중소기업 유예기간 중 다른 중소기업을 흡수합병한 경우 유예규정 적용이 배제되는지 여부(기각)

중소기업기본법 시행령 제9조 제1항에서 중소기업 유예기간 중인 기업인 다른 중소기업과 합병하는 경우 그 유예기간 적용이 배제되는 것으로 규정함. 쟁점주식은 양도당시 중소기업기본법상 중소기업 주식으로 보기 어려움

1. 처분개요

가. 신승우는 경기도 OOO OOO OOO OOOOO 소재한 (주)OOOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 40,100주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2007.6.5. 705백만원에 양도한 후 양도소득세 신고를 하면서 쟁점법인을 중소기업으로 보아 10%의 세율을 적용하여 예정신고·납부하였다.

나. 쟁점법인은 2004년도에 중소기업의 규모기준을 초과하여「중소기업기본법」제2조제3항에 따라 2007년말까지 중소기업 유예기간 중에 있었으며, 2006.12.27. 다른 중소기업인 (주)OOOO를 흡수합병하였다.

다. 감사원은 서울지방국세청에 대한 종합감사시 쟁점법인이 (주)OOOO를 흡수합병함으로써「중소기업기본법 시행령」제9조제1호에 따라 유예기간 적용이 배제되어 2007.1.1. 이후 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용할 수 없으므로 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 계산시 20% 세율을 적용하여야 한다는 감사결과를 통지하였으며, 처분청은 이에 따라 2011.1.17. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 163,862,920원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「조세특례제한법 시행령」제2조제2항에서 규정한 중소기업유예제도는 중소기업이었던 기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 그 사유가 발생한 연도로부터 일정한 기간 동안 중소기업으로 보는 제도로서, 중소기업이었던 기업에 대하여 기존의 지원이 일시에 중단됨으로써 받는 충격을 완화시켜 주기 위함에 그 목적이 있다.쟁점법인은 2004년도에 중소기업 기준을 초과하여 2007년말까지 중소기업 유예기간 중에 있었던 법인으로서 2006.12.27. 중소기업인 (주)OOOO를 흡수합병하였는바, 위 조항에 유예기간 중에 있는 중소기업이 합병주체가 되어 다른 중소기업을 합병한 경우 중소기업 유예적용이 배제된다는 아무런 내용이 없고, 나아가 동 합병에 의한 조세회피 의도가 전혀 없는데도 불구하고「중소기업기본법 시행령」제9조제1호에 의하여 중소기업유예가 실효된다고 하는 것은 합리적인 이유없이 법문을 확대해석하는 것으로 부당하다.합병이란 기업의 구조조정 및 비효율을 제거하는 순기능을 갖고 있는 상법상의 합법적인 제도로서 기업의 원활한 구조조정을 위하여 다양한 과세특례를 두어 기업의 합병을 지원하고 있음에도 처분청과 같이 해석한다면 합병이라는 제도자체가 납세자에게 불합리한 제한을 가하는 결과를 초래하여 다른 법률의 지원 취지와 상충되게 된다.

(2) 판례(대전고등법원 2006누1676, 2007.2.8., 대법원 2007두5868, 2007.6.29.)에서도 중소기업 유예기간 중인 법인이 중소기업을 합병하는 경우까지 조세감면을 배제하는 것은 조세법률주의에 위배된다고 명확히 판시하고 있는 바, 위 사례는 본 건의 경우와 그 사실관계가 일치하고 있는 것이므로 본 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「중소기업기본법」제2조제3항 단서에서 중소기업 유예기간 중에 있는 법인이 “중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”에는 유예 적용을 배제한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제9조 제1호에서 대통령령으로 정하는 사유의 하나로 “법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우”를 규정하였는바, 쟁점법인은 중소기업으로 보는 기간 중인 2006.12.27. 다른 중소기업을 흡수합병하였으므로 유예적용이 배제되어야 한다.

(2) 청구인이 제시한 판례(대전고등법원 2006누1676, 2007.2.8., 대법원 2007두5868, 2007.6.29.)는 「중소기업기본법 시행령」이 2000.12.27. 전문개정되기 전의 사례에 관한 것이며, 또한, 위 판결은「조세특례제한법」상의 중소기업의 범위에 관한 내용으로서 쟁점주식의 양도에 대한 세율을 규정한「소득세법」제104조제1항 제4호 가목 및「소득세법 시행령」제167조의8의「중소기업기본법」상 중소기업의 범위와는 서로 다른 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업을 흡수합병한 경우 유예적용이 배제되는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것나. 「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 "중소기업"이라 한다)외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등양도소득과세표준의 100분의 30나. 중소기업의 주식 등양도소득과세표준의 100분의 10다. 가목 및 나목외의 주식 등양도소득과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21195호로 개정되기 전의 것) 제167조의8 【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제4호 가목에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(3)중소기업기본법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)제2조【중소기업자의 범위】

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것가. 업종의 특성나. 상시 근로자 수다. 자산규모라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것)제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업제9조【유예 제외】법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우

3. 중소기업이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우

(5) 조세특례제한법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면, 쟁점법인은 2004년도에 중소기업의 규모기준인 종업원(300명이상) 및 매출액(300억원 초과)이 초과하여 2007년말까지 3년간 중소기업 유예기간 중에 있었던 법인으로, 2006.12.27. 다른 중소기업인 (주)OOOO를 흡수합병한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점법인과 같이 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업을 흡수합병하는 경우 유예적용을 배제한 것은 부당하다고 주장하고 있다.살피건대, 청구인이 주장의 근거로 제시한 대전고등법원의 판례(2006누1676, 2007.2.8. 선고)는 구「조세감면규제법」제4조의 중소기업투자준비금의 손금산입과 관련하여 같은 법 제2조의 중소기업에 해당하는지 여부가 쟁점이었던 것이며, 본 건은 쟁점법인이 쟁점주식의 양도에 대한 세율을 규정한「소득세법」제104조제1항 제4호 가목 및「소득세법 시행령」제167조의8의「중소기업기본법」상 중소기업에해당하는지 여부가 쟁점인 것으로 중소기업의 범위에 대한 근거법률이서로 다른 것이므로 위 판례를 본 건에 적용할 수는 없다할 것이다.「소득세법」제104조제1항 제4호 및동법 시행령 제167조의8에 의하면,「중소기업기본법」제2조의 규정에 의한 중소기업의 주식에 대하여는 10%의 세율을, 그 외 일반법인의 주식에 대하여는 20%의 세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점법인은 2007년말까지 중소기업으로 보는 유예기간을 적용받던 중 2006.12.27. 다른 중소기업을 흡수합병하였으며,「중소기업기본법 시행령」제9조제1항은 중소기업 유예기간 중인 기업과 다른 중소기업이 합병하는 경우에는 그 유예기간 적용이 배제되는 것으로 규정하고 있으므로 쟁점주식의 양도 당시 쟁점법인을「중소기업기본법」상의 중소기업으로 볼 수는 없다할 것이고, 따라서 쟁점주식의 양도에 대하여 20%의 세율을 적용한 본 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.