공통매입세액이 사업부문별로 그 실지귀속이 구분되는 경우 안분계산(기각)

다수의 사업장에서 수종의 과세사업과 면세사업을 영위하고 있는 경우 공통매입세액 안분계산은 사업부문별 총공급가액에서 사업부문별 면세사업 수입금액이 차지하는 비율로 계산함

1. 처분개요

가.청구법인은 철도여객 및 화물운송사업 등을 목적으로 「한국철도공사법」에 따라 「철도산업발전기본법」에서 규정하고 있는 철도운영자산·부채를 「국유재산의 현물출자에 관한 법률」에 따라 현물출자 받아 2005.1.1. 정부가 전액 출자하여 신설된 법인으로 다수의 사업장으로 구성되어 있고, 수종의 과세사업과 면세사업을 영위하고 있다. 나.감사원은 청구법인이 2005년 제1기부터 2008년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 하면서 경유 등 주요 매입재화와 용역 관련 공통매입세액 안분계산시 동 재화 및 용역이 실지로 귀속되는 사업부문별 총공급가액에서 사업부문별 면세사업 수입금액이 차지하는 비율(이하 “사업부문별 면세비율”이라 한다)을 면세비율로 산정하여야 함에도 모든 사업장 공급가액에서 모든 사업장의 면세사업 부문 수입금액이 차지하는 비율(이하 “모든 사업장 면세비율”이라 한다)을 면세비율로 산정하였다는 이유로 과다공제 받은 부가가치세 상당액 78,403,405,896원을 추징하라는 시정요구를 처분청에 하였고, 처분청은 2009.5.21. 청구법인에게 부가가치세 105,058,873,960원(2005년 제1기분 19,229,836,520원, 2005년 제2기분 10,811,702,170원, 2006년 제1기분 17,458,551,950원, 2006년 제2기분 10,817,901,090원, 2007년 제1기분 21,726,260,530원, 2007년 제2기분 3,976,520,830원, 2008년 제1기분 11,684,908,140원, 2008년 제2기분 9,353,192,730원)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「 부가가치세법 시행령」 제61조 제5항은 동조 제1항에 대한 특례조항으로서 조세법률주의 및 입법취지 등을 볼 때 청구법인의 공통매입세액은 ‘전체 사업장의 총공급가액 및 면세공급가액’을 기준으로 안분하는 것이 타당하다. (가) 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 및 동법 시행규칙 제18조의2 제1항의 규정이 사업장 단위로 공통매입세액을 안분하도록 한 규정 이므로, 동법시행령 제61조 제5항의 입법목적이 단지 여러 개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액과 관련된 각 사업장의 공급가액을 합산하여 공통매입세액을 안분할 수 있도록 한 특례(예외)조항이라면, 동 조항을 입법하면서 굳이 「전기통신사업법」에 의한 전기통신사업자(1997.12.31. 대통령령 제15563호)와 한국철도공사법에 의한 한국철도공사(2004.12.31. 대통령령 제18626호)로 한정하여 입법할 하등의 이유가 없다. (나) 구 재정경제부의 2004년도 개정세법 해설책자에서는 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항의 개정이유에 대하여 “고속철도운영사업자(현, 한국철도공사)의 특성상 매입한 자산 등이 여러 개 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 공통매입세액을 안분계산할 수 있도록 함” 이라고 입법취지를 설명하고 있어, 법 문구 및 입법취지 면에서 청구법인의 주장이 타당함을 명백히 입증해 주고 있다.

