청구법인이 특수관계에 있는 개인으로부터 쟁점주식을 저가로 취득한 사업연도에 그 시가와 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 추가로 지급할 의무가 확정된 것으로 볼 수 있는지 여부

청구법인이 쟁점주식의 매도인에게 쟁점금액을 추가로 지급할 의무가

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◇사업연도에 확정되었다고 볼 수 없으므로 청구법인이

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◇사업연도 법인세 수정신고시 손금산입한 쟁점금액 상당의 미지급금을 처분청이 부인하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.9.26. OOO과 비상장법인인 청구법인의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO으로부터 OOO원에 양수(1주당 매매가액 OOO원, )하기로 하는 매매계약서(이하 “쟁점①계약서”라 한다)를 작성하고, 2016.10.12. 쟁점주식을 취득하였다.

나. OOO장이 청구법인에 대하여 2013～2016사업연도에 대하여 법인통합세무조사를 실시(2017.8.25.～2017.10.30.)하고, OOO장이 OOO에 대한 감사를 실시(2017.11.30.～2017.12.15.)한 결과, 쟁점주식은 청구법인과 특수관계에 있는 OOO(실제 청구법인의 주주지분 OOO% 차명으로 보유한 과점주주)이 OOO에게 명의신탁한 재산이고, 청구법인이 2017.6.14.에 한 2014사업연도 법인세 수정신고(당초 소득금액 과소신고) 내용이 당초 쟁점주식의 매매당시「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 쟁점주식에 대한 시가 평가시 반영되지 아니하여 청구법인이 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)만큼 저가로 취득한 것으로 조사되었다.

다. 이에 청구법인은 2018.3.19. 2016사업연도 법인세 수정신고를 하면서 쟁점금액 상당의 자기주식 익금산입(유보) 및 미지급금 손금산입(△유보)을 하는 세무조정을 하였다.

라. 처분청은 이후 OOO장의 OOO에 대한 감사결과에 따라「법인세법」제15조제2항 제1호에 따라 청구법인이 특수관계인에 있는 개인인 OOO으로부터 쟁점주식을 시가 보다 저가에 취득한 가액은 익금산입하되, 이를 이유로 청구법인이 쟁점주식의 양도인에게 쟁점금액을 추가로 지급하여야 할 사법상의 의무가 발생하는 것은 아니고, 그 지급 의무가 확정된 시기를 2016사업연도로 볼 수도 없다고 판단하여 쟁점금액의 손금산입을 부인하고 청구법인에게 2018.7.3. 2016사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)을 경정.고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 비상장주식인 쟁점주식의 매수대금을 상증법상 평가액대로 지급하기로 하였는데, 당초 쟁점주식의 매매계약을 위한 시가 평가시 청구법인의 2014사업연도 법인세 수정신고 사항이 반영되지 않아 OOO(양도인)의 쟁점주식 양도가액이 과소하게 되어 처분청이 상급기관으로부터 감사지적(2017년 12월)을 받자 청구법인은 OOO에게 쟁점금액을 추가로 지급하는 한편, 이를 2016사업연도의 미지급금으로 보아 세무조정을 하여 법인세 수정신고를 한 것이고, 청구법인이 2017사업연도에 쟁점금액을 지급하면서 그에 상당하는 투자유가증권을 추가로 장부에 계상한 후, 청구법인이 2016사업연도에 세무조정으로 손금산입한 쟁점금액 상당의 미지급금을 2017사업연도에 손금불산입하는 세무조정을 하여 법인세가 기 과세되었는바, 청구법인이 2016사업연도에 세무조정으로 손금산입한 쟁점금액을 손금부인하여 처분청이 이 건 법인세를 부과한 처분은 이중과세를 초래한다.

