쟁점주택이 종부세 합산배제 대상에 해당하는지 여부

종부세 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 18.3.31. 이전에 임대사업자 등록 및 사업자등록을 한 주택에 해당하여야 하나, 청구법인의 쟁점주택은 최초 임대주택의 등록일이 그 이후로 이에 해당하지 아니하고, 종부세 합산배제를 적용받지 않다가 20년에 장기임대주택으로 변경한 것은 종부령§3①8나2)에서 규정하고 있는 “임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고”에 해당한다고 볼 수 있으며, 합산배제를 적용받지 않던 주택을 장기일반임대주택으로 변경신고하였다고 하여 쟁점규정에 따라 추가로 합산배제 대상으로 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.5.21. 개업한 주택임대사업자로서, 2021년 귀속 종합부동산세(7개 주택) OOO원(농어촌특별세 포함) 및 2022년 귀속 종합부동산세(11개 주택) OOO원(농어촌특별세 포함)을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 종합부동산세 합산배제 사후점검에 따라 청구법인이 2021년 및 2022년 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1., 2022.6.1.) 현재 보유한 서울특별시 동대문구 OOO, OOO 및 OOO(총 3호, 이하 “쟁점주택”이라 한다)와 다른 합산배제 제외주택에 대하여 2023.10.1. 청구법인에게 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(농어촌특별세 포함, 2021년 OOO원 및 2022년 OOO원)을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점주택은 「종합부동산세법 시행령」(2020.10.7. 대통령령 제31085호로 개정된 것으로, 이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제8호 나목 4)(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 2020.7.10.까지 장기일반민간임대주택으로 전환한 경우에 해당하므로 종합부동산세 합산배제 대상에 포함되는 것으로 보아야 한다.

(1) 청구법인은 쟁점주택을 아래 ＜표1＞과 같이 임대주택 등록 및 변경을 하였으나, 처분청은 종부세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 2)에 근거하여 2020.6.17. 이후 신규취득한 주택 뿐 아니라 기존 임대사업자가 단기임대주택에서 장기임대주택으로 유형전환하여 변경한 경우까지 종합부동산세 합산배제에서 제외되어야 한다는 의견이다.

＜표1＞

쟁점주택의 사업자등록일 등

호수

취득일

사업자등록일

임대주택등록(변경)일

101호

2011.8.12.

2016.4.20.

최초등록일 : 2019.3.27.(단기)

등록변경일 : 2020.7.10.(장기)

102호

2017.3.2.

2019.4.18.

202호

2011.7.29.

2016.4.20.

(2) 처분청의 과세근거 규정은 매입임대주택 중 장기임대주택으로서 2020.6.17. 이후 사업자등록 등을 하는 경우 합산배제에서 제외한다는 것이고, 쟁점주택은 2020.7.10. 전까지는 단기임대주택으로서 해당 규정이 적용되지 않았으며, 쟁점규정은 2020.7.10.까지 단기임대사업자에서 장기임대사업자로 전환하는 경우에는 합산배제를 적용하고, 이후 전환하는 경우에는 합산배제에서 제외한다는 것이다.

(3) 장기일반민간임대사업자의 경우 2018.10.23. 부칙에 따라 2018.9.13. 이전에 취득한 주택은 조정지역에 있더라도 합산배제가 적용되고, 쟁점규정에서 장기임대 전환대상 단기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로 규정하였으므로 합산배제 적용이 되지 않는 단기임대사업자가 장기전환으로 혜택을 본다는 확대해석은 적용될 수 없다.

(4) 처분청의 의견과 같이 법인에 대하여 2020.6.17. 이후 단기임대에서 장기임대로 전환하는 경우까지 합산배제가 제한되는 것으로 해석한다면 쟁점규정은 유명무실하고 법인 단기임대사업자는 절대 구제받을 수 없게 된다.쟁점규정 신설의 취지가 폐지되는 단기임대사업자의 시장혼란을 최소화하기 위해 2020.7.10.까지 장기임대주택으로 전환 신고한 경우에는 합산배제 혜택을 계속적으로 부여하고, 2020.7.11. 이후 전환자에게는 혜택을 부여하지 않겠다는 것이므로 개인뿐 아니라 법인사업자에게도 동일하게 적용된다고 할 것이다.

(5) 처분청이 제시한 해석사례는 이 건과 상이하고, 단기임대사업자는 2020.6.17. 이후에도 종부세법 시행령 제3조 제1항 제2호에 따라 합산배제를 적용받을 수 있으며, 쟁점규정은 2020.7.10. 부동산대책(단기임대 폐지)에 따른 시장혼란을 최소화하기 위해 2020.7.10.까지 장기임대로 유형전환한 경우에는 한시적으로 합산배제를 적용하고 이후에는 배제하도록 한 규정이므로 신설규정의 입법취지 등을 고려하여 쟁점주택에 대하여 종합부동산세 합산배제를 적용하는 것이 타당하다.

