매입세액을 실지귀속에 따라 공제하여야 한다는 주장의 당부(기각)

청구법인의 주된 사업이 면세사업이나 일부 과세분 매출액이 있어서 사실상 면세 및 과세 겸업사업자로 인정되고, 쟁점 설비는 폐기물처리에 따르는 부수적 설비로 공정단계별로 과ㆍ면세사업으로 임의구분하는 것이 타당하지 아니하므로 매입세액을 공통매입세액으로 보아 공급가액의 비율로 매입세액을 안분함이 정당함

1. 처분개요

청구법인은 2001.10.25. 개업하여 음식물쓰레기를 수집하여 비료(퇴비)를 생산하는 업체로서 부가가치세신고시 2004년 1기는 15,771천원, 2004년 2기는 51,453천원을 각각 공제되는 매입세액으로 하여 63,497천원(2004년 1기 12,044천원, 2004년 2기 51,453천원)을 환급세액으로 신고하였다. 처분청은 2005.7. 청구법인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시하여, 청구법인이 과세 및 면세 겸업사업자이고 매입세액의 귀속이 불분명한데도 공통매입세액 안분계산 등을 하지 않은 것으로 보아 과세 및 면세분 공급가액을 기준으로 공통매입세액 안분계산 및 감가상각자산에 대한 환급세액 재계산 등을 하여 2005.8.9. 청구법인에게 부가가치세 2004년 1기분 63,167,580원, 2004년 2기분 69,708,800원 등을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.11.7. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 음식물쓰레기를 처리(면세사업)하여 이를 원재료로 하여 최종적으로 판매목적의 비료를 생산(과세사업)을 하기 위하여 건물을 신축하고 생산설비(이하 "쟁점 설비"라 한다)를 설치하였다. 청구법인의 음식물쓰레기 처리 및 비료 생산설비공정은

① 폐기물(음식물쓰레기) 수집⇒

② 탈수⇒

③ 선별ㆍ분쇄⇒

④ 톱밥혼합⇒

⑤ 발효⇒

⑥ 후숙⇒

⑦ 선별(협잡물 분리)⇒

⑧ 비료포장 등의 단계별 공정으로 이루어지는데,

① 내지 ③의 공정은 면세분인 음식물쓰레기 처리공정이라고 할 수 있으나

④ 내지 ⑧공정은 처리된 음식물쓰레기에 톱밥을 혼합하고 이를 발효시켜 비료라는 완성품을 제조ㆍ포장하는 공정으로서 과세물품인 비료를 생산하는 공정이지 이미 처리된 음식물쓰레기를 재차 처리하는 과정이 아니다. 위와 같이 각 공정별로 과세ㆍ면세사업을 명확히 구분할 수 있음에도 처분청이 시설투자분 매입세액 뿐만 아니라 톱밥, 발효재, 포장재 등 비료제조와 직접 관련된 매입세액을 포함한 2004년 1기 및 2기분 전체매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산함은 부당하다. 따라서 청구법인의 2004년간 매입세액은 그 실지귀속에 따라 공제하되 공통매입세액은 2004년 1기분은 과세 및 면세분 공급가액이 있으므로 동 공급가액으로, 2004년 2기분은 과세분 공급가액이 없으므로 총매입가액을 기준으로 안분계산하여야 한다.

