영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부(기각)

거래상의 사정 등을 이유로 부가가치세가 과세되는 것으로 세금계산서를 발행함에 따라 영세율관련 첨부서류를 제출하지 못한 경우에는 신고의무를 불이행한 데에 대한 정당한 사유가 존재한다고 볼 수 없으므로 신고불성실 가산세의 적용대상임

1. 처분개요

가. 청구법인은 토목건설업을 영위하는 법인으로 OOOOO도시철도공사(이하 “도시철도공사”라 한다)로부터 OO역 외 2개역의 승강편의시설 설치공사를 도급받아 2009.6.16. 공급가액 1,790,909,091원, 부가가치세 179,090,909원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하였다가 2010.1.1. 「조세특례제한법」의 개정으로 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용기한이 2009.12.31.에서 2012.12.31.로 연장됨에 따라 2010.3.8. 쟁점세금계산서를 영세율로 하여 수정교부하고, 2010.3.23. 처분청에 쟁점세금계산서의 부가가치세 179,090,909원을환급하여 줄 것을 경정청구하였다.

나. 처분청은 2010.6.3. 청구법인의 경정청구에 대하여 쟁점세금계산서의 부가가치세 179,090,909원에서 영세율 과세표준 신고불성실가산세 17,909,090원을 가산하고 나머지 161,181,819원만을 환급하였다.

다. 청구법인은 영세율 과세표준 신고불성실 가산세 부과에 불복하여 2010.8.24. 이의신청을 거쳐 2010.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 도시철도공사와 체결한 승강편의시설 설치공사의 계약체결일은 2009.6.12.(공사착공일 2009.6.22., 완공일 2010.12.14.)로 계약당시 「조세특례제한법」제105조 제1항 제3에서 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용을 2009.12.31.까지로 규정하고 있어 실제 2010년에 착공하는 당해 공사를 부가가치세가 과세되는 것으로 판단하고 부가가치세를 포함한 금액으로 도급계약을 체결하였으며, 선급금을 수령하면서 쟁점세금계산서를 과세분으로 교부하였는데, 2010.1.1. 조세특례제한법의 개정으로 2010년에 공급하는 건설용역에 대하여도 영세율을 적용하도록 함에 따라 2010.3.8. 부가가치세를 제외한 금액으로 계약변경을 하고 수정세금계산서를 교부하였는바, 청구법인은 관련법률에 따라 성실하게 부가가치세를 신고·납부하였고, 세법개정과 계약당사자인 도시철도공사의 금융위기로 침체된 경기를 부양하고자 예산을 조기집행하는 정책에 따라 2009년에 미리 계약 및 쟁점세금계산서를 교부하고 2010년에 수정세금계산서를 교부하여, 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 가산세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

「부가가치세법」제9조 제3항에서 사업자가 용역의 공급시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 때를 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점세금계산서와 관련된 공사의 공급시기는 실제착공과는 관계없이 2009.6.16.이고, 영세율이 적용되는 거래로 보아야 함에도 청구법인이 세법을 잘못 적용하여 부가가치세 과세거래로 보아 쟁점세금계산서를 교부하였으므로 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제48조 【가산세의 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제22조 【가산세】

⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

(3) 부가가치세법 시행령 제65조 【확정신고와 납부】

④ 제1항에 따라 확정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제1항의 신고로 보지 아니한다.

1. 법 제11조 제1항과 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제2항에서 규정하는 서류

2. 「조세특례제한법」 제105조 제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 「조세특례제한법 시행령」 제106조 제12항 및 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례 규정」 제4조에서 규정하는 서류(2008.2.22. 대통령령 제20626호로 개정)

(4) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2009년 12월 31일까지(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정, 2012년 12월 31일까지로 연장) 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역 나. 「도시철도법」의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 의하여 도시철도를 건설할 수 있는 경우에 한한다)

(5) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑫ 법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지, 제3호의 2, 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호ㆍ제4호의 규정이 적용되는 경우에는 「부가가치세법」에 의하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다

1. 법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제3호의 2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2009.6.12. 도시철도공사와 체결한 공사도급계약서에 의하면 청구법인은 OO역 외 2개역의 승강편의시설 설치공사(6공구)를 부가가치세 포함 28억1,439만원에 도급받아 시행하고, 착공일을 2009.6.22.로, 준공일을 2010.12.14.로 하여 계약한 것으로 나타나며, 2009.6.16. 공사금액의 70%인 19억7,000만원을 선급금으로 수령하고 공급가액 1,790,909,091원, 부가가치세 179,090,909원의 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 당해공사의 계약상 착공일은 2009.6.22.로 되어 있으나, 사실상 2010년에 착공예정이어서 「조세특례제한법」제105조 제1항 제3호의 영세율 적용규정이 2009.12.31.로 종료되므로 부가가치세를 포함한 금액으로 계약하였다면서 실제착공일은 2010.2.18.로서 당일 공사안내판 설치 등의 작업을 한 것으로 되어있는 작업일보를 제출하고 있다.

(3) 도시철도공사의 공사변경계약체결통보서, 청구법인의 경정청구서에 따르면, 청구법인은 2010.1.1. 「조세특례제한법」제105조 제1항 제3호의 영세율 적용규정이 2012.12.31.까지로 연장(법률 제9921호로 개정)됨에 따라 2010.3.8. 당초 공사계약금액 28억1,439만원에서 부가가치세에 해당하는 금액 255,853,817원을 감액한 2,558,538,183원으로 변경하는 계약을 하였으며, 같은 날 쟁점세금계산서를 취소하고, 영세율이 적용되는 세금계산서를 발행하여 2010.3.23. 처분청에 경정청구하였음이 나타난다.

(4) 살피건대, 2010.1.1. 법률 제9224로 개정되기 전 「조세특례제한법」제105조 제1항 제3호에서 2009.12.31.까지 공급하는 도시철도건설용역에 대하여는 영세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 「부가가치세법」제9조 제3항에서 사업자가 용역의 공급시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 용역의 공급시기로 보는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인이 당해 공사를 2010.2.18.에 착공하였더라도 선급금과 관련된 용역의 공급시기는 선급금을 받고 쟁점세금계산서를 교부한 때인 2009.6.16.로서 당해 공사는 당시에 영세율이 적용되는 거래로 봄이 타당하다 할 것이다.

(5) 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인바(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO), 청구법인이 쟁점세금계산서의 교부당시 「조세특례제한법」제105조 제1항 제3호 소정의 영세율 적용대상이었음에도 거래상의 사정 등으로 부가가치세가 과세되는 것으로 세금계산서를 발행함에 따라 영세율 관련 첨부서류를 제출하지 못하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 청구법인이 신고의무를 불이행한 데에 정당한 사유가 존재한다고 보기는 어렵다(OOOOO OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO)O 따라서, 처분청이 청구법인에게 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.