(다)처분청은 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항의 입법취지가 명백함에도 불구하고, 2004년도 당초 입법취지와는 달리 “수종의 사업부문을 영위하면서 각각 그 과세사업 및 면세사업의 범위가 다양하고 사업장이 전국에 산재되어 있는 한국철도공사의 경우에는 사업장 단위로 안분계산한 경우에 발생하는 어려움 등을 고려하여 예외적으로 관련 사업부문별 면세비율에 의하여 안분계산하도록 개정하였다”고 입법취지를 설명하고 있으나, 이는 처분청의 자의적인 해석으로 새로운 입법을 하는 것이므로 조세법의 대원칙인 조세법률주의에 위배되는 것이며, 「국세기본법」 제19조 에서 규정하고 있는 세무공무원의 재량의 한계를 이탈하는 것이다. (라)세법규정이 모호하여 해석상 의심이 있는 경우에는 납세자에게 유리하게 해석하여야 하고, 조세법이 사용하는 개념은 다른 법 분야에서 사용되어 이미 확실한 의미내용을 부여받은 차용개념과 조세법이 독자적으로 사용하는 고유개념이 있을 수 있는 바, 조세법이 명문으로 다른 법에서 사용되는 개념을 수정하는 내용의 규정을 두고 있지 않는 이상 법적안정성 견지에서 조세법에서 사용된 개념은 다른 법에서 사용되는 개념과 동일하게 해석하는 것이 원칙이다(대법원 2008두8444, 2009.4.23. 같은 뜻). 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항의 규정상 ‘전 사업장’의 개념에 대하여 2007.4.2.자 로 신설된 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 제4항에서 고유개념을 명확히 규정하였는 바, 동 규정 이전에는 사회일반인이 일반적으로 인식하고 있는 수준의 의미 또는 일반적으로 통용되는 의미로 해석하는 것이 타당한 것이므로 ‘전 사업장’의 의미를 ‘공통매입세액과 관련된 사업장’이 아니라 ‘전체 사업장’으로 해석하는 것이 타당하다.

(마)과세관청의 해석(부가1265.2-1215, 1982.5.12; 서면3팀-2329, 2004.11.16)에서는 여러 개의 사업장이 있는 일반사업자의 경우 공통매입세액은 ‘공통매입세액과 관련된 사업장의 총공급가액’을 기준으로 안분하도록 해석하고 있는 바, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 및 동법 시행규칙 제18조의2 제1항을 각 사업장 단위로 관련 공통매입세액을 안분하여야 하는 것으로 해석한다면 조세법 해석에 있어서 과세관청의 해석이 명백하게 잘못된 부분이므로 동 부분에 대한 추가적인 감사원의 지적에 따른 행정처분이 수반되어야 할 것이다.

(2) 2007.4.2자(구 재정경제부령 제549호)로 신설된 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 제4항의 입법취지를 볼 때, 동 시행규칙은 창설적 규정이라기보다는 선언적·확인적 규정이다. 2007.4.2.자(구 재정경제부령 제549호)로 신설된 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 제4항에서는 한국철도공사의 경우 안분산식 중 ‘전사업장의 총공급가액’이라 함은 ‘해당 과세기간의 모든 사업장’이라고 명백히 규정하고 있다. 청구법인이 제출한 위 시행규칙 개정건의서의 내용 및 ‘구, 재정경제부 공고 제2007-33호’상의 개정이유 및 2003.12.31.자 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항의 개정이유(한국철도공사의 사업이 전국적으로 상호 유기적인 연관성을 가지고 있음을 감안하여 한국철도공사의 공통매입세액 안분계산방법 중 전 사업장의 총공급가액 및 면세공급가액에 대한 정의를 명확히 규정함) 등을 종합하여볼 때 동 시행규칙의 신설내용은 창설적 규정이라기보다는 선언적·확인적 규정이다.

