정부출연금을 지급받아 기술혁신사업을 수행하는 자가 납부하는 기술료와 출연금 중 미사용한 반납액을 「법인세법」제18조 제6호의 이월결손금 보전에 충당한 금액으로 볼 수 있는지 여부

청구법인이 정부출연금 중 ▣▣% 상당액을 기술료로 반환하기로 사전약정하고, 회계처리상 장기미지급금(부채)로 계상한 점 등에 비추어 쟁점기술료납부액과 쟁점미사용반납분을 아무런 대가관계 없이 일반적으로 무상으로 지급받은 것으로 보기는 어렵다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1967.4.18. 개업하여 철강업을 영위하는 법인으로, 청구법인이「산업기술혁신촉진법」에 따라 2012년부터 2016년까지 수령하고 익금산입한 산업기술혁신사업 관련 정부출연금 2012년 OOO원, 2013년 OOO원, 2014년 OOO원, 2015년 OOO원, 2016년 OOO원을 자산수증이익으로 보아 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입하였으므로 법인세를 경정하여야 하고, 청구법인이 같은 기간 OOO로부터 수령하고 비용항목 차감으로 처리한 절전보조금 2012년 OOO원, 2013년 OOO원, 2014년 OOO원, 2015년 OOO원, 2016년 OOO원 또한 자산수증이익으로 보아 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입하여 법인세를 경정해달라며 2018.1.19. 경정청구하였다.

나. 처분청은 정부출연금 중 기술료납부액 2012사업년도분 OOO원, 2015사업년도분 OOO원(이하 “쟁점기술료납부액”이라 한다)은, 기술개발에 성공할 경우 계약조건에 따라 상환하는 반환금 성격으로 쟁점기술료납부액은 자산수증이익(청구법인은 부채로 계상)으로 볼 수 없고, 미사용 반납분 2015사업연도 OOO원(이하 “쟁점미사용반납분”이라 한다) 또한 자산수증이익으로 볼 수 없다하여 경정청구를 거부(이하 “이 건 처분”이라 한다)하고, 나머지 출연금에 대하여는 자산수증이익으로 보아 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입하여 법인세를 경정(감)하여 2018.5.8. 청구법인에게 환급처리.통보하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 쟁점기술료납부액과 쟁점미사용반납분에 대하여도 자산수증이익으로 보아 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입하여 법인세를 경정해 달라며 2018.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「산업기술혁신촉진법」등에서 산업통산자원부장관은 기술혁신사업의 성과를 실시하려는 자로부터 기술료를 징수할 수 있다고 규정하면서 기술료는 실시권 부여의 대가라는 점을 명확히 한 점, 또한 세법에서 기업회계기준과는 달리 기술료 납부를 정부보조금(출연금) 수령액의 반납이 아니라 별도의 지출로 처리하고 있는 점, 정부보조금과 기술료의 실질에 있어서도 기업은 정부보조금 전액을 연구개발 등 목적에 맞게 사용하고 그 전액에 대해 검증을 받는 것이며, 기술료는 향후 기업의 선택에 따라 납부여부가 결정되어 별도로 지출된다는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 쟁점기술료납부액을 정부보조금(출연금)의 반납으로 보아 청구법인의 경정청구에 대하여 거부함은 부당하다.

(2) 쟁점미사용반납액은 2012사업연도 이전에 수령한 정부보조금의 반납이며, 2012사업연도 이전 정부보조금은 전액 익금에 산입된 보조금이므로 반납시 손금에 산입하는 것이 적법한 세무처리이므로 쟁점미사용반납액 또한 청구법인의 경정청구를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 정부출연금전액을 익금산입한 사실이 확인되고, 정부출연금은「법인세법」제18조제6호에 따른 무상으로 받은 자산의 가액에 해당하는 것으로 해석하고 있을 뿐만 아니라, 법인세과세표준신고 시 해당 사업연도에 발생한 자산수증이익을 이월결손금 보전에 충당하지 아니한 경우 경정청구로 해당 자산수증이익을 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입할 수 있다고 해석하고 있으므로, 자산수증이익에 해당할 경우 경정청구를 받아들여 각 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 경정.결정함이 타당하나, 청구법인이 경정청구 당시 처분청에 보낸 액셀자료를 보면 청구법인은 정부출연금 중 40%를 기술료로 반환하기로 사전약정하고, 회계처리상 장기미지급금(부채)로 계상하고 있으며, 정부출연금에 대한 기술료 납부는 기술개발에 성공할 경우 계약조건에 따라 상환하는 반환금 성격으로 쟁점기술료납부액은 자산수증이익(청구법인은 회계처리상 장기미지급금 부채로 계상하고 있음)으로 볼 수 없으며, 소득금액조정합계표상 익금불산입 세무조정에 포함된 쟁점기술료납부액(2012년 OOO원 2015년 OOO원)은 △유보 발생분(새로운 비용처리)이 아닌 당초 정부출연금 반환에 따른 유보소멸(당초 유보추인)조정이므로 동 금액을 다시 익금불산입할 수 없다.

(2) 쟁점미사용반납액 또한 법인의 자산이 증가하였다 소멸하여 법인의 자산 증가와 무관하므로 자산수증이익으로 볼 수 없다.

