는 부도상태이므로 이런 모든 점들을 감안하여야 한다.

나. 처분청 의견

경작사실확인서의 경우 쟁점토지에서 청구인이 실제로 경작하였다는 내용 외에 경작기간 등 구체적인 사실에 대한 언급이 없고, 사인이 작성한 것으로 이를 근거로 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 것이 객관적으로 입증된다고 보기 어려우며, 특허증은 출원일(2002.2.25.) 이후의 경작사실에 대한 증빙이 되지 못할 뿐만 아니라 쟁점토지의 8년 자경에 대한 직접적이고 객관적인 증명이 될 수 없으며, 실험포지사진도 쟁점토지의 현장사진인지 여부가 불분명하고, 설령 쟁점토지의 현장사진이라고 할지라도 8년 이상 기간 동안의 자경사실을 직접적이고 객관적으로 증명해 주지 못하며, 조합원 탈퇴 증명서의 경우에도 2006년 가입하여 2008년 탈퇴한 것 으로 확인되어 8년 이상 기간 동안의 자경사실을 증명해 주지 못한다. 한편, 청구인은 농업회사법인인 (주)OOO의 대표이사로 재임중인 자로 2001년 쟁점토지의 취득시점부터 2011년 양도시점까지 법인의 대표이사로 재임하면서 OOO원의 고액급여를 수령하였는바, 고액급여를 받는 법인의 대표이사가 자신의 직책을 수행하며 농지를 직접 상시적으로 경작하였다고 보기에는 무리가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 「조세특례제한법」제69조 에 따른 양도소득세 감면대상 자경농지에 해당되는지 여부

나. 관련법령

: 별지 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지 및 경기도 OOO 토지 등기사항전부증명서, 경기도 OOO 토지 및 동소 46-21 토지의 토지대장에 따른 청구인의 토지취득내역 및 청구인의 양소소득과세표준 신고 및 자진납부계산서(2012.1.2.)에 따른 양도소득세 예정신고내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 토지취득내역 및 양도소득세 예정신고내역 (OO : O, OO)

(2) 쟁점토지 및 경기도 OOO 토지의 등기사항전부증명서 및 토지매매계약서(2011.10.26.)에 따른 청구인의 실제 토지양도내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 실제 토지 양도내역 (OO : O, OO)

(3) 청구인에 대한 양도소득세 조사종결 보고서(2013년 5월)의 조사내용에는 8년 자경여부와 관련하여, 청구인이 제시한 특허증은 2002년 출원한 것으로 출원 후 경작사실에 대하여는 입증을 못하고 있고, 청구인은 농업회사법인인 (주)OOO의 대표이사로 재임중인 자로 2001년 쟁점토지 취득시점부터 양도시점인 2011년까지 (주)OOO의 대표이사로 재직하며 OOO원의 고액급여를 수령하였는바, 대표이사 직책을 수행하며 고액급여를 수령하면서 농지를 직접 상시적으로 경작하였다고 보기에는 무리가 있고 자경을 입증할 구체적인 서류를 제 시하지 못하고 있다는 이유로 감면세액을 부인하고자 한다고 나타나고, 처분청의 결의서에 따르면 처분청은 청구인의 양도소득과세표준 신고내역에 따라 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도차익을 산정한 것으로 나타난다.

(4) 청구인의 주민등록표 초본에 따른 청구인의 주소변동내역은 다음 <표3>과 같다. <표3> 청구인의 주소변동내역

(5) 쟁점토지에는 양도 당시 건물이 있었던 것으로 일반건축물대장 및 등기사항전부증명서에 나타나는바, 2010.5.13. 신축되어 사용승인된 것으로 나타나고, 주용도는 온실로 나타나고, 해당 지역은 자연녹지지역(개발제한구역)으로 나타나며, 소유권은 “농업회사법인 주식회사 OOO[(주)OOO에서 상호 변경]”에게 있는 것으로 나타난다.

(6) 처분청이 제출한 법인사업자 기본사항 조회내역(조회일자 2013.10.16.)은 다음 <표4>와 같고, 농업회사법인 주식회사 OOO의 홈페이지에는 2000년 8월 조경식재공사업 면허를 취득하였으며, 전라북도 정읍시·경기도 연천군·강원도 원주시·경기도 강화군·경상북도 예천군에 총 5곳의 농장 및 경기도 OOO에 전시판매장을 보유한 것으로 나타난다. <표4> 법인사업자 기본사항 조회내역

(7) 쟁점토지의 농지원부 내역은 다음 <표5>와 같다. <표5> 쟁점토지의 농지원부 내역 (면적 : ㎡)

발급일자

실제지목

면적

경작구분

소유자

주재배작물

2001.11.23.

