재화의 공급 없는 거래로 보아 그 거래를 한 본점에 대하여 과세하고 지점에 대하여 환급하였다가, 조세심판결과 정상거래로 결정되자, 그 취지에 따라 당초 환급하였던 지점에 대하여 과세한 처분의 당부

쟁점규정 제2항 제1호는 오로지 납세자에게 유리한 결정을 이행하기 위하여만 적용된다고 볼 수 없는바, 이 건 과세처분 중 ㈜◎◎◎에 발급한 매출세금계산서와 관련된 세액은 청구법인의 거래상대방인 ㈜◎◎◎가 제기한 심판사건에 대한 결정에 따라 경정한 것으로서 위 특례에 따른 것으로 볼 수 있는 점, 우리 원은

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◇에 대한 과세결정을 한 사실이 없는바, 당초심판청구를 한 처분 외의 처분에 대하여 취소, 변경 또는 새로운 처분의 결정을 하였다거나, 청구법인에게 불리한 결정을 하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO의 계열사로서 OOO 설립되어 산업용세정제, 계면활성제 등의 제조업과 석유화학제품 등의 판매업(수출입업)을 영위하는 법인으로 2011년 제2기 부가가치세 과세기간부터 사업자 단위과세 사업자가 되었고, OOO 및 OOO과 화학제품을 매입.매출하는 거래(이하 “당초거래”라 한다)를 하였다.

나. OOO은 2016.6.30.～2016. 11.28. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 2011년 제1기～2015년 제1기 기간 동안 OOO 등에게 발급한 공급가액 OOO의 매출세금계산서(청구법인 OOO이 발급한 OOO의 매출세금계산서 포함)와 위 회사들로부터 수취한 공급가액 OOO의 매입세금계산서를 재화의 공급 없이 발급.수취한 세금계산서로 보아 관련 매출세액을 감액하고 관련 매입세액을 불공제한 과세결정내용을 통보하자, 아래 ＜표1＞과 같이 본점 관할 OOO은 2016.12.5. 청구법인에게 부가가치세를 각 경정.고지(이하 “당초처분”이라 한다)하였고, OOO은 위 OOO의 매출세금계산서 관련 매출세액을 감액하여 2016.12.1. 부가가치세를 환급하였다. ＜표1＞ 경정.고지 및 환급내역 다. 청구법인이 이에 불복하여 2017.7.28. 심판청구를 제기(이하 “당초심판청구”라 한다)한 결과, 우리 원이 위 매출·매입거래 중 OOO함에 따라 아래 ＜표2＞와 같이 본점 관할 OOO은 부가가치세를 각 환급하였는바, 위 심판결정 내용에는 청구법인 포항지점이 발급한 OOO의 매출세금계산서와 직접 관련된 내용은 없으나, OOO 관할 처분청은 동 매출세금계산서 관련 거래가 위 심판결정에서 정상세금계산서로 인정한 거래와 동일하다고 보아 2018.12.17. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO을 경정.고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

※ 청구법인 OOO이 2011년 제1기에 발급한 OOO의 매출세금계산서 중

① OOO에게 발급한 OOO의 매출세금계산서에 대해서는 OOO가 실물거래 없는 거짓세금계산서로 매입세액불공제 과세되어 심판청구를 제기한 결과 OOO되었고(청구법인은 동 심판결정에 대하여 알지 못한 것으로 나타남),

② OOO에게 발급한 나머지 OOO의 매출세금계산서에 대해서는 OOO이 관련 과세자료를 통보하였으나, 관할 세무서에서 미처 과세하지 못한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 환급 및 경정.고지내역 라. 청구법인은 이 건 처분에 불복하여 2019.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OOO은 2011년 제1기 OOO에서 이루어진 거래(이하 “쟁점거래”라 한다) 전체를 정상거래로 결정하였는바, 이 건 처분은 OOO(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 부과제척기간을 경과하여 이루어지는 등 위법한 처분이므로 당연 무효이다.