(3) 공통매입세액의 안분은 그 실질귀속이 명확하지 아니한 매입 세액을 일정기준에 의하여 안분하는 것이므로, 안분산식은 기술적인 문제일 뿐이며 부가가치세의 기본전제나 대원칙과는 하등의 관련성이 없는 것이다. 부가가치세제의 기본원리상 과세사업 또는 면세사업에 직접적으로 사용되었는지를 개별적으로 명확하게 구분할 수 있는 매입세액은 그 실지귀속에 따라 구분을 하되, 개별적으로 이러한 실질귀속을 구분할 수 없는 매입세액, 즉 공통매입세액은 원칙적으로 동법 시행령 제61조 제1항을 적용하여 안분하며, 전기통신사업자 및 한국철도공사의 경우에는 선택적으로 제5항에 의거 공통매입세액을 안분할 수 있도록 하는 특례(예외)를 두고 있다. 즉, 공통매입세액의 안분이라 함은 그 자체가 실지귀속을 확인할 수 없는 매입세액을 대상으로 하는 것 이므로 동 안분방법은 어떻게 관련 공통매입세액을 안분할 것인지의 기술적인 문제일 뿐, 부가가치세의 기본전제나 대원칙과는 하등의 관련성이 없다. 따라서 설령 공통매입세액의 안분산식 및 내용에 대하여 입법자가 모법의 위임한계를 벗어나지 않는 테두리 내에서 나름의 합리적 판단에 의하여 입법을 할 수 있는 것이며, 이러한 기술적 문제를 가지고 동 규정이 상위규정에 위배되어 그 자체로서 위법하고 조세법률주의에 반하여 유지될 수 없는 것으로 보는 것은 법적 안정성과 예측가능성을 기본으로 하고 있는 조세법률주의를 형해화하는 처분이므로 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제18조의 2 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하도록 규정하고, 다만, 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 당해 사업에 한정하여 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 공통매입세액에 곱하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하되, 수종의 사업부문을 영위하면서 각각 그 과세사업 및 면세사업의 범위가 다양하고 사업장이 전국에 산재되어 있는 청구법인의 경우에는 사업장 단위로 안분계산할 경우에 발생하는 어려움 등을 고려하여 예외적으로 관련 사업부문별 면세비율에 의하여 안분계산할 수 있도록 2004. 12. 31. 「부가가치세법 시행령」(대통령령 제18626호) 제61조 제5항 조문을 개정하였다. (2)청구법인이 매입한 주요 재화와 용역이 사용되는 사업부문 및 면세·과세 여부를 살펴보면,

① 경유 및 기관차 구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송과 과세사업인 화물운송에만 공통 으로 사용되고,

② 일반철도 선로 등 사용료 는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 고속철도선로 운행구간 에만 공통으로 사용되며,

③ 고속열차차량 매입비 는 고속철도 여객 운송사업 과세구간(서울역～동대구역, 용산역～OOO역) 및 면세구간(동대구역～부산역, OOO역～목포역)에 공통으로 사용되는 등 관련 사업부문이 명확히 구분된다. 따라서, 청구법인은 사업부문별 면세비율을 적용하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 경유 등 주요 매입 재화와 용역이 실지 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 모든사업장 면세비율을 적용하여 면세사업과 관련된 매입세액 비율을 계산하여 면세비율을 과소하게 계상한 것이다. (3)청구법인은 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항 및 동법 시행규칙 제18조의2 제4항에서 청구법인에 대하여 공통매입세액을 ‘해 당 과세기간의 전 사업장’의 공급가액을 기준으로 안분할 수 있는 것으로 명기하고 있고 동 법령은 청구법인의 사업적 특수성을 고려하여 입법된 것으로써 처분청이 조세법률주의 및 법령의 입법취지와 부합하지 않는 결정을 하였다고 주장하나, 조세법 전반의 실질과세 원칙과 전단계매입세액공제방식과 관련하여 면세분 매입세액의 불공제를 근간으로 하는 부가가치세제의 기본원리 상 매입세액계산은 실지귀속을 원칙으로 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 한해 공통매입세액 계산을 하도록 한 것으로서, 과세·면세사업에 공통으로 사용되는 재화나 용역의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에도 재화나 용역이 실제 사용되는 관련 사업장에 대해서만 공통매입세액을 안분하는 것이 법 취지에 가장 부합하는 것이다.