전

350

자경

청구인

채소

2007.2.23.

전

350

자경

청구인

화훼

(8) 처분청이 제출한 근로소득지급명세서 조회내역에 따르면 청구인에 대한 근로소득지급명세서 내역은 다음 <표6>과 같고, 징수의무자는 “농업회사법인 주식회사 OOO”으로 나타난다. <표6> 청구인에 대한 근로소득지급명세서 내역 (OO : OO)

(9) 청구인이 제출한 경작사실확인서(2012년)에는 확인자가 경기도 OOO 및 경기도 OOO으로 나타나고, 확인서에는 청구인이 2011.10.31. 양도한 쟁점토지 및 경기도 OOO OOO OO-OO 도로 95㎡에서 채소 및 잔디(시험재배)를 청구인이 실경작하였음을 확인한다고 나타나며, 경작기간 등은 나타나지 않는다.

(10) 청구인이 제출한 특허증(특허 제0382793호, 2003.4.21.)에는 발명의 명칭이 ‘모래용토를 사용한 카페트형 초본식물의 재배방법’으로 나타나고, 출원 일 및 등록일은 각각 2002.2.25., 2003.4.21.로 나타나며, 특허권자는 (주)OOO으로, 발명자는 청구인으로 나타난다.

(11) 청구인이 제출한 OOO의 조합원 탈퇴 증명서에 따르면 청구인은 2006.2.20. OOO에 가입하여 2008.2.20. 탈퇴한 것으로 나타난다.

(12) 청구인은 쟁점토지에서 잔디를 재배하였음을 주장하며, 사진 6매를 제출하였고, 심리 전 쟁점토지 소재 건물의 내부사진 4매를 제출하였다.

(13) 청구인은 2014.2.20. 조세심판관회의에 출석하여 의견진술을 하였는바, 초기에는 청구인과 여직원 1명이 일했으나, 나중에는 농장까지 해서 15명의 직원이 되었으며 현재는 6명으로 줄었다고 진술하였고, 농업회사법인 주식회사 OOO이 잔디를 전시판매한 기간과 청구인이 잔디를 직접 재배한 기간을 구분하기는 어렵다고 의견진술하였다.

(14) 살피건대, 청구인은 농업회사법인의 대표로서 쟁점토지에서 8년 이상 잔디를 재배하였다고 주장하나, 청구인은 농업회사법인의 대표이사로서, 청구인이 경영하는 농업회사법인에는 다른 직원들이 있었으며, 농업회사법인은 경기도 OOO에 소재한바, 청구인이 대표이사의 직무를 수행하면서 쟁점토지에서 직접 경작을 하였다고 보기는 어려운 점, 청구인이 심리 전 제출한 쟁점토지 소재 건물의 내부사진 등에 따르면 잔디는 전시판매용으로 보이고, 경작사실확인서에는 청구인이 쟁점토지 중 일부에서 잔디를 시험재배하는 등 실경작하였음을 확인한다고 기재되었을 뿐, 실제 청구인이 쟁점 토지를 언제부터 언제까지 경작하였는지를 확인하지 아니하고 있는 점, 특허증은 청구인이 잔디 관련 연구를 진행하였음을 입증하는 증빙자료일 뿐으로서 출원일이 2002.2.25.로, 등록일이 2003.4.21.로 나타나 청구인이 쟁점토지 취득 이후 쟁점토지에서 8년 이상 직접 경작하였음을 직접적으로 증명하는 자료로 보기 어려운 점, OOO의 조합원 탈퇴 확인서의 가입일자 및 탈퇴일자는 각각 2006.2.20., 2008.2.20.로 나타나는 점 등을 고려하면 농업회사법인의 전시판매기간과 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 기간을 구분하기 어려운바, 청구인의 쟁점토지 경작기간이 8년 이상인 것이 입증되지 않으므로 처분청이 청구인의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만，양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑬ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2011.8.3. 기획재정부령 제225호로 개정된 것) 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인.

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제7항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제7항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제7항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.