(1) 쟁점규정 제1항 제1호 및 제1호의2는 부정행위에 해당하는 경우에 적용되는 것이나, 2011년에 이루어진 쟁점거래의 경우에는 OOO에서 정상적인 거래로 인정받았는바, 쟁점거래를 처분 대상으로 하는 이 건 처분에는 제1호 및 제1호의2가 적용되지 않는다. 또한 청구법인은 2011년 제1기에 OOO에서 이루어진 쟁점거래와 관련하여 법정신고기한인 2011.7.25.까지 부가가치세 과세표준신고서를 제출하였으므로 이 건 처분에 쟁점규정 제1항 제2호는 적용되지 않고, 쟁점규정 제1항 제3호에 따른 제척기간은 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 여기서 국세를 부과할 수 있는 날이란 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우에는 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날을 의미하는바, 2011년 제1기의 제척기간의 기산일은 2011.7.26.이고 만료일은 2016.7.26.으로서, 이 건 처분이 이루어진 2018.12.13. 현재 제3호에 따른 제척기간은 이미 만료되었으므로 이 건 처분에는 제3호가 적용되지 않는다.

(2) 쟁점규정 제2항 제1호는 심판청구 등에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우에는 그 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년간 국세를 부과할 수 있도록 규정하고, 다만, 제1호는 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여만 그 판결 등의 경정처분 등을 할 수 있을 뿐이고, 그 취소나 변경대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 않는 제3자에 대하여서까지 적용되는 것은 아니다OOO. 그런데,「부가가치세법」은 원칙적으로 사업장 단위 과세 원칙을 취하면서 각 사업장을 하나의 납세의무자로 보고 있는바, 사업자가 같더라도 서로 다른 사업장은 각각 다른 납세의무자에 해당한다OOO. 당초처분에 대한 OOO의 대상이 되는 납세의무자는 2011년 제1기의 경우에는 청구법인의 본점이고 2011년 제2기 이후에는 사업자 단위 과세 사업자가 적용되는 청구법인이므로, OOO에 대한 결정은 쟁점거래의 납세의무자인 청구법인의 OOO에는 적용되지 않는다. 설령, 쟁점규정 제2항 제1호가 쟁점거래의 납세의무자인 청구법인의 OOO에 적용될 수 있다 하더라도, 청구법인이 당초거래와 관련하여 OOO를 한 대상은 당초거래와 관련하여 부가가치세가 과세처분된 것일 뿐이므로 2011년 제1기 OOO과 관련하여 환급받은 세액은 여기에 포함되지 않는바, 처분청이 OOO에 기하여 이 건 처분을 하는 것은 「국세기본법」제79조 제1항의 불고불리의 원칙에 위배되는 것이므로 당연 무효에 해당한다. 아울러, 처분청이 OOO에 기하여 이 건 처분을 한 것은, 오히려 OOO에 기하여 납세자에게 불이익한 처분을 한 것에 해당하므로, 이는 「국세기본법」제79조 제2항의 불이익변경금지 원칙에 위배되는 것이므로 당연 무효에 해당한다.

참고로, 쟁점규정 OOO은 “국세부과처분이 있은 후에 그 처분에 납세자가 불복하여 행정심판 또는 행정소송 등을 제기한 경우 그 결정 또는 판결이 확정되기 전에 부과제척기간이 만료되는 경우가 있을 수 있는데 이러한 경우 납세자가 자신에게 유리한 취소 내지 일부취소의 결정 또는 판결을 받았음에도 처분청이 부과권이 없어 경정결정 및 환급하지 못할 것이므로 이를 방지하기 위하여 당초 부과제척기간의 만료 여부에 불구하고 결정 또는 판결이 있는 날로부터 1년 이내에는 그 판결 등에 따라 경정결정 및 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 하였다”라고 설명하고 있는바,이와 같은 입법취지를 고려하더라도 OOO는 납세자에게 유리한 경우에 한하여 적용될 수 있다고 보는 것이 타당하다.

