청구인이 쟁점토지의 실소유자로서 ㈜*****에 쟁점토지를 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인의 진술 내용, 청구인이 작성한 확인서, 청구인과 쓰리이엠(주)가 체결한 이행약정서 등의 증빙을 살펴보면, 09.7.30. 이후 쟁점토지의 공부상 소유자는 AAA 또는 CCC로 되어 있지만, 청구인이 쟁점토지의 실제 소유자로서 처분 권한 등을 행사한 것으로 보이고, 이러한 상태에서 13.8.8. DDD로 쟁점토지의 소유권이 이전된 점 등에 비추어, 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인의 자녀인 AAA은 2009.7.30. 본인 명의로 보유하고 있던 OOO건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 ㈜BBB이 보유하고 있던 OOO토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 ㈜BBB의 주식과 교환하는 계약을 체결하였고, 청구인은 2009.9.1. ㈜BBB 발행 주식의 60%를 취득하였으며, 쟁점건물은 2009.9.8. ㈜BBB의 대표이사였던 CCC 등의 명의로 등기가 이루어진 반면 쟁점토지는 소유권 이전등기가 이루어지지 않고 ㈜BBB의 명의로 유지되었다.

나. ㈜BBB은 쟁점토지를 DDD㈜에게 양도하는 계약을 체결하였고, 쟁점토지는 2013.2.4. DDD㈜의 명의로 소유권 이전등기가 이루어졌으며(등기부등본에 기재된 거래가액은 OOO원임), 잔금 미지급을 사유로 2013.4.26. 매매계약이 해제되었으나, 등기상 소유권은 ㈜BBB에 환원되지 아니하였고, 2013.8.8. 등기상 매매를 원인으로 ㈜EEE에 소유권이 이전되었다(등기부등본에 기재된 거래가액은 OOO원임).

다. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2021.9.29.∼2021.10.17. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세목별 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지의 실소유자로서, 쟁점토지를 미등기 상태로 ㈜BBB 명의로 보유하던 중 ㈜EEE에 OOO원에 양도한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2021.12.22. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.25. 이의신청을 거쳐 2022.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2009.9.30. 자녀인 AAA의 명의로 보유하던 쟁점건물을 대가로 쟁점토지를 보유중이던 ㈜BBB 법인을 인수하였고, LED조명장치 제조업을 목적으로 공장 신축을 위해 토목공사 등을 하였으며, 이후 자금난으로 쟁점토지를 매각하고자 수 차례 계약을 체결하였으나 모두 해지되었다. 청구인은 2011.9.20.경 DDD㈜에게 쟁점토지를 양도하는 계약을 체결하였는데, 양도가액은 토지 원가와 그간 소요된 공사비 등을 고고려하여 OOO원으로 결정하여 매매약정계약을 하였으나, DDD㈜는 토지 잔금을 지급하지 못하여 청구인은 계약해지통지를 하였고, 이에 DDD㈜는 쟁점토지 대금 완납시까지 본인들의 회사 주식 50%를 청구인에게 담보로 맡기고 인수합병을 제안하여 인수합병계약을 체결하였다. 그런데 DDD㈜에서 쟁점토지에 신축공장을 건축하기 위한 허가 변경 및 대출 실행을 위하여 청구인에게 토지 잔금을 납부하지 않은 채 2013.1.경 쟁점토지를 OOO원에 매입신고하여 소유권을 이전하였다. DDD㈜는 쟁점토지의 소유권이전등기를 마친 후에도 잔금을 지급하지 못하여 2013.4.26. 매매계약 및 인수합병이 모두 해지되었고, 청구인은 쟁점토지의 소유권을 ㈜BBB으로 환원하여야 했으나, 청구인은 매매계약 해지 직전 ㈜BBB 법인을 이미 타인에게 양도하여 쟁점토지의 소유권을 ㈜BBB으로 환원할 수 없었고, 쟁점토지는 OOO군청으로부터 법인기업유치에 따른 조건부 공장신축허가를 받은 상태였으므로 부득이하게 청구인은 ㈜EEE이라는 법인을 인수하여 ㈜EEE의 명의로 소유권을 환원한 것이다.