따라서 당초 반환된 쟁점기술료납부액 및 쟁점미사용반납액을 제외한 금원을 경정대상금액으로 삼아 과세표준 및 세액을 경정.결정한 당초 처분이 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점정부출연금을 지급받아 기술혁신사업을 수행하는 자가 납부하는 기술료와 출연금 중 미사용한 반납액을「법인세법」제18조제6호의 이월결손금 보전에 충당할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제15조【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.제18조【평가이익 등의 익금불산입】다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

(2) 법인세법 시행령제18조【이월결손금】

① 법 제18조 제6호에서 대통령령으로 정하는 이월결손금이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의3 제2항 및 제46조의3제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

② 제10조 제2항 및 제3항은 제2항에 따른 이월결손금의 계산에 관하여 이를 준용한다.

(3) 조세특례제한법제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】

① 내국인이 2021년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

② 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다.

1. 연구개발출연금등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우 : 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하는 방법

2. 연구개발출연금등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우 : 대통령령으로 정하는 방법에 따라 익금에 산입하는 방법

③ 제1항에 따라 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 익금에 산입하지 아니한 내국인이 그 연구개발출연금등을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업하거나 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다.

(4) 조세특례제한법 시행령제9조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】①법 제10조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1. 「산업기술혁신 촉진법」

2. 「정보통신산업 진흥법」

3. 「중소기업기술혁신 촉진법」

4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률

(5) 산업기술혁신 촉진법제12조【기술료의 징수 및 사용】

① 산업통상자원부장관은 산업기술개발사업이 끝난 경우에는 그 결과를 사용.양도.대여 또는 수출하려는 자로부터 기술료를 징수할 수 있다.

② 제1항에 따라 징수한 기술료는 제37조의4 제1항에 따른 산업기술혁신계정의 재원으로 귀속된다.

③ 제1항에 따른 기술료의 징수 및 관리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 산업기술혁신촉진법 시행령제15조【기술료의 징수ㆍ관리 및 사용】

① 기술료는 법 제11조 제2항에 따라 산업통상자원부장관이 출연한 금액의 100의 50의 범위 또는 기술혁신성과물의 사업화에 따라 발생한 매출액의 100분의 5의 범위에서 제12조에 따른 협약에서 정한 금액으로 한다.

② 산업통상자원부장관은 제1항에 따른 기술료를 제12조에 따른 협약에서 정하는 바에 따라 분할하여 납부하게 할 수 있으며, 기술료를 한꺼번에 또는 미리 납부하는 자에 대해서는 기술료 중 일정 금액을 감면할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기술료의 징수 및 관리에 관한 세부사항은 산업통상자원부장관이 정하여 고시한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2018.1.19. 아래 ＜표1＞과 같이 처분청에 청구법인이 수령한 보조금을 이월결손금 보전에 충당하고 그 충당한 금액을 익금불산입하여 2012사업연도부터 2016사업연도까지의 법인세를 경정하여 줄 것을「국세기본법」에 따라 청구하였고, 처분청은 청구법인이 수령한 기술혁신사업 보조금 및 절전보조금이 ‘무상(無償)으로 받은 자산의 가액’에 해당한다고 보았으나, 쟁점미사용반납액과 쟁점기술료납부액은 당초 수령한 보조금의 반환에 해당하므로 동 금액은 익금불산입 대상 보조금 수령액에서 차감하여야 한다고 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부하였다.OOO(나) 청구법인이 법인세 신고 시 제출한 소득금액조정합계표를 보면, 익금산입한 정부보조금은 아래 ＜표2＞와 같고, 손금산입한 정부출연금의 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.OOOOOO(다) 산업기술혁신사업 협약서(샘플) 중 기술료 관련 협약 내용은 아래와 같다OOO(라)「산업기술혁신촉진법」제12조는 “산업통상자원부장관은 산업기술개발사업이 끝난 경우에는 그 결과를 사용.양도.대여 또는 수출하려는 자로부터 기술료를 징수할 수 있다.”고 규정하고 있고, 여기서 ‘기술료’라 함은 기술료 징수 및 관리에 관한 통합요령 제3조에서 ‘기술혁신사업의 성과를 실시하는 권리와 관련하여 실시권자가 국가, 전담기관 또는 사업수행결과의 소유권자에게 현금 또는 유가증권 등으로 지급하는 금액’을 말한다고 규정되어 있고, 정부보조금 회계처리와 관련한 한국채택국제회계기준의 주요 내용과 정부보조금 관련 예규 등에서 세무처리기준, 이에 따른 주요 거래의 회계처리 및 세무처리 예시는 아래 ＜표4＞와 같다.OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「조세특례제한법」제10조의2제1항 및 같은 법 시행령 제9조의2 제1항에서 내국인이 연구개발 등을 목적으로「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나「산업기술혁신 촉진법」에 의한 출연금 등의 자산(연구개발출연금등)을 받은 경우로서 이를 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있는 바, 연구개발출연금은 자본충실화 목적에도 맞지 않다고 보이므로 이를 이월결손금의 보전에 충당할 금액으로 보기 어려운 점, 청구법인이 정부출연금 중 40% 상당액을 기술료로 반환하기로 사전약정하고, 회계처리상 장기미지급금(부채)로 계상한 점 등에 비추어 쟁점기술료납부액과 쟁점미사용반납분을 아무런 대가관계 없이 일반적으로 무상으로 지급받은 것으로 보기는 어렵다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.