종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정.시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것이 적법하다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 보유하고 있는 과세대상물건(주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여 「종합부동산세법」제16조 제3항에 따라 2016～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세(이하 “종합부동산세 등”이라 한다) 과세표준 신고서를 법정신고기한 내에 제출하고 세액을 납부하였고, 이때 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항(이하 “쟁점시행령조항”이라 한다)에서 규정하는 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)에 따라 ‘종합부동산세액에서 공제하는 과세표준 금액에 대한 재산세로 부과된 세액’을 계산하였다.

나. 청구법인은 2019.4.18.과 2019.7.12. 쟁점시행령조항과 쟁점산식이 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 한 「종합부동산세법」제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항(이하 "쟁점법률조항"이라 한다)에 위배된다는 이유로 아래 ＜표＞와 같이 처분청에 각 경정청구를 하였다.

다. 이에 대해 처분청은 2019.5.14. 및 2019.7.12. 쟁점시행령조항의 법률 위반과 관련하여 현재 소송 진행 중이라는 이유로 청구법인에게 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원은 “종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 것을 뜻하므로 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’ 보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당”한다고 판시하면서, “재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다”고 판시(2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(2) 위 판결 취지에 의하면, 주택 등의 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등 종합부동산세액에서 공제하도록 규정한 「종합부동산세법」제9조 제3항과 같은 법 제14조 제3항 및 제6항에 내포된 공제할 재산세액은 ‘재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 경우, 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식’으로 계산된 금액이라고 할 것이다.

(3) 그럼에도 불구하고, 쟁점시행령규정은 상위 법령인 「종합부동산세법」의 취지에 반하여 공제할 재산세액을 [(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 계산하도록 하여 공제할 재산세액을 축소하였는바, 쟁점시행령규정은 「종합부동세법」에 위배되어 무효이다.

(4) 따라서 무효인 쟁점시행령규정에 의하여 부과된 종합부동산세 및 농어촌특별세와 「종합부동산세법」이 본래 예정한 공제할 재산세액에 의하여 계산한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 차액(2018년도 재산세 공정시장가액비율 : 토지 및 건축물 70%, 주택 60%, 종합부동산세 공정시장가액비율 : 80%) 부분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 정확하게 특정될 수 있음을 전제로, 쟁점규정이 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세액을 공제해 주지 않았다는 청구법인의 주장은 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 설령 청구주장과 같이 쟁점규정이 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 완벽하게 전부 공제해 주지 못한다고 하더라도, 쟁점규정을 현행 「종합부동산세법」제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항의 위임범위를 한계를 벗어나 위법하다고 해석하는 것은 입법자의 재량을 간과한 잘못이 있다. 대법원 판결은 쟁점규정의 산정방식 자체가 위법하다고 판시한 것이 아니라 관련 시행령 규정의 의미를 대법원과 다르게 해석하였던 것뿐이므로, 비록 대법원이 제시한 재산세액 공제방법을 따르지 않고 ‘공제되는 재산세액’을 축소하더라도, 그러한 사실 자체만으로 입법자가 입법형성의 한계를 넘어서는 입법을 하였다고 단정지을 수 없다.

(2) 쟁점규정이 위임입법의 한계를 벗어나 무효라고 할 수 없다 (가) 「종합부동산세법」은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하여야 하는데, 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있는바, 입법자가

① 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점,

② 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, ‘공제의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다. (나) 쟁점규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 최대한 전부 공제해 주려고 하였는바, 「종합부동산세법」에 따라 가급적 종합부동산세 과세표준 금액 전체에 대하여 부과된 재산세액을 공제하기 위하여, 전체 재산세액 중 ‘재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율’ 만큼의 재산세액을 종합부동산세액에서 공제해 주고자 하였는데, 이는 합리적인 범위 내에서 비례원칙에 따라 이중과세의 문제를 조정하고자 한 것이므로, 쟁점규정이 무효라는 청구주장은 타당하다고 볼 수 없다.

(3) 따라서 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 납부할세액을 산출한 당초 종합부동산세 신고가 적법하므로 청구법인에 대한 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제8조[과세표준]

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제9조[세율 및 세액]

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. 제13조[과세표준]

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조[세율 및 세액]

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제2조의4[공정시장가액비율]

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 제4조의2[주택분 종합부동산에의 재산세 공제]

① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제2호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제3호에 따른 표준세율

주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

＜ 개정전 ＞

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율( 「지방세법」제111조 제1항에 따른 표준세율을 말한다)로 계산한 재산세 상당액

주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3[토지분 종합부동산에의 재산세 공제]

① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율

종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

＜ 개정전 ＞

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

종합합산과세대상인 토지를 합산하여

종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율

별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

＜ 개정전 ＞

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

별도합산과세대상인 토지를 합산하여

별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제110조[과세표준]

① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

(4) 지방세법 시행령 제109조[공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음과 같이 개정하였다.

종전

개정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식

재산세로 부과된 세액의 합계액

×

종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액

전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화

재산세로 부과된 세액의 합계액

×

{(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율

전체 재산세 표준세액

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것은 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정.시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것이 적법하다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서2366, 2018.7.18. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.