청구인은 OOO군과의 협의에 따라 허가 사업을 계속해야 할 필요가 있었고, ㈜BBB으로의 소유권 환원등기가 불가능하였으므로 ㈜EEE을 인수한 후 쟁점토지를 ㈜EEE으로 소유권이전 받아와 LED 조명기구 등을 목적으로 추가적인 건축공사를 하였으며, DDD㈜에서 신고한 OOO 원 미만으로는 부동산 거래신고를 할 수 없는 이유로 거래가액을 OOO 원으로 등기를 하였을 뿐 실제 금전거래는 없었다. 이와 같이 청구인은 지자체와의 허가조건에 맞추어 ㈜EEE의 명의로 소유권을 돌려받았을 뿐 청구인이 쟁점토지를 양도한 것이 아니므로 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법하다.

(2) 그리고 과세관청은 DDD㈜가 OOO원에 쟁점토지를 매입한 것으로 신고한 사실을 근거로 ㈜BBB에게 약 OOO원의 양도소득세를 부과하였는바, 청구인에게까지 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 이중과세에 해당하여 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점건물은 2009.9.8. ㈜BBB의 대표자 CCC 명의로 소유권 이전 등기가 이루진 반면, 쟁점토지는 소유권 이전 등기가 이루어지지 않았는데(소유권이전 등기 해태), 이는 청구인이 2009.9.8. 쟁점토지를 ㈜BBB 명의로 취득하여 보유하였음을 의미한다. 이후 청구인은 2012.12.28. ㈜BBB 명의로 보유 중이던 쟁점토지를 DDD㈜에 OOO원에 매도하는 계약을 체결하였고, 쟁점토지는 2013.2.4. DDD㈜로 소유권 이전 등기가 이루어 졌으나, 잔금 미지급을 사유로 2013.4.16. 매매계약이 해제되었다. 다만 매매계약이 해제되었음에도 쟁점토지에 대한 소유권을 당초 소유자인 ㈜BBB에 환원하는 등기는 하지 않았고, 따라서 2013.2.4. 이후 쟁점토지의 공부상 소유자는 DDD(주)로 등재되어 있지만, 실질적인 소유권은 청구인에게 있었던 것이다. ＜표1＞ 쟁점토지의 실질적인 소유권 이전 현황 그리고 2013.8.8. 매매를 사유로 쟁점토지 공부상 소유자가 DDD㈜에서 ㈜EEE으로 변경되었고, 앞서 기술한 바와 같이 2013.8.8. 당시 쟁점토지는 청구인이 DDD㈜ 명의로 보유중이었기 때문에, 실질적으로 쟁점토지를 ㈜EEE에 양도한 자는 청구인이라는 결론에 도달한다. 청구인은 ㈜EEE의 주주(지분율 100%)일 뿐, ㈜EEE 법인과 엄연한 별개의 인격체임에도, ㈜EEE을 청구인 자신과 동일시하여 ‘쟁점토지를 ㈜EEE 명의로 돌려받았다’는 취지의 주장을 하고 있는 것이다. 청구인이 쟁점토지 소유권을 청구인 명의로 이전하였다면 명의 신탁 부동산을 환원한 것이 되지만, 명의 신탁 재산 소유권을 제3자에게 유상으로 이전하였으므로 양도한 것으로 보아야 한다. 즉, ㈜EEE은 청구인으로부터 쟁점토지 소유권을 취득하였다고 보아야 할 것이므로 청구 주장은 타당하지 않다.

(2) OOO세무서장은 2019.12.2. ㈜BBB에 쟁점토지 양도와 관련하여 2013년 귀속 법인세 OOO원을 부과하였으나, 이 건 심판청구가 기각될 경우 ㈜BBB에 부과된 법인세는 취소할 예정이므로 청구인의 주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 쟁점토지의 실소유자로서 ㈜EEE에 쟁점토지를 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 이 건 처분이 이중과세에 해당하여 위법하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법 제88조(양도의 정의)

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 기재된 소유권 변동내역은 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 소유권 변동 내역 일부

