양도당시 자경하지 아니한 농지에 대한 농어촌특별세 비과세 적용 여부

농지가 공공토지로 수용되어 양도소득세가 감면되는 경우 양도일 현재 양도자가 농지소재지에 거주하면서 자경한 농지의 경우에만 농특세를 비과세하는 것임

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.2.29. OOO OOO OO동 278 소재 답 3,729㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 2009.7.21. 한국토지주택공사에 수용되어 보상받은 770,224천원 및 2010.10.22. 수용가액 이의재결 및 행정소송으로 인하여 추가로 보상받은 55,623,290원, 총 금액 825,848천원에 대하여 2010.11.22. 「조세특례제한법」제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도 소득세의 감면 규정을 적용하여 농어촌특별세를 비과세 신고하였다.

나. 처분청은 2011.5.23. 한국토지주택공사에 쟁점토지 수용 당시의 영농보상금 보상내역 확인을 의뢰하였고, 그 결과 청구인은 영농보상금 지급내역이 없으며 최OO이 쟁점토지를 임차하여 실제 경작한 것으로 확인되어 농어촌특별세를 비과세 신고한 내용을 부인하고 2011.7.7. 2009년 귀속 농어촌특별세 5,290,650원을 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.8.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2000.2.29. 쟁점토지를 취득하여 2003년까지 벼농사를 경작하다 2004년부터는 쟁점토지를 최OO이 임차하여 미나리를 재배하였는 바, 쟁점토지를 2009.7.21. 한국토지주택공사에 수용 당시에는 청구인이 자경하지 아니 하였지만「농어촌특별세법」 시행령 제4조 제1항 제1호 규정 에 양도당시 자경을 해야 비과세할 수 있다고 명시되어 있지 아 니하므로 「조세특례제한법」제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규 정을 적용하여 비과세함이 타당함에도 이를 부인한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「농어촌특별세법 시행령」제4조 제1항 제1호에서 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세가 과세대상이 되는 토지에 한하여 농어촌특별세 비과세를 적용한다고 규정하고 있으며, 이는 농지가 공공토지로 수용되어 양도소득세가 감면되는 경우, 농어촌특별세 비과세를 판정하는 경작시기에 대하여 대법원 판례(대법원99두2444, 2000.10.10) 등에서 양도일(수용일) 현재 양도자가 농지소재지에 거주하면서 자경한 농지인 경우에만 농어촌특별세를 비과세 하고 있는 바, 청구인은 2000.2.29. 쟁점토지를 취득하여 2003년까지 벼농사를 경작하다 2004년부터는 최OO이 임차하여 경작한 사실로 보아 2009.7.21. 양도일 현재 청구인이 자경하지 아니하였음이 확인되므로 농어촌특별세 비과세를 부인하고 고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

양도당시 자경하지 아니한 농지에 대한 농어촌특별세 비과세 적용 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

(3) 농어촌특별세법 제4조 【비과세】 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

1. 국가(외국정부를 포함한다)·지방자치단체 또는 지방자치단체조합 에 대한 감면

2. 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육 성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인을 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것

(4) 농어촌특별세법 시행령 제4조 【비과세】

① 법 제4조 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

1. 「조세특례제한법」 제66조 내지 제70조ㆍ제72조 제1항(제1호 및 제5호의 법인을 제외한다)ㆍ제77조[ 「조세특례제한법」 제69조 제1 항 본문의 규정에 의하여 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경 작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농업 소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지 를 포함한다)이 되는 토지에 한한다] 및 제102조, 제104조의2, 제 119조 제1항 제24호(「농업협동조합법」에 의한 조합이 양수한 재 산에 관한 등기에 한한다)ㆍ제26호(「수산업협동조합법」에 의한 조합이 양수한 재산에 관한 등기에 한한다), 제120조 제1항 제20호 (「농업협동조합법」에 의한 조합이 양수한 재산에 한한다)ㆍ제22 호(「수산업협동조합법」에 의한 조합이 양수한 재산에 한한다)의 규정에 의한 감면

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 양도(수용)당시 OOO OOO OOO O동 273-3 OO빌라 102호 최OO이 임차하여 미나리를 경작한 사실이 대한주택공사 OO지역본부 OO사업단에 제출한 농지임대차 사실확인서 및 경작사실 확인서 등에 나타나며, 2008.7.30. OOO OO시장이 발행한 소유농지현황에 청구인이 쟁점토지를 소유·자경으로 기재되어 있다.

(2) 2009년 7월 OOO OOO OO2동 374에 거주하는 윤OO 외1인이 작성한 경작사실확인서에 청구인이 쟁점토지를 2000년부터 2003년까지 벼농사를 경작하였다고 나타나며, 청구인의 주민등록등본에 의한 거주현황은 다음 <표>와 같다.

(3) 살피건대, 청구인은 한국토지주택공사에 수용 당시에는 자경하지 아니 하였지만「농어촌특별세법」 시행령 제4조 제1항 제1호 규정 에 양도당시 자경을 해야 비과세할 수 있다고 명시되어 있지 아 니하므로 「조세특례제한법」제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규 정을 적용하여 비과세함이 타당함에도 이를 부인한 처분은 부당하다 주장하나, 「농어촌특별세법 시행령」제4조 제1항 규정은 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세가 과세대상이 되는 토지에 한하여 농어촌특별세 비과세를 적용한다고 되어 있으며, 농어촌특별세법」제4조 제2호 규정은 양도 당시에 농지소재지에서 거주하면서 직접 경작한 농지에 대하여 농어촌특별세를 비과세하겠다는 것으로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이고(조심2010서449, 2011.2.10.와 같은 뜻임), 농지가 공공토지로 수용되어 양도소득세가 감면되는 경우, 농어촌특별세 비과세를 판정하는 경작시기에 대하여 대법원 판례(대법원99두2444, 2000.10.10)에서 양도일(수용일) 현재 양도자가 농지소재지에 거주하면서 자경한 농지인 경우에만 농어촌특별세를 비과세 하고 있는 바, 청구인은 2009.7.21. 양도일 현재 청구인이 자경하지 아니하였음이 확인되므로 농어촌특별세 비과세를 부인하고 청구인에게 고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.