(4)2007.4.2.자로 신설된 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 제4항과 관련한 청구법인의 개정건의서를 보면, 청구법인은 전기통신사업자와는 달리 관련 사업별 공통매입세액 안분이 어려운 사유의 예시로 “청구법인의 특성상 컴퓨터, 책상, 피복 등은 사실상 관련 사업장을 특정하기가 어려워 공통매입세액 안분계산 적용에 어려움이 있고, 위 컴퓨터, 책상, 피복 등을 관련 사업별로 구분없이 일률적으로 모든 사업장 면세비율로 안분하면 오히려 불공제되는 공통매입세액이 늘어난다.”고 주장하였고, 구 재정경제부 세제실장은 동 건의를 받아들여 단순히 컴퓨터, 책상, 피복 등 관련 사업장을 특정하여 정의하기가 어려운 재화나 용역에 대해서는 납세자의 협력비용 절감을 위해 예외적으로 모든 사업장 면세비율로 계산할 수 있도록 계산상의 편의를 부여한 것이지, 공통매입세액과 관련 없는 것이 분명한 사업장까지 포함하여 안분계산할 수 있다는 취지로 입법한 것은 아니라는 것으로 감사원장의 2009.3.6.자 이건 관련 질의에 대하여 답변하고 있다. 따라서, 동 시행규칙의 취지는 단지 시행령의 “전 사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명한 것뿐이고, 실지귀속을 구분할 수 있거나 관련 사업장이나 관련없는 사업장을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속과 상관없이 전 사업장에 대하여 계산할 수 있도록 한 것이 아니다. 설령, 위 시행규칙의 개정취지가 위와 달리 청구법인에 대하여는 모든 공통매입세액의 안분계산을 실지귀속과 상관없이 전체 사업장의 총공급가액으로 할 수 있도록 인정하였다는 것이라면, 위 시행규칙은 같은 법 시행령 제61조 제1항 및 제5항의 상위규정에 위배되어 그 자체로 위법하고 조세법률주의에 반하여 유지될 수 없는 것이다.

(5)구 재정경제부장관과 국세청장은 청구법인과 같이 수종의 재화·용역을 공급하고 있으며 청구법인이 동 조항에 삽입되기 이전부터 같은 조항에 규정되어 있던 전기통신사업자에 대해서도 일관되게 공통매입세액 안분계산은 공통매입세액에 사업부문별 면세비율에 의하여 안분계산 하도록 해석·적용하고 있다(재소비46015-58, 2000.2.2, 부가46015-283, 2000.2.11. 참조). 따라서, 청구법인이 경유 등 주요 매입 재화와 용역이 실제로 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 모든 면세사업과 과세사업의 총공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차지하는 비율로 면세사업과 관련된 매입세액 비율을 계산한 것에 대하여 처분청에서 실지귀속에 따라 매입세액을 유형별로 나눈 후 사업부문별 면세비율을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 재계산하여 과세한 이 건 처분은 적법한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 청구법인의 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 공통매입세액이 사업부문별로 그 실지귀속이 구분되는 경우에도 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 안분할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2)부가가치세법 시행령 제4조 (사업장의 범위)

① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

10. 「한국철도공사법」에 의한 한국철도공사가 영위하는 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 지역별로 총괄하는 장소 제61조 (매입세액의 안분계산)

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액×────── 총공급가액 ⑤제1항의 규정을 적용함에 있어 「전기통신사업법」에 의한 전기통신사업자 및 「한국철도공사법」에 의한 한국철도공사의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.(대통령령 제18626호로 2004.12.31. 개정된 것) 면세사업에 관련된 전 사업장의 면세공급가액 ＝공통매입세액 × ──────────── 매입세액 전 사업장의 총공급가액 ⑤제1항의 규정을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 고속철도건설촉진법에 의한 고속철도의 운영사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.(대통령령 제18175호로 2003.12.30. 개정된 것) 면세사업에 관련된 전 사업장의 면세공급가액 ＝공통매입세액 × ──────────── 매입세액 전 사업장의 총공급가액

(3) 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 (매입세액의 안분계산)

① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

④ 영 제61조제5항의 산식에서 "전 사업장의 총공급가액"이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, "전 사업장의 면세공급가액"이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