(2) 처분청은 청구법인의 쟁점주식 취득당시 그 명의상 소유자인 OOO과 청구법인 간의 2016.9.26.자 쟁점주식 매매계약서 외에 쟁점주식의 실제 소유자인 OOO과 청구법인 간의 2016.9.26.자 별도의 쟁점주식 매매계약서(이하 “쟁점②계약서”라 한다)는 사후에 작성한 것으로 보여 그 신빙성이 낮다는 의견이나, 청구법인과 OOO은 쟁점주식을 매매할 당시 비상장주식 거래 후 시가 평가와 관련하여 빈번하게 발생하는 문제를 해소하기 위하여 상증법에 따른 평가의 오류 등으로 쟁점주식의 평가액이 변동될 때는 향후 추가로 정산하기로 하는 별도의 특약을 한 것이다.

(3) 청구법인과 OOO 간에 실제로 상기와 같은 특약을 체결하였고, 이에 해당하는 사유가 발생하여 청구법인이 추가로 쟁점금액을 쟁점주식의 매매대금으로 지급한 후 이를 장부에 계상하였으므로 당초 쟁점주식을 매매한 과세기간인 2016사업연도에 청구법인에게 그 지급 의무가 발생한 것으로 인정함이 타당한바, 청구법인이 쟁점주식의 매매대금으로 쟁점금액을 추가로 지급한 것과 관련하여 2016사업연도 법인세 수정신고시 한 세무조정은 적정하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점주식의 양도자에게 쟁점금액을 추가로 지급할 의무가 없으므로 이와 상반된 전제하에서의 이 건 청구주장을 받아들일 수 없다.(가) 세법에 따른 부당행위계산부인은 소득금액의 재계산을 위한 것에 불과하고, 청구법인과 쟁점주식의 양도자 사이에 유효하게 성립한 쟁점주식 매매거래 자체의 사법상 효력을 부인할 수는 없으므로 부당행위계산부인 규정에 따라 쟁점주식 양도자가 이를 저가에 양도한 것과 관련하여 양도소득세 수정신고를 하였다고 하더라도 이로 인하여 청구법인이 쟁점주식 양도자에게 쟁점금액을 추가로 지급하여야 하는 사법상의 의무가 발생하는 것은 아니다.(나) 청구법인이 2016.9.26. 쟁점주식에 대한 매매계약을 OOO과 체결할 당시 쟁점②계약서를 명의신탁자인 OOO과 작성하여 청구주장과 같은 쟁점주식 매매대금 정산에 관한 특약을 하였다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 사후에 작성된 것으로 보이며 그 신빙성이 없다.

1) 청구법인이 쟁점주식과 관련한 2016사업연도 법인세 수정신고시 쟁점②계약서를 제출한 사실이 없고, OOO에서 이 건 부과처분과 관련한 감사지적시에도 쟁점②계약서에 대하여 언급하거나 소명자료로 제출한 사실이 없다.

2) OOO은 친구 OOO과 조카 OOO 명의상 소유자로 되어 있는 청구법인의 발행주식을 실제 소유한 과점주주(지분율 OOO%)로서 청구법인을 사실상 지배하고 있는바, 이 건 청구주장과 같은 쟁점주식 시가 평가의 오류시 매매대금 정산에 관한 특약을 쟁점주식의 외관상 소유자인 OOO과 청구법인 간의 쟁점주식 매매계약서상에 기재하지 아니하고서 굳이 OOO이 음성적인 쟁점주식의 명의신탁 사실을 밝히면서 위와 같은 특약만을 별도로 기재한 쟁점②계약서를 쟁점주식 매매계약 당시인 2016.9.26. 청구법인과 작성하였다는 청구주장은 사실이 아니어서 설득력이 없고, 그러한 특약이 일반적인 것도 아니다.

