인허가 조건의 기부채납과 공사비 매입세액은 어떻게 처리하는가?

사업자가 과세되는 아파트를 신축하면서 공원 부지를 주거지역으로 변경하는 인허가를 받는 조건으로 지방자치단체에 공공시설을 기부채납한다. 기부채납에 상응하는 대가는 받지 않는다.

사업자가 자기의 과세사업을 위하여 인허가조건으로 기부채납하는 시설물에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 시설물 공사비 관련 매입세액은 토지관련 매입세액과 면세사업등에 관련된 매입세액을 제외하고는 매출세액에서 공제되는 것임

부가가치세과-1310

사업자가 부가가치세가 과세되는 아파트를 신축하기 위하여 지방자치단체에 공공시설을 기부채납하는 조건으로 인허가(공원 부지를 주거지역으로 변경)를 받는 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되며, 해당 공공시설의 건설과 관련된 매입세액은 자기 사업과 관련이 있는 것으로 보아 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제되는 것입니다.

다만, 당해 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 공제하지 아니하는 것이며, 자기의 사업이 과･면세 겸업인 경우에는 같은 법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하여야 하는 것으로 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.

○ 사전-2019-법령해석부가-0361, 2019.8.28.

사업자가 부가가치세 과세사업에 사용할 글로벌비즈니스센터를 신축하기 위하여 지방자치단체에 공공시설을 기부채납하는 조건으로 인허가(건축법상 용적률의 상향조정 등)를 받는 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 「부가가치세법」 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되며, 해당 공공시설의 건설과 관련된 매입세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 자기의 매출세액에서 공제되는 것임. 다만, 공공시설의 건설과 관련하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임

○ 법규부가2014-76, 2014.4.10.

부동산임대업과 금융보험업을 겸영하는 법인사업자가 부동산임대업과 금융보험업에 사용할 본점 건물을 신축함에 있어, 본점 건물에 대한 인허가의 조건(건축법상 용적률의 상향 조정)으로 기존 지점 사업장 및 공원부지 일부에 대한 추가공사를 시행하여 지방자치단체에 이를 기부채납하기로 하고 지방자치단체로부터 무상사용권을 부여받는 등 경제적 대가관계 없이 무상으로 인도하는 해당 시설물에 대하여는 「부가가치세법」 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며, 해당 기부채납 시설물의 공사에 소요된 비용이 본점 건물에 대한 취득원가를 구성하는 경우로서 본점 건물의 과세사용면적과 면세사용면적이 객관적으로 구분되는 경우, 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 같은 조 제5항에 따라 공통매입세액안분계산 및 정산하는 것임. 다만, 공원부지 일부의 조성 등에 관련된 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임

○ 부가가치세과-3947, 2008.10.31.

사업자가 부가가치세가 과세되는 주택개발사업을 수행하기 위해 기반시설 등을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우, 동 시설의 건설과 관련된 매입세액은 자기 사업과 관련이 있는 것으로 보아 「부가가치세법」 제17조 제1항의 규정에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임. 다만, 당해 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 공제하지 아니하는 것이며 자기의 사업이 과·면세 겸업인 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제61조의 규정에 따라 안분계산하여야 하는 것임

질의

부가가치세가 과세되는 아파트 신축을 위하여 지방자치단체에 공공시설을 기부채납하는 조건으로 인허가를 받은 경우, 기부채납의 과세 여부와 건설 관련 매입세액의 공제 여부.

회답

기부채납에 상응하는 대가를 받지 않은 경우 해당 기부채납은 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제20호에 따라 면세되며, 공공시설 건설 관련 매입세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제됩니다.

다만, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액은 공제하지 않으며, 과·면세 겸업인 경우 같은 법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하여야 합니다.

이유

1. 사전-2019-법령해석부가-0361, 2019.8.28.: 대가 없는 공공시설 기부채납은 면세되고 건설 관련 매입세액은 공제되나, 토지의 자본적 지출 관련 매입세액은 공제되지 않습니다.

2. 법규부가2014-76, 2014.4.10.: 과세사용면적과 면세사용면적이 구분되는 경우 공통매입세액을 안분계산 및 정산하며, 토지의 자본적 지출은 공제하지 않습니다.

3. 부가가치세과-3947, 2008.10.31.: 과세 주택개발사업의 기반시설 관련 매입세액은 공제하되 토지의 자본적 지출은 제외하고, 과·면세 겸업이면 안분계산합니다.

국세청 법령해석 서면-2020-부가-6359 (2021.07.16 회신), "인허가 조건의 기부채납과 공사비 매입세액은 어떻게 처리하는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000524926/