<신설 2007.4.2.>

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 과세사업인 고속철도 여객운송사업(KTX, 서울역에서 동대구역 및 용산역에서 OOO역 구간), 화물운송사업, 철도유지보수 수탁사업 및 임대·광고 등 기타사업과 면세사업인 일반철도 여객운송사업(새마을호, 무궁화호 열차), 광역전철운송사업 및 고속철도여객운송사업(동대구역에서 부산역 및 OOO역에서 목포역 구간)을 영위하고 있다. (2)청구법인이 매입한 주요 재화와 용역이 사용되는 사업부문을 보면, ⅰ) 경유 및 기관차구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송과 과세사업인 화물운송에 공통으로 사용되고, ⅱ) 일반철도 선로 등 사용료는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 고속철도 여객운송과 과세사업인 화물운송, 고속철도 여객운송 과세분 중 일반철도선로 운행구간에 공통으로 사용되며, ⅲ)고속열차차량 구입비는 고속철도 여객운송사업 과세구간(서울역～동대구역, 용산역～OOO역) 및 면세구간(동대구역～부산역, OOO역～목포역)에 공통으로 사용되는 것으로 심리자료에 나타난다. (3)청구법인은 공통매입세액에 대한 면세비율을 모든 사업장 면세비율로 계산 하여 과세기간별로 32.16%에서 45.14%의 단일률을 구한 후 이를 공통매입세액에 곱하여 불공제 매입세액을 산정하였고, 처분청은 사업부문별 면세비율을 적용 하여 면세관련 불공제 매입세액을 산정한 것으로 심리자료에 나타나며, 예시로 2007년 제1기분에 대한 사업부문별 경정내역을 보면 다음과 같다. (OOO OO)

(4) 2003.12.30. 대통령령 제18175호로 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항에 고속철도사업자를 추가 하였고, 2004.12.31. 대통령령 제18626호로 고속철도사업자를 한국철도공사 로 개정하였는 바, 그 개정요강을 보면 다음과 같이 나타난다. (가)2003.12.30.자 대통령령 제18175호 관련 개정요강을 보면, 제목은 “고속철도사업자의 공통매입세액안분계산 방법 신설”로, 개정내용은 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항에 고속철도 운영사업자를 추가하는 것으로 되어 있으며, 개정이유는 “고속철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러개 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 매입세액을 안분계산할 수 있도록 함”이라고 기재되어 있다. (나)2004.12.31.자 대통령령 제18626호 관련 개정요강을 보면, 제목은 “고속철도사업자가 지정됨에 따라 고속철도사업자를 한국철도공사로 개정”으로, 개정이유는 “2005년 1월 철도청이 한국철도공사로 전환됨에 따라 부가가치세 과세대상에 화물, 광고 및 선로보수 위탁사업이 추가되었고, 추가되는 과세용역들은 전국의 철도노선을 기반으로 전 사업장이 유기적인 관계를 통하여 공급”으로, 적용시기는 “2005.1.1. 이후 공급받는 분부터 적용한다”라고 기재되어 있다.

(5) 2007.4.2. 구 재정경제부령 549호로 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 에 제4항을 신설하였는 바, 그 개정요강 및 청구법인이 제출한 개정건의서의 요지는 다음과 같이 나타난다. (가) 개정요강을 보면, 제목은 “한국철도공사의 공통매입세액 안분계산방법 개선”으로, 개정내용은 종전에 한국철도공사의 공통매입세액 안분계산 방법을 “공통매입세액을 전사업장의 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 매입세액불공제”하던 것을 “전사업장의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액 대비 전사업장의 면세사업에 대한 수입금액의 비율로 안분계산하여 매입세액불공제”하는 것으로 하여 총공급가액 및 면세공급가액의 정의를 규정하는 것으로, 개정이유는 “한국철도공사는 전국적으로 각 철도사업부문이 상호 유기적인 연관성을 가지고 있어 공통매입세액 안분계산시 공통매입세액에 관련된 사업의 총공급가액 및 면세사업의 매출액 구분이 곤란하여 별도로 규정함으로써 전사업장의 총공급가액 및 면세공급가액에 대한 정의를 명확히 규정하여 납세편의를 제고하기 위함”으로, 적용시기는 “2007.4.2.이 속하는 과세기간에 공급하거나 공급받는 분부터 적용”이라고 기재되어 있다. (나)청구법인이 구 재정경제부장관에게 제출한 개정건의서의 요지 는 다음과 같다. 현행 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항에서 OOOOOO 전사업장의 유기적 관계를 감안하여, 공통매입세액을 전사업장의 총공급가액 및 전사업장의 면세공급가액에 의하여 계산할 수 있도록 하고 있으나, ‘전사업장의 총공급가액’ 및 ‘전사업장의 면세공급가액’에 대한 정의가 없어 공통매입세액 안분계산 적용에 어려움이 있다.