(2) 청구법인이 쟁점주식 양도자에게 쟁점금액을 추가로 지급할 사법상의 의무가 있어 지급한 것으로 보더라도 쟁점금액은 그 지급 의무가 발생한 2017사업연도의 손금에 해당하는바, 이 건 2016사업연도 법인세 부과처분은 적법하다.(가) 청구법인은 2017년 12월에 쟁점주식의 시가 평가에 오류가 있어 쟁점금액만큼 저가에 취득한 사실을 인지하였는바, 2016사업연도에 청구법인이 쟁점금액을 추가로 지급할 의무가 ‘확정’되었다고 인정할 수 없다.(나) 청구법인도 심판청구이유서상에 2017년 12월에 OOO장의 OOO에 대한 감사지적(OOO의 쟁점주식 양도소득세 과소신고)으로 인하여 쟁점주식의 시가 평가에 오류가 있어 청구법인이 이를 시가 보다 쟁점금액만큼 저가에 취득한 사실을 인지하였음을 시인하고 있다.(다) 만약, 청구법인이 쟁점주식의 양도자에게 쟁점금액을 추가로 지급할 의무가 있는 것으로 본다 하더라도 2017년 12월에 청구법인이 쟁점주식을 저가로 취득한 사실을 인지하였고, 그 금액이 OOO원으로 산정되었으며, 이를 지급(회계처리 2017.12.13.)한 2017사업연도를 이와 관련한 손금의 귀속시기로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점청구법인이 특수관계에 있는 개인으로부터 쟁점주식을 저가로 취득한 사업연도에 그 시가와 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 추가로 지급할 의무가 확정된 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제15조【익금의 범위】①익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.1.제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액제40조【손익의 귀속사업연도】①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(2) 법인세법 시행령제89조【시가의 범위 등】①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016.9.26. OOO으로부터 비상장법인인 청구법인의 발행주식 OOO주(쟁점주식)을 OOO원에 양수(1주당 매매가액은 OOO원이고, 상증법상 보충적 평가방법으로 산정함)하기로 하는 매매계약을 체결하여 2016.10.12. 상기 매매대금을 OOO에게 송금하여 자기주식을 취득하였으며, 이와 관련한 쟁점①계약서는 ＜별지1＞과 같다.

(2) OOO장이 청구법인에 대하여 2013～2016사업연도에 대하여 법인통합세무조사를 실시(2017.8.25.～2017.10.30.)한 결과, 쟁점주식은 청구법인과 특수관계에 있는 OOO(실제 청구법인의 주주지분 OOO%를 차명으로 보유한 과점주주)이 OOO에게 명의신탁한 재산으로 조사되었다.

(3) OOO장은 OOO에 대한 감사를 실시(2017.11.30.～2017.12.15.)하여 청구법인이 2017.6.14.에 한 2014사업연도 법인세 수정신고(당초 소득금액 과소신고) 내용이 당초 쟁점주식의 시가 평가시 반영되지 아니하여 상증법상 보충적 방법으로 이를 반영하여 평가한 쟁점주식의 시가 보다 OOO원(쟁점금액)만큼 저가에 취득한 것으로 조사하였다.

(4) 이에 쟁점주식 양도인(명의상 소유자 : OOO, 실제 소유자 : OOO)은 2017.12.14. 당초 신고한 쟁점주식의 양도가액에 쟁점금액을 가산하여 양도소득세를 수정신고.납부OOO하였고, 청구법인은 쟁점금액 상당의 자기주식 익금산입(유보)과 미지급금 손금산입(△유보)을 하는 세무조정을 하여 2018.3.19. 2016사업연도 법인세 수정신고를 하였다.

(5) 처분청은 2018.7.3. OOO장의 OOO에 대한 감사(2018.3.6.～2018.3.23.)결과「법인세법」제15조제2항 제1호에 따라 청구법인이 특수관계인에 있는 개인인 OOO으로부터 쟁점주식을 시가 보다 저가에 취득한 가액은 익금산입하되, 이를 이유로 청구법인이 쟁점주식의 양도인에게 쟁점금액을 추가로 지급하여야 할 사법상의 의무가 발생하는 것은 아니고, 그 지급 의무가 확정된 시기를 2016사업연도로 볼 수도 없다고 판단하여 쟁점금액의 손금산입을 부인하여 청구법인에게 이 건 2016사업연도 법인세 부과처분을 하였다.