(2) 처분청은 2003년 1기 및 2004년 1기분 건물 등 감가상각자산의 매입세액에 대하여 증가된 면세공급가액의 비율을 적용하여 환급세액을 재계산 과세하였으나, 건물의 과세ㆍ면세사업에 사용되는 면적이 뚜렷이 구분되므로 환급세액 재계산은 실지귀속 또는 동 사용면적을 근거로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 과세사업과 면세사업에 사용되는 부분이 제조공정 및 관련시설의 기능ㆍ용도 등에 따라 합리적인 기준을 산정할 수 있으므로 실지귀속에 따라 매입세액을 계산하여야 한다는 주장이나, 쟁점 설비는 음식물쓰레기를 처리하는 일련의 과정이 연결되어 있는 음식물쓰레기 사료화시스템이라는 하나의 일체된 설비로서 부가가치세가 과세되는 비료만을 생산하기 위한 설비로 볼 수 없고, 음식물쓰레기를 처리하면서 부수적으로 비료를 생산하는 일련의 과정에서 필요한 기계설비로 보여진다 하겠으므로 사실상 쟁점 설비의 과세ㆍ면세 구분을 할 수가 없어서 동 매입세액을 전액 공통매입세액으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 과세ㆍ면세 겸업사업자이고 실지귀속을 알 수 없으므로 2003년 1기 및 2004년 1기 과세기간중 공제받은 건물 등의 매입세액에 대하여 과세ㆍ면세분 공급가액의 증감비율을 적용하여 환급세액을 재계산하는 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 처분청이 청구법인의 매입세액을 전액 공통매입세액으로 보아 과세한 데 대하여 사업용 쟁점 설비가 공정별로 과ㆍ면세 구분이 명확하고 이에 따라 청구법인의 매입세액의 실지귀속 구분이 가능하므로 매입세액을 실지귀속에 따라 공제하여야 한다는 주장의 당부

(2) 건물 등 감가상각자산에 대한 환급세액 재계산시 관련매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 공급가액비율로 재계산하여야 하는지 아니면 실지귀속의 구분이 가능한 것으로 보아 실지귀속 또는 과ㆍ면세분 사용면적 등에 의하여 재계산하여야 하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점 (1)에 대하여 본다. (가) 관련법령

1) 부가가치세법 제12조(면세)

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 같은법시행령 제29조(의료보건용역의 범위) 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 같은법시행령 제61조(매입세액의 안분계산)

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액×─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 같은법시행령 제61조의 2(공통매입세액의 정산) 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝(총공통매입세액× 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 (1－ ─────────────────)－기공제세액) 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝(총공통매입세액× 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 (1－ ────────────────)－기공제세액) 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적 (나) 처분청은 청구법인이 과세 및 면세 겸업사업자이므로 2004년간 매입세액 전액(2004년 1기 19,771천원, 2004년 2기 51,673천원)에 대하여 실지귀속이 불분명한 것으로 보아 동 매입세액에 면세공급가액율(2004년 1기 81.11%, 2004년 2기 100%)을 적용하여 불공제되는 면세사업에 관련된 매입세액(2004년 1기 12,037천원, 2004년 2기 51,453천원)을 산정하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점 설비의 공정도면, 설비매입 견적서, 매입세액 구분명세서 등을 제출하면서 청구법인의 주요설비인 쟁점 설비가 비료생산을 위한 과세사업용 설비이고 관련매입세액의 실지귀속을 구분할 수 있으므로 2004년 1기∼2기분 매입세액을 실지귀속에 따라 매입세액을 공제(불공제)하여야 한다는 주장이다.

1) 쟁점 설비의 공정도면 및 견적서에 의하면, 동 설비공정은

① 폐기물(음식물쓰레기) 수집⇒

② 탈수⇒

③ 선별ㆍ분쇄⇒

④ 톱밥혼합⇒

⑤ 발효⇒

⑥ 후숙⇒

⑦ 선별(협잡물 분리)⇒

⑧ 비료포장 등의 단계별 공정으로 나타나는데, 이에 대하여 청구법인은 위의

① 내지 ③의 공정은 면세사업인 음식물쓰레기 처리공정이고

④ 내지 ⑧공정은 과세사업인 비료생산공정이라는 주장이고, 처분청은 동 설비가 음식물쓰레기 사료화시스템이라는 하나의 일체된 설비로서 음식물쓰레기를 처리하는 과정에 부수적으로 비료를 생산하는 공정이므로 과세ㆍ면세사업의 구분을 할 수가 없다는 의견이다.