철도사업은 철도노선을 통하여 모든 사업장의 매출과 매입이 상호 유기적 관계를 맺고 있으므로 각 사업장의 개별 건별 공통매입세액과 관련된 과세사업 매출액 및 면세사업 매출액을 구분하기가 현실적으로 곤란하다. 따라서, ‘전사업장의 총공급가액’ 및 ‘전사업장의 면세공급가액’을 철도공사 전사업장의 총공급가액 및 면세수입금액으로 안분계산할 수 있도록 시행규칙을 개정(신설)하여 주어야 한다. (6)감사원의 질문에 대한 2009.3.12.자 기획재정부 재산소비세제정책관의 답변요지를 보면, 다음과 같이 나타난다. (가)「부가가치세법 시행령」의 취지는 매입세액의 계산은 실지귀속을 원칙으로 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 한해 공통매입세액 안분계산을 하도록 한 것이다. 이러한 시행령의 취지에 따라 공통매입세액 안분계산을 하더라도 실지귀속을 최대한 따져 보아야 할 것이다. 그러한 이후에도 매입한 재화나 용역의 특성상 실지귀속 구분이 어렵고 관련 사업장을 특정할 수 없는 경우에 한해 전체 사업장에 대해 계산하도록 한 것이 시행규칙 규정의 취지이다. 따라서 한국철도공사의 경우에도 매입세액 계산시 실지귀속을 최대한 따져 보아야 할 것이므로 이러한 법 원칙을 벗어난 매입세액의 계산은 법취지에 위배된다고 볼 수 있다. (나)시행규칙 규정은 단지 시행령의 “전사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명하고 있을 뿐 이고, 실지귀속을 구분할 수 있거나 관련 사업장이나 관련 없는 사업장을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속과 상관없이 전 사업장에 대하여 계산할 수 있도록 한 것은 아니므로 시행령에 위배된다고 보기 어렵다. (7)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구법인의 주장이 타당한 지 본다.

청구법인은 고속철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러개 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 매입세액을 안분계산할 수 있도록 「부가가치세법 시행령」 제61조 제5항이 개정된 것이고, 일반사업자에 대한 특례로서 동항을 규정한 것이므로 청구법인에 대하여는 공통매입세액 계산시 모든 사업장 면세비율로 안분하여야 한다고 주장하나, 동항에 규정된 “전 사업장”의 개념은 “공통매입세액에 관련된 사업부문별 전 사업장”으로 보여지고, 동 규정의 입법취지로 볼 때 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)의 안분계산은 우선 사업부문별로 실지귀속을 최대한 따져 보고, 그러한 이후에도 매입한 재화나 용역의 특성상 사업부문별 실지귀속을 구분하기 어렵고 관련 사업장 또는 사업부문을 특정할 수 없는 경우에 한하여 공통매입세액에 관련된 모든 사업장의 공급가액비율을 기준으로 안분계산하는 것이 타당한 것으로 보인다. 따라서, 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 제4항의 규정은 “전사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명하고 있을 뿐이고, 공통매입세액이라고 하더라도 관련 사업부문을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속에 불구하고 모든 사업장 면세비율을 적용하여 매입세액을 계산할 수 있도록 한 것은 아니라 할 것이므로 처분청이 사업부문별 면세비율을 적용하여 청구법인의 공통매입세액을 안분계산한 후 면세관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.