(6) 청구법인은 OOO이 2017.12.14. 쟁점주식에 대한 양도소득세를 수정신고하고 추가로 납부하게 되자 쟁점금액을 추가로 지급할 것을 요구하여 청구법인이 임시주주총회 결의로 2017.12.13. 쟁점금액을 추가로 지급하였다고 주장하면서 그 근거로 이와 관련한 2017.12.11.자 임시주주총회결의서 및 이사회회의록, 대금증빙, 투자유가증권 계정별원장, 회계전표(쟁점금액 상당의 투자유가증권 증가 및 보통예금 감소로 회계처리함) 등을 제출하였다.

(7) 청구법인은 2017.12.13. 쟁점금액을 지급하면서 그에 상당하는 자기주식 가액의 증가, 보통예금의 감소로 회계처리하였고, 2016사업연도 법인세 수정신고시 손금산입한 쟁점금액 상당의 미지급금(△유보)을 2017사업연도에 이를 추인하여 익금산입(유보)하는 세무조정을 하여 법인세 신고를 하였다고 주장하면서 그 근거로 2017사업연도 소득금액 조정합계표 및 조정명세서(쟁점주식 관련 전기 쟁점금액 상당의 미지급금이 당기에 지급되어 익금산입하고 유보처분한 것으로 기재됨), 유보소득 증감명세서를 제출하였다.

(8) 청구법인은 비상장주식인 쟁점주식의 시가 평가와 관련하여 평가가액의 오류 등으로 그 평가액이 변동될 경우를 가정하여 그 매매대금 추가 정산과 관련한 계약은 2016.9.26. 쟁점주식 명의신탁자인 OOO과 체결하였다고 주장하면서 그 근거로 ＜별지2＞와 같은 쟁점②계약서를 제출하였다.

(9) 이에 대하여 처분청은 이 건 부과처분과 관련한 감사지적 및 청구법인이 법인세 수정신고를 할 당시까지도 청구법인이 쟁점②계약서를 제시한 바 없고, 쟁점주식의 시가 평가에 오류가 발견될 경우 매매대금을 추가로 수수하여 정산하기로 하는 약정을 이면계약으로 할 이유가 없으므로 쟁점②계약서는 신빙성이 없다는 의견이다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 특수관계에 있는 개인으로부터 쟁점주식을 저가로 취득한 2016사업연도에 그 시가와 매입가액의 차액인 쟁점금액 상당의 미지급금이 세무상 존재하는 것으로 인정하여 이를 2016사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점주식의 명의상 소유자인 OOO과 쟁점①계약서를 작성하여 매매계약을 체결하고, 그 매매대금도 OOO에게 지급하였는바, 쟁점주식의 실소유자인 OOO이 음성적인 쟁점주식의 명의신탁 사실을 밝히면서 쟁점주식의 시가 평가에 오류가 있을 경우 그 매매대금을 추가로 정산하기로 하는 약정을 청구법인과 OOO 간에 이면으로 체결할 이유가 없어 보이는 점, 청구법인은 2018.3.19. 쟁점주식의 저가 취득과 관련한 2016사업연도 법인세 수정신고시 쟁점②계약서를 제출한 사실이 없으며, OOO장의 이 건 부과처분과 관련한 감사지적 당시에도 쟁점②계약서를 소명자료로 제출한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점②계약서는 실제 쟁점주식 매매계약 당시인 2016.9.26.에 작성한 것이 아니라 이 건 부과처분에 대한 불복청구를 목적으로 사후에 작성한 것으로 보이고, 설령, 청구주장과 같이 쟁점②계약서를 진정한 것으로 보더라도 청구법인이 쟁점주식을 상증법상의 보충적 평가방법에 따른 시가 보다 저가에 취득한 사실을 2014사업연도 법인세 수정신고를 한 2017.6.14. 이후에 인식하게 되었다는 사실관계에 다툼이 없는 이상, 청구법인이 쟁점주식의 매도인에게 쟁점금액을 추가로 지급할 의무가 2016사업연도에 확정되었다고 볼 수 없으므로 2018.3.19. 청구법인이 2016사업연도 법인세 수정신고시 손금산입한 쟁점금액 상당의 미지급금을 처분청이 부인하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는

것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞

쟁점①계약서＜별지2＞ 쟁점②계약서