조정대상지역에 있는 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용할 수 있는지 여부

청구인은 2017.8.30. 쟁점주택을 취득하여 2년 이상 보유하다가 양도하였으나 주민등록표상 쟁점주택에서 2019.8.7.부터 2019.10.21.까지 거주하여 2년 거주요건을 충족하지 못한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.12.14. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2017.6.8. 이를 양도하였고, 2017.5.29. 같은 곳 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 취득계약을 체결하고 2017.8.30. 소유권이전등기를 경료하여 보유하다가 2020.3.30. 이를 양도하고 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택 취득계약을 체결한 날인 2017.5.29. 당시 쟁점주택은 조정대상지역내에 있었고, 계약 당시 종전주택을 보유하고 있었으므로 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하기 위한 거주요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2021.8.24. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「소득세법 시행령」 제154조(이하 “쟁점시행령”이라 한다) 제1항 제4호.제5호 및 제2항은 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 신설되었는데, 청구인은 2017.6.8. 종전주택을 양도하였고, 무주택상태인 2017.8.30. 쟁점주택에 대하여 소유권이전등기를 경료한 후 2년 이상 보유하다가 양도하였으므로 2017.9.19. 개정되기 전의 쟁점시행령을 적용하여 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용함이 타당하다.(가)「국세기본법」 제14조제3항에서는 “경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”라고 명시하고 있는바, 청구인이 종전주택을 양도하고 쟁점주택을 취득하는 과정은 1주택을 보유하는 연속된 하나의 행위일 뿐, 어떠한 투기목적이나 시세차익을 남기기 위함이 아니므로 처분청이 2017.9.19. 개정된 쟁점시행령 제1항 제5호를 적용하여 1세대 1주택 비과세를 부인한 것은 실질과세 원칙에 어긋난다.(나) 1주택자가 종전주택을 양도하고 다른 주택을 취득하여 이사할 때 계약금, 중도금 및 잔금 지급을 양도 시 수취한 계약금, 중도금 및 잔금으로 대체하는 것은 통상적인 것으로서, 매수인으로부터 받은 계약금, 중도금 및 잔금이 매도인에게 정확한 시기에 정확한 금액이 이체된 사실이 증빙서류를 통하여 입증되고 있고, 세법 전문가가 아닌 납세자로서는 「소득세법」 상 양도시기 및 취득시기가 잔금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 날인지 여부를 정확히 알지 못하는 것이 일반적인데도 과소신고가산세 및 납부불성실가산세까지 포함하여 과세한 이 건 부과처분은 부당하다.

(2) 청구인이 종전주택을 양도하고 쟁점주택 취득계약을 체결한 후 발표된 정부의 ‘8·2부동산 대책’에 따라 1세대 1주택 거주요건이 신설되고, 강화된 대출규제로 인해 청구인이 쟁점주택에 거주하지 못하게 된 사정 등을 감안하면 위 정부대책으로 인해 청구인의 재산권 및 거주이전의 자유가 심각하게 침해되었다 하겠다. (가) 청구인이 종전주택을 양도하고 쟁점주택을 취득하기 위해 계약금을 지급한 2017.5.30. 당시에는 정부의 8·2부동산대책이 있을 것을 알 수 없었고, 쟁점시행령 제1항 제5호 및 제2항 등에 따른 거주요건이 신설되기 전이었으므로 세법전문가가 아닌 청구인으로서는 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 받기 위해 계약금 지급 당시 주택을 보유하지 아니하여야 한다는 내용으로 쟁점시행령이 개정될 것을 전혀 예상할 수 없었으며, 청구인이 종전주택을 OOO원에 매입하여 OOO원에 양도한 사실을 보더라도 투기의 목적이 아니라 보다 나은 주거환경을 위해 주거지를 이전하는 과정이었을 뿐이라는 사실이 확인된다. (나) 청구인이 종전주택을 양도하고 쟁점주택을 취득하는 과정에서 정부의 ‘8·2부동산 대책’에 따라 LTV(자기 자금과 주택담보대출비율)·DTI(총부채상환비율) 대출규제 강화로 청구인은 쟁점주택에 거주하지 못하고 쟁점주택과 같은 아파트 OOO에 보증금 OOO원에 전세로 거주하게 되었으며, 이 후 정부의 더욱 강화된 대출규제로 인해 결국 쟁점주택에 실거주하지 못하게 된 것이다.