(2) AAA이 2009.7.30. ㈜BBB과 체결한 계약 내용은 ＜그림1＞과 같고, 계약서에는 교환 대상 물건은 쟁점토지로, 대상 물건의 순가액란에는 ‘법인 양도양수함’이라는 내용이 기재되어있음이 확인된다. ＜그림1＞ 2009.7.30. AAA과 ㈜BBB의 부동산 교환계약서

(3) 청구인은 2009.9.1. ㈜BBB의 주식을 CCC로부터 양수받았고, 주식양도증서의 내용은 ＜그림2＞와 같다. ＜그림2＞ 주식 양도증서

(4) 청구인이 2009.7.30.자 부동산 교환계약에 대하여 조사관서에 제출한 사실확인서 내용은 ＜그림3＞과 같다. ＜그림3＞ 청구인이 제출한 사실확인서 내용 일부

(5) 청구인이 2009.7.30.자 부동산 교환계약에 대하여 조사관서에 진술한 내용은 ＜그림4＞와 같고, 청구인이 회사(㈜BBB) 자체를 인수한 것이고, ㈜BBB의 주식을 회사가 40%, CCC가 60%를 보유하고 있어 CCC가 보유한 60%의 지분 인수 시 100% 권리를 가질 수 있으므로 주식 60%를 양수하였다고 진술하였음이 확인된다. ＜그림4＞ 2009.7.30.자 부동산 교환계약에 대한 청구인 진술 내용

(6) 청구인은 2011.9.18. DDD㈜와 쟁점토지 양도에 관하여 ＜그림5＞와 같이 이행약정을 체결하였다(약정서에 ㈜BBB의 사주가 청구인임을 명시하였음). ＜그림5＞ 청구인과 DDD㈜간 이행약정서

(7) ㈜BBB(대리인이 청구인으로 기재되어 있음)은 2013.4.26. DDD㈜의 쟁점토지 양도대금 미지급에 따라 ＜그림6＞과 같이 쟁점토지의 소유권을 청구인이 지정하는 자에게 이전하도록 하는 합의각서를 작성하였다. ＜그림6＞ ㈜BBB과 DDD㈜의 합의각서

(8) 청구인이 ㈜BBB과 DDD㈜의 쟁점토지 거래에 대하여 조사관서에 제출한 사실확인서 내용은 ＜그림7＞과 같다. ＜그림7＞ 청구인이 제출한 사실확인서

(9) 쟁점토지의 소유권이 DDD㈜에서 ㈜EEE으로 변경된 경위 등에 대하여 청구인이 조사관서에 진술한 내용은 ＜그림8＞과 같다. ＜그림8＞ 청구인의 진술내용 일부

(10) 청구인은 조사관서에 ＜그림9＞와 같이 본인이 ㈜EEE을 가족 등의 명의로 취득하였다는 내용의 확인서를 제출하였다. ＜그림9＞ 청구인이 제출한 확인서

(11) 이상의 사실관계 및 관련법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 ㈜EEE의 명의로 소유권을 돌려받았을 뿐 청구인이 쟁점토지를 양도한 것이 아니므로 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 청구인의 진술 내용, 청구인이 작성한 확인서, 청구인과 DDD㈜가 체결한 이행약정서 등의 증빙을 살펴보면, 2009.7.30. 이후 쟁점토지의 공부상 소유자는 ㈜BBB 또는 DDD㈜로 되어있지만, 청구인이 쟁점토지의 실제 소유자로서 처분 권한 등을 행사한 것으로 보이고, 이러한 상태에서 2013.8.8. ㈜EEE으로 쟁점토지의 소유권이 이전된 점 등에 비추어, 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 ㈜BBB에게 쟁점토지 양도와 관련하여 법인세가 과세되었으므로, 이 건 처분은 이중과세에 해당하는 위법한 처분이라고 주장하고 있고, 이에 대하여 처분청은 이 건 처분이 확정될 경우 ㈜BBB에 대한 법인세를 취소할 예정이라고 답변하고 있는바, 쟁점①에서 판단한 바와 같이 청구인에게 쟁점토지 양도와 관련한 양도소득세를 부과한 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단되는 이상, 이 건 처분이 아닌 ㈜BBB에 부과된 법인세에 대하여 이중과세 여부를 다투는 것이 합당한 것으로 판단되므로, 처분청이 청구인에 대하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.