(6) 따라서 쟁점규정에 따라 2020.7.10.까지 장기임대로 전환한 쟁점주택의 경우에는 합산배제하여야 하므로 청구법인에게 고지한 금액 중 2021년 및 2022년 귀속 각 OOO원 및 OOO원의 세액은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 장기일반임대주택으로의 유형전환이 ‘임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고’에 포함되지 않으므로 쟁점규정을 적용해야 한다고 주장하나, 국토교통부 보도자료(「주택시장 안정 보완 대책 중 국토교통부 소관 정책 관련)에 기재된 바와 같이 단기임대의 장기임대로의 전환은 신규 등록과 효과가 유사하다.

(2) 종부세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 2)의 ‘임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고’에 유형 전환의 경우를 제외한다고 보고, 쟁점규정을 적용하여 쟁점주택에 대해 합산배제를 적용한다면 조정대상 지역의 공고가 있은 날(서울특별시 2020.6.18.) 이후 신규로 장기일반임대주택을 등록한 법인과 그 효과가 유사한 유형 전환법인 사이의 법 적용에 있어 형평성 문제가 발생한다.

(3) 국세청은 ‘서면 OOO’에서 당초 합산배제 제외대상 주택을 보유한 법인 임대사업자가 조정대상지역으로 지정된 이후 단기임대주택 사업자등록을 자진말소하고 장기일반임대주택으로 임대사업자 등록을 할 경우에도 합산배제 제외대상이라고 회신하였다.질의회신 법인은 합산배제가 적용되지 아니하는 단기임대주택에 대해 자진말소 후 장기일반매입임대주택으로 등록하였는데, 자진말소 사실이 청구법인의 상황과 다를 수는 있겠으나, 자진말소 제도는 2020.8.18.「민간임대주택에 관한 특별법」개정 이후 시행되었으므로 2020.7.10. 청구법인의 유형 전환일 당시 적용할 수 있는 여지가 없고

① 당초에 종합부동산세 합산배제 제외대상인 점,

② 조정대상지역 지정 후 장기일반매입임대주택으로 등록한 점 등을 비추어 볼 때 실질적으로 청구법인의 상황과 유사하다고 할 수 있다.

따라서 청구법인의 주장대로 쟁점주택에 대해 합산배제를 적용한다면, 해당 사례에서의 법인과 청구법인 사이의 법 적용에 있어 형평성 문제가 발생한다.

(4) 따라서 쟁점주택의 장기일반임대주택으로의 유형전환은 신규 등록의 경우 및 위 질의회신 사례와 달리 볼 수 없으므로 종부세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 2)를 적용하여야 하고, 청구법인은 임대주택 유형전환의 경우에도 2020.6.17.까지 변경신고를 하여야 하므로 2020.7.10. 변경신고한 쟁점주택에 대하여 종합부동산세 합산배제를 제외하여 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 이 건 종합부동산세 고지내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

청구법인에 대한 종합부동산세 고지 내역(2021년 및 2022년)(단위 : 원)

귀속연도

고지세액 세액

합산배제

추징대상 물건

추징 사유

종합부동산세

농어촌특별세

2021

본 세

OOO

OOO

쟁점주택

2020.6.18. 이후 등록 장기일반매입임대주택

가산세

OOO

OOO

합 계

OOO

서울특별시 성동구 OOO 25개

2020.9.24. 말소된 단기매입임대주택

2022

본 세

OOO

OOO

쟁점주택

2020.6.18. 이후 등록 장기일반매입임대주택

가산세

OOO

OOO

합 계

OOO

서울특별시 성동구 OOO 25개

2020.9.24. 말소된 단기매입임대주택

총 고지세액

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택이 2020.7.10. 장기일반민간임대주택으로 전환하였으므로 쟁점규정에 따라 종합부동산세 합산배제 대상에 포함된다고 주장하나, 쟁점규정은 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 단기민간임대주택으로 합산배제를 적용받고 있던 주택이 2020.7.10.까지 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우에 한하여 합산배제를 계속하여 적용하는 취지로 판단되는바, 종부세법 시행령 제3조 제1항 제2호 단서에 따르면 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 2018.3.31. 이전에 임대사업자 등록 및 사업자등록을 한 주택에 해당하여야 하나(OOO, 2022.11.9. 등 다수), 청구법인의 쟁점주택은 최초 임대주택의 등록일이 2019.3.27.로 이에 해당하지 아니하여 2019년 및 2020년 합산배제를 적용받지 않은 것으로 나타나고, 이와 같이 2019년 및 2020년 종합부동산세 합산배제를 적용받지 않다가 2020.7.10. 장기임대주택으로 변경한 것은 처분청의 의견대로 종부세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 2)에서 규정하고 있는 “임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고”에 해당한다고 볼 수 있으며, 합산배제를 적용받지 않던 주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고하였다고 하여 쟁점규정에 따라 추가로 합산배제 대상으로 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제에서 제외하여 이 건 종합부동산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 종합부동산세법(2023.4.18. 법률 제19342호로 개정되기 전의 것)제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1.「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31085호로 개정된 것)제3조(합산배제 임대주택)

① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.2.「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용한다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건 (생략)나. 제외되는 주택2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(가) 2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정 전제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.제6조(임대사업자 등록의 말소)

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략)(나) 2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정 후제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 ＜2020.8.18.＞제6조(임대사업자 등록의 말소)

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략)

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한날 등록이 말소된다. ＜신설＞