이와 같이 빈번하게 발표되는 정부의 부동산대책과 대출한도규제를 세법의 전문가가 아닌 청구인이 예측할 수는 없었고, 청구인은 정부의 대출규제로 인하여 실거주할 수 없었던 상황에서 쟁점주택을 양도한 것인데 처분청이 쟁점주택 계약일 이후 발표된 정부의 ‘8·2부동산대책’과 이에 따른 쟁점시행령 개정규정을 적용하여 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 배제한 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「소득세법」 제89조제1항, 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된「소득세법 시행령」 제154조제1항 제5호 및 부칙 제2조 제2항 제2호에 의하면, 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받기 위해서는 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하여야 하는바, 청구인은 2017.5.29. 쟁점주택을 계약할 당시 종전주택을 보유하고 있었으므로 조정대상지역에 소재하고 있는 쟁점주택의 경우 2년 거주요건이 적용되는 것이고, 청구인은 주민등록표상 쟁점주택에 2019.8.7.부터 2019.10.21.까지 거주하여 거주요건을 충족하지 못한 사실이 확인되므로 청구인에게 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 실질과세 원칙에 따라 계약 당시 주택을 보유하고 있지 않은 것으로 보아야 한다고 주장하나, 실질과세 원칙은 형식과 실질이 다른 경우에는 실질에 따라 과세하여야 한다는 원칙으로서 종전주택과 쟁점주택은 각각 청구인이 제3자와 개별적으로 거래하여 취득한 별개의 주택으로서 실질과세 원칙이 적용될 여지가 없고, 쟁점주택 계약일과 종전주택 양도일이 가깝다고 하여 두 주택을 사실상 1주택으로 보는 것은 실질과세 원칙을 합리적 이유 없이 확장해석하는 것이므로 청구인은 주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조정대상지역에 있는 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제89조[비과세 양도소득]

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(2) 소득세법 시행령제154조[1세대 1주택의 범위](2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다. (이하 생략)제154조[1세대 1주택의 범위](2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 것)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」 제63조의2제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

② 조정지역은 다음 표에 해당하는 지역으로 한다. 다만, 법률 제14866호 주택법일부개정법률 제63조의2에 따라 국토교통부장관이 같은 조 제1항 제1호의 조정대상지역을 지정ㆍ공고한 경우에는 그 지역을 말한다.

1. 서울특별시 전 지역부칙＜대통령령 제28293호, 2017.9.19.＞제2조[1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등]

① 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택

2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)

3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택

(3) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 일부개정된 것)제14조[실질과세]

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2017.6.8. 종전주택을 양도하기 이전인 2017.5.29. 쟁점주택에 대한 매매계약을 체결하고 2017.8.30. 쟁점주택을 취득하였다가 2020.3.30. 이를 양도한 후「소득세법」 제89조에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였고, 처분청은 2021.8.24. 아래 ＜표＞와 같이 쟁점주택 양도에 대하여 청구인이 조정대상지역 내에 소재하는 쟁점주택에 2년 이상 거주한 사실이 없으므로 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다고 보아 이 건 양도소득세를 경정.고지하였다.＜표＞ 청구인의 신고 및 경정결정 내역OOO

(2) 부동산매매계약서 및 등기부등본 등에 따라 청구인의 종전주택 양도 및 쟁점주택 취득 과정 등을 정리하면 아래와 같고, 청구인 세대가 쟁점주택 양도일 현재 쟁점주택 외에는 보유한 주택이 없고, 청구인이 쟁점주택 보유기간 동안 쟁점주택에 2019.8.7.부터 2019.10.21.까지 거주한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없으며, 쟁점주택이 소재한 OOO를 포함한 OOO 전 지역은 2016.11.3. 조정대상지역으로 지정되었다.

＜종전주택 양도 및 쟁점주택 취득 이력＞

OOO

(3) 쟁점시행령은 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되었는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하다 하겠다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).이 건의 경우 2017.9.19. 개정된 쟁점시행령 제154조 제1항에 의하면 1세대가 양도일 현재 조정대상지역에 있는 1주택을 보유하고 있는 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있고, 쟁점시행령 부칙 제2조 제2항 제2호에서 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택에 대하여는 1세대 1주택 비과세 판정 시 2년 이상 거주 요건을 요하지 아니하고, 이때 해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다고 규정하고 있는바, 청구인은 종전주택을 2017.6.8. 양도함으로써 2017.5.29. 쟁점주택 계약시에는 주택을 보유하고 있었던 것으로 확인되는 점, 청구인은 2017.8.30. 쟁점주택을 취득하여 2년 이상 보유하다가 양도하였으나 주민등록표상 쟁점주택에서 2019.8.7.부터 2019.10.21.까지 거주하여 결국 2년의 거주요건을 충족하지 못한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.