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겸영사업 공통매입세액은 어떻게 안분하는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2020-부가-4239회신일 2022.04.19세목 부가가치세회신 후 개정
1. 질문겸영사업 공통매입세액은 어떻게 안분하는가?2. 공식 회신국세청 · 2022.04.193. 다툰 결과0건 직접 · 324건 조문 연결4. 현행 조문1개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신 2022.04.19

매입세액은 실지귀속으로 구분하고, 구분할 수 없는 금액은 관련 사업부문별 면세공급가액 비율로 안분한다.

과세·면세·비과세 등 수종의 사업을 겸영하는 정부출연 연구기관의 공통매입세액 안분 방법을 물었다. 매입세액은 실지귀속으로 구분하고, 구분할 수 없는 금액은 관련 사업부문별 면세공급가액 비율로 안분한다. 면세공급가액에는 면세사업 등의 공급가액과 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금·공공보조금 등이 포함된다.

근거 조문 부가가치세법 시행령 제61조제1항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 부가가치세법 시행령(2026.04.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

법령은 개정됐지만 직접 인용한 규정 문구는 같다

GovBrief 판단 이 회신의 직접 근거 조문에는 개정 전후 문구 차이가 확인되지 않았다.

법령의 다른 부분은 바뀌었지만 이 문서가 인용한 조문·항·호 1곳은 회신 당시 시행본과 2026.09.10 현재 시행본의 문구가 같다. 사실관계와 후속 회신·판례는 별도로 확인한다.

문구 변경·이동 0 · 문구 동일 1
  1. 문구 동일회신 당시 시행본 2022.02.18 → 현재 시행본 2026.04.01

    부가가치세법 시행령 제61조 제1항: 회신 당시와 2026.09.10 현재 문구가 같다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

정부출연 연구기관이 기술지원·기술료수익, 수탁연구개발, 정부출연사업 등 수종의 사업을 겸영한다. 각 사업과 관련된 매입세액 중 실지귀속을 구분하기 어려운 공통매입세액이 발생한다.

질의요지

사업자가 수종의 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 경우 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하는 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업 등에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액)의 비율에 의하여 계산하는 것입니다.

회답

부가가치세과-605

본문(원문)

사업자가 수종의 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 경우 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하는 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업 등에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액)의 비율에 의하여 계산하는 것으로, 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.

○ 법규부가2011-0356, 2011.10.14.

수종의 과ㆍ면세 사업을 겸영하는 사업자가 공통매입세액을 안분 계산하는 경우, 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것입니다.

○ 부가46015-4064, 2000.12.18

사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여 안분계산하는 것임.

정제 정리

질의

수종의 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 정부출연 연구기관의 공통매입세액 안분계산 방법.

회답

매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산합니다. 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 전체사업의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율로 계산하는 것이 아니라, 어느 과세사업과 면세사업 등에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 관련 사업부문만의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 계산합니다.

면세공급가액은 면세사업 등에 대한 공급가액과 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금, 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액입니다.

1. 법규부가2011-0356, 2011.10.14.

전체 공통매입세액을 전체사업의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율로 계산하지 않고, 관련 사업부문별로 구분하여 그 사업부문의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 계산합니다.

2. 부가46015-4064, 2000.12.18

면세사업 관련 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하고, 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분계산합니다. 사업별 구분이 가능하면 관련 사업단위별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항에 따라 안분계산합니다.

원문이 참조한 다른 해석

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공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다. 전체 324건 중 최신 12건을 표시한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2020-부가-4239 (2022.04.19 회신), "겸영사업 공통매입세액은 어떻게 안분하는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000011205/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 200000000000011205)
원 제목
정부출연 연구기관으로서 과세(기술지원, 기술료수익) 사업과 과·면세(수탁연구개발) 사업, 비과세(정부출연사업 등) 사업 등 수종의 사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분계산 방법
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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