주택 및 부수토지가 시차를 두고 보상금이 지급되고 대금청산전에 토지 소유권을 이전하는 경우 양도시기(경정)

주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권 이전등기를 하는 경우로서 대금청산일을 기준으로 양도세를 신고한 경우 가산세는 부과할 수 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 1세대1주택으로서 고가주택에 해당하는 경기도 OOO OOO OOO OOOOO OO OOOO (이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 위에 건립된 주택(면적 196.62㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 각각 2006.12.18. 및 2007.5.29. 양도(수용)한 후, 쟁점주택이 수용된 2007.5.29.을 쟁점토지 및 쟁점주택의 양도시기로 보아 쟁점주택 및 쟁점토지의 보상가액의 합계액인 1,109,087천원에서 1세대1주택 비과세 대상인 6억원을 차감한 후 그 초과분에 대하여 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 등을 계산하여 2007.7.27. 양도소득세를 예정신고하였다.

나. 처분청은 2006.12.18. 수용된 쟁점토지에 대하여 그 양도시기가 2006년 이라고 판단하여 2008.1.24. 청구인에게 2006귀속 양도소득세 34,343,120원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.16. 이의신청을 거쳐 2008.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 주택은 1세대1주택으로 쟁점토지는 2006.12.18. 수용되고 , 쟁 점주택은 2007.5.29. 수용되었는 바, 부동산 전체의 양도시기를 2007년 으로 보아 양도소득세 예정신고를 한 것은 당시 건물을 보상받는 시 점에 합산하여 신고하라는 취지의 국세청 유권해석(OOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 따른 것이므로 이에 반하여 청구인에게 양도소득세를 과 세한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 국세청의 유권해석에 의하여 양도소득세를 정당하게 신 고하였다고 주장하나, 2007.5.29. 쟁점주택 보상시점 및 2007.7.27. 양 도소득세 예정신고 당시에는 “주택과 부수토지에 대한 보상금이 시 차를 두고 지급되고, 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대 한 소유권이전등기를 하는 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기”라는 국세청의 새로운 예규(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)가 있으므로 청구인의 쟁 점토지에 대한 양도시기를 2006년 으로 보아 과세한 당초 처 분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1세대1주택에 해당하는 고가주택 및 그 부수토지가 각각 다른 연도에 수용되어 보상금을 과세기간을 달리하여 수령한 경우 보상금이 최종 지급되는 때를 당해 주택 및 그 부수토지의 양도시기로 보아 고 가주 택의 양도차익을 계산할 수 있는 지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. 제21조【납세의무의 성립시기】

① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 소득세 또는 법인세는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때

2. ~

11. (생 략) 제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다) 제 48조【가산세의 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가 산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의 무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 소득세법(2007.7.19. 법률 제8524호로 개정되기 전의 것) 제 89조【비과세 양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.·

2. (생 략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지 (이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포 함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 시행령(2007.8.6. 대통령령 제20212호로 개정되기 전의 것) 제 154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. (생 략)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지 를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 제156조【고가주택의 범위】법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택” 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(괄호 생략)이 6억원을 초과하는 것 을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다 르거나 미등기 양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ───────── 양도가액

2. (생 략) 제162조【양도 또는 취득의 시기】법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. 1 . 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 1976.1.7. 취득하고 1990.2.26. 쟁점토지 위에 쟁점주택을 신축하여 거주하던 중 2006.12.18. 쟁점토지를 999,797천원, 2007.5.29. 쟁점주택을 109,290천원을 보상가액으로 하여 협의이전(양도)하였음이 쟁점토지 및 주택의 등기부등본 및 보상금내 역서에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점주택 양도시 청구인 및 그 세대원이 다른 주택을 보유한 사실이 없으며, 1990.2.26.부터 쟁점주택의 수용시까지 거주하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점토지 및 주택의 수용에 따른 양도소득세를 쟁 점주택의 보상가액이 확정된 2007.5.29.을 양도시기로 하여 양도소득세를 신고하였는 바, 이는 1세대1주택인 고가주택이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 수용되는 경우로서 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종 지급되는 때를 기준으로 「소득 세법 시행령」제162조 의 규정을 적용하는 것(OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO)이라는 국세청의 유권해석에 따라 이 건 양도소득세를 자진신고 납부한 것에 대하여 처분청은 고가주택 및 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고, 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권 이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO)이라는 변경된 예규를 근거로 쟁점토지의 양도시기를 2006년으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였음이 심리자료에 나타난다.

(4) 살피건대, 소득세법령상 부동산의 양도시기는 원칙적으로 「소득세법시행령」 제162조 의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우에는 등기부에 접수된 등기접수일을 양도시기로 보는 것이므로 2006.12.18. 공공용지 협의취득을 원인으로 OOOOOO에 소유권이전등기된 쟁점토지에 대한 양도시기를 쟁점토지의 등기접수일인 2006.12.18.로 보아 양도소득세를 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(5) 다만, 국세청에서는 “주택과 그 부수토지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수 토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에 전체를 하나의 양도행위로 보아「소득세법 시행령」 제162조의 규정을 적용하는 것”으로 예규(OOO OOOO O OOO, OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO, OOOOOOOOO O)를 운용하여 오다가 “주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권 이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 본다”고 예규를 변경(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)하였는 바, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고에 대한 의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 해태하였을 때 가해지는 제재적 성질을 가진다 할 것이고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니였다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OOO)이고, 청구인의 쟁점토지에 대한 등기 접수일이 2006.12.18.이므로 청구인이 변경된 예규에 따라 쟁점토지에 대한 양 도소득세를 신고·납부하도록 기대 하는 것이 무리라 할 것 이므로 그 의무해태 를 탓할 수 없는 정당한 사 유가 있다고 보여지므로 청구인의 2006년 귀속 양도소득세 부과와 관련하여 신고불성실가산세 및 납부 불성실 가산세를

가산하여 한 처 분청의 당초처분은 잘못이 있 다고 판 단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.