(3) 쟁점규정 제2항 제1호의2는 2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된「국세기본법」에 신설되어 2017.1.1.부터 적용되었는바, 2017.1.1. 전에 쟁점규정 제1항에 따른 제척기간이 만료된 경우에는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있다(같은 법 부칙 제8조). 따라서, 쟁점거래에 대한 부가가치세 부과제척기간은 2017.1.1. 전인 2016.7.26. 만료되었으므로, 이 건 처분이 이루어진 2018.12.13.에는 제1호의2가 적용되지 않는다. 또한 쟁점규정 제2항 제5호는 2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된「국세기본법」에 신설되어 2018.1.1.부터 적용되었는데, 2018.1.1. 전에 쟁점규정 제1항에 따른 제척기간이 만료된 경우에는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있다OOO. 따라서, 쟁점거래에 대한 부가가치세 부과제척기간은 2018.1.1. 전인 2016.7.26. 만료되었으므로, 이 건 처분이 이루어진 2018.12.13.에는 제5호가 적용되지 않는다.

나. 처분청 의견

이 건 처분은 쟁점규정 제2항 및 「국세기본법」제79조 의 불고불리의 원칙과 불이익변경금지의 원칙 등에 위배되지 않으므로 정당하다.

(1) 쟁점규정 제2항은 제1항 소정의 부과제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등의 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 이후에 행하여 지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것이다. 이와 같이 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정 결정까지도 할 수 있다는 것은 아니라고 할 것이고, 그렇다고 하여 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거는 없다고 할 것OOO이다. 그렇다면 이 건의 경우, 처분의 근거가 된 OOO에 대한 결정OOO이 실물거래 없이 수수한 세금계산서로 보고 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 정상적으로 수수한 세금계산서로 보아 경정하라는 결정으로서 그 취지에 따라 처분청이 청구법인 본점에 대해서는 환급을 하고, OOO에 대해서는 과세하는 것으로 이는 동일사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것이다. 따라서 이 건 2011년 제1기 부가가치세 과세처분은 심판결정의 취지에 따른 처분에 해당하는 것으로 봄이 타당하고, 이를 두고 청구법인의 합리적인 예측가능성을 벗어난 새로운 처분을 한 것으로 보기는 어렵다 할 것인바, 처분청이 쟁점규정 제2항을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 대법원 판례OOO에서 「국세기본법」제79조 의 불고불리의 원칙 및 불이익변경금지의 원칙은 OOO이 결정을 함에 있어 당초의 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 할 수 없다는 것이어서 과세관청에게는 적용될 여지가 없는 것인바OOO, 이 건 처분은 과세관청이 OOO의 취지에 따라 별도로 경정.고지한 것이므로 쟁점처분은 적법하다. 따라서 이 건 처분은 「국세기본법」제79조 제1항 불고불리의 원칙과 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙이 적용될 여지가 없는 것으로 청구주장은 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재화의 공급 없는 거래로 보아 그 거래를 한 본점에 대하여 과세하고 지점에 대하여 환급하였다가, OOO 정상거래로 결정되자, 그 취지에 따라 당초 환급하였던 지점에 대하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다(단서 생략).

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(이하 생략) 1의

2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가. 「소득세법」제81조 제3항 제4호 나. 「법인세법」제76조 제9항 제4호 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의

2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

5. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래·행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년

⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제55조(불복)

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.(이하 생략) 제79조(불고불리, 불이익변경금지)

① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

※ 부칙(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제8조(국세부과의 제척기간에 관한 경과조치)

① 이 법 시행 전에 제26조의2 제2항 제1호에 따른 결정이나 판결이 확정된 경우 또는 제26조의2 제1항에 따른 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제1호의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 전에 제26조의2 제1항에 따라 제척기간이 만료된 경우에 대해서는 제26조의2 제2항 제3호 및 제4항 제6호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

※ 부칙(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것) 제2조(국세부과의 제척기간에 관한 적용례 등)

① 제26조의2 제2항 제4호 및 제5호의 개정규정은 이 법 시행 이후 제26조의2 제2항 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있거나 판결이 확정되는 경우부터 적용한다.