2) 청구법인이 제출한 매입세액 구분명세서는 2004년 1기분 매입세액 19,795천원을 과세분 매입 6,208천원, 면세분 매입 7,902천원, 공통매입 5,660천원, 기타 불공제 24천원 등으로 분류하였고, 2004년 2기분 매입세액 51,829천원을 과세분 매입 2,787천원, 면세분 매입 38,765천원, 공통매입 10,119천원, 기타 불공제 156천원 등으로 실지귀속을 임의적으로 구분하고 있다. (라)

○○○

시장이 2003.8.20. 청구법인에게 교부한 "폐기물중간처리업 허가증"에 의하면, 영업대상 폐기물을 유기성오니, 음식물쓰레기로 하여 퇴비화시설(발효시설), 음식물쓰레기 등 폐기물 보관시설 등을 허가조건으로 폐기물중간처리업을 허가하였고, 청구법인은 동 허가사항에 따라 2004.3.10.

○○○

시에 부산물비료(퇴비) 생산업을 등록하였음이 비료생산업등록증에 의하여 확인된다. (마) 청구법인의 매출액은 과세분인 비료매출액과 면세분인 음식물쓰레기 위탁처리 수수료금액으로 구분되는바, 2004년 1기는 매출액 303,236,172원 중 과세분은 57,268,182원, 면세분은 245,967,990원(점유비 81.11%)이고 2004년 2기는 매출액 481,172,410원이 전액 면세분으로 확인된다. 따라서 2004년간 과세분 매출액은 총매출액 784,408,682원의 7.3%에 불과하여 청구법인의 주된 사업은 면세사업인 것으로 나타난다.

(바) 살피건대, 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 공급가액의 비율로 안분계산하고, 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 매입가액, 예정공급가액, 예정사용면적 등의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 폐기물중간처리업 허가, 매출액 구성 등으로 보아 주된 사업이 면세사업이나 일부 과세분 매출액이 있어서 사실상 면세 및 과세 겸업사업자로 인정되는 점, 청구법인의 주된 사업설비인 쟁점 설비는 폐기물처리에 따르는 부수적인 설비이므로 공정단계별로 과ㆍ면세사업으로 임의구분하는 것은 통념상 타당하지 않은 점, 쟁점 설비 공정상 지속적으로 면세수입이 발생하여야만 과세제품이 생산되는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구법인의 2004년 1기 및 2기분 매입세액을 공통매입세액으로 보아 공급가액의 비율을 적용하여 불공제 매입세액을 안분계산한 이건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다. (가) 관련법령

1) 부가가치세법 제17조(납부세액)

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. 같은법시행령 제63조(납부세액 또는 환급세액의 재계산)

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물 가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1－5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산 가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1－25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다. (나) 처분청은 청구법인의 2003년 1기∼2004년 1기분 시설투자금액상당의 매입세액 81,615천원(건물 35,011천원, 기타 감가상각자산 46,604천원)에 대하여 면세공급가액 증감비율(2004년 1기 81.11%, 2004년 2기 18.89%)을 적용하여 환급세액을 재계산하여 관련세액 48,592천원을 불공제하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 건물에 쟁점 설비가 정착되어 있어서 과세ㆍ면세사업에 사용되는 면적이 구분되고 기타 감가상각자산 중 쟁점 설비에 대한 매입세액(28,000천원)의 귀속이 구분되므로 환급세액 재계산은 실지귀속 또는 건물사용면적 등을 근거로 하여야 한다는 주장을 하면서 건축물관리대장 및 건물평면도 등을 제출하고 있다.

(라) 살피건대, 부가가치세법시행령 제63조는 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항 등의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가 또는 감소되는 경우에는 납부세액 또는 환급세액을 재계산하도록 규정하고 있는바, 쟁점 (1)에서 살펴본 바와 같이 쟁점 설비 및 건물에 대한 과ㆍ면세사업 구분이 타당하지 아니함을 알 수 있으므로 청구법인이 쟁점 설비공정이 과ㆍ면세사업으로 구분 가능하고 이에 따라 설비가 정착된 건물도 과ㆍ면세 사용면적을 구분할 수 있어서 그 구분된 귀속에 따라 감가상각자산의 환급세액을 재계산하여야 한다는 주장은 신빙성이 결여된 것으로 인정된다. 따라서 처분청이 청구법인의 2003년 1기∼2004년 1기분 시설투자금액상당의 매입세액에 대하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 환급세액을 재계산한 이건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.