② 이 법 시행 전에 제26조의2 제1항에 따라 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제4호 및 제5호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(2) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과 제척기간의 기산일)

① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료에 의하면 아래 사실이 나타나는바, 당초거래에 대한 OOO의 당초처분 및 OOO에 대한 결정서에는 OOO의 쟁점거래내용이 포함되어 있지 않다. (가) OOO이 당초거래를 가공거래로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 세금계산서 공급가액은 아래와 같다. * 2011년 제1기의 쟁점거래는 제외되어 있음 (나) 당초처분에 대한 OOO에서 정상거래로 인정한 세금계산서 공급가액은 아래와 같다. * 2011년 제1기의 쟁점거래는 제외되어 있음

(2) 2011년 제1기의 쟁점거래와 관련하여 청구법인 OOO이 발급한 매출세금계산서의 내역은 아래와 같고, OOO은 이 중 OOO에 발급한 매출세금계산서를 실물거래 없이 발급한 거짓세금계산서로 보아 매입세액불공제하여 2016.12.6. OOO에게 부가가치세를 과세하였으나, OOO가 이에 불복하여 2017.3.6. OOO를 제기한 결과 OOO은 위 매출세금계산서를 정상세금계산서로 보아 인용결정OOO한 것으로 나타난다.

(3) 당초처분에 대한 OOO에 대하여 OOO이 결정OOO한 내용은 아래와 같다.

(4) 청구법인은 당초거래와 관련하여 OOO으로부터 받은 부가가치세 납세고지서 및 처분청으로부터 받은 부가가치세 환급통지서, OOO 및 동 결정서에 따른 OOO의 부가가치세 환급통지서 및 처분청의 부가가치세 납세고지서, 당초거래 관련 부가가치세 과세표준신고서 등을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 사업자단위과세를 적용하기 이전의 OOO은 본점과는 별도의 사업자로서 심판결정과는 관계 없으므로 이 건 과세처분은 쟁점규정의 부과제척기간 규정에 위배되고, 불고불리의 원칙 및 불이익변경금지의 원칙에도 위배되어 위법하다고 주장한다. 그러나, 쟁점규정 제2항 제1호는 오로지 납세자에게 유리한 결정을 이행하기 위하여만 적용된다고 볼 수 없는바, 이 건 과세처분 중 OOO에 발급한 매출세금계산서OOO와 관련된 세액은 청구법인의 거래상대방인 OOO가 제기한 심판사건에 대한 결정OOO에 따라 경정한 것으로서 위 특례에 따른 것으로 볼 수 있다 하겠다. 또한 나머지 청구법인OOO이 OOO에 발급한 매출세금계산서OOO의 경우 OOO의 관할 세무서에서 관련 매입세액불공제 과세처분을 하지 못한 상태에서 처분청이 청구법인OOO의 관련 매출세액을 감액하여 청구법인에게 환급하였던 것이고, 위 OOO의 매출거래는 결국 OOO에서 정상거래로 인정된 거래와 동일한 내용의 거래라 할 수 있는바, 처분청이 당초 청구법인OOO의 신고내용에 따라 다시 매출세액을 증액한 것이 부과제척기간을 규정한 쟁점규정에 위배된다고 보기 어렵다 할 것이다. 한편, OOO에 대한 결정서를 살펴보면, OOO은 OOO에 대한 과세결정을 한 사실이 없는바, OOO를 한 처분(OOO의 부가가치세 과세처분) 외의 처분에 대하여 취소, 변경 또는 새로운 처분의 결정을 하였다거나(불고불리의 원칙), 청구법인에게 불리한 결정을 하였다고(불이익변경금지의 원칙) 볼 수 없다. 따라서, 처분청이 당초심판결정의 취지에 따라 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.